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ingap-family:Accurate Detection of Meiotic Recombination Loci and Causal Mutations by Filtering Out Artificial Variants due to Genome Complexities

引用

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2022年第3期20卷 524-535页

作者： Qichao Lian Yamao Chen Fang Chang Ying Fu Ji Qi State Key Laboratory of Genetic Engineering Institute of Plant BiologySchool of Life SciencesFudan UniversityShanghai 200433China

Accurately identifying DNA polymorphisms can bridge the gap between phenotypes and genotypes and is essential for molecular marker assisted genetic studies.Genome complexities,including large-scale structural variations,bring great challenges to bioinformatic analysis for obtaining high-confidence genomic variants,as sequence differences between non-allelic loci of two or more genomes can be misinterpreted as polymorphisms.It is important to correctly filter out artificial variants to avoid false genotyping or estimation of allele frequencies.Here,we present an efficient and effective framework,ingap-family,to discover,filter,and visualize DNA polymorphisms and structural variants(SVs)from alignment of short reads.Applying this method to polymorphism detection on real datasets shows that elimination of artificial variants greatly facilitates the precise identification of meiotic recombination points as well as causal mutations in mutant genomes or quantitative trait loci.In addition,ingap-family provides a user-friendly graphical interface for detecting polymorphisms and SVs,further evaluating predicted variants and identifying mutations related to genotypes.It is accessible at https://***/projects/ingap-family/.

关键词： ingap-family Genomic variation Structural variation Meiotic analysis Genetic mapping Causal mutation

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