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Comprehensive simulation of metagenomic sequencing data with non-uniform sampling distribution

Frontiers of Electrical and Electronic Engineering in China 2018年第2期6卷 175-185页

作者： Shansong Liu Kui Hua Sijie Chen Xuegong Zhang MOE Key Lab of Bioinformatics Bioinformatics Division TNLIST and Department of Automation Tsinghua University Beijing 100084 China

Background： metagenomic sequencing is a complex sampling procedure from unknown mixtures of many genomes. Having metagenome data with known genome compositions is essential for both benchmarking bioinformatics software and for investigating influences of various factors on the data. Compared to data from real microbiome samples or from defined microbial mock community, simulated data with proper computational models are better for the purpose as they provide more flexibility for controlling multiple factors. Methods： We developed a non-uniform metagenomic sequencing simulation system （nuMetaSim） that is capable of mimicking various factors in real metagenomic sequencing to reflect multiple properties of real data with customizable parameter settings. Results： We generated 9 comprehensive metagenomic datasets with different composition complexity from of 203 bacterial genomes and 2 archaeal genomes related with human intestine system. Conclusion： The data can serve as benchmarks for comparing performance of different methods at different situations, and the software package allows users to generate simulation data that can better reflect the specific properties in their scenarios.

关键词： simulation metagenomic sequencing data non-uniform sampling nuMetaSim

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