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蛛网膜下腔出血后血管平滑肌细胞凋亡的microrna芯片检测及分析

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重庆医科大学学报 2014年第2期39卷 192-196页

作者：李英博赵香琴姜英虹陈笛王莎莉重庆医科大学神经科学研究中心重庆400016

目的:采用microrna芯片技术筛选蛛网膜下腔出血(subarachnoid hemorrhage,SAH)后血管平滑肌细胞(vascular smooth muscle cell,VSMC)凋亡中起重要作用的microrna。方法:首先建立SAH后VSMC凋亡模型。然后采用microrna芯片筛选差异表达microrna。最后采用qRT-PCR方法对筛选出来的microrna145进行验证,并通过生物信息数据库预测其可能的靶基因。结果:通过200μmol/L氧合血红蛋白(oxyhemoglobin,OxyHb)作用24 h,成功建立SAH后VSMC凋亡模型。MTT检测显示200μmol/L OxyHb组作用24 h后吸光度(absorbance,A)值为0.197±0.131,流式细胞仪检测凋亡率为30.233±7.231,与其他组相比差异明显(Pmicrorna芯片检测,获得差异表达microrna 22个,其中显著上调的16个,显著下调的6个。其中microrna145差异变化最大。经qRT-PCR验证,SAH后VSMC中microrna145异常高表达。预测结果显示,Bcl-2/腺病毒E1B19000相互作用蛋白3(Bcl-2/E1B 19 kDa-interacting protein 3,BNIP3)为其可能的靶基因。结论:microrna145可能是调控SAH后VSMC凋亡的分子靶点。microrna145可能通过BNIP3相关信号途径,导致了SAH后VSMC凋亡,诱发并加重了脑血管痉挛。

关键词：蛛网膜下腔出血血管平滑肌细胞凋亡 microrna芯片

C10orf116在脂肪细胞中的功能研究及相关microrna芯片分析

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C10orf116在脂肪细胞中的功能研究及相关microRNA芯片分析

作者：朱春南京医科大学

学位级别：硕士

肥胖是常见的能量代谢性疾病,是引起多种疾病包括2型糖尿病、高血压、心脏病、肿瘤的危险因素,已成为全球性的流行性疾病。近年来,儿童青少年人群肥胖率正逐年增高,儿童肥胖不仅对儿童身心健康造成极大危害,而且也给家庭和社会带来沉重... 详细信息

肥胖是常见的能量代谢性疾病,是引起多种疾病包括2型糖尿病、高血压、心脏病、肿瘤的危险因素,已成为全球性的流行性疾病。近年来,儿童青少年人群肥胖率正逐年增高,儿童肥胖不仅对儿童身心健康造成极大危害,而且也给家庭和社会带来沉重负担。因此,探讨肥胖及其并发症的发病机制已经成为当今儿科学的重要研究方向之一。肥胖是多因素疾病,近年来遗传因素在肥胖发生发展中的重要性已获得广泛认同。目前虽已发现600余种基因位点与肥胖的发生有关,然而这些已知基因并不能完全阐明肥胖的病因及发病机制。因此,积极寻找发现并研究新的、与肥胖相关的基因,将为肥胖的防治开拓新的思路。人C10orf116基因是本研究小组2004年应用SSH技术(抑制性差减杂交,suppression subtractive hybridization)筛选肥胖与正常人网膜脂肪组织获得并克隆到的一条肥胖相关全长新基因。我们前期研究发现:C10orf116特异分布于细胞核,具有在脂肪组织高丰度表达的多组织表达特征,肥胖者脂肪组织中该基因表达显著上调,且在人前体脂肪细胞分化早期表达显著上调。为进一步阐明C10orf116基因在脂肪细胞中的功能,本研究以该基因为研究对象,观察了该基因过表达(overexpression)对脂肪细胞增殖、凋亡、胰岛素敏感性的影响,并初步探讨了成熟脂肪细胞中该基因过表达时相关microrna的表达变化。本研究第一部分:利用已构建的C10orf116基因表达载体,稳定转染3T3-L1前体脂肪细胞,观察C10orf116基因过表达对3T3-L1增殖、凋亡的影响。MTT比色法测定及细胞周期分析结果显示,C10orf116基因具有促进3T3-L1前体脂肪细胞增殖的作用;磷脂酰丝氨酸外翻分析、Caspase 3与Caspase8活性检测、Hoechst33342染色结果提示,C10orf116基因具有抑制3T3-L1前体脂肪细胞凋亡的作用。本研究第二部分:应用3-异丁甲基黄嘌呤(3-isobuty1-1-methyxanthine,MIX)、地塞米松、胰岛素联合方案,诱导3T3-L1前体脂肪细胞分化为成熟的脂肪细胞,应用3H标记的2-脱氧葡萄糖(2-Deoxy-glucose)检测成熟脂肪细胞的葡萄糖摄取率,同时采用荧光定量RT-PCR方法检测分化第0、4、8天葡萄糖转运体GLUT4基因的表达,以分析葡萄糖摄取率变化的机制。结果显示,C10orf116基因过表达的成熟脂肪细胞,基础状态下的葡萄糖摄取率与对照组虽无明显差异,但胰岛素刺激状态下的葡萄糖摄取率则显著高于对照细胞;GLUT4基因的表达在C10orf116基因过表达的成熟脂肪细胞中也显著上调。上述结果提示,C10orf116基因过表达能够显著提高成熟脂肪细胞的葡萄糖摄取率,其机制可能与GLUT4基因的表达上调有关。本研究第三部分:应用microrna芯片,筛选C10orf116基因过表达的成熟脂肪细胞与空载成熟脂肪细胞之间的差异microrna,进一步采用荧光定量RT-PCR方法验证microrna芯片结果的可靠性。结果筛选获得77个有显著差异的micrornas;相对于空载成熟脂肪细胞,在C10orf116基因过表达的成熟脂肪细胞中有34个micrornas表达上调,43个表达下调。其中,上调>2倍的有miR-712*、miR-1944,下调>2倍的有miR-1907、miR-374、miR-15b。荧光定量RT-PCR方法验证显著变化的micrornas,结果发现miR-1944表达上调的结果与芯片结果相符,提示miR-1944与C10orf116基因过表达时成熟脂肪细胞的功能变化可能有关。综上所述,本研究初步探讨了人类肥胖相关基因C10orf116对脂肪细胞增殖、凋亡、胰岛素敏感性的影响,并应用microrna芯片筛选出了部分与C10orf116基因功能相关的microrna,为肥胖及其并发症的防治提供了新的线索和理论依据。

关键词： C10orf116 肥胖脂肪细胞功能研究细胞分化细胞增殖细胞凋亡葡萄糖摄取率 microrna芯片

Ⅳ和Ⅳ+Ⅴ型狼疮性肾炎患者血清microrna标志物的芯片初筛

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重庆医学 2015年第27期44卷 3745-3747,3751页

作者：张志恒肖红波王琪王艳熊祖应安徽医科大学北京大学深圳医院临床学院广东深圳518036 安徽医科大学北京大学深圳医院肾内科广东深圳518036

目的应用微小核糖核酸(microrna)芯片技术初步筛选Ⅳ、Ⅳ+Ⅴ型狼疮性肾炎患者血清microrna,探讨血清microrna在狼疮性肾炎病理分型中的作用。方法从北京大学深圳医院肾内科生物标本库中选取Ⅳ、Ⅳ+Ⅴ型狼疮性肾炎血清各4例,作为试验组;... 详细信息

目的应用微小核糖核酸(microrna)芯片技术初步筛选Ⅳ、Ⅳ+Ⅴ型狼疮性肾炎患者血清microrna,探讨血清microrna在狼疮性肾炎病理分型中的作用。方法从北京大学深圳医院肾内科生物标本库中选取Ⅳ、Ⅳ+Ⅴ型狼疮性肾炎血清各4例,作为试验组;同时选取4例健康人血清作为对照组,使用microrna芯片技术筛选差异表达的血清microrna。结果Ⅳ型和Ⅳ+Ⅴ型共有部分microrna,其中22个有显著差异,Ⅳ型特异性microrna有29个,Ⅳ+Ⅴ型特异性microrna有3个。结论血清microrna具有作为鉴别Ⅳ、Ⅳ+Ⅴ型狼疮性肾炎生物标志物的潜能。

关键词：狼疮肾炎肾脏病理分型微RNAs microrna芯片

转化生长因子β1(TGF-β1)对胃癌细胞microrna表达谱的影响

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复旦学报（医学版） 2013年第1期40卷 15-20页

作者：周海燕王宽松胡忠良何琼琼李勇文继舫中南大学基础医学院病理学系长沙410013 湖南省儿童医院普外科长沙410007

目的探讨转化生长因子β1(transforming growth factorβ1,TGF-β1)对胃癌细胞BGC823 microrna(miRNA)表达谱的影响及其意义。方法应用microrna芯片检测TGF-β1处理胃癌细胞BGC823前后的miRNA表达谱;对miRNA表达谱进行差异性分析;实时... 详细信息

目的探讨转化生长因子β1(transforming growth factorβ1,TGF-β1)对胃癌细胞BGC823 microrna(miRNA)表达谱的影响及其意义。方法应用microrna芯片检测TGF-β1处理胃癌细胞BGC823前后的miRNA表达谱;对miRNA表达谱进行差异性分析;实时荧光定量RT-PCR验证差异表达的miRNA;用生物信息学技术分析差异表达miRNA可能调控的靶基因及其意义。结果 TGF-β1处理胃癌细胞BGC823 24 h和36 h后,miRNA的表达谱存在6个相同的差异表达miRNA,包括3个(miR-27a,miR-29b-1和miR-194)表达上调,3个(miR-193b,miR-574-3p和miR-130b)表达下调。实时荧光定量RT-PCR结果与芯片一致。结论 TGF-β1能够影响胃癌细胞miRNAs的表达,这些上调或下调表达的miRNAs可能参与了胃癌的浸润转移。

关键词： microrna芯片转化生长因子β1(TGF-β1) 肿瘤浸润与转移

子宫内膜癌干细胞分化过程中microrna表达谱的鉴定及分析

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西安交通大学学报（医学版） 2018年第2期39卷 221-226页

作者：王伟王臻黄康榕王月玲柏海燕杨新园西安交通大学第一附属医院麻醉科陕西西安710061 陕西省妇幼保健院陕西西安710003 西安交通大学第一附属医院妇产科陕西西安710061

目的筛选子宫内膜癌干细胞分化过程中差异表达的micrornas(miRNAs)并进行初步鉴定。方法无血清悬浮培养法富集子宫内膜癌干细胞,贴壁培养获得其分化细胞。利用microrna芯片比较肿瘤干细胞及其分化细胞之间miRNAs的表达差异,挑选出有显... 详细信息

目的筛选子宫内膜癌干细胞分化过程中差异表达的micrornas(miRNAs)并进行初步鉴定。方法无血清悬浮培养法富集子宫内膜癌干细胞,贴壁培养获得其分化细胞。利用microrna芯片比较肿瘤干细胞及其分化细胞之间miRNAs的表达差异,挑选出有显著差异的miRNAs,通过RT-qPCR进行验证,应用TargetScan等数据库预测其靶基因;同时,芯片检测肿瘤干细胞及其分化细胞之间基因表达的差异,结合预测的miRNAs靶基因进行综合分析。结果 microrna芯片筛选得到子宫内膜癌干细胞及其分化细胞之间差异表达(相差倍数2倍以上)的miRNAs有11个,其中在肿瘤干细胞中表达上调的miRNAs 10个,分别为miR-522、miR-139-3p、miR-520c-5p、miR-518d-5p、miR-146b-5p、miR-34a、miR-526a、miR-193a-3p、miR-221、miR-4674;在肿瘤干细胞中低表达的miRNA 1个,为miR-760。RT-qPCR检测结果显示,除miR-526a、miR-4674以外,其余9个miRNAs在肿瘤干细胞及分化细胞间的相对表达量均存在显著差异,与芯片检测结果一致。TargetScan、miRanda及miRTarBase在线数据库的交集中,筛选的miRNAs均可预测到靶基因。基因芯片检测肿瘤干细胞及其分化细胞,表达有显著性差异的基因共445个,其中207个在肿瘤干细胞中高表达,238个在肿瘤干细胞中低表达,与预测的miRNAs靶基因进行综合分析后发现,除miR-139-3p外,两者均有交集。结论子宫内膜癌干细胞分化过程中部分miRNAs的表达具有显著性变化,对此进行深入探索将为肿瘤干细胞的分化机制研究提供新的线索。

关键词：子宫内膜癌肿瘤干细胞分化 micrornas microrna芯片

丹酚酸A逆转肺癌多药耐药基因MDR1相关microrna的筛选与鉴定

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中国中药杂志 2016年第17期41卷 3279-3284页

作者：陈飞燕毕蕾钱磊高静江玉翠陈卫平南京中医药大学基础医学院江苏南京210023

通过将人肺癌A549细胞分为正常对照组和给药组,采用实时定量PCR对MDR1的表达水平进行测定。运用microrna芯片对给药组和对照组进行microrna表达谱分析;采用Targetscan预测上调microrna中与多药耐药基因MDR1相关的miRNA以及实时定量PCR... 详细信息

通过将人肺癌A549细胞分为正常对照组和给药组,采用实时定量PCR对MDR1的表达水平进行测定。运用microrna芯片对给药组和对照组进行microrna表达谱分析;采用Targetscan预测上调microrna中与多药耐药基因MDR1相关的miRNA以及实时定量PCR的方法对筛选出的miRNA进行验证,研究丹酚酸A逆转肺癌多药耐药基因MDR1相关microrna。实验结果表明,与对照组相比,给药组MDR1的表达水平明显下调;microrna芯片对人肺癌A549细胞的给药组和对照组进行了miRNA表达谱分析,共筛出426个差异表达的miRNA;然后对差异表达上调的miRNA进行靶基因预测,发现有4个明显上调的miRNA与多药耐药基因MDR1相关。对4个miRNA进行实时定量PCR验证,结果与芯片一致。因此认为丹酚酸A下调肺癌多药耐药基因MDR1可能是通过影响miRNA表达进而调控靶基因,对进一步阐明中药逆转多药耐药作用机制提供了实验依据。

关键词：丹酚酸A 多药耐药 MDR1 microrna芯片肺癌A549细胞

microrna在食管癌放射抵抗细胞表达谱研究

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中华医学杂志 2011年第9期91卷 639-642页

作者：郑志范苏华芳邹燕彭振吴式琇浙江金华广福医院放疗科 321001 温州医学院附属第一医院放化疗科

目的比较食管癌放射抵抗细胞株与其亲本细胞microrna表达谱的差异。方法应用Agilent human miRNA芯片检测人食管癌耐放射细胞株KYSE-150R与其亲本细胞KYSE-150的表达谱。GeneSpringGX10．0．2数据分析挑选差异表达基因。应用软件对筛选... 详细信息

目的比较食管癌放射抵抗细胞株与其亲本细胞microrna表达谱的差异。方法应用Agilent human miRNA芯片检测人食管癌耐放射细胞株KYSE-150R与其亲本细胞KYSE-150的表达谱。GeneSpringGX10．0．2数据分析挑选差异表达基因。应用软件对筛选出的显著差异表达miRNA的潜在靶基因进行预测并验证。结果与亲本细胞相比，KYSE．150R中上调超过2倍的miRNA有10个，为hsa-miR-1539、hsa—miR-1237、hsa—miR-92b等；表达下调超过2倍的有miRNA有25个，为hsa—miR-185、hsa—miR-18b、hsa—miR-17等。软件预测发现其中18个miRNA有潜在的靶基因，10个miRNAs的靶基因多达200个。显著差异表达的miRNA（如hsa．1et-Ta、hsa—miR-185、hsa-miR-141、hsa—miR-92b、hsa—miR-22和hsa-miR-301a）与放射抵抗密切相关。结论筛选出的miRNAs可能通过调控其靶基因而参与食管癌放射抵抗，为临床上放射抵抗的逆转提供全新的靶标和策略。

关键词：食管肿瘤放射抵抗性 microrna芯片

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肝细胞癌组织中microrna表达谱研究

南方医科大学学报 2010年第5期30卷 976-977,980页

作者：王传玺宋伟李增军宋宝吴德华孙爱民陈龙华南方医科大学南方医院放疗科广东广州510515 山东省立医院肿瘤治疗中心山东济南250021 山东省肿瘤医院山东济南250017

目的检测人肝癌组织和对应的肝硬化组织microrna表达的差异谱,为研究microrna在肝细胞癌变机制中的作用提供实验基础。方法 Trizol法提取25例配对的肝癌和肝硬化组织总RNA,microrna芯片分析肝癌和肝硬化组织中差异表达microrna,实时定量... 详细信息

目的检测人肝癌组织和对应的肝硬化组织microrna表达的差异谱,为研究microrna在肝细胞癌变机制中的作用提供实验基础。方法 Trizol法提取25例配对的肝癌和肝硬化组织总RNA,microrna芯片分析肝癌和肝硬化组织中差异表达microrna,实时定量PCR验证芯片的结果。结果肝癌与肝硬化组织间差异表达的microrna共12个,其中3个表达上调,9个表达下调。实时荧光定量PCR结果与芯片一致。结论肝癌和肝硬化组织存在差异表达的microrna,这些上调和下调表达的microrna可能参与了肝癌的发生。

关键词：肝肿瘤肝硬化 microrna芯片基因表达

肝细胞癌组织microrna-187-3p表达预后意义

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中华肿瘤防治杂志 2017年第15期24卷 1059-1064页

作者：刘璐璐赵慧金李胜棉河北医科大学第四医院消化内科河北石家庄050011

目的微小RNA(microrna,miRNA)差异表达与多种肿瘤的发生发展密切相关,但微小RNA-187-3p(miR-187-3p)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达及预后意义研究较少。本研究检测HCC组织中microrna的表达谱,分析miR-187-3p在HCC组织中的表达及其与临床病理特征之间的关系,探讨miR-187-3p表达在其发生、发展及预后中的作用。方法利用microrna芯片杂交技术筛选5例HCC组织及相应癌旁组织中差异表达的microrna,然后通过实时荧光定量PCR(real-time fuorescence quantitative-PCR,RFQ-PCR)法验证86例HCC组织及相应癌旁组织中miR-187-3p表达水平,并统计临床病理资料,随访生存期。结果 148个micrornas在HCC组织中差异表达,其中102个micrornas在HCC组织较相应癌旁组织表达下调,46个micrornas在HCC组织较相应癌旁组织表达上调。RFQ-PCR结果显示,miR-187-3p在HCC组织中表达水平明显低于相应癌旁组织,差异有统计学意义,Z=-2.244,P=0.025。HCC中miR-187-3p表达状态与肿瘤大小(χ~2=5.031,P=0.025)相关,而与性别(χ~2=3.648,P=0.056)、年龄(χ~2=0.003,P=0.956)、是否转移(χ~2=0.005,P=0.943)、TNM分期(χ~2=0.129,P=0.719)、肿瘤数目(χ~2=0.126,P=0.722)、乙肝表面抗原(χ~2=0.019,P=0.890)、AFP水平(χ~2=0.187,P=0.665)和Child分级(χ~2=1.665,P=0.197)无关。miR-187-3p低表达的HCC患者总生存期较高表达者明显缩短,χ~2=7.684,P=0.006。且多因素分析发现,miR-187-3p表达水平和TNM分期是影响HCC患者生存预后的独立危险因素。结论 miR-187-3p在一定程度上参与了HCC的发生发展,其有望成为HCC新的潜在的治疗靶点以及诊断、判断病情和预测预后的分子标志物。

关键词：肝细胞癌 miR-187-3p 基因表达 microrna芯片