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新城疫病毒分离株HN和p基因分子进化及其相关研究

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病毒学报 2008年第5期24卷 390-395页

作者：梁俊文于可响陈静王贵升庄文忠田夫林山东师范大学生命科学院山东济南250014 山东省动物卫生监督所山东济南250022 山东省农业科学院家禽研究所山东济南250023 山东省动物疫病预防与控制中心山东济南250022

为探讨新城疫病毒（Newcastle disease virus，NDV）血凝素-神经氨酸酶（HN）和磷蛋白（p）基因遗传特性以及相互关系，将1997-2005年间国内分离到12株NDV毒株，分别进行HN和p基因克隆测序，结合15个已发表的国内外不同时期的NDV毒株HN... 详细信息

为探讨新城疫病毒（Newcastle disease virus，NDV）血凝素-神经氨酸酶（HN）和磷蛋白（p）基因遗传特性以及相互关系，将1997-2005年间国内分离到12株NDV毒株，分别进行HN和p基因克隆测序，结合15个已发表的国内外不同时期的NDV毒株HN和p基因，计算所有毒株HN和p基因的不同核苷酸和氨基酸片段进化距离，利用统计软件进行了不同片段间进化距离的方差分析，HN或p基因核苷酸进化距离与毒株分离时间、HN或p基因片段与其全长间以及HN和p基因全长间的相关分析。统计分析显示：NDV HN或p基因不同核苷酸和氨基酸序列片段变异程度不一样；不同毒株间HN或p基因片段与其全长间以及HN和p基因全长间无论是核苷酸还是氨基酸遗传变异高度相关。以上说明，NDV HN和p基因虽以不同的方式进化，但是HN和p基因遗传变异的趋势是相同的。HN和p基因的变异与分离时间有一定的联系。

关键词：新城疫病毒 HN基因 p基因进化距离相关性

拉米夫定耐药慢性乙型肝炎患者HBV p基因区突变序列分析

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南方医科大学学报 2008年第5期28卷 729-730,735页

作者：王程孙剑陈金军王战会侯金林南方医科大学南方医院感染内科广东广州510515

目的探讨拉米夫定耐药慢性乙型肝炎(CHB)患者HBVp基因逆转录酶区(RT区)序列突变特点。方法收集115例接受拉米夫定治疗的CHB患者的临床资料,采用pCR产物直接测序法检测HBVp基因RT区序列耐药变异。结果入选的115例患者中103例检测到拉米... 详细信息

目的探讨拉米夫定耐药慢性乙型肝炎(CHB)患者HBVp基因逆转录酶区(RT区)序列突变特点。方法收集115例接受拉米夫定治疗的CHB患者的临床资料,采用pCR产物直接测序法检测HBVp基因RT区序列耐药变异。结果入选的115例患者中103例检测到拉米夫定基因型耐药变异,最主要的耐药变异模式为rtL180M+rtM204V和rtM204I,分别占58.3%和22.3%,其他耐药位点包括rtL80V/I、rtT184S和rtA200V,并在5例患者中检测到RT区3个位点的联合变异。结论对拉米夫定治疗患者的耐药检测除了HBVp基因区常见的rtL180和rtM204位点变异外,还应考虑其他位点的联合耐药变异。

关键词：肝炎病毒乙型耐药变异拉米夫定 p基因基因突变

眼皮肤白化病Ⅱ型相关的p基因突变与DNA多态性

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遗传 2005年第6期27卷 984-988页

作者：段红蕾郑辉李洪义中山大学中山医学院医学遗传学研究室广州510089 暨南大学医学院分子生理学研究室广州510632

眼皮肤白化病Ⅱ型(OCA2)是白化病中最常见的类型,呈常染色体隐性遗传。p基因为其致病基因,定位于15q11.1-q12,由24个外显子和23个内含子构成。p基因编码838个氨基酸残基构成的110 KDa跨膜蛋白,该蛋白含12个跨膜区,其确切功能尚未完全清... 详细信息

眼皮肤白化病Ⅱ型(OCA2)是白化病中最常见的类型,呈常染色体隐性遗传。p基因为其致病基因,定位于15q11.1-q12,由24个外显子和23个内含子构成。p基因编码838个氨基酸残基构成的110 KDa跨膜蛋白,该蛋白含12个跨膜区,其确切功能尚未完全清楚。迄今至少已报道p基因内60种导致OCA2的病理性突变和43种多态性变异。病理突变主要为错义突变、无义突变、移码突变和剪切位点突变,多数位于肽链的C末端,但并不象OCA1的TYR基因突变那样多成簇出现。p基因多态性变异中的大部分位于外显子,这增加了对致病性突变定义的难度,其中一些导致氨基酸替换的多态性变异可能与正常人色素沉着的表型变异有关,值得进一步研究。

关键词：眼皮肤白化病 p基因基因突变 DNA多态性

眼皮肤白化病Ⅱ型产前基因诊断研究及二种p基因新突变

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中华医学杂志 2007年第16期87卷 1123-1125页

作者：李洪义魏海云郑辉孟舒蒋玮莹陈路明段红蕾中山大学中山医学院医学遗传学研究室广州510080 暨南大学医学院分子生理学研究室南京市鼓楼医院妇产科遗传室

目的对1例眼皮肤白化病(OCA)患儿进行基于 DNA 的分型诊断,并在此基础上进行 OCA 产前基因诊断。方法应用 pCR 技术、DNA 序列测定技术和变性高效液相层析(DHpLC)技术,分析患儿及其父母的 OCA 相关基因,确定患儿的分型诊断和基因型后,... 详细信息

目的对1例眼皮肤白化病(OCA)患儿进行基于 DNA 的分型诊断,并在此基础上进行 OCA 产前基因诊断。方法应用 pCR 技术、DNA 序列测定技术和变性高效液相层析(DHpLC)技术,分析患儿及其父母的 OCA 相关基因,确定患儿的分型诊断和基因型后,于其母孕20周时取羊水,以 DNA 序列测定技术进行 OCA 产前基因诊断。结果先证者 TYR 基因未见突变,1对 p 基因分别存在 N476D 和 Y827H 突变。群体中100名表型正常者中未见此2种突变等位基因。胎儿获得了母源性 N476D 突变,未获得父源性 Y827H 突变,推测胎儿为表型正常的致病基因携带者。胎儿出生后表型正常,与产前基因诊断结果相符。结论成功开展了1例 OCA2产前基因诊断并发现2种致病性 p 基因新突变 N476D 和 Y827H,对今后开展该病的基础研究和预防与优生工作具有重要意义。

关键词：白化病,眼皮肤产前诊断突变 p基因

新城疫病毒HN09-69株p基因的克隆、序列分析及表达

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2012年第2期40卷 20-26页

作者：陈礼朋王忠田岳旭龙王泽仁高文明李双亮张宇耕崔保安李新生河南农业大学牧医工程学院河南郑州450002 中国兽医药品监察所北京100081

【目的】对新城疫病毒(NDV)HN09-69株p基因进行克隆、序列分析和表达鉴定,为研究p和V蛋白的功能,及NDV新流行毒株的免疫预防提供理论依据。【方法】以HN09-69株NDV为研究对象,根据GenBank上发布的相关p基因参考序列设计引物,进行RT-pCR... 详细信息

【目的】对新城疫病毒(NDV)HN09-69株p基因进行克隆、序列分析和表达鉴定,为研究p和V蛋白的功能,及NDV新流行毒株的免疫预防提供理论依据。【方法】以HN09-69株NDV为研究对象,根据GenBank上发布的相关p基因参考序列设计引物,进行RT-pCR扩增、克隆和序列测定分析,将p基因的核苷酸序列与相关参考株的p基因序列进行比对分析并构建进化树。将p基因克隆到原核表达载体pET28a(+)中,得到重组质粒rpET28a(+)-p,将重组表达质粒转化到BL21(DE3)中诱导表达,用SDS-pAGE电泳和Western blotting检测表达情况。【结果】扩增出了HN09-69株p基因的ORF,序列长度为1 188bp。NDV HN09-69株核苷酸与弱毒株La Sota、clone-30同源性分别为82.5%和82.4%,与强毒株F48E8同源性为84.9%,与鸭源,鹅源NDV核苷酸同源性分别为97.9%～98.4%和96.0%～98.0%。SDS-pAGE电泳和Western blotting检测结果表明,重组p蛋白分子质量约为54ku,符合预期结果,在大肠杆菌中主要以可溶性的形式表达。【结论】NDV HN09-69株与SDWF-02和SD-09鸭源强毒分离株同源性高,亲缘关系近。重组p蛋白在大肠杆菌中得到了高效表达。

关键词：新城疫病毒 p基因原核表达 SDS-pAGE Western blotting

鸽源新城疫病毒陕西分离株p基因的克隆及序列分析

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2010年第6期38卷 7-12页

作者：韩青松代鹏杨增岐张鹏张淑霞党如意樊荣王波张冲武小椿西北农林科技大学动物医学院陕西杨凌712100

【目的】对鸽源新城疫病毒（NDV）陕西分离株p基因进行克隆和序列分析,为研究p基因及V基因的功能奠定基础,并为防治新城疫提供科学依据。【方法】参考GenBank发表的NDV基因序列设计1对特异性引物,RT-pCR扩增NDV/pigeon/ShX/China/2003p... 详细信息

【目的】对鸽源新城疫病毒（NDV）陕西分离株p基因进行克隆和序列分析,为研究p基因及V基因的功能奠定基础,并为防治新城疫提供科学依据。【方法】参考GenBank发表的NDV基因序列设计1对特异性引物,RT-pCR扩增NDV/pigeon/ShX/China/2003p基因的全长片段,并进行克隆、序列测定和分析。【结果】NDV/pigeon/ShX/China/2003p基因全长1 451 bp,其完整的ORF长度为1 188 bp,编码395个氨基酸。同源性比较可知,NDV/pigeon/ShX/China/2003与其他分离株p基因的核苷酸序列同源性在63.6%~92.9%,推导的氨基酸序列同源性在67.7%~92.2%。系统发育进化树表明,NDV/pigeon/ShX/China/2003与鸽源分离株p68亲缘关系最近,与F48E9和La Sota毒株处于进化树的不同分支。【结论】NDV/pigeon/ShX/China/2003与国内外已报道的NDV毒株间存在较大变异。

关键词：新城疫病毒 p基因序列分析

我国四株狂犬病毒M和p基因序列分析和所编码蛋白的分析

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病毒学报 2007年第2期23卷 115-120页

作者：张强唐青李浩王环宇梁国栋中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京100052

为了解我国狂犬病毒M、p基因序列和结构特点,用RT-pCR方法获得目的基因片段,测定核苷酸序列后,计算机分析核苷酸和氨基酸序列及其功能区位点结构。结果显示四株病毒M基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.9%～99.5%和93.1%～99%,四株... 详细信息

为了解我国狂犬病毒M、p基因序列和结构特点,用RT-pCR方法获得目的基因片段,测定核苷酸序列后,计算机分析核苷酸和氨基酸序列及其功能区位点结构。结果显示四株病毒M基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.9%～99.5%和93.1%～99%,四株狂犬病毒M蛋白上调节病毒RNA转录和复制功能的第58位氨基酸残基均为谷氨酰胺残基(E),与特异性细胞蛋白WW区域作用的ppxY结构序列均为ppEY保守序列;四株病毒p基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.6%～99.8%和87.2%～99%,p蛋白与胞浆动力蛋白轻链LC8相互作用的序列位于143～148位氨基酸残基,均为DKSTQT,四株病毒p基因与L蛋白、N蛋白作用位点序列显示未发生影响其生物学功能的变异。研究结果证实了这两种蛋白结构在病毒致病性中起重要作用的推论。

关键词：狂犬病毒 M基因 p基因测序分析编码蛋白比较

新城疫病毒分离株p基因的分子特性和遗传进化

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2009年第1期37卷 49-55页

作者：梁俊文田夫林黄兵兰邹然孙圣福庄文忠山东师范大学生命科学院山东济南250014 山东省动物卫生监督所山东济南250022 山东省动物疫病预防与控制中心山东济南250022 山东省农业科学院家禽研究所山东济南250023

【目的】探讨新城疫病毒（Newcastle disease virus，NDV）磷蛋白基因（p基因）的分子进化特点，为科学防控新城疫（Newcastle disease，ND）提供依据。【方法】对1997～2007年国内分离的13个NDV毒株的p基因进行扩增测序，与15个已发表... 详细信息

【目的】探讨新城疫病毒（Newcastle disease virus，NDV）磷蛋白基因（p基因）的分子进化特点，为科学防控新城疫（Newcastle disease，ND）提供依据。【方法】对1997～2007年国内分离的13个NDV毒株的p基因进行扩增测序，与15个已发表的国内外不同时期的NDV毒株p基因进行核苷酸和推导的氨基酸遗传变异分析及分子特性研究。【结果】国内NDV分离株p基因核苷酸和p蛋白氨基酸高度同源，同源性分别为93．9％～99．8％和93．4％～99．2％。国内NDV毒株与LaSota、Clone30和F48E9等p基因核苷酸和p蛋白氨基酸同源性分别为82．2％～87．7％，81．3％～83．8％；与国外毒株则分别为82．1％～90．2％，81．1％～90．7％。氨基酸序列分析表明，我国毒株具有独特的氨基酸位点。分子进化分析表明，NDVp基因中核苷酸同义替代率高于非同义替代率。【结论】国内分离NDV毒株p蛋白遗传距离较近，而与LaSota、Clone30、F48E9以及国外毒株遗传距离较远，有一定的地域性。NDVp基因以净化选择的方式进化。

关键词：新城疫病毒 p蛋白 p基因

2013-2017年中国小反刍兽疫病毒p基因遗传演化特征

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浙江农林大学学报 2020年第6期37卷 1136-1142页

作者：盛琰翔刘春菊王清华迟田英马洪超王志亮吴晓东包静月浙江农林大学动物科技学院浙江杭州311300 中国动物卫生与流行病学中心山东青岛266032

【目的】探究中国小反刍兽疫病毒(ppRV)田间流行毒株p基因的分子进化特征。【方法】对2013-2017年中国21省份37个疫点的小反刍兽疫病毒流行毒株进行磷蛋白基因(p基因)序列比较和分子进化分析。【结果】37个毒株p基因核苷酸序列间的遗传... 详细信息

【目的】探究中国小反刍兽疫病毒(ppRV)田间流行毒株p基因的分子进化特征。【方法】对2013-2017年中国21省份37个疫点的小反刍兽疫病毒流行毒株进行磷蛋白基因(p基因)序列比较和分子进化分析。【结果】37个毒株p基因核苷酸序列间的遗传距离为0~0.009 2,变异分布在47个位点;p蛋白氨基酸序列间的遗传距离为0~0.007 9,变异分布在26个位点。与15株代表毒株的序列比对发现:2013-2017年中国37株ppRV流行毒株p基因的10个位点发生了核苷酸序列突变,其中3个导致了氨基酸序列的改变。以最大似然法构建分子进化树,发现2013-2017年中国流行的37个毒株构成基因Ⅳ系中1个独立的进化分支,与2007年传入西藏的毒株处于不同的进化分支。【结论】2013-2017年中国小反刍兽疫病毒p基因变异较大;随毒株流行时间增长,p基因的突变位点增多,但不同毒株突变位点不同,表现为相对随机的突变。

关键词：小反刍兽疫病毒 p基因序列变异遗传演化