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Analysis of intron sequence variability of the conservative HMG-box of Sox9 genes in allotetraploids and their original parents

引用

Progress in Natural Science:Materials International 2007年第5期17卷 537-543页

作者： Liu Jifang, Liu Shaojun , Tao Min, Li Wei and Liu Yun (Key Laboratory of Protein Chemistry and Developmental Biology of State Education Ministry of China, College of Life Sciences, Hunan Normal University, Changsha 410081, China) Key Lab. of Protein Chemistry and Developmental Biology MOE College of Life Sciences Hunan Normal University Changsha 410081 China

The Sox genes of allotetraploids and their original maternal red crucian carp (Carassius caassius red var.) and original paternal common carp (Cyprinus carpio L.) were detected by PCR with the designed primers based on the conserved HMG-box sequence in different species. Sequencing of Sox genes indicated that two Sox9 genes (Atsox9a and Atsox9b) existed in allotetraploids, while only one Sox9 gene existed in red crucian carp (Rcsox9a) and common carp (Ccsox9b) . All of the four Sox9 genes contained an intron in the HMG-box. with the sizes of 413 bp, 703 bp, 401 bp and 714 bp, respectively. Moreover, the introns obeyed the rule of "GT-AG" . A high similarity was observed between introns of Atsox9a and Rcsox9a (94.4%), Atsox9b and Ccsox9b (97.8%). Interestingly, the deduced amino acid sequences of their corresponding exons all shared 100% identity. Thus, introns of the HMG-domain of Sox9s in allotetraploids and their original parents have not only the length polymorphism but also intron variability. Our results provide significant molecular evidence for the origin and evolution of allotetraploids.

关键词： Sox9 intron genetic variability phylogenesis.

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