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Identification of Protein Coding Regions of Rice Genes Using Alternative Spectral Rotation Measure and Linear Discriminant Analysis

引用

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2004年第3期2卷 167-173页

作者： Jiao Jin Department of Statistics and Financial Mathematics School of Mathematical SciencesBeijing Normal Uni-versityBeijing 100875 Beijing Genomics Institute Beijing 101300China

An improved method, called Alternative Spectral Rotation (ASR) measure, for predicting protein coding regions in rice DNA has been developed. The method is based on the Spectral Rotation (SR) measure proposed by Kotlar and Lavner, and its accuracy is higher than that of the SR measure and the Spectral Content (SC) measure proposed by Tiwari et al. In order to increase the identifying accuracy, we chose three di?erent coding characters, namely the asymmetric, purine, and stop-codon variables as parameters, and an approving result was presented by the method of Linear Discriminant Analysis (LDA).

关键词： Alternative Spectral Rotation measure DFT nonparametric fitting LDA

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