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The DrugPattern tool for drug set enrichment analysis and its prediction for beneficial effects of oxldl on type 2 diabetes

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Journal of Genetics and Genomics 2018年第7期45卷 389-397页

作者： Chuanbo Huang Weili Yang Junpei wang Yuan Zhou Bin Geng Georgios Kararigas Jichun Yang Qinghua Cui Department of Biomedical Informatics Department of Physiology and Pathophysiology MOE Key Lab of Cardiovascular Sciences School of Basic Medical Sciences Center for Non-Coding RNA Medicine Peking UniversityBeijing 100191China School of Mathematics Sciences Huaqiao University Quanzhou 362021 China Hypertension Center Fuwai Hospital Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical CollegeState Key Laboratory of Cardiovascular Disease National Center for Cardiovascular Diseases Beijing 100037 China Charit-Universitatsmedizin Berlin. Corporate Member of Freie Universitat Berlin Humboldt-Universitat zu Berlin Berlin Institute of Health Institute of Gender in Medicine and Center for Cardiovascular Research. DZHK (German Centre for Cardiovascular Research) 10115 Berlin Germany Center of Bioinformatics Key Laboratory for Neuro-lnformation of Ministry of Education School of Life Science and Technology University of Electronic Science and Technology of China Chengdu 610054 China

Enrichment analysis methods, e.g., gene set enrichment analysis, represent one class of important bio- informatical resources for mining patterns in biomedical datasets. However, tools for inferring patterns and rules of a list of drugs are limited. In this study, we developed a web-based tool, DrugPattern, for drug set enrichment analysis. We first collected and curated 7019 drug sets, including indications, adverse reactions, targets, pathways, etc. from public databases. For a list of interested drugs, DrugPat- tern then evaluates the significance of the enrichment of these drugs in each of the 7019 drug sets. To validate DrugPattern, we employed it for the prediction of the effects of oxidized low-density lipoprotein （oxldl）, a factor expected to be deleterious. We predicted that oxldl has beneficial effects on some diseases, most of which were supported by evidence in the literature. Because DrugPattern predicted the potential beneficial effects of oxldl in type 2 diabetes （T2D）, animal experiments were then performed to further verify this prediction. As a result, the experimental evidences validated the DrugPattern prediction that oxldl indeed has beneficial effects on T2D in the case of energy restriction. These data confirmed the prediction accuracy of our approach and revealed unexpected protective roles for oxldl in various diseases. This study provides a tool to infer patterns and rules in biomedical datasets based on drug set enrichment analysis.

关键词： Enrichment analysis Drug Data mining oxldl Type 2 diabetes

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oxldl对转入apoA1基因小鼠动脉平滑肌细胞胆固醇提取和清除的影响

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Chinese Medical Journal 2002年第4期115卷 584-588页

作者：曾莹赵高峰等中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所，北京100005

目的：探讨①oxldl对转入apoAlC57BL/6小鼠主动脉SMC(trSMC)胆固醇清除与摄取的影响，以衡量转入的apoA1基因是否有助于减轻oxldl引起的SMC胆固醇积聚；②oxldl刺激下，转入的apoAI基因的表达状况，以探知在致病的环境下，所转入的基因... 详细信息

目的：探讨①oxldl对转入apoAlC57BL/6小鼠主动脉SMC(trSMC)胆固醇清除与摄取的影响，以衡量转入的apoA1基因是否有助于减轻oxldl引起的SMC胆固醇积聚；②oxldl刺激下，转入的apoAI基因的表达状况，以探知在致病的环境下，所转入的基因是否能增加表达，提高抗病能力。方法：①用已建立的含小鼠金属硫蛋白I(MT-I)启动子的人apoAI转基因C57BL/6小鼠主动脉SMC，通过^3H-胆固醇标记率和清除率测定，观察oxldl对trSMC胆固醇摄取与清除的影响。②通过RT-PCR及Northern blot技术检测oxldl对trSMC基因表达的影响。结果：30μg/ml oxldl明显促进小鼠SMC增生；未见trSMC与nSMC在标记率间的差别，oxldl刺激后标记率增加约100％；trSMC清除率与nSMC相比，增加40％-50％；oxldl刺激后，nSMC清除率下降28％，而trSMC下降10％；RT-PCR及Northern blot表明oxldl刺激后trSMC基因表达明显增加。结论：转入apoA1基因小鼠SMC的基因表达有助于减轻oxldl引起的SMC胆固醇积聚；在oxldl刺激下，trSMC的人apoA1基因表达增加，减轻了oxldl的致病作用。

关键词：转基因小鼠平滑肌细胞 oxldl 载脂蛋白AI 胆固醇

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oxldl促进U937细胞与内皮细胞黏附的作用及其机制

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第二军医大学学报 2003年第5期24卷 569-570页

作者：李玫吴宗贵张国元刘莉第二军医大学长征医院心血管内科上海200003 长海医院检验科

目的:探讨膜受体CD36、黏附分子VCAM-1在oxldl诱导的细胞黏附中的作用。

关键词： oxldl U937细胞内皮细胞黏附作用机制流式细胞仪

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人oxldl自身免疫复合物的体外致动脉粥样硬化作用

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中南大学学报（医学版） 2005年第2期30卷 202-206页

作者：梁中书杨侃曹宇欧阳茂张志辉李静乐唐晓鸿张梦玺中南大学湘雅三医院心内科长沙410013

目的:观察oxldl自身免疫复合物对U937巨噬样细胞泡沫化和活化的影响,以探讨oxldl免疫学反应致动脉粥样硬化的机制。方法:采用密度离心法从健康人血浆中提取低密度脂蛋白(LDL),用铜离子氧化成oxldl;用亲和层析法从136例住院患者血清中提... 详细信息

目的:观察oxldl自身免疫复合物对U937巨噬样细胞泡沫化和活化的影响,以探讨oxldl免疫学反应致动脉粥样硬化的机制。方法:采用密度离心法从健康人血浆中提取低密度脂蛋白(LDL),用铜离子氧化成oxldl;用亲和层析法从136例住院患者血清中提取oxldl自身抗体。在体外制成2种形式不同的免疫复合物:聚乙二醇沉淀的不溶性免疫复合物(PEG IC)和RBC吸附的可溶性免疫复合物(RBC IC),把这2种免疫复合物加至U937巨噬样细胞的培养基中,以oxldl作阳性对照,并用热聚合人γ球蛋白(HAGG)封闭Fcγ受体作阻断对照,检测干预后的各组U937巨噬样细胞内胆固醇和胆固醇酯及培养基中基质金属蛋白酶1 (MMP 1 )的水平。结果:RBC IC干预组与RBC吸附oxldl(RBC oxldl)干预组比较,U937巨噬样细胞培养基中MMP 1蛋白表达[ (0. 769±0. 030)ng/mlvs(0. 513±0. 034)ng/ml,Poxldl自身免疫复合物能够促进巨噬细胞泡沫化和活化,

关键词：免疫复合物 oxldl 动脉粥样硬化作用体外 Fcγ受体致动脉粥样硬化基质金属蛋白酶 MMP-1 U937 低密度脂蛋白 RBC-IC 胆固醇酯免疫学反应健康人血浆亲和层析法细胞培养基剂量依赖性泡沫化自身抗体住院患者阳性对照

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阿昔莫司对oxldl诱导泡沫细胞自噬及AMPK/mTOR通路的影响

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河北医药 2022年第10期44卷 1500-1503页

作者：杨少君周乃珍王晓霞厦门大学附属中山医院心内科福建省厦门市361004 厦门大学附属中山医院保健病房福建省厦门市361004

目的基于AMPK/mTOR通路探讨阿昔莫司对氧化低密度脂蛋白(oxldl)诱导泡沫细胞自噬的影响。方法体外培养THP-1细胞株(人单核细胞株),使用佛波醇酯促进其分化形成巨噬细胞,将巨噬细胞分为空白组、对照组、阿昔莫司组、氯喹组、阿昔莫司+氯... 详细信息

目的基于AMPK/mTOR通路探讨阿昔莫司对氧化低密度脂蛋白(oxldl)诱导泡沫细胞自噬的影响。方法体外培养THP-1细胞株(人单核细胞株),使用佛波醇酯促进其分化形成巨噬细胞,将巨噬细胞分为空白组、对照组、阿昔莫司组、氯喹组、阿昔莫司+氯喹组、Compound C(AMPK抑制剂)组、阿昔莫司+Compound C组。各组均添加对应药物作用于细胞0.5 h,除空白组外,其余组再添加oxldl培养48 h。使用油红O染色检测细胞内脂滴含量;使用透射电子显微镜观察细胞中自噬体变化;采用免疫印迹法(Western Blot)检测细胞中自噬相关蛋白(LC3Ⅱ/LC3Ⅰ、P62)及AMPK/mTOR通路相关蛋白(p-AMPK/AMPK、p-mTOR/mTOR)水平。结果与空白组比较,对照组细胞红色脂滴含量升高(Poxldl诱导泡沫细胞自噬过程,且此过程可能与调控AMPK/mTOR通路有关。

关键词：阿昔莫司 oxldl 泡沫细胞自噬 AMPK/mTOR通路

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SR-BI在oxldl诱导人血单核细胞表达致炎细胞因子mRNA中的作用

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西安交通大学学报（医学版） 2003年第6期24卷 584-587,607页

作者：雷新军马爱群耿涛白玲张葳西安交通大学第一医院心血管内科陕西西安710061

目的　探讨SR BI在oxldl刺激人血单核细胞表达致炎细胞因子mRNA中的作用。方法　用原位杂交方法研究oxldl、SR A的特异性抑制性配体 Fucoidin、17β Estrogen对人血单核细胞SR BImRNA表达的影响及其与MCP 1、PDGF、bFGF、IL 10mRNA表... 详细信息

目的　探讨SR BI在oxldl刺激人血单核细胞表达致炎细胞因子mRNA中的作用。方法　用原位杂交方法研究oxldl、SR A的特异性抑制性配体 Fucoidin、17β Estrogen对人血单核细胞SR BImRNA表达的影响及其与MCP 1、PDGF、bFGF、IL 10mRNA表达的关系。结果　oxldl(10～ 30mg·L-1)能剂量依赖性刺激SR BImRNA表达 (均P oxldl的诱导效应 (均P oxldl(10～ 30mg·L-1)能对抗Fucoidin(2 5mg·L-1)而刺激上述致炎细胞因子mRNA表达 (均P <0 .0 0 1)。结论　SR

关键词： SR-BI oxldl 人血单核细胞炎细胞因子 mRNA 单核细胞脂蛋白雌激素

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辛伐他汀及oxldl对人脐静脉内皮细胞蛋白激酶C活性和胞质内游离钙水平的影响

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第二军医大学学报 2001年第2期22卷 140-143页

作者：严金川吴宗贵张玲珍李莉樊洁凌玲韩文余张锁龙第二军医大学长征医院心血管内科上海200003 长征医院实验诊断科镇江第四人民医院心内科

目的 :探讨氧化低密度脂蛋白 (ox L DL)及 3-羟基 - 3甲基戊二酰辅酶 A(HMG- Co A)还原酶抑制剂辛伐他汀对人脐静脉内皮细胞 (HU VEC)蛋白激酶 C(PKC)活性和胞质内游离钙浓度 ([Ca2 + ]i)的影响。方法 :HUVEC的 PKC活性采用γ- 32 P- ... 详细信息

目的 :探讨氧化低密度脂蛋白 (ox L DL)及 3-羟基 - 3甲基戊二酰辅酶 A(HMG- Co A)还原酶抑制剂辛伐他汀对人脐静脉内皮细胞 (HU VEC)蛋白激酶 C(PKC)活性和胞质内游离钙浓度 ([Ca2 + ]i)的影响。方法 :HUVEC的 PKC活性采用γ- 32 P- ATP磷酸转移法 ,细胞内游离钙采用 Fluo- 3/ Am荧光负载 ,流式细胞术检测。结果 :ox L DL呈剂量依赖方式促进 HU -VEC PKC活性增加 ,12 min时达峰值 ,然后缓慢下降 ,30 m in时仍维持较高水平 ;胞质内 [Ca2 + ]i升高分快速相和持续相 2个时相 ;移去细胞外液钙 ,ox L DL仍引起快速相 ,但持续相消失 ;辛伐他汀则能明显抑制 ox L DL引起的 HU VEC PKC活性增加 ,并显著降低持续相胞质内钙水平 ,而对快速相无影响。结论 :ox L DL能引起 HUVEC内信号通路 PKC及 [Ca2 + ]i的动态变化 ,二者密切相关。 ox L DL刺激 HUVEC [Ca2 + ]i升高的快速相是由胞质钙池释放引起 ,持续相升高主要由胞外钙内流引起。辛伐他汀抑制 HU VEC PKC活性可能是通过胞内 [Ca2 +

关键词：辛伐他汀 oxldl 蛋白激酶C 胞质内游离钙脐静脉内皮细胞

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缺血性脑血管病患者颈动脉斑块与TXB2、oxldl、Lp(a)、Hcy相关性分析

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中国神经精神疾病杂志 2008年第11期34卷 663-665页

作者：王峥高枫郝洪军孙伟平北京大学第一医院神经内科北京100034 南京医科大学第一附属医院老年医学科

目的探讨缺血性脑血管病的颈动脉斑块与TXB2、oxldl、Lp(a)、Hcy的相关性,以更好的对该病进行预防、治疗。方法35例急性缺血性卒中患者和20名正常对照组行颈动脉血管彩色多普勒超声检测颈动脉斑块,采用ELISA双抗体夹心法测定血浆TXB2、O... 详细信息

目的探讨缺血性脑血管病的颈动脉斑块与TXB2、oxldl、Lp(a)、Hcy的相关性,以更好的对该病进行预防、治疗。方法35例急性缺血性卒中患者和20名正常对照组行颈动脉血管彩色多普勒超声检测颈动脉斑块,采用ELISA双抗体夹心法测定血浆TXB2、oxldl、Lp(a),采用荧光偏振免疫分析法测定Hcy的含量,两组相比,并作相关性分析。结果斑块最大厚度、血浆TXB2、oxldl、Lp(a)、Hcy的含量均高于正常对照组(Poxldl、Lp(a)呈正相关。结论颈动脉斑块,血浆TXB2、oxldl、Lp(a)、Hcy可能与缺血性脑血管病相关;TXB2、oxldl、Lp(a)可能参与促进颈动脉粥样硬化斑块的形成。

关键词：颈动脉斑块 TXB2 oxldl Lp(a) Hcy

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普罗布考对oxldl诱导的人单核细胞株THP-1粘附功能的影响

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第二军医大学学报 2001年第2期22卷 148-150页

作者：梁春吴宗贵仲人前黄佐张玲珍李莉第二军医大学长征医院心血管内科上海200003 长征医院实验诊断科

目的 :探讨普罗布考对氧化修饰低密度脂蛋白 (ox L DL )诱导的人单核细胞株 THP- 1粘附功能的影响。方法 :分别应用流式细胞仪和β- N -乙酰氨基己糖苷酶比色法 ,观察不同浓度普罗布考对 ox L DL诱导的 THP- 1对人脐静脉内皮细胞(HUVEC... 详细信息

目的 :探讨普罗布考对氧化修饰低密度脂蛋白 (ox L DL )诱导的人单核细胞株 THP- 1粘附功能的影响。方法 :分别应用流式细胞仪和β- N -乙酰氨基己糖苷酶比色法 ,观察不同浓度普罗布考对 ox L DL诱导的 THP- 1对人脐静脉内皮细胞(HUVEC)的粘附及粘附分子 CD11b和 CD5 4表达水平的影响。结果 :普罗布考呈浓度依赖方式抑制 ox L DL诱导的 THP- 1对 HU VEC的粘附 ,并下调粘附分子 CD11b的表达 (P<0 .0 1) ,但对 CD5 4表达水平无明显影响。结论 :普罗布考除具有调脂作用外 ,尚可抑制循环血单核 -巨噬细胞与内皮细胞粘附聚集。

关键词：普罗布考 THP-1 粘附反应 oxldl 降脂药

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oxldl诱发大鼠血管内皮细胞凋亡模型的建立

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中国组织化学与细胞化学杂志 2003年第1期12卷 7-11页

作者：秦瑾王丽刘正湘华中科技大学同济医学院附属同济医院心内科武汉430030

目的　建立oxldl诱发大鼠血管内皮细胞凋亡的模型。方法　SD大鼠尾静脉注射非氧化的LDL ,2 4h后取主动脉血管内皮细胞铺片 ,采用光学显微镜和荧光显微镜进行形态学观察 ,TUNEL法染色计算凋亡细胞比例。结果　( 1)静脉注射LDL组观察到明... 详细信息

目的　建立oxldl诱发大鼠血管内皮细胞凋亡的模型。方法　SD大鼠尾静脉注射非氧化的LDL ,2 4h后取主动脉血管内皮细胞铺片 ,采用光学显微镜和荧光显微镜进行形态学观察 ,TUNEL法染色计算凋亡细胞比例。结果　( 1)静脉注射LDL组观察到明显的凋亡形态学改变 ,对照组未见凋亡内皮细胞 ;( 2 )静脉注射LDL ( 4mg/kg、 6mg/kg、8mg/kg)组凋亡细胞比例分别为 8 10 %、 18 92 %、 2 2 0 3 % ,三组间有非常显著性差异 (P <0 0 1)。结论　 ( 1)尾静脉注射LDL后 2 4h可引起血管内皮细胞凋亡 ;( 2 )

关键词： oxldl 大鼠血管内皮细胞细胞凋亡细胞形态学

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