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苯并(a)芘诱导恶性转化的BEAS-2B细胞中miRNA和mrna表达谱的改变

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郑州大学学报（医学版） 2021年第6期56卷 762-767页

作者：栗振凯李中秋孟丽雅张佳彤张巧郑州大学公共卫生学院卫生毒理学教研室郑州450001 郑州大学医院疾病预防控制科郑州450001

目的:探索与苯并(a)芘[B(a)P]诱导永生化人支气管上皮细胞(BEAS-2B细胞)恶性转化相关的miRNA和mrna。方法:采用5 mg/L的B(a)P对BEAS-2B细胞进行染毒。取染毒和未染毒细胞,分别采用平板克隆形成实验、划痕实验、MTT法检测克隆形成能力、... 详细信息

目的:探索与苯并(a)芘[B(a)P]诱导永生化人支气管上皮细胞(BEAS-2B细胞)恶性转化相关的miRNA和mrna。方法:采用5 mg/L的B(a)P对BEAS-2B细胞进行染毒。取染毒和未染毒细胞,分别采用平板克隆形成实验、划痕实验、MTT法检测克隆形成能力、迁移能力和增殖活性;采用芯片技术检测miRNA和mrna表达谱,以FC≥2.0且P表达miRNA和mrna,对其进行GO注释及KEGG通路分析。采用实时荧光定量PCR法检测两组细胞中hsa-miR-2115-3p和hsa-miR-4521的表达。结果:染毒组细胞克隆形成能力、迁移能力和增殖活性均明显增强(P表达miRNA(29种表达上调,98种表达下调)和159种差异表达mrna(99种表达上调,60种表达下调)。GO注释及KEGG通路分析结果显示,差异表达mrna可能参与了细胞活素-受体相互作用介导的信号通路、p53信号通路介导的细胞凋亡等。染毒组细胞中hsa-miR-2115-3p和hsa-miR-4521的表达低于未染毒组(Pmrna。

关键词：苯并(a)芘 BEAS-2B细胞 miRNA表达谱 mrna表达谱肺癌

黄芪多糖联合二甲双胍对衰老糖尿病小鼠肝脏mrna表达谱的影响及功能分析

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时珍国医国药 2020年第5期31卷 1043-1046页

作者：刘佳佳李丹丹赵翊吴玉泓王晶甘肃中医药大学临床医学院甘肃兰州730000 甘肃中医药大学公共卫生学院甘肃兰州730000 甘肃中医药大学基础医学院甘肃兰州730000

目的探讨黄芪多糖联合二甲双胍治疗衰老糖尿病的分子机制。方法高糖高脂饲料联合链脲佐菌素诱导自然衰老小鼠建立衰老糖尿病模型,将实验小鼠分为衰老对照组、衰老糖尿病模型组、二甲双胍治疗组、黄芪多糖联合二甲双胍治疗组。检测各组... 详细信息

目的探讨黄芪多糖联合二甲双胍治疗衰老糖尿病的分子机制。方法高糖高脂饲料联合链脲佐菌素诱导自然衰老小鼠建立衰老糖尿病模型,将实验小鼠分为衰老对照组、衰老糖尿病模型组、二甲双胍治疗组、黄芪多糖联合二甲双胍治疗组。检测各组小鼠血清胰岛素变化,胰腺组织胰岛素分泌情况及胰腺组织的形态学变化;利用生物信息学工具分析衰老对照组、衰老糖尿病模型组、黄芪多糖联合二甲双胍治疗组小鼠的肝脏组织差异mrna功能。结果黄芪多糖联合二甲双胍治疗相比二甲双胍单药组可显著升高衰老糖尿病小鼠的血清胰岛素含量(Pmrna,Tob2、Tmem100及Usp15等显著差异表达且对它们的靶miRNA具有较强调控作用。经过功能注释,发现差异mrna在BMP信号通路、cGMP-PKG信号通路及GnRH信号通路中显著富集。结论黄芪多糖联合二甲双胍可能通过调控BMP信号通路、cGMP-PKG信号通路,Tob2,Usp15及Tmem100基因改善肝脏组织损伤,对缓解衰老糖尿病所致损伤具有研究潜能。

关键词：衰老糖尿病二甲双胍黄芪多糖 mrna表达谱

基于宫颈鳞癌mrna表达谱预后模型的构建及验证

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基于宫颈鳞癌mRNA表达谱预后模型的构建及验证

作者：黄重广西医科大学

学位级别：硕士

研究目的:构建并验证基于mrna表达谱的宫颈鳞癌预后模型,探讨其对宫颈鳞癌个性化诊疗的指导意义。材料与方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载宫颈鳞癌的RNA测序数据及相应的临床资料,严格按照随机数表法将患者分组为训练集和验证集,... 详细信息

研究目的:构建并验证基于mrna表达谱的宫颈鳞癌预后模型,探讨其对宫颈鳞癌个性化诊疗的指导意义。材料与方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载宫颈鳞癌的RNA测序数据及相应的临床资料,严格按照随机数表法将患者分组为训练集和验证集,采用R语言鉴定宫颈鳞癌组织标本与健康宫颈组织标本的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),然后将相关DEGs的表达谱数据进行log2(count+1)转换合并临床生存资料。我们在训练集对DEGs进行单因素Cox回归分析,筛选出影响预后的相关mrnas,再对相关mrnas变量进行Lasso回归分析,进一步缩小变量范围,然后对缩小范围后的变量进行多因素Cox回归分析,从而构建了一个基于mrnas表达谱的宫颈鳞癌预后模型(PI)。在训练集及验证集,通过Kaplan-Meier法、log-rank检验及ROC曲线分析评估预后模型的特征值,探讨其对宫颈鳞癌3年生存率的预测价值,并通过计算C-index值,量化该预后模型的预测能力。同时,我们还进一步分析风险评分与宫颈鳞癌预后的相关性。最后,对预后模型(PI)和临床特征进行多因素Cox回归分析,探讨PI是否为宫颈鳞癌的独立预后因素。研究结果:本研究通过对宫颈鳞癌组织样本和健康宫颈组织样本比较,以P2为截止标准,鉴定出1441个DEGs,其中包括407个上调的DEGs和1034个下调DEGs。在训练集中,根据DEGs和生存资料,通过单因素Cox回归分析,得出18个mrnas的P值小于0.005,然后对18个mrnas进行Lasso回归分析,进一步拟合得10个mrnas用来构建宫颈鳞癌预后模型,再对10个mrnas采用多变量Cox回归分析,获得4个mrnas(分别为MCM5、TSACC、SELP和TMEM55A,前两者表达上调,后两者表达下调)组成的宫颈鳞癌预后模型,具体计算公式为:PI=SELP*-0.376918856+TMEM55A*0.310620545+MCM5*-1.009572859+TSACC*0.428376644。根据PI的中位数,将患者分为高危组和低危组,两组OS的差异具有统计学意义,ROC曲线下面积(AUC)为0.847,C-index值为0.80,说明此4-mrnas宫颈鳞癌预后模型具有一定的预测能力。将该预后模型在验证集中进行验证同样显示相似的结果,ROC曲线下面积(AUC)为0.751,从而进一步说明此4-mrnas宫颈鳞癌预后模型具备的预测能力。最后在结合临床特征数据的多因素Cox回归分析中,显示PI是独立预后因素(p值mrnas表达水平的宫颈鳞癌预后模型具备良好的预测能力,对宫颈鳞癌个性化诊疗具有指导意义。

关键词：宫颈鳞癌 mrna表达谱预后模型

小鼠成熟精子中mrna表达谱的分析及mrna在早期胚胎发育中潜在功能的研究

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小鼠成熟精子中mRNA表达谱的分析及mRNA在早期胚胎发育中潜在功能...

作者：曾飘上海交通大学

学位级别：硕士

为了全面研究小鼠成熟精子中mrna的表达谱和它们在早期胚胎早期发育中潜在功能，我们采用RNA测序技术对小鼠精子的全部转录本进行测序，并用Real-Time PCR验证RNA测序数据与真实情况的一致性。然后建立数学模型确定精子中普遍存在的RNA... 详细信息

为了全面研究小鼠成熟精子中mrna的表达谱和它们在早期胚胎早期发育中潜在功能，我们采用RNA测序技术对小鼠精子的全部转录本进行测序，并用Real-Time PCR验证RNA测序数据与真实情况的一致性。然后建立数学模型确定精子中普遍存在的RNA种类，并用生物信息学方法分析精子中的mrna表达谱。最后利用反转录PCR，蛋白印迹和免疫荧光验证精子来源的mrna是否被带入受精卵中并表达。RNA测序一共得到35288825个读段，定位到33039种RNA的参考序列上，其中包括27310种mrna。基于模型，我们推测RPKM(Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads)大于6的RNA可能在小鼠每个精子细胞中稳定存在，并估算出精子中有4885种稳定存在的mrna。当我们提高RPKM的筛选基线时，发现精子中高表达的RNA更可能与生殖发育相关，进一步证明精子中的mrna是有选择性保留的。分子生物学实验发现精子来源的Wnt4和Foxg1转录本在受精过程中被运送到受精卵中，Wnt4的mrna在受精卵中被翻译成蛋白，而Foxg1的mrna虽未被翻译却稳定存在于受精卵中。总之，我们发现大约有4885种mrna可能在每个小鼠的成熟精子中存在，与生殖和发育相关的mrna更可能被保留在精子内，精子来源的Wnt4被运送到受精卵子中并被翻译，这可能对胚胎早期发育有着非常重要的作用，也为父系基因效应提供了依据。

关键词：小鼠精子 RNA测序 mrna表达谱胚胎发育父系效应

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结肠癌患者正常肠黏膜mrna表达谱研究

结肠癌患者正常肠黏膜mRNA表达谱研究

作者：桓海强佳木斯大学

学位级别：硕士

背景与目的:现在的许多研究表明肿瘤的演变过程与分子学上表现出的异常情况密切相关,通过观察肿瘤mrna的表达谱,发现观察某些特定mrna的表达情况对肿瘤的诊断有一定的临床意义。结肠癌的死亡率位于我国恶性肿瘤死亡率女性第二位、男性... 详细信息

背景与目的:现在的许多研究表明肿瘤的演变过程与分子学上表现出的异常情况密切相关,通过观察肿瘤mrna的表达谱,发现观察某些特定mrna的表达情况对肿瘤的诊断有一定的临床意义。结肠癌的死亡率位于我国恶性肿瘤死亡率女性第二位、男性第四位的,目前尚无基因水平的诊断标志。现今的大量研究认为,结肠癌的发生与人体免疫有着极其密切的关系。本研究旨在分析我国结肠癌(Colorectal Cancer, CRC)患者不同部位正常结肠及直肠黏膜中mrna表达变化情况,探讨通过mrna芯片表达谱技术,检测相关mrna的表达情况,从中筛选出与免疫功能有关的mrna,研究结肠癌患者有关免疫功能的mrna表达的变化情况,试分析其表达情况与结肠癌发生的关系,试分析其对临床结肠癌早期诊断与治疗的意义。材料与方法:结肠癌患者18例,均已经由病理证实。取肿瘤肛门侧5cm、结肠及直肠正常黏膜共46个部位的标本(在实验过程中将以上3个部位定义为a、b、c),将取出后的标本放于mrna保护剂中浸泡后,放于-80度冰箱中保存。然后应用RNeasy mini kit提取上述标本中的mrna,应用NanoDrop ND-1000全波长紫外/可见光扫描分光光度计及Agilent RNA 6000 Nano Kit检查mrna的浓度与质量,挑选检测合格的mrna。将挑选出的mrna应用cy3染色,将染色合格的mrna入组。然后应用Whole Human Genome (4x44k)Oligo Microarray Kit进行杂交,杂交后将芯片放入Agilent芯片扫描仪中进行扫描,经过Quality Ccontrol系统检测后将检测合格芯片的扫描结果应用GeneSpring GX 11.0.2图像分析系统进行图像分析。结果:对所取样品应用RNeasy mini kit提取mrna并应用NanoDrop ND-1000检测发现mrna总量在50ng以上者有3例患者共9份标本,应用Agilent RNA 6000 Nano Kit对以上标本进行检测,所有标本mrna片段完整度评分均在5分以上(证明所提取样品的mrna完整性良好且没有降解,纯度较高可以用于基因芯片检测),应用Cy3对以上样品进行染色后,应用NanoDrop ND-1000对染色样品进行染色效率检测并计算后发现,以上样品染色均合格,满足进行基因芯片检测要求。应用WholeHuman Genome (4x44k)Oligo Microarray Kit对所取样品进行杂交后,共检测出mrna 41093条,经过Quality Ccontrol系统检测后,杂交芯片质量均合格。应用Oneway-ANOVA找出相关功能mrna 2472条,p≤0.05。应用GO Analysis系统分析找出Extracellular相关功能mrna 300条,p≤0.1。再次用GO Analysis系统从此300条mrna中找出与免疫功能相关的mrna共41条。应用GeneSpring GX 11.0.2系统观察检测出的数据发现,以上41条有关免疫的mrna在CRC患者,不同部位结肠及直肠正常黏膜中的表达水平,发现在41条与免疫有关的mrna中,mrna总体表达水平与所取标本距肿瘤距离呈正相关,逐渐升高的有21条、mrna总体表达水平与所取标本距肿瘤距离成呈负相关,逐渐降低的有5条、mrna总体表达水平变化不明显的有15条。结论:以上结果表明,结肠癌患者正常结肠及直肠黏膜中许多有关免疫的mrna在不同部位正常结肠及直肠黏膜中表达的水平不同,证明肿瘤的发生与人体免疫有着密切的关系。并且部分有关免疫的mrna的表达水平会随着与肿瘤距离的增大而逐渐升高,所以说部分有关免疫的mrna在结肠肿瘤的发生过程中有可能存在着一种“逃逸”现象,基因芯片可以检测出这种现象,找出对这种现象干预的方法有可能对临床治疗结肠癌有一定的帮助,并且通过利用mrna芯片表达谱技术观察免疫相关mrna的表达情况有可能有助于结肠癌的早期诊断。

关键词：结肠癌基因芯片 mrna表达谱早期诊断

基于mrna表达谱比较胃癌和房颤的分子生物特征

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计算生物学 2020年第1期10卷 1-14页

作者：曾伟董昌龙高枫林王光斌曾红娟饶妮妮电子科技大学生命科学与技术学院四川成都四川轻化工大学自动化与信息工程学院四川自贡电子科技大学生命科学与技术学院四川成都电子科技大学生命科学与技术学院四川成都电子科技大学广东电子信息工程研究院广东东莞

有研究显示,新发房颤患者的癌症风险显著增加,新发癌症患者的房颤风险也有所增加,说明两种疾病之间可能存在一定的联系。传统上,有关癌症和房颤的机制研究大多是独立开展的。本研究以胃癌为例,基于mrna表达谱,采用生物信息学工具比较分... 详细信息

有研究显示,新发房颤患者的癌症风险显著增加,新发癌症患者的房颤风险也有所增加,说明两种疾病之间可能存在一定的联系。传统上,有关癌症和房颤的机制研究大多是独立开展的。本研究以胃癌为例,基于mrna表达谱,采用生物信息学工具比较分析胃癌与房颤在分子水平上的生物特征,为癌症与房颤共病的机制研究提供一定的理论基础。首先从mrna表达谱中分别筛选胃癌与房颤相关的差异表达mrnas,再采用差异表达mrnas分别富集胃癌与房颤的生物特征;然后通过分别构建胃癌与房颤的蛋白质–蛋白质相互作用网络,识别胃癌与房颤相关的重要靶向分子;最后,比较与分析胃癌与房颤在分子水平上的联系。研究结果表明,胃癌与房颤有一些相同的分子生物特征,二者相关的重要靶向分子也存在一定联系。

关键词： mrna表达谱胃癌房颤分子生物特征靶向分子

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结肠腺癌及正常黏膜mrna表达谱的构建

结直肠肛门外科 2010年第2期16卷 65-68页

作者：张小龙高枫李卫广西医科大学第一附属医院结直肠肛门外科广西南宁530021

目的构建结肠腺癌和正常黏膜基因的mrna表达谱,探讨其表达差异,为进一步研究提供线索。方法用SAGE(Serial analysis of geneexpression)方法构建两者的mrna表达文库,挑选一定数量克隆进行测序,结果用SAGE2000软件分析并进行比较。结果... 详细信息

目的构建结肠腺癌和正常黏膜基因的mrna表达谱,探讨其表达差异,为进一步研究提供线索。方法用SAGE(Serial analysis of geneexpression)方法构建两者的mrna表达文库,挑选一定数量克隆进行测序,结果用SAGE2000软件分析并进行比较。结果构建了同一患者结肠正常黏膜和腺癌的SAGE表达文库,软件分析分别获得标签7926和7672个。癌组织与正常黏膜组织及与国外先期构建的结肠腺癌SAGE文库相比较其高表达基因之间均存在明显的表达差异。结论 SAGE技术是构建mrna表达谱的有效方法 ;结肠腺癌与正常黏膜高表达基因之间存在明显差别;中国人结肠腺癌的基因表达可能具有自身的特点。

关键词：基因表达系列分析结肠腺癌结肠正常黏膜 mrna表达谱

大白猪和二花脸猪肝脏miRNA和mrna表达谱的共分析及其与品种间性状的关系

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畜牧与兽医 2012年第S1期44卷 174-174页

作者：李润生孙钦伟贾逸敏丛日华倪迎冬杨晓静姜志华赵茹茜南京农业大学农业部动物生理生化重点开放实验室江苏南京210095 华盛顿州立大学

MicroRNA(miRNA)对肝脏的代谢过程有着重要的调控作用,但是对于猪的品种间肝脏miRNA表达谱,及其对mrna表达产生了什么样的影响仍属未知。本实验选用了新生的雄性大白猪和二花脸猪,使用芯片和测序的方法检测了其肝脏中差异表达的miRNA,... 详细信息

MicroRNA(miRNA)对肝脏的代谢过程有着重要的调控作用,但是对于猪的品种间肝脏miRNA表达谱,及其对mrna表达产生了什么样的影响仍属未知。本实验选用了新生的雄性大白猪和二花脸猪,使用芯片和测序的方法检测了其肝脏中差异表达的miRNA,同时使用芯片检测了mrna表达的差异,并通过miRNA和mrna的靶向关系。

关键词：大白猪 mrna表达谱二花脸猪差异表达芯片检测靶向蛋白水解背景值上调和皮质醇水平

应用solexa技术研究脐血干细胞体外诱导的巨核细胞mrna表达谱

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中国输血杂志 2010年第S1期23卷 87-87页

作者：何吉王芳朱发明刘晋辉秦斐陈舒徐罡严力行浙江省血液中心卫生部血液安全研究重点实验室310006