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Rapid Amplification of Flanking Sequences of a Known DNA Region by Partial Restriction Digestion and hot start pcr

Agricultural Sciences in China 2008年第5期7卷 542-546页

作者： LOU Qun-feng LIU Qiang YANG Yin-gui CHEN Jin-feng State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement College of Horticulture Nanjing Agricultural University Nanjing210095 P.R.China

A simple and efficient method for cloning the flanking genomic sequences of a known DNA region is reported in this study. This method combined partial restriction endonuclease digestion, adaptor ligation, and a single round polymerase chain reaction. Total genomic DNA was partially digested with the frequent-cutting restriction enzyme Mse I. The partially digested products were ligated to an unphosphorylated adaptor. A hot start pcr amplification with Taq polymerase and dNTP was performed with a DNA-specific primer and the adaptor primer complementary to the adaptor and the Mse I recognition site. The amplified products were fractionated, cloned and sequenced. By this method, we cloned the downstream region of a gynoecious marker TG/CAC234 from cucumber （Cucumis sativus L.）.

关键词： Cucumis sativus L. Mse I partial digestion sequence cloning hot start pcr

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