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经mngs诊断的社区获得性非典型病原体肺炎的临床分析

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经mNGS诊断的社区获得性非典型病原体肺炎的临床分析

作者：顾靖苏州大学

学位级别：硕士

研究目的探讨经mngs诊断的社区获得性非典型病原体肺炎(atypical pneumonia,AP)的临床特征,加深对该病的认识,从而减少误诊、漏诊;利用mngs技术探索非典型病原体合并常见社区获得性肺炎细菌感染的状况;建立社区获得性非典型病原体肺炎... 详细信息

研究目的探讨经mngs诊断的社区获得性非典型病原体肺炎(atypical pneumonia,AP)的临床特征,加深对该病的认识,从而减少误诊、漏诊;利用mngs技术探索非典型病原体合并常见社区获得性肺炎细菌感染的状况;建立社区获得性非典型病原体肺炎重型化风险因素模型。研究方法回顾性分析2018年7月至2023年2月在苏州大学附属第一医院诊治的经下呼吸道分泌物标本宏基因组二代测序诊断的成人社区获得性非典型病原体肺炎患者,首先比较分析三组非典型病原体肺炎(支原体、鹦鹉热衣原体、军团菌)患者在人口学资料、临床表现、实验室检查、影像学改变、治疗及转归情况的差异;进而,对宏基因组二代测序混合检出的社区获得性细菌性肺炎(CAP)常见病原体进行了组间比较;最后,依据重症发生与否将研究对象分为重症组和轻症组,比较两组的临床特征,评估CURB-65及PSI评分系统对于此类患者重症分层的预测能力,建立Logistic回归模型来探究社区获得性非典型病原体肺炎患者发生重症的独立危险因素。结果1.不同类型AP患者人口学资料特点经下呼吸道分泌物标本宏基因组二代测序诊断的成人社区获得性非典型病原体肺炎患者累计53例,其中支原体肺炎11例、鹦鹉热衣原体肺炎22例、军团菌肺炎20例。三组AP患者的年龄均处于18岁至76岁之间,支原体肺炎患者平均年龄32.5(18.6-46.3)岁,鹦鹉热衣原体肺炎患者平均年龄61.3(56.0-66.6)岁,军团菌肺炎患者平均年龄51.8(44.4-59.2)岁,可发现鹦鹉热衣原体肺炎组平均年龄最大,支原体肺炎组平均年龄最Ⅵ小,三组间比较有统计学差异(P38.5℃患者中支原体肺炎组有54.5%,鹦鹉热衣原体肺炎组77.3%,军团菌肺炎组50.0%,但各组间无统计学差异(P>0.05);支原体肺炎组有72.7%出现咳痰,鹦鹉热衣原体肺炎组有45.5%出现咳痰,军团菌肺炎组有35.0%出现咳痰,支原体肺炎组患者发生咳痰情况显著高于军团菌肺炎组,而其余组间比较无统计学差异(P>0.05)。在其他全身症状发生方面,鹦鹉热衣原体肺炎组的畏寒(45.5%vs 15.0%,P0.05)。入院体征方面,三组患者在呼吸频率[19.0(14.0-24.0)vs 22.5(18.8-26.2)vs 26.2(16.8-35.6),次/min]、听诊肺部啰音(36.4%vs 63.6%vs 65.0%)上无统计学差异(P>0.05)。4.不同类型AP患者的初始实验室检查结果比较在感染性指标方面,支原体组C反应蛋白轻微升高,而鹦鹉热衣原体组和军团菌组的C反应蛋白水平较其升高明显[32.8(24.7-44.4)vs 199.3(151.6-246.9)vs 220.8(162.0-279.5),mg/L,P0.05],但亚组间比较时军团菌组PCT显著高于支原体组(P<0.05)。在肝功能指标方面,支原体组、鹦鹉热衣原体组、军团菌组患者在血浆ALT[39.3(8.0-70.6)vs 94.8(50.5-139.1)vs 4

关键词：社区获得性肺炎非典型病原体肺炎 mngs 危险因素

1例宏基因二代测序提示钩端螺旋体感染患者的实验室诊断

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中国人兽共患病学报 2022年第6期38卷 478-480,485页

作者：孙爱猛周信云罗滢娟朱端昊熊长辉吉安市疾病预防控制中心吉安343000 江西省疾病预防控制中心南昌330006

目的对一不明原因发热伴呼吸困难患者进行实验室诊断,探讨钩端螺旋体实验室确诊的检测方法。方法利用宏基因二代测序技术(mngs)对一不明原因发热伴呼吸困难患者的肺泡灌洗液进行病原体分析,利用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)、显微镜... 详细信息

目的对一不明原因发热伴呼吸困难患者进行实验室诊断,探讨钩端螺旋体实验室确诊的检测方法。方法利用宏基因二代测序技术(mngs)对一不明原因发热伴呼吸困难患者的肺泡灌洗液进行病原体分析,利用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)、显微镜凝集试验(MAT)和传统培养方法对患者进行实验室确诊。结果mngs对不明原因发热伴呼吸困难患者的肺泡灌洗液进行病原体分析提示患者可能被问号钩端螺旋体感染,Real-time PCR和传统培养方法对患者的肺泡灌洗液、血液和尿液检测均为阴性,血清抗体检测(MAT法)致病性钩端螺旋体澳洲型滴度为1∶800。结论该患者确诊为致病性钩端螺旋体澳洲型感染,mngs与实验室传统方法的有机结合有助于对不明原因发热伴呼吸困难患者实验室诊断,特别是对钩端螺旋体的实验室诊断具有重要意义。

关键词： mngs 不明原因发热感染钩端螺旋体

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猫立克次体病1例报道

中国感染控制杂志 2023年第7期22卷 849-852页

作者：高胜寒李涛付延鑫纪思禹尚金钰白亚虎宁康山东第一医科大学(山东省医学科学院)呼吸内科山东济南250014 潍坊医学院呼吸内科山东潍坊261000 山东第一医科大学第一附属医院呼吸与危重症医学科山东济南250014

猫立克次体(Rickettsia felis)是一种新出现的立克次体病原体,与普氏立克次体、莫氏立克次体等同,属于立克次体属。本文分析1例老年患者感染猫立克次体的临床病历资料,并结合国内外文献对猫立克次体现有的检测技术及方法进行进一步总结... 详细信息

猫立克次体(Rickettsia felis)是一种新出现的立克次体病原体,与普氏立克次体、莫氏立克次体等同,属于立克次体属。本文分析1例老年患者感染猫立克次体的临床病历资料,并结合国内外文献对猫立克次体现有的检测技术及方法进行进一步总结,目的在于提升临床医务工作者对猫立克次体感染早期诊断的水平。

关键词：猫立克次体 mngs 感染

一、隐球菌性脑膜炎患者脑脊液mngs及P-tau181在诊断中的应用二、钙钛矿纳米颗粒在神经胶质瘤细胞中的荧光示踪作用

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一、隐球菌性脑膜炎患者脑脊液mNGS及P-tau181在诊断中的应用二...

作者：贺彩丽河北医科大学

学位级别：硕士

第一部分:隐球菌性脑膜炎患者脑脊液mngs及P-tau181在诊断中的应用目的:1.探讨脑脊液宏基因组下一代测序技术(mngs)在隐球菌性脑膜炎(CM)诊断中的价值。2.评估脑脊液中P-tau181在以认知障碍为主要临床表现的CM与阿尔茨海默病(AD)鉴别诊... 详细信息

第一部分:隐球菌性脑膜炎患者脑脊液mngs及P-tau181在诊断中的应用目的:1.探讨脑脊液宏基因组下一代测序技术(mngs)在隐球菌性脑膜炎(CM)诊断中的价值。2.评估脑脊液中P-tau181在以认知障碍为主要临床表现的CM与阿尔茨海默病(AD)鉴别诊中的诊断价值。方法:1.本研究选取了2018年1月～2022年1月就诊于河北医科大学第二医院的24例CM患者的脑脊液进行研究。2.采用mngs方法检测CM患者脑脊液中病原微生物的DNA序列,探讨mngs在CM诊断中的价值。3.使用超灵敏单分子阵列(Simoa)方法分析CM患者脑脊液中P-tau181的浓度,评估脑脊液中P-tau181在以认知障碍为主要临床表现的CM与AD的鉴别诊中的价值。结果:1.24例CM患者中18例mngs阳性,检出率为75%(18/24),菌种均为新型隐球菌。其中1例患者脑脊液培养提示为浅白隐球菌,mngs检测确诊为新型隐球菌。另外1例患者脑脊液培养提示为浅白隐球菌,mngs检测为阴性。2.以认知障碍为主要临床表现的CM患者脑脊液中P-tau181水平显著低于AD患者。结论:1.mngs(75%)与脑脊液细胞学(阿利新蓝染色与MGG染色)(75%)检出率一致,与临床特征及传统实验室检测方法结合可以有效的提高CM的检出率。此外,mngs在鉴别菌种方面也具有特异性。2.脑脊液中P-tau181可以作为早期鉴别以认知障碍为主要临床表现的CM与AD的一个临床指标,为以认知障碍为主要临床表现的CM患者的早期诊断及治疗提供可靠的依据。第二部分:钙钛矿纳米颗粒在神经胶质瘤细胞中的荧光示踪作用目的:提高全无机铯铅卤化钙钛矿(CsPbX NCs,X=Cl,Br和I)的水稳定性,提高生物相容性,促进其在肿瘤细胞荧光示踪等生物医学领域的应用。方法:1.利用临界状态的零维Cs4Pb Br6纳米颗粒(NCs)水触发原理,产生部分CsPbBr,得到CsPbBr:Cs4Pb Br6 NCs,再将壳聚糖包裹在部分相变的钙钛矿纳米颗粒表面,从而得到壳聚糖包覆的CsPbBr:Cs4Pb Br6 NCs(CsPbBr:Cs4Pb Br6@CS)。2.利用XRD、XPS、FTIR、PL、UV、TEM、HR-TEM、SEM、FT-SAED、EDS等对合成的CsPbBr:Cs4Pb Br6@CS进行结构和性能表征。3.培养神经胶质瘤细胞与CsPbBr:Cs4Pb Br6@CS共孵育,通过共聚焦成像观察CsPbBr:Cs4Pb Br6@CS是否成功转入胶质瘤细胞。4.利用CCK8法、Calcein-AM/PI活细胞/死细胞双染试剂盒以及流式细胞术评估CsPbBr:Cs4Pb Br6@CS的细胞毒性作用。结果:1.合成的CsPbBr:Cs4Pb Br6@CS纳米颗粒尺寸约为5-30nm。壳聚糖的包覆作用不仅可以提高CsPbBr:Cs4Pb Br6 NCs在水中的溶解性,使其可以均匀的分散于水中,而且有效的阻挡了水对CsPbBr:Cs4Pb Br6 NCs的破坏,极大的改善了CsPbBr:Cs4Pb Br6 NCs在水环境中的荧光性能,使其在水中的荧光性能能保持35天以上,并且随着时间的推移CsPbBr:Cs4Pb Br6@CS的荧光性能会出现一个缓慢增强的过程。2.壳聚糖的包覆作用使CsPbBr:Cs4Pb Br6 NCs对神经胶质瘤细胞几乎无毒性(细胞存活率>90%),共聚焦成像图片显示CsPbBr:Cs4Pb Br6@CS均匀的分散于神经胶质瘤细胞胞质中。因此,CsPbBr:Cs4Pb Br6@CS可以成功地应用于细胞荧光成像。结论:1.CsPbBr:Cs4Pb Br6@CS具有优越的荧光性能、超强的水稳定性。2.CsPbBr:Cs4Pb Br6@CS具有良好生物相容性,细胞毒性实验结果表明CsPbBr:Cs4Pb Br6@CS对神经胶质瘤细胞几乎无毒性作用。3.神经胶质瘤细胞对CsPbBr:Cs4Pb Br6@CS具有良好的摄取率,可以作为一种安全、高效、稳定的荧光示踪剂应用于神经胶质瘤细胞的荧光成像。

关键词：隐球菌性脑膜炎 mngs P-tau181 CsPbBr3:Cs4PbBr6@CS 神经胶质瘤细胞存活率

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宏基因二代测序在肺部感染病原菌检测的应用

安徽医科大学学报 2023年第6期58卷 1046-1050页

作者：刘静闫莉莉赵淑贤王永郜玉峰李家斌王保贵安徽医科大学附属阜阳市人民医院感染科阜阳236000 阜阳市第五人民医院呼吸科阜阳236000 安徽医科大学第一附属医院感染科合肥230022

目的分析研究宏基因二代测序技术(mngs)在肺部感染病原菌检测中的应用价值,为临床诊断提供理论依据。方法回顾性选取疑似肺部感染患者161例为研究对象,采集肺泡灌洗液标本、痰液、肺组织活检标本、胸水和血液同时进行常规培养、呼吸道... 详细信息

目的分析研究宏基因二代测序技术(mngs)在肺部感染病原菌检测中的应用价值,为临床诊断提供理论依据。方法回顾性选取疑似肺部感染患者161例为研究对象,采集肺泡灌洗液标本、痰液、肺组织活检标本、胸水和血液同时进行常规培养、呼吸道病原体核酸检测及病原微生物mngs检测,分别计算3种检测方法的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值,评估mngs的临床应用价值。结果161例疑似肺部感染患者中,确定为肺部感染的有113例。入组的161例患者中,mngs灵敏度、阴性预测值相比常规培养及呼吸道病原体核酸检测提高,差异有统计学意义(Pmngs的特异度虽然高于呼吸道病原体核酸检测,但差异无统计学意义。mngs阳性预测值最高,高于呼吸道病原体核酸检测,但是与常规培养相比差异无统计学意义。结论mngs在肺部感染病原微生物诊断中灵敏度均超过了常规培养及呼吸道病原体核酸检测,降低了诊断的假阴性率,综合评价较好;常规培养检测灵敏度低,但特异度较高;呼吸道病原体核酸检测灵敏度相较常规培养有所提高,但其特异度下降。

关键词：肺部感染病原菌检测 mngs 检测效能

宏基因组测序在感染性疾病的临床应用价值回顾性研究

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宏基因组测序在感染性疾病的临床应用价值回顾性研究

作者：魏海巍长春中医药大学

学位级别：硕士

目的:宏基因组测序在感染性疾病中病原学诊断效能对临床应用的价值。方法:收集2020年1月-2023年2月吉林省人民医院及长春中医药大学附属医院因感染性疾病行m NGS检测的75例患者,其中12位患者送检了不同的2份或3份标本,共88份标本报告结... 详细信息

目的:宏基因组测序在感染性疾病中病原学诊断效能对临床应用的价值。方法:收集2020年1月-2023年2月吉林省人民医院及长春中医药大学附属医院因感染性疾病行m NGS检测的75例患者,其中12位患者送检了不同的2份或3份标本,共88份标本报告结果及患者病例资料,对比m NGS检测及传统病原菌检测方法阳性率,检出病原菌情况,回报时间对比,并计算m NGS灵敏度、特异度等。绘制ROC曲线,对比m NGS、传统培养、肺部CT及血常规、CRP、PCT在肺炎诊断中诊断效能。将75例患者根据病情轻重分为重症组及普通组,对比两组临床化验指标及病原学分析,将有统计学意义的指标构建多因素Logistic回归方程,分析在感染性疾病中重症患者的危险因素。结果:1、在88例总标本中m NGS检测阳性率高于传统病原学培养[80.68%(71/88)vs.43.18%(38/88),P<0.001],m NGS(总标本))灵敏度为97.4%,特异度为32%,两种检验方法一致性差(Kappa检验值为0.104,P=0.018);在61例BALF/痰标本中m NGS检测阳性率高于传统培养[90.2%(55/61)vs.52.5%(32/61),P<0.001],m NGS(BALF/痰))灵敏度为88.9%,特异度为30.8%,两种检验方法一致性差(Kappa检验值为0.147,P=0.064);在19例血标本中m NGS检测阳性率高于传统培养[57.9%(11/19)vs.26.3%(5/19),P=0.031],m NGS(血))灵敏度为100%,特异度为57.1%,两种检验方法结果一致性一般(Kappa检验值为0.412,P=0.026)。m NGS与传统培养均阳性的32例样本中,m NGS检测结果与传统培养结果一致26例,符合率为81.25%。2、以小时为单位,m NGS检测时间(采样时间至报告时间)短于传统培养时间[50(48,72)vs.67(48,96),P=0.007],如果m NGS回报时间截点以检测时间至报告时间计算,m NGS回报时间明显短于传统培养回报时间[24(23,24)vs.67(48,96),P<0.001]。3、对于肺炎诊断,绘制ROC曲线,AUC值最大为NGS+肺部CT,AUC为0.819,P<0.001,最佳截断值对应的灵敏度及特异度为65.08%及91.67%;其次为培养+肺部CT,AUC为0.755,P=0.0025,最佳截断值对应的灵敏度及特异度为82.54%及66.67%;再次为肺部CT,AUC为0.754,P=0.0007,最佳截断值对应的灵敏度及特异度为84.13%及66.67%;最后为LYM,AUC值为0.689,P=0.0047,最佳截断值对应的灵敏度及特异度为61.90%及83.33%。4、重症组m NGS检出次数最多的前3位菌种依次为鲍曼不动杆菌、白色念珠菌及铜绿假单胞菌。重症组传统培养检测次数最多的前3位菌种依次为鲍曼不动杆菌、白色念珠菌及铜绿假单胞菌。普通组m NGS检出次数最多的前3位菌种依次为烟曲霉、白色念珠菌、肺炎克雷伯菌。普通组传统培养检测次数最多是白色念珠菌。5、重症组与普通组对比,纳入年龄、鲍曼不动杆菌、淋巴细胞计数构建多因素Logistic回归方程。结果为年龄为感染性疾病发展为重症的促进因素,具有统计学意义(OR=1.064,95%CI 1.018～1.112,P=0.006);鲍曼不动杆菌感染为感染性疾病发展为重症的促进因素,具有统计学意义(OR=9.350,95%CI 1.655～52.494,P=0.011);淋巴细胞计数越高为感染性疾病发展为重症的阻碍因素,差异具有统计学意义(OR=0.187,95%CI 0.058～0.605,P=0.005)。结论:1、在感染性疾病中m NGS对病原菌检出率及检出菌种方面高于传统培养,且耗时更短。2、本研究发现对于肺炎的诊断对比单独肺部CT,m NGS联合肺部CT可增加诊断效能,且优于传统培养联合肺部CT。3、高龄、鲍曼不动杆菌感染以及淋巴细胞计数降低为感染性疾病发展为重症的独立危险因素。

关键词：感染性疾病 mngs 病原菌培养危险因素

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mngs诊断急性Q热二例并文献复习

临床医学进展 2023年第7期13卷 12005-12011页

作者：罗娇和倩黄丽华顾伟蒲艳琳陈会桥朱元昭大理大学第一附属医院感染病科云南大理福贡县人民医院内科云南福贡大理大学第一附属医院老年病科云南大理

目的:加深临床医师对急性Q热的认识,减少慢性Q热的发生。方法:对我院在2023年2月~3月经mngs诊断的2例急性Q热的临床表现、实验室特点总结分析并进行文献复习。结果:2例患者均主要表现为不明原因发热,2例均出现肝功能异常、D-二聚体升高... 详细信息

目的:加深临床医师对急性Q热的认识,减少慢性Q热的发生。方法:对我院在2023年2月~3月经mngs诊断的2例急性Q热的临床表现、实验室特点总结分析并进行文献复习。结果:2例患者均主要表现为不明原因发热,2例均出现肝功能异常、D-二聚体升高、降钙素原升高;血培养、肺CT均无异常。2例均经mngs确诊,并经多西环素或四环素规范治疗,病情好转。结论:急性Q热国外发病率高,但国内报道不多,纠其原因可能是其无特异性临床表现及常规病原学培养阴性,临床中容易误诊漏诊。mngs可快速提供诊断证据,考虑其检查费用昂贵,偏远地区如遇不明原因发热且无法完善mngs检查,可试用四环素类治疗。

关键词： Q热贝纳柯克斯体 mngs 血培养阴性

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mngs在中枢神经系统感染中的作用

内蒙古医学杂志 2023年第12期55卷 1422-1425,1431页

作者：赵洪付俊鲜李天霞乔治东包金平杨晓帆潘浩杨光路内蒙古医科大学附属医院儿科呼和浩特010050

目的探讨宏基因组二代测序(mngs)和传统病原学检测在中枢神经系统感染病原学诊断中的作用。方法收集2020年7月至2023年4月于内蒙古医科大学附属医院住院治疗的中枢神经系统感染病例,分析一般资料、临床表现、传统病原学检查结果及mngs结... 详细信息

目的探讨宏基因组二代测序(mngs)和传统病原学检测在中枢神经系统感染病原学诊断中的作用。方法收集2020年7月至2023年4月于内蒙古医科大学附属医院住院治疗的中枢神经系统感染病例,分析一般资料、临床表现、传统病原学检查结果及mngs结果,以临床诊断为金标准,明确mngs在中枢神经系统感染病原学诊断中的特异性与敏感性。结果入组58例,男性38例(65.52%)、女性20例(34.48%);年龄10.17(5,13.57)岁;病毒性脑炎/脑膜炎39例(67.24%),细菌性性脑膜炎18例(31.03%),寄生虫感染1例(1.72%)。以临床诊断为金标准,将mngs与传统病原学检测结果进行比较,mngs检测方法阳性31例,其中3例与临床诊断不符,真阳性率48.28%(28/58);传统病原学检出14例,其中2例与临床诊断不符,真阳性率为20.69%(12/58),两种检测方法差异有统计学意义(P=0.019)。mngs阳性预测值35.71%,阴性预测值90%,灵敏度76.92%,特异度60%,Kappa值0.262,Youden指数36.92%。结论相比较传统病原学检测,mngs对中枢神经系统感染阳性检出率更高。

关键词： mngs 中枢神经系统感染病毒细菌寄生虫诊断

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mngs诊断极早产儿先天性结核病1例

航空航天医学杂志 2023年第10期34卷 1278-1280页

作者：郭敬姜春明武琨刘家玉卢彩华阜新市第二人民医院(阜新市妇产医院) 辽宁阜新123000 珠海市妇幼保健院广东珠海519060

目的总结用宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mngs)技术诊断极早产儿先天性结核病。方法回顾性分析2018年01月-2022年01月收治的1例极早产儿先天性结核病患儿的临床资料和mngs结果。结果研究的1例极早产儿患儿,胎... 详细信息

目的总结用宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mngs)技术诊断极早产儿先天性结核病。方法回顾性分析2018年01月-2022年01月收治的1例极早产儿先天性结核病患儿的临床资料和mngs结果。结果研究的1例极早产儿患儿,胎龄28周+2,出生体重1100 g,生后出现呼吸困难、呻吟、吐沫,三凹征(+),给予PS及无创呼吸机使用,无创呼吸机共使用37 d。入院时床旁胸片检查回报:双肺纹理增多、增粗、紊乱,边缘模糊,见沿肺纹理分布的斑点状密度增高影,两侧肺门未见增大、增浓。生后14 d胸片回报:双肺纹理增多、增粗、紊乱,边缘模糊。生后30 d当晚出现发热,出现3次呼吸暂停,一直无创呼吸机使用,给予氨苄西林钠联合舒普深抗感染治疗。生后31 d,患儿再次出现发热,皮肤颜色灰暗,改用美罗培南联合氨苄西林钠抗感染治疗。生后34 d,根据患儿情况改用改用万古霉素联合美罗培南抗感染治疗,输注丙种球蛋白3 d。生后34 d床旁胸片检查回报:双肺纹理增多、增粗、紊乱,边缘模糊,见沿肺纹理分布的斑点状密度增高影。生后37 d,转入上级医院共住院6 d,继续美罗培南联合万古霉素抗感染治疗,脑脊液结核菌涂片检查:阴性。脑脊液培养:阴性。生后40 d,经过新型宏基因组下一代测序(mngs)提示:结核分枝杆菌,给予利奈唑胺治疗,并口服一线抗结核药物,异烟肼10 mg/kg·d,利福平15 mg/kg·d,吡嗪酰胺35 mg/kg·d,1次/d口服。此时患儿母亲进行结核病原学检查,诊断为结核性腹膜炎。生后44 d,家属要求出院,自行抱回家中,在家继续口服一线抗结核药物至今,每两周门诊复查肝肾功能及血常规。生后5个月门诊复查,生长发育良好。结论mngs在先天性结核病的诊断中具有重要意义,对先天性结核病的早期诊断、治疗,孕前期、孕期的结核筛查,至关重要。

关键词： mngs 先天性结核病极早产儿