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KaKs_Calculator 2.0:A Toolkit Incorporating gamma-series methods and Sliding Window Strategies

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2010年第1期8卷 77-80页

作者： Dapeng Wang Yubin Zhang Zhang Zhang Jiang Zhu Jun Yu AS Key Laboratory of Genome Sciences and Information Beijing Institute of Genomics Chinese Academy of Sciences Beijing 100029 China Institute of Computing Technology Chinese Academy of Sciences Beijing 100190 China Graduate University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049 China Plant Stress Genomics Research Center Division of Chemical and Life Sciences & Engineering King Abdullah University of Science and Technology Thuwa123955-6900 Saudi Arabia.

We present an integrated stand-alone software package named KaKs_Calculator 2.0 as an updated version. It incorporates 17 methods for the calculation of nonsynonymous and synonymous substitution rates; among them, we added our modified versions of several widely used methods as the gamma series including y-NG, y-LWL, ）,-MLWL, y-LPB, y-MLPB, y-YN and y-MYN, which have been demonstrated to perform better under certain conditions than their original forms and are not implemented in the previous version. The package is readily used for the identification of positively selected sites based on a sliding window across the sequences of interests in 5＇ to 3＇ direction of protein-coding sequences, and have improved the overall performance on sequence analysis for evolution studies. A toolbox, including C＋＋ and Java source code and executable files on both Windows and Linux platforms together with a user instruction, is downloadable from the website for academic purpose at https：//***/projects/kakscalculator2/.

关键词： Ka/Ks gamma-series methods sliding window positively selected sites

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