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Molecular Generation and Optimization of Molecular Properties Using a Transformer Model

Big Data Mining and Analytics 2024年第1期7卷 142-155页

作者： Zhongyin Xu Xiujuan Lei Mei Ma Yi Pan School of Computer Science Shaanxi Normal UniversityXi'an 710119China Faculty of Computer Science and Control Engineering Shenzhen Institute of Advanced TechnologyChinese Academy of SciencesShenzhen 518055China

Generating novel molecules to satisfy specific properties is a challenging task in modern drug discovery,which requires the optimization of a specific objective based on satisfying chemical ***,we aim to optimize the properties of a specific molecule to satisfy the specific properties of the generated *** Matched Molecular Pairs(MMPs),which contain the source and target molecules,are used herein,and logd and solubility are selected as the optimization *** main innovative work lies in the calculation related to a specific transformer from the perspective of a matrix *** intervals and state changes are then used to encode logd and solubility for subsequent *** the experiments,we screen the data based on the proportion of heavy atoms to all atoms in the groups and select 12365,1503,and 1570 MMPs as the training,validation,and test sets,*** models are compared with the baseline models with respect to their abilities to generate molecules with specific *** show that the transformer model can accurately optimize the source molecules to satisfy specific properties.

关键词： molecular optimization transformer Matched Molecular Pairs(MMPs) logd solubility

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Quantitative Structure-Permeation Relationships for Hydroxamic Acids Transport across Biological Membrane

Quantitative Structure-Permeation Relationships for Hydroxam...

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13th Asian Chemical Congress

作者： PANDE,Rama RAJWADE,P.Ram School of Studies in chemistry Pt.Ravishankar Shukla UniversityRaipurChhattisgarhIndia-492010

In this study,biological membrane such as inner layer of the egg of Gall domesticus(hen) was used as controlling barriers for permeation of some drug like molecule hydroxamic acids with different molecular weight and ... 详细信息

关键词： Apparent permeability logd QSPR Hydroxamic Acid PCA and PLS

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羟基多氯联苯的理化特性对其与大鼠硫酸基转移酶1A1作用的预测价值

羟基多氯联苯的理化特性对其与大鼠硫酸基转移酶1A1作用的预测价值

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广东省环境诱变剂学会、广东省预防医学会卫生毒理专业委员会2010年学术会议

作者：刘云岗 Michael W.Duffel 南方医科大学公共卫生与热带医学学院毒理学系美国爱荷华大学药学院药物与自然产物化学系

多氯联苯（PCB）是一类持久性环境污染物,虽被禁止商业生产逾30年,但在环境中还广泛存在。PCBs具有多种健康危害作用,包括神经毒性、致癌性及对内分泌系统的干扰等。PCBs在体内的生物活性形式为其羟化代谢物（OHPCB）,后者与硫酸基转移... 详细信息

多氯联苯（PCB）是一类持久性环境污染物,虽被禁止商业生产逾30年,但在环境中还广泛存在。PCBs具有多种健康危害作用,包括神经毒性、致癌性及对内分泌系统的干扰等。PCBs在体内的生物活性形式为其羟化代谢物（OHPCB）,后者与硫酸基转移酶（SULT）的相互作用近十多年来受到重视。一方面硫酸基结合是OHPCB可能的灭活途径,另一方面,OHPCB可能通过抑制其他生理性底物的结合反应而干扰它们（如激素）的体内平衡。例如OHPCB对人类SULT1E1极强的抑制作用被认为与其影响雌激素的灭活有关。大鼠是PCB有关体内研究中常用的实验动物,我们的前期研究发现OHPCB与大鼠SULT1A1的相互作用具有复杂的、机制未明的结构-活性关系,并且此酶用氧化型谷胱甘肽修饰后可以使某些OHPCB从抑制剂转变为底物。本研究分析了不同OHPCB与大鼠SULT1A1形成复合物的解离常数（K）,以及不同OHPCB的酸解离常数（Ka）和辛醇-水分布系数（D）的计算值,以确定这些指标对于预测OHPCB与大鼠SULT1A1相互作用的价值。研究结果显示在巯基还原状态下,作为底物与大鼠SULT1A1反应的初速度和OHPCB的pKa值呈正相关（R=0.92）,而和logd值呈负相关（R=0.86）。作为大鼠SULT1A1抑制剂的OHPCB其半数抑制浓度(IC)则随pKa值的降低而减小,这一现象在用GSH和GSSG预处理后的大鼠SULT1A1之间呈相似结果。在以GSH和GSSG预处理后的大鼠SULT1A1间比较,二者与OHPCB的结合的pKa值没有明显差异,而且不论有无腺苷-3',5'二磷酸（PAP）存在都呈相似结果。因此,pKa和logd值对于OHPCB与大鼠SULT1A1的结合和它们作为底物由大鼠SULT1A1催化与硫酸基结合的反应率具有一定的预测价值。然而,大鼠SULT1A1的巯基氧化还原状态的改变对它催化某些OHPCB的酶促特异性的影响,并非由于不同结构的OHPCB在抑制性的酶-PAP-OHPCB复合物的动态变化中发挥了特异的作用。

关键词： logd 羟基多氯联苯谷胱甘肽二硫键多氯联苯 pKa 硫酸基转移酶

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