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Improving cis-regulatory elements modeling by consensus scaffolded mixture models

Science China(Information Sciences) 2013年第1期56卷 219-229页

作者： JIANG HongShan ZHAO Ying CHEN WenGuang ZHANG XueGong Department of Computer Science and Technology Tsinghua University MOE Key Laboratory of Bioinformatics and the Bioinformatics Division Department of AutomationTsinghua University

A position weight matrix(PWM) is widely accepted as a probabilistic representation for modeling protein-DNA binding *** studies showed that for factors which bind to divergent binding sites,mixtures of multiple PWMs improve *** propose a consensus scaffolded mixutre PWM(CSM) model to improve cis-regulatory elements modeling by allowing overlapping components represented by a set of PWMs,each of which corresponds to a binding pattern and is scaffolded by a degenerate *** addition,we propose a learning algorithm that involves an initial structure learning stage based on the frequent pattern mining and a refining stage based on the expectation maximization(EM) *** assess the merits of CSM using three independent *** a case-study of transcription factor Leu3,the derived CSM models agree with conventional mixtures but show better fitness according to Fermi-Dirac *** of the human-mouse conservation of predicted binding sites of 83 JASPAR transcription factors(TFs) shows that the CSM is as good as or better than the simple mixture,the context-specific independent(CSI) mixture,and the single PWM model,for 83%,84%,and 75% of the cases,***-fold cross validation on 46 TRANSFAC datasets shows that CSM model has better generality than other mixture models.

关键词： position weight matrix cis-regulatory elements mixture models frequent pattern mining EM algorithm

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Variational Bayesian Inference for Finite Inverted Dirichlet mixture Model and Its Application to Object Detection

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Chinese Journal of Electronics 2018年第3期27卷 603-610页

作者： LAI Yuping PING Yuan HE Wenda WANG Baocheng WANG Jingzhong ZHANG Xiufeng Department of Information Security North China University of Technology School of Information Engineering Xuchang University National Research Center for Rehabilitation Technical Aids

As a variant of Finite mixture model(FMM), finite Inverted Dirichlet mixture model(IDMM)can not avoid the conventional challenges, such as how to select the appropriate number of mixture components based on the observed data. Towards easing these issues,we propose a variational inference framework for learning IDMM which has been proved to be an efficient tool for modeling vectors with positive elements. Compared with the conventional Expectation maximization(EM) algorithm commonly used for learning FMM, the proposed approach prevents over-fitting well. Furthermore, it is able to do automatic determination of the number of mixture components and parameters estimation, *** results on both synthetic and real data of object detection confirm significant improvements on flexibility and efficiency being achieved.

关键词： Bayesian estimation mixture models Inverted Dirichlet distribution Variational inference Object detection

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贝叶斯方法在实验室研究向临床的转化以及辨识隐含亚群体中的应用(英文)

贝叶斯方法在实验室研究向临床的转化以及辨识隐含亚群体中的应用...

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中国药理学会临床药理学专业委员会会议暨第十次全国临床药理学学术会议

作者： David Z.D’Argenio Department of Biomedical Engineering University of Southern California Los AngelesCA 90089USA

为研究药动学/药效学而发展的建模方法遇有很多挑战,部分原因是由于从实验室和临床试验得到的测量数据的数目和种类严重受限,以及试验的波动和过程本身的不确定性。贝叶斯方法为 PK/ PD 建模及药物研发提供了一个框架,可以解决上述一些... 详细信息

为研究药动学/药效学而发展的建模方法遇有很多挑战,部分原因是由于从实验室和临床试验得到的测量数据的数目和种类严重受限,以及试验的波动和过程本身的不确定性。贝叶斯方法为 PK/ PD 建模及药物研发提供了一个框架,可以解决上述一些问题。本文通过两个例子介绍了贝叶斯方法的实际应用：一是用群体建模方法,研究抗逆转录病毒药物拉米夫定在感染 HIV-1青少年外周血单核细胞中的细胞动力学,二是运用群体混合模型识别现有协变量所不能识别的隐藏亚群。

关键词： antiretroviral drugs lamivudine metabolism population modeling mixture models

来源： cnki会议评论

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