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Relationship between Mutations in DNA Sequences Loci Coding pre-mirnas and Genes Related to Biogenesis of SncRNAs with MiRNA Expression in Endometrial Carcinoma Tissues

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Journal of Environmental Science and Engineering(B) 2015年第7期4卷 372-379页

作者： Massimiliano Chetta Angela Cordella Giuseppina Bruno Maurizio Guida Alessandro Weisz Maria Ravo Department of Medicine and SurgetT---Laboratory of Molecular Medicine and Genomics University of Salerno Baronissi 84081Salerno Italy Foundation Institute for Hospitalization and Scientific Care (IRCCS) SDN Naples 80143 Italy Department of Obstetrics and Gynecology "San Giovanni Di Dio Ruggi D'Aragona" University Hospital--Schola MedicaSalernitana Salerno 84131 Italy Department of Molecular Pathology and Medical "San Giovanni Di Dio Ruggi D'Aragona" University Hospital--Schola MedicaSalernitana Salerno 84131 Italy

Endometrial cancer （EC） is the most common and lethal gynaecological cancer type in Europe and in North America. Frequently EC arises more in the corpus proper and manifests as round, polypoid expansile masses, but it may also originate in the lower uterine segment or spread in endometrium with necrosis and hemorrhage. The analysis was performed using a custom panel containing all DNA sequences loci coding pre-mirnas and genes related to biogenesis and regulation of sncRNAs in normal and tumor tissues extracted from 6 unrelated patients with endometrial carcinoma. The identified variations were correlated with mature mirnas differentially expressed in the same normal and tumor endometrial tissues. The comparison analysis confirmed the high degree of cellular and genetic intratumoral heterogeneity with a temporal and spatial miRNA expression distribution in association with genomic variants identified. The classification of specific DNA mutations, onto the loci identified, should be suitable to characterize possible instability genome regions and help classification of tumors to ameliorate the clinical management of patients affected by endometrial carcinoma.

关键词： Endometrial cancer pre-mirnas sncRNA miRNA expression.

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文心兰25条miRNA前体序列特性及其表达分析

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西北植物学报 2018年第9期38卷 1587-1597页

作者：王培育王丛巧张舒婷王雪晶叶炜赖钟雄林玉玲福建农林大学园艺植物生物工程研究所福州350002

为了解文心兰miRNA的序列特性及其在不同组织部位中以及软腐病侵染过程中的表达规律,该研究对文心兰转录组及miRNA数据库中的25条miRNA前体(pre-miRNA)序列和15条成熟体序列进行序列特性分析,并对25条pre-mirnas在文心兰不同组织部位及... 详细信息

为了解文心兰miRNA的序列特性及其在不同组织部位中以及软腐病侵染过程中的表达规律,该研究对文心兰转录组及miRNA数据库中的25条miRNA前体(pre-miRNA)序列和15条成熟体序列进行序列特性分析,并对25条pre-mirnas在文心兰不同组织部位及软腐病侵染的假鳞茎中的表达情况进行实时荧光定量分析。结果显示:(1)文心兰25条pre-mirnas序列可分为13个家族,其中包含15条成熟体序列。(2)Mfold二级结构预测显示,文心兰25条pre-mirnas的最小折叠自由能在-32.04～-120.98kal/mol之间,均可以形成典型、稳定的发夹结构。(3)序列比对分析发现,同一家族的前体与成熟体存在一个约20个碱基长度的保守区域,推测该区域可能为文心兰miRNA成熟体所在区域。其中,13个前体家族中,有10个家族的成熟体可以完全定位于其前体中。(4)实时荧光定量PCR结果显示,在文心兰不同组织部位中,miR159-unigene0037857、miR167-unigene0011236、miR167-unigene0002619、miR169-unigene0022341、miR172-unigene006514、miR396-unigene19032、miR398-unigene0009996、miR2950-unigene0006151、miR2950-unigene0006422等pre-mirnas在叶片中大量累积可能有利于其叶的形态建成;miR162-unigene0003615、miR162-unigene0013441、miR166-unigene0011870、miR168-unigene0009958等pre-mirnas同时在根和叶中均大量表达有利于其根和叶的发育;而miR171-unigene0045985、miR396-unigene0011179、miR396-unigene0011180在根和茎中的大量表达可能有利于其根和茎的发育。(5)在软腐病病菌侵染文心兰假鳞茎的过程中,miR159-unigene0037857、miR167-unigene0011236、miR396-unigene0011179、miR396-unigene0011180、miR396-unigene0019032、miR845-unigene0012489的表达总体呈下降趋势;miR162-unigene0040566、miR166-unigene0011870、miR168-unigene0009958、miR171-unigene0045985在软腐病菌液侵染4h其表达量升高,之后表达量下调;miR162-unigene0003615、miR167-unigene0002619、miR168-unigene0047942、miR169-unigene0022341、miR845-unigene0012489在菌液侵染过程中其表达量呈现先下降后上升的趋势,并在侵染8h后表达量达到最低。研究表明,文心兰pre-mirnas 13个家族不同成员在进化进程中具有高度保守性与特异性的结构特点,并可能广泛参与文心兰不同组织的生长发育及参与软腐病菌侵染的响应。

关键词：文心兰 pre-mirnas 序列特性表达分析

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应用离散增量方法识别人类MicroRNAs前体序列

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内蒙古大学学报（自然科学版） 2010年第6期41卷 673-677页

作者：高智红张利绒罗辽复内蒙古大学物理科学与技术学院呼和浩特010021

MicroRNAs(mirnas)是一类约为21-26个碱基长度的非编码单链RNA.根据Mi-croRNAs前体序列(pre-mirnas)的碱基保守特征和二级结构特征,应用多样性增量方法(ID方法)和支持向量机(SVM)分析,以内含子区(intron)、外显子区(exon)、基因间区(int... 详细信息

MicroRNAs(mirnas)是一类约为21-26个碱基长度的非编码单链RNA.根据Mi-croRNAs前体序列(pre-mirnas)的碱基保守特征和二级结构特征,应用多样性增量方法(ID方法)和支持向量机(SVM)分析,以内含子区(intron)、外显子区(exon)、基因间区(intergenic)三类序列分别作为负集,对人类的pre-mirnas进行分析和预测.当以intergenic区和intron区序列为训练负集时,其以二级结构三联体、四联体和五联体(3-mer、4-mer、5-mer)为特征参量的敏感性、特异性、整体精度都在89%以上,相关系数在0.7以上.

关键词： pre-mirnas 离散增量二级结构特征

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应用多样性增量方法识别人类基因组microRNA前体序列

应用多样性增量方法识别人类基因组microRNA前体序列

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作者：高智红内蒙古大学

学位级别：硕士

microRNA是一类约为21-26个碱基长度的非编码单链RNA。microRNA在细胞生长和发育的过程中起着多种调节作用,参与生命过程中一系列的重要进程,包括发育、造血、器官形成、凋亡、细胞增殖、甚至肿瘤发生。microRNA对癌症、心脏病、艾滋病... 详细信息

microRNA是一类约为21-26个碱基长度的非编码单链RNA。microRNA在细胞生长和发育的过程中起着多种调节作用,参与生命过程中一系列的重要进程,包括发育、造血、器官形成、凋亡、细胞增殖、甚至肿瘤发生。microRNA对癌症、心脏病、艾滋病等各种疾病都有一定的影响。根据最近研究显示,RNA最初转录物(pri-RNA)分子经过RNaseⅢDrosha剪切,成为70-90个碱基大小、具有发夹结构的microRNA的前体(pre-microRNA),再由Exportin-5将pre-microRNA从细胞核运输到细胞质中,经Dicer酶加工生成microRNA o pre-microRNA最显著的特点就是具有发夹结构。pre-microRNA特殊的发夹结构不仅能够使pre-microRNA与Exportin-5结合从而输出到细胞质,而且还是其与Dicer酶作用的必要结构。这两点就使得发夹结构对于microRNA和pre-microRNA都非常重要。根据microRNAs前体序列的碱基保守特征和二级结构特征,应用多样性增量方法(ID方法)和支持向量机(SVM)分析,以内含子区(intron)、外显子区(exon)、基因间区(intergenic)三类序列分别作为负集,对人类的pre-mirnas进行分析和预测。当以intergenic区和intron区序列为训练负集时,其以二级结构三联体、四联体和五联体(3-mer、4-mer、5-mer)为特征参量的敏感性、特异性、整体精度都在89%以上,相关系数在0.7以上。

关键词： pre-mirnas 多样性增量二级结构特征

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