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作者：崔杰黑龙江中医药大学

学位级别：硕士

目的:类风湿性关节炎(Rheumatoid arthritis,RA)是以关节滑膜肿胀为主要特征的慢性炎症自身免疫性疾病,发病率为0.5%-]%左右,是世界范围内难治性的重大疾病之一。由于RA的病因与症候的复杂性,目前尚未找到特效的治疗RA的药物,迫切需要... 详细信息

目的:类风湿性关节炎(Rheumatoid arthritis,RA)是以关节滑膜肿胀为主要特征的慢性炎症自身免疫性疾病,发病率为0.5%-]%左右,是世界范围内难治性的重大疾病之一。由于RA的病因与症候的复杂性,目前尚未找到特效的治疗RA的药物,迫切需要开发新型治疗药物。类叶牡丹有效部位能够调控炎症细胞因子水平,调节细胞免疫及体液免疫功能,同时能够抑制血管新生、减缓滑膜血管翳的形成与增殖,减轻关节软骨及骨的破坏,对类风湿性关节炎免疫等亢进性疾病具有良好治疗作用。本文对其抗RA作用及作用机制进行了分析。方法:MTT方法检测类叶牡丹有效部位及其特征性成分对L929细胞的毒性,确定类叶牡丹有效部位及其特征性成分的给药浓度范围;采用MTT方法确定诱导剂TN F-α的诱导浓度并建立小鼠成纤维L929细胞炎性反应模型,采用Elisa酶联免疫技术以IL-6表达水平为指标对类叶牡丹有效部位及其特征性成分的抗炎活性进行比较,通过细胞形态学观察进一步确定有效部位的有效浓度l采用lncrna-mrna芯片技术,筛选空白组与模型组,类叶牡丹有效部位给药组与模型组之间的差异基因,并对数据进行聚类富集分析,寻找类叶牡丹有效部位抗RA的潜在靶点和通路l利用qPCR检测空白组、模型组及给药组三组之间Hist1h2bj、Hist1h2ba、Zfp36、Ccl3、Cxcl2、Egr1的表达情况,验证类叶牡丹有效部位对上述因子的调控作用,以验证与芯片数据的一致性。结果:MTT法测定结果显示,在特征性成分浓度相同时,毒性由大到小顺序为CLC、葳严仙碱B、木兰碱、N-甲基金雀花碱,通过统计学分析计算出类叶牡丹有效部位、CLC、木兰碱、N-甲基金雀花碱、葳严仙碱B的 IC50 值分别为 199.87μg/mL、809.19μM、3172.92μM、4754.46μM、2838.307μM,确定给药浓度范围需低于其IC50值。通过MTT方法确定诱导剂TNF-a的诱导浓度为5 ng/mL,Elisα法检测IL-6的表达水平发现,类叶牡丹有效部位、CLC、木兰碱、N-甲基金雀花碱、葳严仙碱B在降低IL-6水平中均呈现剂量依赖性,同浓度下特征性成分降低IL-6的水平由高到低为CLC>葳严仙碱B>木兰碱>N-甲基金雀花碱。CLC抗炎作用为特征性成分中最好,葳严仙碱B与CLC降低IL-6水平较为接近,但与有效部位相比降低IL-6水平均低于有效部位,选择抗炎效果较好的有效部位进行细胞形态学观察,结果显示,TNF-α诱导后的L929细胞呈现形态轮廓不清晰,边缘不整齐,细胞相对密度减小,大部分细胞皱缩变圆并出现破碎现象。与15.625 μg/mL、3 1.25 μg/mL、62.5 μg/mL类叶牡丹有效部位共同孵育组均能对细胞形态有所修复,细胞轮廓清晰,能明显看到细胞的核仁等内部结构,且细胞数目增多,梭形状态细胞增多,皱形状态细胞减少。当浓度达到125 μg/mL时,反而对细胞形态修复作用减弱,梭形细胞数目减少,皱形细胞数目增多,细胞边缘不清晰,相对密度减小,确定有效部位有效浓度为62.5 μg/mL。lncrna-mRN A芯片数据显示,TNF-α模型组与空白组相比,差异基因总数为433条,其中上调基因298条,下调基因135条;类叶牡丹有效部位给药组与模型组相比,差异基因总数为384条,其中上调基因202条,下调基因1 82条。筛选获得与药物作用显著相关基因:Hist 1 h2ak、Hist 1 h2bf、Hist1h2ba、Hist1h2ao、Hist1h2an、Jun、Hist1h2ai、Hist1h2ag、Hist1h3a、Hist1h3i、Hist1h2bc、Hist1h2bn、Hist1h3e、Hist2h4、Hist1h2af、Hist1h4j、Hist1h3g、Hist1h4f、Hist1h4k、Hist1h4c、Ptgs2、Egr1、Tlr2、Hist1h1a、Serpine1、Ccl7、Fosb、Nfkbia、Ccl3、Cyr61、Lrr1、Ier2、Cdkn3、Cxcl3、Kif11、Psmd8、Dub2a、Tmeml73、Dub1、Klf6、Cab391、Dusp5、Gdfl5,且对于参与RA发生和发展的多条通路有显著作用,通过基因芯片数据GO富集分析,发现类叶牡丹有效部位在分子功能上主要作用于趋化因子,在生物过程中主要影响蛋白DNA复合物的组装、核小体组装、染色质组装与分解、DN A合成、DN A构象变化、蛋白聚合细胞白细胞介素-1响应,在细胞组成中主要对核核小体和核小体有影响,用富集原理得出具有富集功能的KEGG pathway,发现类叶牡丹有效部位主要影响了细胞的营养物质的代谢(类固醇、糖类、氨基酸、维生素等物质的代谢与合成),还影响了 NF-κB信号

关键词：类叶牡丹抗RA作用 lncrna-mrna 基因芯片

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系统型硬化症尿液lncrna-mrna差异表达基因筛选及生物信息学分析

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生物信息学 2023年第1期21卷 68-76页

作者：曾惠琼卢小平颜真波柳梅芬叶志中深圳市福田区风湿病专科医院广东深圳518040

为探讨系统性硬化症(SSc)患者尿液样本中的长链非编码RNA(lncrna)、信使RNA(mrna)的表达谱和生物学功能。选取6名SSc患者和3名健康对照者(HC),采集样本为中段晨尿,应用mrna和lncrna微阵列检测总RNA表达变异,SSc组与HC组相比。检测尿液ln... 详细信息

为探讨系统性硬化症(SSc)患者尿液样本中的长链非编码RNA(lncrna)、信使RNA(mrna)的表达谱和生物学功能。选取6名SSc患者和3名健康对照者(HC),采集样本为中段晨尿,应用mrna和lncrna微阵列检测总RNA表达变异,SSc组与HC组相比。检测尿液lncrna和mrna表达,Gene ontology(GO)分析Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)信号通路分析差异表达的lncrna功能分布;STRING在线网站和Cytoscape软件网络应用分析构建蛋白质相互作用网络(PPI)并筛选出核心基因(Hub Gene)。结果发现:与HC相比,SSc患者尿液中共有645个(上调546,下调99)mrna和1888个(上调1647,下调241)lncrna差异表达(Fold Change绝对值≥2,且P≤0.05)。KEGG通路结果显示富集TGF-β信号通路、氧化磷酸化、磷酸戊糖通路。SSc的GO分析显示与转录调控、DNA去甲基化、白介素6反应等相关;PPI网络分析表明主要富集在氧化磷酸化、细胞凋亡、自噬途径通路。通过采用lncrna基因芯片分析SSc患者尿液样本,发现存在异常表达的lncrna和mrna,说明SSc尿液生物学特征与HC组存在差异改变;尿液lncrna可能可以为该病提供生物标志物及治疗靶点研究方向和手段,尿液线粒体基因可能是SSc生物标记物。

关键词：生物学分析 lncrna-mrna 系统性硬化症

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影响绵羊肌内脂肪沉积的lncrna-mrna的鉴定分析

影响绵羊肌内脂肪沉积的lncRNA-mRNA的鉴定分析

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第九届全国畜牧兽医青年科技工作者学术研讨会

作者：贺建宁韩福慧赵然然李兰兰李倩柳楠青岛农业大学动物科技学院

引言近年来,肥羔肉因其瘦肉率高、口感鲜嫩、营养价值高、胆固醇含量不高等特点使得市场需求量不断上升,羊肉肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)的沉积量在一定程度上决定了口感品质。有研究显示,lncrnas在众多的生化过程中起调控作用,然... 详细信息

引言近年来,肥羔肉因其瘦肉率高、口感鲜嫩、营养价值高、胆固醇含量不高等特点使得市场需求量不断上升,羊肉肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)的沉积量在一定程度上决定了口感品质。有研究显示,lncrnas在众多的生化过程中起调控作用,然而其调控绵羊IMF沉积的研究尚未见报道。绵羊IMF沉积模式复杂,受遗传和环境的共同调控,鉴定调控IMF沉积的基因能为进一步研究该性状奠定理论基础。通过组学技术挖掘人类和畜禽性状的功能基因为动物育种科学研究提供了广阔的平台。

关键词： IncRNA lncrna-mrna 肌内脂肪沉积鉴定分析

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家蚕遗传雄性不育突变体（JMS）和其野生型精巢的差异lncrna-mrna调控网络分析

家蚕遗传雄性不育突变体（JMS）和其野生型精巢的差异lncRNA-mRNA...

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中国蚕学会2023年学术年会

作者：黄天晨赵巧玲

非编码RNA在表观调控等方面扮演着相当重要的角色,其不仅限于染色质调节,无膜核小体组装,细胞质mrna稳定性和翻译水平,干扰信号通路等方面发挥着重要作用。组织特异性和环境特异性的表达模式表明,lncrna是潜在的生物标志物在基因表达调... 详细信息

非编码RNA在表观调控等方面扮演着相当重要的角色,其不仅限于染色质调节,无膜核小体组装,细胞质mrna稳定性和翻译水平,干扰信号通路等方面发挥着重要作用。组织特异性和环境特异性的表达模式表明,lncrna是潜在的生物标志物在基因表达调控、发育、生殖和免疫反应中发挥着重要作用。在哺乳动物睾丸中发现具有组织特异性lncrnas对睾丸成熟、精子活力、精子获能、减数分裂和精子发生的影响,但在昆虫中相关lncrna研究甚少。本研究通过对雄性不育品种与野生型家蚕精巢组织的全转录组测序分析,为家蚕雄性不育关键基因、lncrna及其互作等在家蚕精子发生作用机制的研究提供新思路。

关键词：特异性表达 lncrnas lncrna-mrna 雄性不育突变体 JMS 野生型网络分析

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家蚕应对微孢子虫侵染的长链非编码RNA的筛选及其研究

家蚕应对微孢子虫侵染的长链非编码RNA的筛选及其研究

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作者：浦仕奇江苏科技大学

学位级别：硕士

lncrna(long non-coding RNA)具有多种复杂的功能,它们不仅可以影响生命体的表观遗传,还可以影响基因的转录前后调控,在生命过程中的各个阶段发挥着不可替代的重要作用。目前lnc RNA在病原和宿主互作的研究,主要集中在人和小鼠等哺乳动... 详细信息

lncrna(long non-coding RNA)具有多种复杂的功能,它们不仅可以影响生命体的表观遗传,还可以影响基因的转录前后调控,在生命过程中的各个阶段发挥着不可替代的重要作用。目前lnc RNA在病原和宿主互作的研究,主要集中在人和小鼠等哺乳动物以及一些模式生物上。随着lnc RNA研究的不断深入,lnc RNA的功能不断被揭示,其在昆虫病原与宿主互作中的作用也开始被关注,伴随着测序技术的发展,越来越多的昆虫lnc RNA被鉴定出来,因此急需更多的分子生物学研究来鉴定这些lcn RNA。微孢子虫是一类可以感染脊椎动物和无脊椎动物的专性胞内寄生生物,分布广泛,种类繁多。家蚕微孢子虫(Nosema bombycis,Nb)通过感染家蚕(Bombyx mori)引起的微粒子病(P?brine disease),是蚕业生产的重大威胁。目前生产上对家蚕微粒子病的防治还是以预防为主。微孢子虫感染宿主后,会导致宿主体内大量应答基因的表达发生变化,其中就包含lnc RNA。但是目前对宿主lnc RNA在家蚕-微孢子虫互作中的作用机制未见报道。因此,鉴定与Nb感染相关的lnc RNAs及其功能,可为揭示Nb感染家蚕的致病机理及家蚕-微孢子虫的互作机制提供新的理论依据,对鉴定家蚕病微粒子病的开展与防治研究具有重要的科学理论意义和实际应用价值。本研究采用全转录组测序技术,筛选了与Nb感染相关的家蚕lnc RNAs,并对部分关键lnc RNA进行功能研究。通过分析目的lnc RNA的在Nb感染不同时间的表达情况、不同组织的表达情况、体外过表达和敲降目的lnc RNA对Nb复制的影响,从而探究家蚕lnc RNA在宿主应答Nb侵染过程中的机制和功能。相关研究结果如下:***感染相关的lnc RNA及m RNA的筛选收集正常的家蚕中肠组织为对照组(CK组),感染Nb72h后的家蚕中肠组织为实验组(Nb组),每个组设置三个重复。分别提取中肠组织总RNA,进行全转录组分析、测序。使用生物信息学的方法,分析筛选感染Nb后家蚕中肠差异表达的lnc RNA;通过DEseq软件,log2(FC)>1.5,P value<0.05,来筛选受到Nb影响的中肠组织的差异表达lnc RNA及差异表达m RNAs。使用生物信息学软件预测差异表达lnc RNA的顺式作用基因与反式作用基因,并进行GO富集和KEGG富集分析。最终从CK组和Nb组的lnc RNAs样本中共筛选获得了1444个lnc RNA,共有42个差异表达的lnc RNA,其中27个上调,15个下调;还获得305个差异表达的m RNA,其中159个上调,146个下调。GO及KEGG富集分析结果表明差异表达lnc RNA靶基因主要参与了能量代谢、RNA结合、细胞凋亡、免疫过程和能量物质运输等过程。***857.1的克隆及其鉴定利用PCR技术克隆了MSTRG857.1基因,序列全长为420bp。使用RT-q PCR的方法检测MSTRG857.1在家蚕各组织中的表达情况,发现MSTRG857.1在家蚕卵巢,精巢,血液,脂肪体,中肠,丝腺,头,皮和马氏管中均有表达,在脂肪体和中肠组织中表达量最高。通过检测MSTRG857.1在家蚕中肠组织中各个时间点的表达情况时发现,与对照组相比,在Nb感染家蚕48h后,中肠组织中MSTRG857.1的表达水平显著增加。***857.1在Nb复制中的作用利用昆虫表达载体p IZ/V5-Mcherry-His以基于敲降技术分别在细胞中过表达和敲降MSTRG857.1。结果发现,过表达MSTRG857.1后能够促进Nb的复制,而降低MSTRG857.1表达可抑制Nb的复制。结果表明,MSTRG857.1对Nb的复制可能具有促进作用。此外,通过lnc RNA-m RNA关联分析发现FADD是MSTRG857.1的反式靶基因,通过实验发现MSTRG857.1的过表达,可使得FADD的表达量上升,敲降MSTRG857.1,可使FADD的表达量下降。此外,过表达MSTRG857.1可以抑制Bm N细胞的凋亡。

关键词：家蚕家蚕微孢子虫 lncrna lncrna-mrna 宿主-微孢子互作

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