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Optimization of CHARMM force field parameters for the chalcone fragment

Science China Chemistry 2012年第12期55卷 2580-2586页

作者： ZHANG Hui YAO Yuan QI XiaoLi LI ZeSheng College of Chemical and Environmental Engineering Harbin University of Science and TechnologyHarbin 150080China Academy of Fundamental and Interdisciplinary Sciences Department of Chemistry Harbin Institute of Technology Harbin 150080 China Key Laboratory of Cluster Science of Ministry of Education School of Chemistly Beijing Institute of Technology Beijing 100081China

In this work,we developed the CHARMM all-atom force field parameters for the nonstandard biological residue chalcone,followed by the standard protocol for the CHARMM27 force field *** data were generated via ab initio calculations at the MP2/6-31G* and HF/6-31G* *** reference data included interaction energies between water and the model compound F(a fragment of chalcone).Bond,angle,and torsion parameters were derived from the ab initio calculations and renormalized to maintain compatibility with the existing CHARMM27 parameters of standard *** optimized CHARMM parameters perform well in reproducing the target *** expect that the extension of the CHARMM27 force field parameters for chalcone will facilitate the molecular simulation studies of the reaction mechanism of intramolecular cyclization of chalcone catalyzed by chalcone isomerase.

关键词： CHARMM force field parameters chalcone

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