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Galerkin Spectral Method Applied to the Chemical Master Equation

Communications in Computational Physics 2009年第5期5卷 871-896页

作者： Stefan Engblom Department of Information Technology Uppsala UniversityP.O.Box 337SE-75105 UppsalaSweden

Stochastic well-stirred chemically reacting systems can be accurately modeled by a continuous-time *** corresponding master equation evolves the system’s probability density function in time but can only rarely be explicitly *** investigate a numerical solution strategy in the form of a spectral method with an inherent natural adaptivity and a very favorable choice of basis *** results related to convergence have been developed previously and are briefly summarized while implementation issues,including how to adapt the basis functions to follow the solution they represent,are covered in more detail *** method is first applied to a model problem where the convergence can easily be *** we take on two more realistic systems from molecular biology where stochastic descriptions are often necessary to explain experimental *** conclusion is that,for sufficient accuracy demands and not too high dimensionality,the method indeed provides an alternative to other methods.

关键词： Master equation spectral-Galerkin method high dimensional problem moving basis chemical reactions

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