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3种常见人体寄生虫nad1基因的电子克隆及对比分析

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中国血吸虫病防治杂志 2018年第2期30卷 189-193,207页

作者：谢健赵永霞杨明理张志敏贾启遵义医学院医学遗传学教研室遵义563003 茅台学院酿酒工程系

目的利用电子克隆法对人体寄生虫nad1基因进行电子克隆和生物信息学分析,为nad1基因的进一步深入研究奠定基础。方法分别选取华支睾吸虫、蛔虫和日本血吸虫的一个表达序列标签(EST)片段作为种子序列,以NCBI中的EST数据库作为目标参考序... 详细信息

目的利用电子克隆法对人体寄生虫nad1基因进行电子克隆和生物信息学分析,为nad1基因的进一步深入研究奠定基础。方法分别选取华支睾吸虫、蛔虫和日本血吸虫的一个表达序列标签(EST)片段作为种子序列,以NCBI中的EST数据库作为目标参考序列,用电子克隆的方法分别克隆3种寄生虫的nad1基因,并对其编码蛋白的理化性质、氨基酸组成、亚细胞定位、二级和三级结构进行对比分析。结果 3种人体寄生虫nad1蛋白理化性质、亚细胞定位、相对分子量、等电点差异较小,蛔虫和日本血吸虫的nad1蛋白在三级结构上高度相似。进化分析显示,3种人体寄生虫的nad1蛋白分属不同分支,存在一定的遗传距离。结论通过电子克隆得到的3个nad1基因是属于不同种属的同一基因,可广泛应用于研究寄生虫的种间和种内遗传变异。

关键词：寄生虫电子克隆 nad1基因生物信息学分析

花烟草nad1基因的表达及其启动子序列分析

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浙江农业学报 2022年第2期34卷 232-239页

作者：龚伟伟赵懿琛罗显麟杨玲玲赵德刚贵州大学茶学院山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州大学药学院山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州大学生命与科学学院山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州省农业科学院国家DUS中心贵阳分中心贵州贵阳550006

花烟草(Nicotiala alata)的花中存在的植物防御素Nicotiala alata defensin 1(nad1),对多种致病性真菌具有防御活性,在天然防御免疫系统中发挥着重要作用。本研究分别对花烟草根、茎、叶、花组织部分以及伸根期、旺长期、成熟期发育阶... 详细信息

花烟草(Nicotiala alata)的花中存在的植物防御素Nicotiala alata defensin 1(nad1),对多种致病性真菌具有防御活性,在天然防御免疫系统中发挥着重要作用。本研究分别对花烟草根、茎、叶、花组织部分以及伸根期、旺长期、成熟期发育阶段叶片中nad1基因的表达量进行qRT-PCR定量检测,结果显示,nad1基因在花中表达量显著高于其他组织,在叶片中的表达量随着植物的生长发育先增加后降低。此外,通过热不对称交错PCR克隆得到nad1基因5′端上游644 bp的片段,利用BDGP和Plant CARE在线软件分析启动子的转录起始位点及motif元件,发现其含有基本启动子元件和其他顺式作用元件,如光反应元件BOX-Ⅰ、乙烯反应元件ERE以及真菌诱导响应元件TGACG-motif等。通过对花烟草进行光胁迫处理,发现nad1基因在花中的表达量随着暗处理时间的增长而显著增加,随着光处理时间的增长而显著降低,这与其启动子中存在的光反应元件BOX-Ⅰ相对应。通过启动子5′端缺失分析,构建了pCAMBIA1391z-pnad1-644∶∶GUS与pCAMBIA1391z-pnad1-310∶∶GUS两个植物表达载体,利用遗传转化获得包含-644~-1 bp和-310~-1 bp启动子片段的转基因烟草,GUS染色结果表明,nad1基因启动子的核心区域在-310~-1 bp中,为进一步研究nad1基因的功能和转录调控机制奠定了基础。

关键词：花烟草 nad1基因防御素启动子表达分析

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青海省细粒棘球蚴线粒体cox1基因和nad1基因多态性的研究

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中国兽医科学 2014年第12期44卷 1251-1256页

作者：马睿麟娄忠子李立胡广卫赵全邦沈艳丽闫鸿斌张向乐殷宏蔡金山贾万忠青海省动物疫病预防控制中心青海西宁810008 中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室甘肃省动物寄生虫病重点实验室农业部兽医公共卫生重点实验室中国农业科学院人兽共患病重点实验室甘肃兰州730046 江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心江苏扬州225009

分析了采自青海省7个县共19个细粒棘球蚴分离株样品的nad1基因和cox1基因核苷酸序列的多态性和单倍型。结果显示,18个细粒棘球蚴分离株属于G1型,1个分离株属于G3型。G1型分离株可根据nad1基因和cox1基因的核苷酸序列变异分为不同的单倍... 详细信息

分析了采自青海省7个县共19个细粒棘球蚴分离株样品的nad1基因和cox1基因核苷酸序列的多态性和单倍型。结果显示,18个细粒棘球蚴分离株属于G1型,1个分离株属于G3型。G1型分离株可根据nad1基因和cox1基因的核苷酸序列变异分为不同的单倍型,其中nad1基因的单倍型共有5种,变异位点只有5个,单倍型序列之间碱基差异1~4个,变异率达0.45%;而cox1基因的单倍型共有9种,涉及变异位点共27个,单倍型序列之间碱基差异1~11个,变异率达0.68%。突变碱基多位于密码子第3位碱基上,属于同义突变。cox1基因的多态性比nad1基因的多态性丰富。用于细粒棘球蚴G1型内分离株之间核苷酸多态性的分析则分辨率相对较高。上述研究结果为进一步开展棘球蚴病分子流行病学调查积累了数据。

关键词：细粒棘球蚴青海省 cox1基因 nad1基因基因型单倍型单核苷酸多态性

湖南省猬迭宫绦虫的线粒体cox1和nad1基因的序列测定及种系发育分析

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畜牧兽医学报 2010年第4期41卷 463-468页

作者：刘自逵刘国华戴荣四刘伟李芬胡涛刘毅湖南农业大学动物医学院长沙410128 湖南省兽药工程技术研究中心长沙410128

本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(nadH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列重构猬迭宫绦虫与其它绦虫的种... 详细信息

本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(nadH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列重构猬迭宫绦虫与其它绦虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应(PCR)扩增猬迭宫绦虫的pcox1和pnad1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,再用Phylip3.67程序MP法和Mage4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树,同时利用DNAStar5.0中的Megalign程序进行同源性分析。结果显示所获得各样品株的pcox1和pnad1序列长度一致,分别为396和566bp,湖南分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分枝。由于猬迭宫绦虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故均可作为种间遗传变异研究的标记,从而为猬迭宫绦虫的种群体遗传学研究和其相关疾病的诊断奠定基础。

关键词：猬迭宫绦虫线粒体DNA cox1基因 nad1基因种系发育关系

湖南省鸡蛔虫线粒体cox1和nad1基因的序列测定及种系发育分析

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畜牧兽医学报 2010年第12期41卷 1592-1597页

作者：伍慧兰谭美英刘国华李芬徐平原罗冬生刘毅湖南第一师范学院长沙410205 湖南省畜禽水产品质量检验检测中心长沙410006 湖南农业大学动物医学院长沙410128 湖南省长沙市动物防疫监督站长沙410006

本研究旨在阐明湖南省鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(nadH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建鸡蛔虫与其它科蛔虫的种群遗... 详细信息

本研究旨在阐明湖南省鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(nadH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建鸡蛔虫与其它科蛔虫的种群遗传关系。作者应用聚合酶链反应(PCR)扩增鸡蛔虫虫株的pcox1和pnad1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序MP法和Mega4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。所获得的pcox1和pnad1序列长度均为394和408bp,种系发育树表明,20个分离株鸡蛔虫位于同一分枝。由于鸡蛔虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记。本研究系首次报道鸡蛔虫的pcox1和pnad1序列,从而为鸡蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础。

关键词：鸡蛔虫线粒体DNA cox1基因 nad1基因种系发育关系

黑龙江省不同地区东方次睾吸虫线粒体cox1和nad1基因序列分析及种系发育研究

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中国预防兽医学报 2017年第11期39卷 943-945页

作者：高俊峰张莹侯美如崔宇超黑龙江省兽医科学研究所黑龙江齐齐哈尔161000

为了阐明黑龙江省不同地区的东方次睾吸虫线粒体细胞色素C氧化酶第I亚基(cox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位I(nad1)的遗传变异及种系发育情况,本研究利用PCR方法扩增黑龙江省3个地区的东方次睾吸虫线粒体cox1和nad1部分基因,对... 详细信息

为了阐明黑龙江省不同地区的东方次睾吸虫线粒体细胞色素C氧化酶第I亚基(cox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位I(nad1)的遗传变异及种系发育情况,本研究利用PCR方法扩增黑龙江省3个地区的东方次睾吸虫线粒体cox1和nad1部分基因,对其序列分析并构建种系发生树,探讨其遗传进化关系。结果显示pcox1和pnad1基因片段长度分别为699 bp和492 bp,且基因长度均一致。pcox1基因种内变异率在0~0.7%,种间变异率在12.2%~15.8%;pnad1基因种内变异率在0~0.2%,种间变异率在12.7%~23.3%,种间变异要大于种内变异。分子进化树结果显示,3个地区的东方次睾吸虫聚集在一起,次睾属的另两个成员聚集在同一分支,且系统发生树中的Bootstrap值均较高。本研究表明线粒体cox1基因和nad1基因可以用于东方次睾吸虫的种系发育分析,本研究为东方次睾吸虫进一步的分子流行病学和数量遗传学研究奠定了实验基础。

关键词：东方次睾吸虫线粒体DNA cox1基因 nad1基因序列分析

湖南省华支睾吸虫线粒体cox1和nad1基因的克隆及进化分析

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中国兽医科学 2012年第1期42卷 8-12页

作者：伍慧兰庄远红黄文湖南第一师范学院湖南长沙410205

为了研究湖南省华支睾吸虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅰ基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建华支睾吸虫与其他吸虫的种群遗传进... 详细信息

为了研究湖南省华支睾吸虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅰ基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建华支睾吸虫与其他吸虫的种群遗传进化树。应用聚合酶链反应扩增华支睾吸虫虫株的pcox1和pnad1,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序中的MP法和MEGA4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。结果显示,所获得的pcox1和pnad1序列长度分别为1 100bp和790bp,种系发育进化表分析表明,25个华支睾吸虫分离株位于同一分枝。证实华支睾吸虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,从而为华支睾吸虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定基础。

关键词：华支睾吸虫线粒体DNA cox1基因 nad1基因种系发育关系

细粒棘球蚴线粒体nad1基因的克隆与序列分析

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中国人兽共患病学报 2020年第7期36卷 534-538页

作者：于晶峰桂峥武琳杨晓野王瑞木兰内蒙古医科大学基础医学院呼和浩特010110 农业部动物疾病临床诊疗技术重点实验室/内蒙古农业大学兽医学院呼和浩特010018

目的为完善细粒棘球蚴(Echinococcus granulasus)的分子分类学体系,提供更优化的种间和种内遗传标记基因。方法在内蒙古地区采集患羊肝脏细粒棘球蚴和肝包虫病患者棘球蚴。采用提取虫体DNA的方法,扩增线粒体nadH脱氢酶1(nad 1)基因并进... 详细信息

目的为完善细粒棘球蚴(Echinococcus granulasus)的分子分类学体系,提供更优化的种间和种内遗传标记基因。方法在内蒙古地区采集患羊肝脏细粒棘球蚴和肝包虫病患者棘球蚴。采用提取虫体DNA的方法,扩增线粒体nadH脱氢酶1(nad 1)基因并进行测序,运用DNAstar5.0软件构建系统发育树并采用MEGA4.0软件进行自居检验。结果细粒棘球蚴DNA扩增出的羊株、人株nad 1基因序列片段长度为895 bp。羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列与加拿大棘球绦虫的同源性最高,相似性为86.5%;羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列与加拿大棘球绦虫位于同一分支,自展值(Boostrap)最高,为100%。羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列所属分支与裂头目、裂头科Diplogonoporus balaenopterae所属分支相隔最远。结论nad 1基因有较高保守性,同时也存在种间差异,可广泛应用于研究细粒棘球绦虫的种间和种内遗传变异。

关键词：细粒棘球蚴 nad1基因克隆序列分析

西昌市鸡蛔虫线粒体cyt b和nad1基因的遗传变异分析

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畜牧与兽医 2017年第4期49卷 85-90页

作者：郝桂英何学谦周仁坤西昌学院动物科学学院四川西昌615013

为研究西昌市鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发生关系,用线粒体细胞色素b(cyt b)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅰ(nad1)基因全序列分析了17个鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异,并用cyt b和nad1序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的种系发育关系。... 详细信息

为研究西昌市鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发生关系,用线粒体细胞色素b(cyt b)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅰ(nad1)基因全序列分析了17个鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异,并用cyt b和nad1序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的种系发育关系。测序结果显示:17株鸡蛔虫cyt b和nad1全序列长度分别为1 104 bp和876 bp,碱基变异率分别为02.4%和02.3%;分别检测到10个和7个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.897±0.056和0.824±0.064,核苷酸多样性分别为0.004 70±0.001 61和0.004 21±0.001 65,平均遗传距离分别为0.005和0.004。构建的种系发育树均显示17个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且cyt b基因比nad1基因更适合作为研究鸡蛔虫种内遗传变异的分子标记。

关键词：鸡蛔虫 cyt b基因 nad1基因遗传变异西昌市