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药材甲（Stegobium paniceum）转录组研究

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药材甲（Stegobium paniceum）转录组研究

2014年中国植物保护学会学术年会

作者：杨文佳曹宇许抗抗孟永禄杨大星李灿贵阳学院生物与环境工程学院有害生物控制与资源利用贵州省教育厅特色重点实验室

药材甲[Stegobium pauiceum（Linnaeus）],属鞘翅目（Coleoptera）窃蠹科（Anobiidae）,该虫是世界性分布的储藏物害虫,食性复杂,严重为害储藏物食品、药材、储藏药草、图书档案等。对药材甲研究一直围绕害虫发生为害、种群控制和生理... 详细信息

药材甲[Stegobium pauiceum（Linnaeus）],属鞘翅目（Coleoptera）窃蠹科（Anobiidae）,该虫是世界性分布的储藏物害虫,食性复杂,严重为害储藏物食品、药材、储藏药草、图书档案等。对药材甲研究一直围绕害虫发生为害、种群控制和生理生化水平的气调毒理学展开,然而,分子生物学信息的缺失已经成为阻碍研究继续深入的一大问题。高通量测序技术的广泛应用为药材甲分子生物学研究提供了便利。基于此,使用illumina技术在转录组水平上对药材甲分子生物学信息进行解析,可有效获得其与解毒代谢、杀虫剂靶标酶等相关的基因信息,为后续研究工作开展奠定了基础。通过对测序结果的组装、拼接及分析,获得了95 717条Contig和39 270条unigene,将获得的unigene提交NCBI数据库比对,共有29 274条与数据库中的已知蛋白相匹配,有74.3%的unigene和赤拟谷盗（Tribolium castaneum）的基因相似度最高。根据Clusters of Orthologous Groups（COG）、Gene 0rthology（GO）以及Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG）注释,对unigene的功能分类和代谢通路进行了预测分析。从药材甲转录组数据中筛选鉴定出多条与解毒代谢酶和杀虫剂靶标酶相关的unigene,包括81条P450,34条GST,13条CarE、8条AChE、9条nAChR以及鱼尼丁受体等基因的cDNA序列,其中,大量基因具有完整开放阅读框。以赤拟谷盗、黑腹果蝇等物种的基因序列为参考,利用MEGA软件构建系统发育树进行聚类分析,结果发现,所获得的序列涵盖了各类基因的多个家族和亚家族。在此基础上,针对不同解毒代谢酶和靶标酶基因的作用特点,综合运用RNAi、异源表达等技术开展药材甲抗药性的相关研究,明确杀虫剂与代谢以及靶标之间的相互关系,为今后更好地引导杀虫剂研发和治理抗性提供理论依据。本研究提供了药材甲大量翔实的基因信息,为从分子生物学角度研究药材甲解毒代谢酶和靶标酶基因的功能奠定了坚实的基础。

关键词：药材甲转录组 illumina 解毒代谢酶靶标酶

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珠江河口段浮游微生物群落结构与功能变化

珠江河口段浮游微生物群落结构与功能变化

2017年中国水产学会学术年会

作者：麦永湛赖子尼李新辉王超曾艳艺杨婉玲李海燕高原彭松耀刘乾甫渔业环境保护研究室珠江水产研究所中国水产科学研究院

河口生态系统具有重要的生态和经济价值,而人为干扰则严重威胁河口生态系统健康。微生物群落通常驱动河口生态系统的生物地球化学过程。入海河口段是河口生态系统的重要组成部分,大部分污染物借助上游河流径流通过入海口流进河口生态系... 详细信息

河口生态系统具有重要的生态和经济价值,而人为干扰则严重威胁河口生态系统健康。微生物群落通常驱动河口生态系统的生物地球化学过程。入海河口段是河口生态系统的重要组成部分,大部分污染物借助上游河流径流通过入海口流进河口生态系统。然而,有关河口段微生物群落结构及功能的信息仍然知之甚少。本实验借助illumina Miseq 250平台对16S r RNA V4区进行高通量测序,对珠江口八大口门表层水的微生物群落以及环境因子的时空变化进行研究。结果显示,珠江口八大口门表层水冬季微生物群落主要由β-变形菌组成,在夏季,崖门和横门由γ-变形菌组成,虎跳门和虎门由α-变形菌组成。总体而言,珠江八大口门表层水微生物群落α多样性指数在冬季呈上升趋势,而且微生物群落的系统多样性呈现明显的季节差异。冗余分析结果显示磷酸盐和总氮分别是驱动夏季和冬季微生物群落结构变化的主要环境因子。同时,盐度和温度也是微生物群落结构季节性变化的主要驱动因子。此外,PICRUSt分析显示,在冬季,氨基酸,甲烷和能量代谢的微生物群落功能活性受到抑制,而涉及膜转运,细菌移动蛋白以及原核生物碳固定通路的功能基因相对丰度呈上升态势。综上所述,本研究表明河口微生物群落结构季节变化明显,为河口生态系统微生物群落研究提供研究基础。

关键词：微生物群落表层水珠江口 illumina

黑斑蛙肝脏和脾脏组织cDNA文库的构建与测序

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杭州师范大学学报（自然科学版） 2018年第6期17卷 591-596页

作者：刘正权唐娟陆香君刘文丽蒋锦晓吴应珠王娇娇牛丽丽张杭君贾秀英杭州师范大学生命与环境科学学院浙江杭州310036 杭州师范大学生态系统保护与恢复杭州市重点实验室浙江杭州310036

为丰富黑斑蛙转录组信息,运用illumina测序技术构建了黑斑蛙肝脏和脾脏组织的cDNA文库,并对其进行测序.经热带爪蟾blastx比对数据库比对,共得到11 626条非重复序列.经Genebank数据库blastx比对验证,获得了6 701条非重复序列.该结果为黑... 详细信息

为丰富黑斑蛙转录组信息,运用illumina测序技术构建了黑斑蛙肝脏和脾脏组织的cDNA文库,并对其进行测序.经热带爪蟾blastx比对数据库比对,共得到11 626条非重复序列.经Genebank数据库blastx比对验证,获得了6 701条非重复序列.该结果为黑斑蛙的生态毒理学研究提供了分子生物学信息.

关键词：黑斑蛙肝脏脾脏 cDNA文库 illumina COG分类

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“上火”人群的肠道微生物结构特征研究

浙江中医药大学学报 2018年第10期42卷 810-814,820页

作者：何志兴谢冠群范永升邵铁娟浙江中医药大学基础医学院中医临床基础研究所杭州310053

[目的]对比研究"上火"人群与健康人群的肠道菌群种类,揭示"上火"对肠道微生物的影响。[方法]收集"上火"和健康人群的粪便,利用illumina MiSeq高通量测序技术对粪便样本DNA测序,利用QIIME软件处理测序数据并计算Alpha多样性,利用PCoA和LE... 详细信息

[目的]对比研究"上火"人群与健康人群的肠道菌群种类,揭示"上火"对肠道微生物的影响。[方法]收集"上火"和健康人群的粪便,利用illumina MiSeq高通量测序技术对粪便样本DNA测序,利用QIIME软件处理测序数据并计算Alpha多样性,利用PCoA和LEfSe分析方法挖掘两类人群的差异肠道菌群种类。[结果]本次研究共纳入"上火"和健康人群各35例。肠道菌群Alpha多样性指数结果显示,"上火"人群的肠道菌群多样性指数略微低于健康人群。与健康人群比较,"上火"人群肠道内含量显著上调的微生物属主要是放线菌门中的厌氧管状菌属、布劳特菌属、栖粪杆菌属、颤螺菌属、瘤胃球菌属、厌氧弧菌属、考拉杆菌属和粪芽孢菌属,显著下调的微生物属主要是拟杆菌门中的B拟杆菌属和普氏菌属。[结论]"上火"发生与肠道菌群改变密切相关,变化的肠道菌群在一定程度上能反映"上火"发生的能量代谢紊乱和黏膜免疫失衡。

关键词：上火肠道菌群能量代谢黏膜免疫 illumina MiSeq测序 PCoA分析 LEfSe分析 Alpha多样性

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香菇基因组分析与受纤维素诱导相关基因研究

香菇基因组分析与受纤维素诱导相关基因研究

中国菌物学会2015年学术年会

作者：陈连福龚钰华蔡英丽边银丙华中农业大学应用真菌研究所农业部农业微生物资源综合利用重点实验室

对香菇单核菌株W1-26使用illumina Hiseq 2000测序平台进行了基因组测序。使用ALLPATHS-LG等软件进行了基因组组装,得到340条scaffolds序列,其总长度为41.8 Mb,Scaffold N50值为300,654 bp。香菇基因组的重复序列含量占16.24%,其中LTR/G... 详细信息

对香菇单核菌株W1-26使用illumina Hiseq 2000测序平台进行了基因组测序。使用ALLPATHS-LG等软件进行了基因组组装,得到340条scaffolds序列,其总长度为41.8 Mb,Scaffold N50值为300,654 bp。香菇基因组的重复序列含量占16.24%,其中LTR/Gypsy类型重复序列含量最大,占7.32%。根据转录组测序数据对香菇基因组进行了基因预测,得到14,889个基因。其中5,333（35.83%）个基因存在可变剪接。将这些基因进行Nr、Swissprot、COG、KOG、InterPro、CDD、GO和KAAS注释,结果表明有12,501（84.0%）的基因能被预测出功能。将香菇基因组的基因和25个其它真菌进行了同源基因分析,得到756个单拷贝同源基因。使用这些单拷贝同源基因构建了物种树并进行了分子钟分析,结果表明香菇和物种Gymnopus luxurians遗传距离最小,且这2个物种分化在39.47 MYA年前。对这两个物种使用MCScanX进行共线性分析,结果表明共线性基因数目＞=10个的区块有192个,包含的香菇基因数目有5,361个,体现出这2个物种具有极高的相似性。此外,对W1-26的亲本双核体菌株W1进行了转录组测序。将该W1菌丝分别转移到葡萄糖和纤维素2种不同的碳源中进行了培养,分0min、30min和120min这3个时间点取样进行转录组测序。结果得到了126个在3个时间点共同上调的基因。这些基因是受纤维素诱导表达的基因,其中包含7个转录因子和5个CAZYme基因。并且超几何分布结果表明纤维素能显著性地刺激转录因子和CAZYme这2类基因的表达。对这些受纤维素诱导的转录因子和CAZYme基因的研究对香菇的基质利用、环境与生态以及香菇的产量等有着重大的基础意义。

关键词：基因组转录组纤维素酶香菇 illumina 分子钟 CAZYme 转录因子

几种饲用抗生素组合对断奶仔猪粪便微生物丰度和多样性的影响

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中国饲料添加剂 2018年第7期 25-31页

作者：解玉怀王丽雪孙越肖传丕张本盛杨维仁(译) 山东农业大学动物科技学院山东省动物生物工程与疾病防治重点实验室山东泰安271018 北京市畜牧业环境监测站北京市100000 河北滦平华都食品有限公司河北承德068250 龙口市畜牧兽医工作站山东烟台265700

为描述几种低剂量的抗生素组合对粪便微生物丰度和多样性的影响．选取400头断奶仔猪，随机分配到8组，连续喂养不同抗生素组合28天。随机选取48头猪采集粪便样本进行DNA提取和16SrRNA高通量测序。与未添加抗生素的猪相比，饲喂金霉素（... 详细信息

为描述几种低剂量的抗生素组合对粪便微生物丰度和多样性的影响．选取400头断奶仔猪，随机分配到8组，连续喂养不同抗生素组合28天。随机选取48头猪采集粪便样本进行DNA提取和16SrRNA高通量测序。与未添加抗生素的猪相比，饲喂金霉素（CTC），喹乙醇（OLA）和恩拉霉素（ER）或维吉霉素（VIR）的猪粪便微生物多样性降低，Bacteroidetes和Prevotella属的相对丰度增加。与未添加抗生素的猪相比，饲喂CTC、杆菌肽锌（ZB）＋硫酸粘杆菌素（COL）混合物、CTC＋ZB＋COL、CTC＋OLA4-ER的猪，其变形杆菌门和琥珀酸弧菌的相对丰度降低。饲喂ZB＋COL、CTC4-OLA＋ER或CTC＋OLA＋VIR混合物的猪，α-多样性和β-多样性降低（P〈0．05）。这项研究为加深我们对抗生素组合对肠道微生物影响的理解提供了实验数据。

关键词： 16S rRNA基因抗生素组合粪便微生物 illumina 猪

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珠江口浮游细菌群落结构及其影响因素

珠江口浮游细菌群落结构及其影响因素

2018年中国水产学会学术年会

作者：王松鸽麦永湛赖子尼珠江水产研究所中国水产科学研究院上海海洋大学水产与生命学院

为了解珠江口浮游细菌群落结构及其影响因素,在2017年8月到2018年5月之间四次采集珠江口表层水样品,利用illumina Hiseq 2500高通量测序平台,运用16S rDNA扩增子技术研究珠江口浮游细菌群落结构,使用R、SPSS以及Origin进行统计分析及作... 详细信息

为了解珠江口浮游细菌群落结构及其影响因素,在2017年8月到2018年5月之间四次采集珠江口表层水样品,利用illumina Hiseq 2500高通量测序平台,运用16S rDNA扩增子技术研究珠江口浮游细菌群落结构,使用R、SPSS以及Origin进行统计分析及作图。结果表明变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和蓝细菌门（Cyanobacteria）是珠江口丰度较高的门类,在纲分类水平上共发现β-变形菌（Betaproteobacteria）、放线菌（Actinobacteria）、γ-变形菌（Gammaproteobacteria）、黄杆菌（Flavobacteria）、酸杆菌（Acidimicrobiia）、拟杆菌（Bacteroidia）、α-变形菌（Alphaproteobacteria）、产氧光细菌（Oxyphotobacteria）9个优势类群,其中放线菌和γ-变形菌是在所有样品中存在优势类群。珠江口细菌群落具有较高菌群多样性,ANOSIM分析表明,各样点之间的细菌群落不存在显著差异（R=-0.21,p=1）,各季节之间差异显著（R=0.88,p=0.001）。RDA分析表明温度（T）、总溶解固体（TDS）、pH值（pH）、溶解氧（DO）、硝酸盐（NO3-）、亚硝酸盐（NO2-）、磷酸盐（PO43-）和硅酸盐（SiO32-）是影响细菌群落结构的主要影响因子。Pearson相关性分析表明上述环境因子与优势种的相对丰度显著相关。总体而言,珠江口浮游细菌群落在时间上存在显著差异,环境因子随时间的变化是驱动浮游细菌群落改变的主要原因。

关键词：珠江口浮游细菌群落结构 illumina

涝害胁迫下猕猴桃差异表达基因的转录组测序及比较分析

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涝害胁迫下猕猴桃差异表达基因的转录组测序及比较分析

中国园艺学会2015年学术年会

作者：张计育黄胜男莫正海郭忠仁王刚宣继萍贾晓东江苏省中国科学院植物研究所

猕猴桃是世界上最受欢迎的果品之一。中国华东地区夏季雨水多,经常发生涝害,而猕猴桃是较不耐涝树种,增强猕猴桃的耐涝性可以促进产业发展。但迄今为止,尚未见猕猴桃涝害处理后转录组信息方面的报道。本研究中提出了猕猴桃在涝害胁迫下... 详细信息

猕猴桃是世界上最受欢迎的果品之一。中国华东地区夏季雨水多,经常发生涝害,而猕猴桃是较不耐涝树种,增强猕猴桃的耐涝性可以促进产业发展。但迄今为止,尚未见猕猴桃涝害处理后转录组信息方面的报道。本研究中提出了猕猴桃在涝害胁迫下的转录组序列资源,为进一步研究猕猴桃涝害胁迫反应的分子机制提供了重要信息。对‘金魁’猕猴桃一年生扦插苗进行淹水处理0 d和5 d,收集根部样品后用液氮速冻后进行转录组测序。利用illumina测序技术生成序列,对其进行基因重组。将重组的Unigenes与公共数据库(nr)进行比较,通过相似性对Unigenes进行功能注释。在两个样本之间进行GO和KEGG富集分析,寻找差异表达基因,并分析基因与。KEGG中酶注释的关系文件以及映射到途径的信息。利用illumina测序技术生成的序列组成了140 187个Unigenes(平均长度为556 bp)。与公共数据库(nr)比对,发现有56 912个Unigene(40.60%)的功能被注释。在两个样本中确定出14 843个差异表达基因。其中,有5 697个差异表达基因(约38.5%)是受涝害诱导表达的,9 146个差异表达基因(约61.5%)下调。差异表达基因数量最多的前3个途径是"核糖体"、"植物激素信号转导"、"淀粉和蔗糖代谢"途径,因此推测这些途径在植物遭受涝害胁迫时具有重要作用。本研究中确定出许多转录因子,如AP2/ERF、WRKY、TGA、MYB、bZIP等,揭示了它们在猕猴桃对涝害胁迫反应中的作用。

关键词：猕猴桃 illumina 涝害转录组

高龋均和重度牙周炎患者口腔微生物多样性差异的研究

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牙体牙髓牙周病学杂志 2018年第12期28卷 695-699,740页

作者：倪莹李宁李蕙兰代芸洁梁燕贵州医科大学附属口腔医院贵阳550004 安顺市人民医院安顺561000

目的:通过16Sr RNA高通量测序研究高龋均和重度牙周炎患者的唾液中微生物群落组成情况及其差异性。方法:随机选取高龋均和重度牙周炎患者各10例,分别采集每个患者的唾液样本并提取各样本中的微生物总DNA后,用PCR扩增其16Sr RNA序列的V3... 详细信息

目的:通过16Sr RNA高通量测序研究高龋均和重度牙周炎患者的唾液中微生物群落组成情况及其差异性。方法:随机选取高龋均和重度牙周炎患者各10例,分别采集每个患者的唾液样本并提取各样本中的微生物总DNA后,用PCR扩增其16Sr RNA序列的V3+V4区,同时对合格的DNA样本进行高通量测序。结果:从高龋均和重度牙周炎患者的唾液微生物群落中筛选获得733 104条优质序列,共检测到386个操作分类单元(OTUs),分别归为14个门、23个纲、39个目、59个科、98个属。菌门和菌属分析结果显示,两组患者唾液中的微生物群落结构有差异性;菌门水平上,厚壁菌门在高龋均组的丰度高于重度牙周炎组,拟杆菌门、螺旋体门在重度牙周炎组的丰度高于高龋均组(P<0.05);菌属水平上,链球菌属、孪生球菌属在高龋均组的丰度高于重度牙周炎组,奈瑟氏菌属、普氏菌属-7、普氏菌属在重度牙周炎组的丰度高于高龋均组(P<0.05)。结论:高龋均和重度牙周炎患者唾液中的微生物群落结构存在差异性,其中以高龋均患者的微生物群落结构更多样。

关键词：高龋均重度牙周炎口腔微生物 illumina Miseq高通量测序