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Overview of guide RNA design tools for CRISPR-Cas9 genome editing technology

Frontiers in Biology 2015年第4期10卷 289-296页

作者： Lihua Julie Zhu Department of Molecular Cell and Cancer Biology Program in Bioinformatics and Integrated Biology Program in Molecular MedicineUniversity of Massachusetts Medical School Worcester MA O1605 USA

CRISPR-Cas （Clustered, Regularly Interspaced, Short Palindromic Repeats - CRISPR-associated （Cas）） RNA guided endonuclease has emerged as the most effective and widely used genome editing technology, which has become the most exciting and rapidly advancing research field. Efficient genome editing by the CRISPR-Cas9 system has been demonstrated in many species, and several laboratories have established CRISPR-Cas9 as a screening tool for systematic genetic analysis, similar to sbRNA screening. At least three companies have been founded to leverage this technology for therapeutic uses. To facilitate the implementation of this technology, many software tools have been developed to identify guide RNAs that effectively target a desired genomic region. Here, I provide an overview of the technology, focusing on guide RNA design principles, available software tools and their strengths and weaknesses.

关键词： CRISPR-Cas9 genome editing grna design off-target analysis grna efficacy

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