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Identification subcellular transcriptome with efficient proximity RNA labeling

Identification subcellular transcriptome with efficient prox...

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第十一届全国化学生物学学术会议

作者： Ran Li Peng Zou Peking-Tsinghua Center for Life Sciences Academy for Advanced Interdisciplinary StudiesPeking University

RNA is distributed asymmetrically in eukaryotic cells, which underlies the basis of organismal development and protein local translation. The subcellular localization of RNA plays important roles in biological process, including gene expression regulation, cell structure supporting and stress response. With the development of technologies, including image-based fluorescence in situ hybridization, physical separation of subcellular components and subcellular proximity labeling, our knowledge of subcellular transcriptome has greatly advanced in the last few decades. APEX-seq[1] makes it possible to direct label adjacent transcriptome. However, the low labeling efficiency of APEX-seq leads to poor sensitivity and high demand of sample amount. Here, we introduced an approach to identify the subcellular transcriptome efficiently under introducing the nucleoside analogues with highly activated thione, 4-thiouridine and 6-thioguanosine[2], into APEX-seq labeling. Using this method, we investigated the local transcriptome of mitochondrial matrix and nuclear lamina. In mitochondial matrix, the experiment enriched all 13 mRNAs and the 2 rRNAs encoded by mtDNA. In neclear lamina, this technology highly enriched many mRNAs tend to code nuclear associated proteins. This discovery may indicate these enriched RNAs could participate in the regulation of gene expression suppression, which needs more verification.

关键词： subcellular transcriptome nuleoside analogue efficient labeling

来源： cnki会议评论

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