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Critical roles of non-coding RNAs in lifecycle and biology of Marek's disease herpesvirus

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Science China(Life Sciences) 2023年第2期66卷 251-268页

作者： Man Teng Zhi-Jian Zhu Yongxiu Yao Venugopal Nair Gai-Ping Zhang Jun Luo Key Laboratory of Animal Immunology Ministry of Agriculture and Rural Affairs of China&Henan Provincial Key Laboratory of Animal ImmunologyHenan Academy of Agricultural SciencesZhengzhou 450002China UK-China Centre of Excellence for Research on Avian Diseases Henan Academy of Agricultural SciencesZhengzhou 450002China School of Biological and Food Processing Engineering Huanghuai UniversityZhumadian 463000China The Pirbright Institute&UK-China Centre of Excellence for Research on Avian Diseases PirbrightAsh RoadGuildfordSurrey GU240NFUnited Kingdom International Joint Research Center of National Animal Immunology&College of Veterinary Medicine Henan Agricultural UniversityZhengzhou 450002China Jiangsu Co-Innovation Center for the Prevention and Control of Important Animal Infectious Disease and Zoonoses Yangzhou UniversityYangzhou 225009China Key Laboratory of Animal Disease and Public Safety College of Animal Science and TechnologyHenan University of Science and TechnologyLuoyang 471003China

Over the past two decades, numerous non-coding RNAs(ncRNAs) have been identified in different biological systems including virology, especially in large DNA viruses such as herpesviruses. As a representative oncogenic alphaherpesvirus, Marek’s disease virus(MDV) causes an important immunosuppressive and rapid-onset neoplastic disease of poultry, namely Marek’s disease(MD). Vaccinations can efficiently prevent the onset of MD lymphomas and other clinical disease, often heralded as the first successful example of vaccination-based control of cancer. MDV infection is also an excellent model for research into virally-induced tumorigenesis. Recently, great progress has been made in understanding the functions of ncRNAs in MD biology.Herein, we give a review of the discovery and identification of MDV-encoded viral miRNAs, focusing on the genomics,expression profiles, and emerging critical roles of MDV-1 miRNAs as oncogenic miRNAs(oncomiRs) or tumor suppressor genes involved in the induction of MD lymphomas. We also described the involvements of host cellular miRNAs, lincrnas, and circRNAs participating in MDV life cycle, pathogenesis, and/or tumorigenesis. The prospects, strategies, and new techniques such as the CRISPR/Cas9-based gene editing applicable for further investigation into the ncRNA-mediated regulatory mechanisms in MDV pathogenesis/oncogenesis were also discussed, together with the possibilities of future studies on antiviral therapy and the development of new efficient MD vaccines.

关键词： herpesvirus MDV miRNA lincrna circRNA CRISPR pathogenesis oncogenesis

益气逐瘀解毒颗粒调控相关lincrna抗肝纤维化作用的研究

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四川中医 2023年第4期41卷 43-48页

作者：邓秀秀李晖张泽凤陈婧曾子键董海舰陶雨静郭佳玲成都中医药大学附属医院中心实验室四川成都610072 成都市郫都区中医医院四川成都611730

目的:通过体内、外实验研究益气逐瘀解毒颗粒(YQZYJD)调控相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)的表达抗肝纤维化的作用。方法:体内实验采用CCl_(4)构建小鼠肝纤维化模型,给予YQZYJD灌胃治疗8周;体外实验分离、诱导原代肝星... 详细信息

目的:通过体内、外实验研究益气逐瘀解毒颗粒(YQZYJD)调控相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)的表达抗肝纤维化的作用。方法:体内实验采用CCl_(4)构建小鼠肝纤维化模型,给予YQZYJD灌胃治疗8周;体外实验分离、诱导原代肝星状细胞(Primary hepatic stellate cells,p-HSCs)活化,给予YQZYJD水提物干预120h。结果:与模型对照组相比,YQZYJD显著降低小鼠肝组织纤维化程度,YQZYJD组α1-Ⅰ型胶原基因(Collagen typeⅠalpha 1,COL1α1)、α-平滑肌肌动蛋白(alpha smooth muscle Actin,α-SMA)蛋白水平显著降低(P<0.01),肺腺癌相关转录本1(Metastasis-Associated Lung Adenocarcinoma Transcript 1,Malat1)、同源盒转录反义RNA(Homeobox transcript antisense RNA,Hotair)、核旁装配转录本1(Nuclear paraspeckle assembly transcript 1,Neat1)mRNA的表达显著降低(P<0.05或P<0.01),母系表达基因3(Maternally expressed gene 3,Meg3)、信息沉默调节因子1(Silent information regulator 1,Stirt1)mRNA表达显著升高(P<0.01);此外,p-HSCs经YQZYJD处理120h后,YQZYJD组Malat1、Hotair mRNA表达降低,Neat1mRNA表达升高,Meg3mRNA表达降低,Stirt1mRNA表达显著升高(P<0.01),YQZYJD组COL1α1、α-SMA蛋白表达显著降低(P<0.01)。结论:YQZYJD可通过上调具有抑制HSCs活化作用的Meg3表达,下调促进HSCs活化作用的Hotair、Malat1表达,减少其对Stirt1的靶向作用,发挥抗肝纤维化的作用。

关键词：益气逐瘀解毒颗粒肝纤维化 p-HSCs lincrna

lincrna Z38对胃癌细胞增殖、迁移及肿瘤微环境的研究

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LincRNA Z38对胃癌细胞增殖、迁移及肿瘤微环境的研究

作者：苗喜梅内蒙古医科大学

学位级别：硕士

目的:作为细胞间的“信使”,外泌体通过介导细胞间通信、传递细胞间大分子物质在参与促肿瘤微环境及肿瘤生物学进程中发挥重要作用,其内携带的长链非编码RNA(Long non-coding RNA,linc RNA)在肿瘤的发生、发展及肿瘤转移微环境中发挥重... 详细信息

目的:作为细胞间的“信使”,外泌体通过介导细胞间通信、传递细胞间大分子物质在参与促肿瘤微环境及肿瘤生物学进程中发挥重要作用,其内携带的长链非编码RNA(Long non-coding RNA,linc RNA)在肿瘤的发生、发展及肿瘤转移微环境中发挥重要作用。为进一步探讨其功能和生物学机制,本研究于外周血清及细胞培养基中提取外泌体,检测外泌体中Z38基因的表达;并通过干扰及过表达该基因,来研究该基因对胃癌SGC7901细胞的生物学影响,及沉默和过表达Z38基因后,STK15、MMP-9 m RN及蛋白的表达,为后期胃癌及胃癌肝转移的生物治疗奠定基础。方法:提取人胃粘膜上皮GES-1细胞及胃癌SGC7901细胞培养基、胃正常及胃癌肝转移患者外周血清中的外泌体,采用RT-PCR法检测Z38基因的表达。构建Z38过表达质粒、设计si RNA,利用阳离子聚合物聚乙烯亚胺(PEI)转染对数期胃癌SGC7901细胞,将细胞分为空白组(不做任何处理)、阴性对照组(转染无关干扰)、沉默组(转染Z38干扰片段)、过表达组(转染Z38过表达质粒),转染48h后在激光共聚焦显微镜下观察细胞转染效率,并提取细胞总RNA和总蛋白,通过实时荧光定量PCR和Western-blot法来检测SGC7901细胞中STK15、MMP-9 m RNA及蛋白的表达;将SGC7901细胞种于六孔板中,采用CCK8、划痕实验检测沉默与过表达Z38基因后,胃癌SGC7901细胞的增殖活性和迁移能力的变化;采用细胞流式技术检测经过表达及沉默Z38基因后各组细胞周期及凋亡情况。结果:(1)成功提取外周血清及培养基中的外泌体,并验证Z38基因在胃癌SGC7901细胞培养基及胃癌肝转移患者外周血清外泌体中高表达;(2)PEI转染SGC7901细胞48 h后,沉默组细胞可见红色荧光、过表达组SGC7901细胞可见绿色荧光,明场下细胞死亡数少,m RNA水平验证Z38基因能够被成功干扰及过表达;(3)经si RNA沉默,Z38基因的m RNA下调量分别为si RNA-1:38.0%、si RNA-2:64.0%、、si RNA-3:14.1%,si RNA-2组转染效率明显高于si RNA-1、si RNA-3组,si RNA-2的沉默效果最为显著(P<0.01);过表达组SGC7901细胞在转染48h后镜下可见明显绿色荧光,结合实时荧光定量PCR结果显示,较阴性对照组,过表达组Z38的m RNA表达水平显著增高,具有显著差异(P<0.01)。Western-blot结果显示,沉默组STK15蛋白较阴性对照组显著降低(p<0.05),而过表达组STK15蛋白表达显著升高(p<0.01);沉默组MMP-9蛋白表达显著降低(p<0.01),过表达组MMP-9蛋白表达显著升高(p<0.01);(4)划痕结果显示:沉默组细胞的迁移能力较阴性对照组受到抑制(p<0.05),而过表达组细胞的迁移能力较阴性对照组显著增强(p<0.05);(5)CCK8实验结果显示:较阴性对照组,沉默组SGC7901细胞活力明显降低(p<0.05),而过表达组SGC7901细胞活力显著增强(p<0.05);(6)细胞流式结果显示:较阴性对照,沉默组细胞S期、G/M期中细胞数量明显减少(p<0.05),表明沉默组细胞主要在S期受到抑制,阻断细胞由S期向G/M期的进程;沉默组凋亡率较阴性对照组显著上调,过表达组的平均凋亡率下调,差异均具有统计学意义(p<0.01)。结论:(1)转染Z38过表达质粒显著提高了Z38的m RNA表达量、转染si RNA降低了Z38 m RNA的表达,结合显微镜下观察到绿色荧光及红色荧光,说明成功转染了p LVX-EFIa-IRES-GFP-Z38质粒及si RNA,成功使人胃癌SGC7901细胞实现Z38基因的过表达及沉默。(2)划痕、CCK8及细胞流式结果证明Z38作为癌基因能够促进SGC7901细胞的迁移、增强增殖活性、抑制胃癌细胞凋亡;反之,沉默Z38基因的表达可以抑制SGC7901细胞活性、抑制迁移、促进胃癌细胞凋亡。(3)周期结果显示沉默Z38基因阻断了细胞由S期向G/M期的转换,从而阻滞胃癌细胞的有丝分裂。(4)沉默SGC7901胃癌细胞Z38基因的表达,STK15、MMP-9的m RNA水平及蛋白水平下调,而过表达Z38基因的表达,STK15、MMP-9的m RNA水平及蛋白水平上调,说明通过沉默Z38可以抑制STK15、MMP-9的表达,linc RNA Z38可能通过调控STK15、MMP-9的表达实现抗肿瘤的作用,抑制胃癌转移进程。

关键词： SGC7901细胞外泌体 lincrna Z38 肿瘤微环境

绝经后骨质疏松症肾阴虚证关联lincrna uc431+的表达研究

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中国骨质疏松杂志 2016年第8期22卷 966-971页

作者：李生强许惠娟陈娟谢丽华谢冰颖葛继荣福建省中医药研究院基础医学研究所骨质疏松证候基因组学研究室福州350003

目的探讨lincrna uc431+与绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,POP)肾阴虚证的关系及其二级结构特征。方法在前期研究证实了CLCF1是POP肾阴虚证的重要关联基因,并在血液lncRNA芯片检测中筛选了POP肾阴虚证的特异lincrnas,本... 详细信息

目的探讨lincrna uc431+与绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,POP)肾阴虚证的关系及其二级结构特征。方法在前期研究证实了CLCF1是POP肾阴虚证的重要关联基因,并在血液lncRNA芯片检测中筛选了POP肾阴虚证的特异lincrnas,本文采用blat软件对靶基因为CLCF1的lncRNA进行分析;采用分析软件RNAfold对lncRNA及其二级结构进行预测;随机选择绝经后骨质疏松症患者,中医辨证分型为肾阴虚证组25例,健康绝经后妇女25例设为正常对照组。用定量PCR技术检测绝经后骨质疏松症肾阴虚证组、对照组外周血lincrna uc431+及CLCF1的表达水平。结果 blat软件预测lincrna uc431+的靶基因为CLCF1,相关系数为-0.8192(P=0.0069);RNAfold软件预测发现lincrna uc431+有多个茎环结构;实时荧光定量PCR结果表明,POP肾阴虚证组CLCF1 mRNA表达水平明显低于对照组(Plincrna uc431+在POP肾阴虚证组中表达出现降低,与对照组相比,差异具有统计学意义(Plincrna uc431+的表达下调可能与绝经后骨质疏松症肾阴虚证相关联。

关键词：中医中药绝经后骨质疏松症肾阴虚证 lincrna

lincrna竞争性结合miRNA的序列结构分析

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LincRNA竞争性结合miRNA的序列结构分析

作者：施伟南京航空航天大学

学位级别：硕士

基因间长链非编码RNA(large intergenic non-coding RNA,linc RNA)是指基因间不编码蛋白质的长度大于200nt的RNA。最初,linc RNA被认为是基因组转录的“噪声”,不具备任何生物学功能。然而,随着第二代测序技术的发展及其所产生的大量数... 详细信息

基因间长链非编码RNA(large intergenic non-coding RNA,linc RNA)是指基因间不编码蛋白质的长度大于200nt的RNA。最初,linc RNA被认为是基因组转录的“噪声”,不具备任何生物学功能。然而,随着第二代测序技术的发展及其所产生的大量数据,越来越多的linc RNA被识别,引起了人们的重视。至今,已有超过12000的linc RNAs被收录在人类基因组中。linc RNA参与转录调控和表观遗传调控,并且在多种疾病中发挥作用。另外,lin RNA和m RNA一样能和mi RNA结合,并通过该机制对m RNA的表达进行间接调控。基于linc RNA与m RNA竞争结合mi RNA的功能,我们分析linc RNA的序列结构特征,并分析linc RNA与m RNA的序列结构特征的差异。首先,我们将从TCGA网站下载的卵巢浆液性囊腺癌中的基因芯片表达谱整理成linc RNA,m RNA和mi RNA的表达数据矩阵。基于表达数据阵列,采用MINDy算法识别影响m RNA-mi RNA表达关系的linc RNAs。linc RNA,m RNA,mi RNA组成三元组,依据三元组中linc RNA表达值的高低将样本分成两个子集,ΔI代表两个子集中m RNA和linc RNA的互信息差值。ΔI的绝对值越高,linc RNA对mi RNA和m RNA表达关系的影响越大。我们得到上百万个ΔI不为0的三元组,说明linc RNA对m RNA-mi RNA的关系有一定的调控作用。其次,我们分析linc RNA的序列结构特征与linc RNA对m RNA-mi RNA表达关系调控作用的关系。结果显示linc RNA自身的一些特征,如序列长度,二级结构会在一定程度上影响linc RNA的作用。linc RNA上靶点区域的相关特征和linc RNA-mi RNA双链结合特征同样也会影响linc RNA的作用,包括靶点处的AU含量,靶点在序列上的位置以及linc RNA-mi RNA双链的最小自由能。此外,一些特定的SNP会破坏linc RNA局部乃至整体的结构,进而对linc RNA结合mi RNA产生影响。最后,围绕ΔI绝对值大于0.2的三元组,分析比较linc RNA和m RNA各自结合mi RNA的相关特征。我们发现m RNA的3’UTR长度比linc RNA序列长,在整条序列和序列上靶点区域的AU含量均大于linc RNA,而这些特征都是有利于结合mi RNA的。m RNA-mi RNA的双链结构比linc RNA-mi RNA的双链稳定,mi RNA在m RNA上的结合位点分布在序列两端而linc RNA上靶点分布较均匀。总体上,m RNA的序列结构特性比linc RNA更易与mi RNA结合。

关键词： lincrna 结合位点 MINDy算法序列结构特征 SNP

黄酒酵母氮代谢相关lincrnas的生物信息学分析

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黄酒酵母氮代谢相关lincRNAs的生物信息学分析

作者：李高磊浙江工商大学

学位级别：硕士

黄酒作为世界三大发酵酒之一,具有悠久的历史与丰富的营养价值。黄酒发酵环境富含各种氮源,酿酒酵母对不同氮源的利用存在偏好性,而黄酒发酵中产生的有害物质与酵母对氮源的偏好性利用有关。氮代谢及其调节已被证明在蛋白质、氨基酸和... 详细信息

黄酒作为世界三大发酵酒之一,具有悠久的历史与丰富的营养价值。黄酒发酵环境富含各种氮源,酿酒酵母对不同氮源的利用存在偏好性,而黄酒发酵中产生的有害物质与酵母对氮源的偏好性利用有关。氮代谢及其调节已被证明在蛋白质、氨基酸和其他含氮化合物的分解代谢和合成代谢中起至关重要的作用。黄酒酵母作为一种酿酒酵母,广泛用于黄酒的生产发酵。但是黄酒中过量的有害物质阻碍了黄酒工业的发展,其中具有代表性的就是氨基甲酸乙酯（ethyl carbamate,EC）。EC主要由酒中的乙醇和尿素产生,这些EC前体成分主要由酵母细胞内的精氨酸-脲酶途径分解精氨酸生成,而黄酒的发酵原料中含有丰富的精氨酸。但目前对于酵母在不同氮源下的基因转录表达与互作网络仍需深入研究。近年来非编码RNA已成为生物学研究热点,但是长链基因间非编码RNA（long intergenic non-coding RNA,lincrna）在酿酒酵母氮代谢调控作用机制尚未有深入研究。本课题利用转录组学与代谢组学分析方法,研究lincrna在酿酒酵母氮代谢调控中的作用,主要内容如下:1)以模式酿酒酵母菌株S288c为研究对象,分析其在29种不同氮源下的转录表达谱。以尿素作为对照氮源,计算了差异表达基因间的共表达关系。结果显示在氮代谢调节中,二氧代羧酸通路与氨基酸的生物合成通路高度相关,细胞自噬、碳代谢、内质网上的蛋白质的处理、过氧化物酶体通路间高度相关。BCY1、CUE5、OXR1、GLC8、BBC1参与细胞膜、线粒体与核之间的物质运输与氧化磷酸化,KAP123、GCD6、RRP1、GUA1、SPA2参与核糖体的合成与酵母的一般氨基酸控制（General amino acid control,GAAC）调控,以它们为核心的共表达网络与精氨酸的代谢高度相关。功能预测结果表明,模块中的lincrna主要通过影响囊泡介导的转运、呼吸链复合体、核糖体与蛋白质的合成来发挥调控作用。2)以两株不同产尿素能力的黄酒酵母为研究对象,采用链特异性RNA-Seq技术鉴定新lincrna,探索在精氨酸为唯一氮源条件下,不同产尿素水平菌株背后的转录表达差异。结果显示,差异基因主要富集在辅助因子的生物合成、核糖体的生物合成、氨基酸的生物合成、碳代谢、内吞作用、减数分裂等途径。转录组与代谢组联合分析结果表明,三个lincrna在调控网络中起关键作用,分别是MSTRG.6382.1、MSTRG.5813.1、MSTRG.6406.1。MSTRG.6382.1的调控作用与mRNA乙酰化和维生素的B6新陈代谢相关;MSTRG.5813.1的调控作用与三羧酸循环和核糖体上的翻译相关;MSTRG.6406.1的调控与酵母的自噬行为相关。综上所述,本研究鉴定了与酿酒酵母氮代谢的相关lincrnas,为酿酒酵母的基因工程提供了新靶点,有助于优化黄酒的生产工艺,促进黄酒产业的升级。

关键词：黄酒酿酒酵母氮代谢 lincrna 精氨酸

lincrna HOTAIR诱导乳腺癌细胞上皮间质转化的研究

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LincRNA HOTAIR诱导乳腺癌细胞上皮间质转化的研究

作者：杨韬第四军医大学

学位级别：硕士

研究背景乳腺癌发病率目前位居世界女性肿瘤第一位，严重危害女性的身心健康。目前每年全球约有120万女性发病，约50万妇女死于乳腺癌。近十年来我国乳腺癌发病率呈快速上升趋势，但是发病年龄却在不断下降，因此乳腺癌的发生发展机制... 详细信息

研究背景乳腺癌发病率目前位居世界女性肿瘤第一位，严重危害女性的身心健康。目前每年全球约有120万女性发病，约50万妇女死于乳腺癌。近十年来我国乳腺癌发病率呈快速上升趋势，但是发病年龄却在不断下降，因此乳腺癌的发生发展机制的研究有重要实际意义。科研人员于11年前首次发现大型插入型非编码RNA(Large interveningnon-coding RNA，lincrna)，这是一类长度从几百到上万个核苷酸不等的RNA分子。在哺乳动物基因组中1%的序列转录本为编码RNA，但是基因组中lincrna的序列转录本却高达4%%。因为lincrna本身并不编码蛋白质，因此最初被看作是RNA聚合酶II转录的副产物，并没有生物学功能。然而近年来的研究表明，lincrna参与了X染色体沉默、染色质修饰、转录激活及转录干扰等重要调控过程。HOTAIR作为lincrna的成员之一，与乳腺肿瘤的发生、发展密切相关。HOTAIR是HOXC基因簇的一条反义链，作为组蛋白修饰复合物的脚手架，其5’端结构域与PRC2复合体结合，3’端结构域与LSD1/CoREST/REST复合体结合。而HOTAIR能同时结合这两个复合体，并将其募集到特异性的基因组位点，从而使该染色体处于封闭状态而使其基因沉默。上皮间质转化(epithelia-mesenchymal transition，EMT)是具有极性的上皮细胞转化为具有活动能力的间质细胞，并获得侵袭与迁移能力的过程。EMT存在于人体多个生理和病理过程中，其发生涉及多个信号转导通路与分子机制，并与钙连接素，生长因子，转录因子与微环境等有关。现已证实EMT与肿瘤细胞的侵袭和转移密切相关。目的探讨HOTAIR与EMT的关系，并通过实验证实二者是否存在相关性，为阐明乳腺癌的发生发展机制提供一定的理论支持;通过构建HOTAIR真核表达载体，并利用过表达及干涉技术检测HOTAIR在乳腺癌细胞系中的表达，研究其对乳腺癌细胞系EMTI发生的影响;收集临床乳腺癌组织标本，通过与癌旁组织标本对照，从组织层面进一步证明了HOTAIR与EMT之间是否存在相关性。方法 1)检测HOTAIR在人乳腺癌细胞系中的表达。常规培养人乳腺癌细胞系SKBR3、MDA-MB-231、MDA-MB-435、MDA-MB-468、MCF-7、T47D、BT549，通过实时定量PCR和RT-PCR，筛选出高表达HOTAIR的乳腺癌细胞系MDA-MB-231;2)构建HOTAIR真核表达载体。我们成功筛选出高表达HOTAIR的乳腺癌细胞系MDA-MB-231后，利用RT-PCR克隆出全长的HOTAIR，并将其克隆入载体pcDNA3.0，挑选单克隆后双酶切鉴定并送测序，证实HOTAIR真核表达载体是否构建成功;3)检测过表达或干涉HOTAIR对乳腺癌细胞系的影响。成功构建HOTAIR真核表达载体后，在乳腺癌细胞系MDA-MB-231中过表达HOTAIR，通过实时定量PCR检测HOTAIR的表达水平，Western blot检测了EMT相关分子的蛋白表达水平，Transwell实验观察了过表达HOTAIR后细胞侵袭能力是否发生变化，划痕实验观察了细胞迁移能力是否发生变化;将siHOTAIR转染乳腺癌细胞系MDA-MB-231后，实时定量PCR检测了HOTAIR的表达水平，Western blot检测了EMT相关分子的蛋白表达水平，Transwell实验观察了干涉HOTAIR后细胞侵袭能力是否发生变化，MTT法检测了干涉HOTAIR后细胞增殖情况，流式细胞术检测了干涉HOTAIR后细胞凋亡情况，间接免疫荧光观察了干涉HOTAIR后Snail分子在细胞中的表达情况;4)检测乳腺癌组织标本中HOTAIR的表达。为了从组织层面进一步说明HOTAIR与EMT的关系，我们从西京医院乳腺外科收集了乳腺癌及对应的癌旁组织标本，通过实时定量PCR检测了其中HOTAIR的表达水平，又通过免疫组化实验检测了EMT相关分子的蛋白表达水平。结果 1) HOTAIR在不同乳腺癌细胞系中的表达不同，其中在乳腺癌细胞系MDA-MB-231中表达最高，而在乳腺癌细胞系SKBR3和BT-549中表达最低。本文以乳腺癌细胞系MDA-MB-231为细胞模型进行研究;2)成功构建HOTAIR真核表达载体，命名为pcDNA3.0-HOTAIR。首先在乳腺癌细胞系MDA-MB-231中过表达HOTAIR，实时定量PCR检测发现转染pcDNA3.0-HOTAIR后，HOTAIR表达上调;Western blot检测发现过表达HOTAIR后EMT相关分子E-cadherin蛋白表达水平下调，而Snail和β-catenin蛋白表达水平则上调;与此同时，Transwell实验观察发现细胞侵袭能力增强，而细胞划痕实验则观察发现细胞迁移能力增强。这证明过表达HOTAIR能促进EMT发生;3)其次我们又在

关键词： lincrna HOTAIR EMT 乳腺癌

lincrna序列SNP与乳腺癌易感性的关联研究

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LincRNA序列SNP与乳腺癌易感性的关联研究

作者：崔平天津医科大学

学位级别：硕士

目的乳腺癌严重危害女性健康,其分子机制尚不清楚。非编码RNA在恶性肿瘤发生发展中的作用日益凸显,基因间长链非编码RNA(linc RNA)是这一领域内继micro RNA之后新的研究热点。全基因组关联研究提示linc RNA可能与多种肿瘤发病风险的存... 详细信息

目的乳腺癌严重危害女性健康,其分子机制尚不清楚。非编码RNA在恶性肿瘤发生发展中的作用日益凸显,基因间长链非编码RNA(linc RNA)是这一领域内继micro RNA之后新的研究热点。全基因组关联研究提示linc RNA可能与多种肿瘤发病风险的存在关联。本研究选取肿瘤相关linc RNA的序列SNP,通过大样本病例对照研究,检测这类SNP的基因型频率在乳腺癌患者和正常人群的分布,从总体上揭示linc RNA序列SNP与乳腺癌发病和预后的关联。方法本研究运用大样本的病例对照研究方法,选取天津医科大学肿瘤医院2006-2009年乳腺癌新发病例1484例,全部病例经病理诊断且随访超过5年,从社区乳腺癌筛查人群选取1678例对照。通过Taqman探针技术对6个linc RNA(HOTAIR、MALAT1、ANRIL、H19、HOTTIP、HULC)的17个SNP位点进行基因型检测,统计不同基因型在乳腺癌患者和正常人群的频率分布差异,分析linc RNA序列SNP与乳腺癌易感性的关联。此外,通过问卷调查获得各种环境危险因素的分布,分层分析不同环境因素水平下基因型与乳腺癌易感性的关联。此后,根据乳腺癌患者的临床特征和随访信息,应用生存分析方法分析linc RNA序列SNP与乳腺癌预后的关联。结果1.病例对照关联分析发现H19序列SNP(rs2071095)与乳腺癌易感性相关,与CC基因型相比,AA基因型能够降低乳腺癌发病风险(OR=0.64;95%CI:0.49-0.83)。ANRIL序列SNP(rs2151280)与乳腺癌易感性相关,与AA基因型相比,GG基因型能够增加乳腺癌发病风险(OR=1.29;95%CI:1.02-1.63)。2.病例对照的分层分析发现:在≤50岁年龄组、BMI<24 kg/m组、绝经组、曾经口服过避孕药和无良性疾病史组,与AA基因型相比,ANRIL(rs2151280)GG基因型能够增加乳腺癌发病风险,其OR及95%CI分别为1.56(1.13-2.16)、1.58(1.07-2.35)、1.40(1.02-1.94)、2.21(1.22-4.00)和1.32(1.03-1.70);在未绝经组、从未口服过避孕药组、不吸烟组、无乳腺良性疾病史组和无肿瘤家族史组,与CC基因型相比,H19(rs2071095)AA基因型能够降低乳腺癌发病风险,其OR及95%CI分别为0.55(0.38-0.81)、0.66(0.49-0.88)、0.63(0.49-0.82)、0.65(0.48-0.86)和0.56(0.41-0.77)。3.本研究未发现与乳腺癌预后有统计学关联的linc RNA序列SNP。而在与乳腺癌临床特征相关分析发现,与CC基因型相比,H19(rs2071095)AA基因型乳腺癌发病年龄更易早于50岁(OR=1.49;95%CI:1.00-2.22);与AA基因型相比,ANRIL(rs2151280)GG基因型更易得早期癌(OR=1.57;95%CI:1.07-2.29)。结论1、本研究发现linc RNA H19和ANRIL序列SNP与乳腺癌的发病风险相关,可以作为乳腺癌易感性的潜在分子标志物。尽管本研究纳入的乳腺癌病例全部完成5年随访,但由于乳腺癌预后较好,死亡病例不足10%,本研究未能发现linc RNA序列SNP与乳腺癌预后的关联,需要进一步延长随访时间,以获得更可靠的结果。

关键词： lincrna 单核苷酸多态性乳腺癌易感性 H19 ANRIL

下调lincrna HOTAIR对胃癌细胞迁移及增殖抑制作用的研究

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中国细胞生物学学报 2015年第8期37卷 1081-1086页

作者：陈登宇徐志本郑庆委蚌埠医学院病原生物学教研室安徽省感染与免疫重点实验室蚌埠233030

通过下调人胃癌细胞BGC823中linc RNA HOTAIR基因的表达,该文探讨了linc RNA HOTAIR低表达对胃癌细胞迁移、侵袭及增殖能力的影响。该文构建针对人linc RNA HOTAIR基因的干扰质粒sh HOTAIR,稳定转染入胃癌细胞BGC823、筛选稳转株,q PCR... 详细信息

通过下调人胃癌细胞BGC823中linc RNA HOTAIR基因的表达,该文探讨了linc RNA HOTAIR低表达对胃癌细胞迁移、侵袭及增殖能力的影响。该文构建针对人linc RNA HOTAIR基因的干扰质粒sh HOTAIR,稳定转染入胃癌细胞BGC823、筛选稳转株,q PCR检测linc RNA HOTAIR在胃癌细胞中表达水平。采用划痕试验、侵袭试验、MTT法分别检测转染胃癌细胞迁移、侵袭及增殖能力。结果表明,稳定转染干扰质粒sh HOTAIR后下调linc RNA HOTAIR表达的胃癌细胞株细胞迁移、侵袭及增殖能力较阴性对照组明显减弱。下调胃癌细胞中linc RNA HOTAIR的表达,可降低胃癌细胞的迁移力、侵袭性、抑制其增殖能力,提示linc RNA HOTAIR可作为分子靶点用于胃癌的分子靶向治疗。

关键词：胃癌 lincrna HOTAIR RNA干扰靶向治疗