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Sequence assembly using next generation sequencing data —challenges and solutions

Science China(Life Sciences) 2014年第11期57卷 1140-1148页

作者： CHIN Francis Y.L. LEUNG Henry C.M. YIU S.M. Department of Computer Science The University of Hong Kong

Sequence assembling is an important step for bioinformatics *** the help of next generation sequencing(NGS)technology,high throughput DNA fragment(reads)can be randomly sampled from DNA or RNA molecular ***,as the positions of reads being sampled are unknown,assembling process is required for combining overlapped reads to reconstruct the original DNA or RNA *** with traditional Sanger sequencing methods,although the throughput of NGS reads increases,the read length is shorter and the error rate is *** introduces several problems in ***,paired-end reads instead of single-end reads can be sampled which contain more *** existing assemblers cannot fully utilize this information and fails to assemble longer *** this article,we will revisit the major problems of assembling NGS reads on genomic,transcriptomic,metagenomic and metatranscriptomic *** will also describe our IDBA package for solving these *** package has adopted several novel ideas in assembling,including using multiple k,local assembling and progressive depth *** with existence assemblers,IDBA has better performance on many simulated and real sequencing datasets.

关键词： genomic assembling de Bruijn graph paired-end reads next generation sequencing

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