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A cautionary note on some phylogenetic dissimilarity measures

Journal of Plant Ecology 2015年第1期8卷 12-16页

作者： Carlo Ricotta Giovanni Bacaro Sandrine Pavoine Department of Environmental Biology University of Rome‘La Sapienza’Piazzale Aldo Moro 500185 RomeItaly CNR-IRPI Istituto di Ricerca per la Protezione IdrogeologicaVia Madonna Alta 12606128 PerugiaItaly Department of Life Science BIOCONNETBiodiversity and Conservation NetworkUniversity of SienaVia P.A.Mattioli 453100 SienaItaly Département Ecologie et Gestion de la Biodiversité Muséum National d’Histoire NaturelleUMR 7204 CNRS UPMC55-61 Rue Buffon75005 ParisFrance Department of Zoology Mathematical Ecology Research GroupUniversity of OxfordSouth Parks RoadOxford OX13PSUK

Aims Measures of plot-to-plot phylogenetic dissimilarity and beta diversity are providing a powerful tool for understanding the complex ecolog-ical and evolutionary mechanisms that drive community *** Here,we review the properties of some previously published dis-similarity measures that are based on minimum or average phylo-genetic dissimilarity between species in different *** Findings We first show that some of these measures violate the basic condi-tion that for two identical plots the measures take the value *** also violate the condition that the dissimilarity between two identical plots should always be lower than that between two differ-ent *** erratic behavior renders these measures unsuitable for measuring plot-to-plot phylogenetic *** next pro-pose a new measure that satisfies these conditions,thus providing a more reasonable way for measuring phylogenetic dissimilarity.

关键词： abundance-weighted dissimilarity measures index symmetry patristic distances presence/absence dissimilarity measures nearest-neighbor metrics

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