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BMTK： a toolkit for determining modules in biological bipartite networks

Frontiers of Electrical and Electronic Engineering in China 2018年第2期6卷 186-192页

作者： Bei Wang Jinyu Chen Shihua Zhang NCMIS CEMS RCSDS Academy of Mathematics and Systems Science Chinese Academy of Sciences School of Mathematical Sciences University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049 China

Background： module detection is widely used to analyze and visualize biological networks. A number of methods and tools have been developed to achieve it. Meanwhile, bipartite module detection is also very useful for mining and analyzing bipartite biological networks and a few methods have been developed for it. However, there is few user- friendly toolkit for this task. Methods： To this end, we develop an online web toolkit BMTK, which implements seven existing methods. Results： BMTK provides a uniform operation platform and visualization function, standardizes input and output format, and improves algorithmic structure to enhance computing speed. We also apply this toolkit onto a drug-target bipartite network to demonstrate its effectiveness. Conclusions： BMTK will be a powerful tool for detecting bipartite modules in diverse bipartite biological networks. Availability： The web application is freely accessible at http：//***/BMTK.

关键词： network biology module detection biological bipartite networks

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