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直系同源蛋白在蛋白质互作网络中的特性及其受到microrna调控的特点研究

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中国优生与遗传杂志 2009年第3期17卷 9-11页

作者：戴静珠李霞首都医科大学生物医学工程学院北京100069 哈尔滨医科大学生物科学与技术学院哈尔滨150081

目的直系同源蛋白具有非常重要的作用,研究其拓扑特性及其受到的microrna调控是非常有意义的。方法本文采用Z-score测度,利用直系同源蛋白数据、蛋白质互作网络数据和microrna靶基因数据,研究直系同源蛋白在蛋白质互作网络中的特性,及... 详细信息

目的直系同源蛋白具有非常重要的作用,研究其拓扑特性及其受到的microrna调控是非常有意义的。方法本文采用Z-score测度,利用直系同源蛋白数据、蛋白质互作网络数据和microrna靶基因数据,研究直系同源蛋白在蛋白质互作网络中的特性,及其受到microrna调控的特点。结果研究结果发现直系同源蛋白在蛋白质互作网络中具有更高的连接度,其所对应的基因也受到更多的microrna调控。结论研究结果揭示了直系同源蛋白具有更高的功能复杂性,而且microrna倾向于调控较保守的、在网络中具有更高连接度的蛋白质。

关键词：直系同源 microrna调控蛋白质互作网络保守性

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芥菜SRO基因家族全基因组鉴定与表达分析

生物技术通报 2024年第8期40卷 129-141页

作者：杨巍赵丽芬唐兵周麟笔杨娟莫传园张宝会李飞阮松林邓英贵州省农业科学院园艺研究所贵阳550006 贵州省园艺工程技术研究中心贵阳550006 贵州大学农学院贵阳550025 安顺学院农学院安顺561000 杭州市农业科学研究院杭州310024

【目的】SRO基因家族是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育与胁迫响应中具有重要作用,研究芥菜SRO基因家族,为解析芥菜SRO基因功能与遗传改良提供理论依据。【方法】利用生物信息学鉴定油用芥菜与菜用芥菜基因组中的SRO基因家族成员... 详细信息

【目的】SRO基因家族是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育与胁迫响应中具有重要作用,研究芥菜SRO基因家族,为解析芥菜SRO基因功能与遗传改良提供理论依据。【方法】利用生物信息学鉴定油用芥菜与菜用芥菜基因组中的SRO基因家族成员,运用TBtools、MEGA、Cytoscape、NCBI、STRING、EggNOG等软件与数据库进行理化性质、序列特征、进化关系、调控网络等分析以及RT-qPCR分析盐胁迫下的表达模式。【结果】两种类型芥菜SRO基因家族成员数量存在差异,并分属A与B两大类,其中A类SRO蛋白含有WWE、PARP及RST结构域,而B类蛋白则缺少WWE结构域,SRO基因启动子区域含有多种非生物胁迫响应与激素响应的顺式作用元件,microrna-BjuSRO-靶基因构建复杂调控网络,参与了细胞凋亡、根系形态建成、免疫应答、异源刺激的细胞反应、对活性氧的反应等生物学过程,油用芥菜BjuOSRO基因与甘蓝SRO基因具有较近的进化关系,RT-qPCR结果显示,在盐胁迫下BjuVA1a、BjuVA1e、BjuVA2a、BjuVA3a、BjuVB1b、BjuVA2a显著上调表达。【结论】芥菜SRO基因家族具有功能多样性,BjuVA1a、BjuVA1e、BjuVA2a、BjuVA3a、BjuVB1b、BjuVA2a与盐胁迫响应密切相关,可作为培育耐盐型芥菜新品种的候选基因。

关键词：芥菜 SRO转录因子生物信息学 microrna调控蛋白互作 GO富集分析进化分析基因表达分析

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microrna-338与靶蛋白eiF4E3的相互作用研究

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浙江大学学报（医学版） 2010年第6期39卷 583-588页

作者：何谦益彭国平刘伟霞罗本燕浙江大学医学院附属第一医院神经内科浙江杭州310003 浙江大学医学院附属第一医院传染病诊治国家重点实验室浙江杭州310003

目的:分析脑缺血再灌注损伤中microrna-338的关键靶蛋白,并探讨microrna调控其靶蛋白的作用及影响因素。方法:采用生物信息学软件预测microrna-338的可能靶蛋白,根据所预测靶蛋白的mRNA3′UTR二级结构(RNAstructure 4.6软件预测)及其在... 详细信息

目的:分析脑缺血再灌注损伤中microrna-338的关键靶蛋白,并探讨microrna调控其靶蛋白的作用及影响因素。方法:采用生物信息学软件预测microrna-338的可能靶蛋白,根据所预测靶蛋白的mRNA3′UTR二级结构(RNAstructure 4.6软件预测)及其在脑缺血再灌注损伤中的作用,确定关键靶蛋白。通过双荧光酶报告系统检验microrna-338与靶蛋白3′UTR的相互识别;采用Western blot检测实验组与对照组eiF4E3的表达变化。结果:eiF4E3可能是microrna-338的关键靶蛋白,且其与microrna-338识别的局部RNA二级结构保持不变。细胞荧光检测结果显示,萤火虫荧光在实验组的表达较对照组显著上升(P0.05)。Western blot显示,实验组和对照组eiF4E3的表达无并无显著性差异(P>0.05)。结论:microrna-338可以识别eiF4E3 mRNA的3′UTR,但对eiF4E3的表达水平并无显著影响。在microrna识别其目的靶蛋白mRNA后存在影响microrna与靶蛋白mRNA相互作用的因素,而这种因素很可能与mRNA的三级结构有关。

关键词：靶蛋白相互作用 microrna 脑缺血再灌注损伤实验组对照组表达 mRNA 细胞荧光相互识别软件预测 RNA二级结构 Western 无显著性差异 microrna调控统计学意义生物信息学 UTR structure 影响因素

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PDZ连接激酶,又一新的原癌基因

生物化学与生物物理进展 2021年第2期48卷 184-191页

作者：杨瑞霞谢伟全王文敬于水灵周志刚涂剑南华大学药物药理研究所衡阳421001 桂林医学院药学院桂林541199 桂林医学院第二附属医院桂林541199

PDZ连接激酶(PBK)是一种丝-苏氨酸激酶,属于丝裂原活化蛋白激酶激酶(MAPKK)家族成员.PBK能调控细胞周期进程,促进细胞增殖.近年发现,其在乳腺癌、结肠癌、皮肤癌和前列腺癌等多种恶性肿瘤组织中均呈高表达,与多种癌症预后不良关联密切.... 详细信息

PDZ连接激酶(PBK)是一种丝-苏氨酸激酶,属于丝裂原活化蛋白激酶激酶(MAPKK)家族成员.PBK能调控细胞周期进程,促进细胞增殖.近年发现,其在乳腺癌、结肠癌、皮肤癌和前列腺癌等多种恶性肿瘤组织中均呈高表达,与多种癌症预后不良关联密切.PBK主要通过Wnt、PI3K/AKT/mTOR和MAPK等信号通路,调控肿瘤细胞有丝分裂,参与多种癌症的增殖、侵袭转移和耐药等,并受miR-216b-3p、miR-770-5p和miR-372-5p等多种microrna调控.提示PBK可能作为又一新的原癌基因,有望成为抑癌药物新的分子靶点.

关键词： PDZ连接激酶原癌基因增殖侵袭转移耐药 microrna调控

miR-33a-5p促进内皮细胞衰老的分子机制

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miR-33a-5p促进内皮细胞衰老的分子机制

作者：贾慧珍南昌大学

学位级别：硕士

血管贯穿各组织器官,行使运输和调节功能。它的基本结构包括内膜、中膜和外膜三部分,分别由内皮细胞、平滑肌细胞和成纤维细胞以及结缔组织组成。其中血管内皮细胞不仅接受血液活性物质的调控,也对血管平滑肌细胞具有重要的调节作用。... 详细信息

血管贯穿各组织器官,行使运输和调节功能。它的基本结构包括内膜、中膜和外膜三部分,分别由内皮细胞、平滑肌细胞和成纤维细胞以及结缔组织组成。其中血管内皮细胞不仅接受血液活性物质的调控,也对血管平滑肌细胞具有重要的调节作用。因此血管内皮细胞功能异常对血管的调节和功能维持具有重要的作用。大量证据表明,血管内皮细胞衰老与多种心脑血管疾病（高血压、冠心病、脑卒中等）密切相关,但内皮细胞衰老的机制并不清楚。micro RNA是一类可以与m RNA 3’UTR区域结合进而降低蛋白质翻译效率的表观遗传学调控模式,已有研究表明micro RNA与血管内皮细胞衰老密切相关。实验室前期结果发现micro RNA-33a随增龄而在血管中表达增加,后来有报道发现它可以促进血管动脉粥样硬化的发生。但micro RNA-33a是否通过促进血管内皮细胞衰老从而导致动脉粥样硬化的发生尚未报道。本研究以人脐静脉内皮细胞作为模型,阐明micro RNA-33a对内皮细胞衰老的作用和机制。研究内容包括以下几个方面:1.过表达hsa-mi R-33a-5p（mi R-33a-5p）导致SA-β-gal阳性细胞比例增加（约4倍）,细胞增殖能力下降（增殖细胞减少0.62倍）;通过流式细胞仪分析发现细胞周期明显阻滞于G2/M期。说明mi R-33a-5p能够促进内皮细胞衰老。2.为阐明mi R-33a-5p诱导内皮细胞衰老的机制,我们运用mi RWalk等预测工具（限定条件为最小种子序列长度7,p＜0.05）,结合micro RNA“不改变或者降低靶基因m RNA水平”的作用特点,运用人脐静脉内皮细胞衰老转录组学的三个数据库（细胞复制性衰老及DOX、MMC诱导衰老）,初步筛选出9个mi R-33a-5p可能调节的靶基因。3.为了验证这些初步预测的基因是mi R-33a-5p真正的靶基因,我们将该9个靶基因的结合序列分别构建于双荧光素酶报告基因的质粒中,发现mi R-33a-5p能显著降低ABCA1、BTBD2和ARID5B的表达;如果将这些序列上mi R-33a-5p结合位点突变,则发现ABCA1、BTBD2和ARID5B荧光素酶活性不再受mi R-33a-5p调节。表明mi R-33a-5p通过与靶基因特异性结合抑制ABCA1、BTBD2和ARID5B的表达。4.为了验证mi R-33a-5p是通过哪个靶基因促进内皮细胞的衰老,我们分别在内皮细胞中敲低ABCA1、BTBD2和ARID5B,发现敲低BTBD2基因能够显著抑制细胞增殖,促进内皮细胞衰老;而ABCA1和ARID5B基因敲除组与对照组的细胞无显著差异。根据以上研究内容,本研究首次发现mi R-33a-5p可以诱导内皮细胞衰老,并鉴定ABCA1、BTBD2和ARID5B是其下游靶基因;同样首次验证了BTBD2也可以促进内皮细胞衰老,确定mi R-33a-5p可能通过调控靶基因BTBD2的表达而促进内皮细胞衰老这一新的信号通路轴。本研究为理解内皮细胞衰老的表观遗传学调控机制提供了依据,为通过关于内皮细胞衰老来控制老年心脑血管疾病的发生发展提供了新的可干预靶点。

关键词：血管内皮细胞衰老 microrna调控 miR-33a-5p BTBD2

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抑郁症的表观学遗传改变的研究进展

解剖学研究 2021年第3期43卷 272-276页

作者：李声(综述) 符文彬(审阅) 广州中医药大学第二附属医院广东广州510405

抑郁症是以快感缺失、持续心境低落为特征,伴睡眠、饮食、认知与记忆障碍的精神心理疾病。据WHO报道2030年抑郁症将成为全球疾病负担的首要疾病,造成了极大的医疗、经济与社会负担。表观遗传是指在基因序列不改变的条件下使基因表达水... 详细信息

抑郁症是以快感缺失、持续心境低落为特征,伴睡眠、饮食、认知与记忆障碍的精神心理疾病。据WHO报道2030年抑郁症将成为全球疾病负担的首要疾病,造成了极大的医疗、经济与社会负担。表观遗传是指在基因序列不改变的条件下使基因表达水平发生变化,包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色体重塑和非编码RNA调控等,主要通过对基因转录或翻译过程的调控,影响其功能和特性。近年来越来越多的研究表明遗传和环境在抑郁症发病中起重要作用,本文就抑郁症的表观遗传变化做一综述,以期为后续MDD表观遗传相关机制研究提供参考。

关键词：抑郁症表观遗传 DNA甲基化组蛋白修饰 microrna调控