检索结果-南通市图书馆

作者：王肖丹西北农林科技大学

学位级别：硕士

当今世界不孕症越来越受人们的关注,全世界大约有15%的夫妇受到不孕症的影响,其中约半数都是男性生殖异常引起的,而精子发生障碍是导致男性不育的一个重要因素。我们的工作旨在通过深入地了解精子发生过程,分析影响精子发生过程中基因... 详细信息

当今世界不孕症越来越受人们的关注,全世界大约有15%的夫妇受到不孕症的影响,其中约半数都是男性生殖异常引起的,而精子发生障碍是导致男性不育的一个重要因素。我们的工作旨在通过深入地了解精子发生过程,分析影响精子发生过程中基因表达的转录和转录后调控的分子机制,为寻找精子发生障碍的可能成因和治疗方法提供指导思路。精子发生是一个复杂而动态的过程,需要一系列基因在其各个阶段协调且精准的表达,任一阶段的基因表达失调都有可能会造成精子发生障碍。而RNA编辑和mirna编辑作为重要的基因转录后调控方式,通过RNA水平上碱基的取代和加减,以更加灵活高效的方式影响和调节基因的表达。但是RNA编辑和mirna编辑是否存在于雄性生殖细胞中,如果存在,其在不同生殖细胞中的分布情况怎样、作用于哪些生殖基因、是否会影响这些基因的表达,这一系列问题都尚未解决。在本研究中,我们收集了目前已公开发表的RNA-seq数据,从编码和非编码RNA两个方面系统的分析了精子发生过程中多个阶段生殖细胞的RNA编辑情况,并对一些在精子发生过程中发挥重要作用的基因和mirna的编辑情况进行详细阐述。具体过程和结果如下:1.精子发生过程中RNA-seq数据平台搭建我们从GEO和SRA数据库中收集了小鼠精子发生的RNA-seq数据和small RNA-seq样本,分别作为RNA编辑和mirna编辑检测的实验数据集。并用这些数据集搭建我们精子发生过程的RNA-seq数据平台。我们根据细胞类型对数据进行分组,并将同一细胞类型的数据整合成一个样本。结果显示整合策略在一定程度上增加了测序深度,同时可以获得不同样本中一致的编辑位点,与分别检测每个样本中的RNA编辑位点相比,该方法可以提高准确性。2.精子发生过程中的RNA编辑我们在小鼠精子发生过程的7种生殖细胞里检测到了7530个编辑位点共发生在2012个基因中。这些编辑位点在一些染色体上呈现特殊分布,在17号染色体上的分布密度最高,Y染色体上的编辑位点只分布在Y染色体的两端。编辑位点主要分布在内含子区,基因间区和编码区,并且编码区的编辑位点中将近一半都会导致氨基酸的改变。而很多在精子发生过程中起重要作用的基因都被检测到了非同义编辑事件,如:Ddx3x,Hjurp,Adad1,Tssk6等,反映了RNA编辑在精子发生过程中对重要基因表达的灵活调控。3.精子发生过程的mirna编辑我们从小鼠和猪中分别鉴定了630个和261个编辑位点。两个物种之间有许多mirna编辑现象是一致的,例如编辑位点在各细胞的数量分布,编辑类型,以及种子区和非种子区中A-to-I编辑的分布密度。并且无论是在小鼠还是在猪中,近一半的mirna编辑事件都发生在种子区,这意味着近一半的编辑事件都可能会影响mirna的功能。最后,我们发现在精子发生过程中频繁被编辑的miR-34c通过改变其结构来调节靶基因,并在编辑时显示出功能障碍。总之,我们描绘了小鼠和猪精子发生期间mirna编辑的整体概况。

关键词：精子发生数据整合 RNA编辑 mirna编辑 miR-34c

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microRNA序列和表达模式的多样性

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生物化学与生物物理进展 2015年第8期42卷 689-696页

作者：丁素萍刘丽莉黄婷王营严明理袁志栋湖南科技大学生命科学学院湘潭411201 重金属污染土壤生态修复与安全利用湖南省高校重点实验室湘潭411201

microRNA(mirna)在后生动植物细胞分化、生长发育、正常生理功能的维持、疾病的发生发展和转归中发挥重要功能.通常认为,已知mirna对应的序列就是存储于miRBase数据库中相应的成熟mirna序列.然而,人们忽视了mirna序列长度和碱基的可变性... 详细信息

microRNA(mirna)在后生动植物细胞分化、生长发育、正常生理功能的维持、疾病的发生发展和转归中发挥重要功能.通常认为,已知mirna对应的序列就是存储于miRBase数据库中相应的成熟mirna序列.然而,人们忽视了mirna序列长度和碱基的可变性,低估了来源于同一mirna基因、非主要表达的mirna的多样性及其功能的重要性.由于测序技术的快速发展和广泛使用,人们利用二代测序技术数据发现了mirna序列和mirna表达水平的多样性.基于mirna序列和表达的多样性,本文介绍了mirna序列5′端、3′端和内部的变异体、mirna变异体的时空差异性表达和mirna优势表达臂转换等方面近年来的研究进展.

关键词： mirna 多样性 isomiR mirna编辑臂转换

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基于小RNA测序分析帕金森病关联microRNA编辑的研究

基于小RNA测序分析帕金森病关联microRNA编辑的研究

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作者：陆宸宇昆明理工大学

学位级别：硕士

帕金森病(Parkinson’s disease,PD)是一种常见的神经系统变性疾病,PD最主要的病理改变是中脑黑质多巴胺(dopamine,DA)能神经元的变性死亡,从而导致纹状体DA含量减少而致病。但现阶段对于PD的具体致病机制仍不清楚。Micro RNA(mi RNA)... 详细信息

帕金森病(Parkinson’s disease,PD)是一种常见的神经系统变性疾病,PD最主要的病理改变是中脑黑质多巴胺(dopamine,DA)能神经元的变性死亡,从而导致纹状体DA含量减少而致病。但现阶段对于PD的具体致病机制仍不清楚。Micro RNA(mi RNA)是内源性的非编码RNA,其长度约为22个核苷酸,它在人的大脑中被广泛编辑。然而,在PD中mi RNA编辑的功能相关性在很大程度上是未知的。通过利用实验室自主开发的Mi RME算法,对43例PD患者和88例正常对照者脑组织小RNA测序图谱进行了三轮序列比对分析,极大地减少了mi RNA编辑位点预测的假阳性率。我们在人的不同脑组织中共鉴定出了2456个显著编辑和/或突变位点,其中421个位点在PD样本中具有显著不同的编辑水平。我们的结果表明,hsa-mi R-376a上的两个A-to-I编辑位点同时参与了尿酸合成酶磷酸核糖焦磷酸合成酶1(PRPS1)的抑制。在PD患者中,这两个编辑位点的编辑水平在前额叶皮质发生了显著变化,随后可能通过调控PRPS1导致尿酸水平的增加。这些结果为了解mi RNA编辑事件及其在PD中的功能相关性提供了新的见解,以及为理解PD的机制提供了新的视角,为PD的诊断和治疗提供了新的线索。

关键词： mirna mirna编辑帕金森病生物信息学

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mirna的异构体——isomiR

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中国生物化学与分子生物学报 2014年第8期30卷 739-745页

作者：谢兆辉李学贵许禔森德州学院生命科学学院山东德州253023 山东省高校生物技术与生物资源利用重点实验室山东德州253023 山东功能大分子生物物理重点实验室山东德州253023

最近,深度测序技术揭示:同一个mirna前体可能由于Drosha或Dicer的剪切位点改变,外切核酸酶介导的mirna末端缩短,mirna编辑或mirna 3'末端无需模板的核苷酸添加等4种原因,而形成多种长度或序列不同的mirnas异构体—isomiR.因为这些isomi... 详细信息

最近,深度测序技术揭示:同一个mirna前体可能由于Drosha或Dicer的剪切位点改变,外切核酸酶介导的mirna末端缩短,mirna编辑或mirna 3'末端无需模板的核苷酸添加等4种原因,而形成多种长度或序列不同的mirnas异构体—isomiR.因为这些isomiR与已注解的mirna可以调节同一个靶标,也可以靶向不同的靶标,所以它们不仅扩大了mirna调节的范围,而且还有可能代表了每种mirna基于isomiR的一种微型调节网络.研究发现,isomiR的表达具有细胞、组织、发育和疾病状况等特异性,并且很多人类疾病的致病机制也与它们有关,推测isomiR将来不仅有可能成为疾病诊断或治疗的生物学标记或靶标,而且相关的研究还对于RNA干扰技术也具有重要的指导意义.本文主要综述了isomiR的研究进展,并对isomiR应用前景做了展望.

关键词： mirna异构体剪切位点外切核酸酶 mirna编辑核苷酸添加疾病

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