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SynBioe.0}： a compre.e.sive.me.abolism ne.work of engineered e. coil in thre. dime.sional visualization

Frontie.s of e.e.trical and e.e.tronic e.gine.ring in China 2017年第1期5卷 99-104页

作者： We.zhong Tu Shaozhe. Ding Ling Wu Zhe.De.g Hui Zhu Xiaotong Xu Che. Lin Chaonan Ye.Minlu Han Me.gna Zhao Juan Liu Zixin De.g Junni Che. Dong-Qing We. Qian-Nan Hu Tianjin Institute.of Industrial Biote.hnology Chinese Academy of Sciences Tianjin 300308 China Wuhan Life.ynthe. Coope.ation Limite. Wuhan 430078 China Ministry of e.ucation Key Laboratory of Combinatorial Biosynthesis and Drug Discovery and School of Pharmaceutical Sciences Wuhan University Wuhan 430071 China State.Ke. Laboratory of Software.e.gine.ring and School of Compute. Scie.ce. Wuhan University Wuhan 430072 China State.Ke. Laboratory of Microbial Me.abolism Shanghai Jiao Tong University Shanghai 200240 China

Background： A compre.e.sive.me.abolism ne.work of engineered e. coli is ve.y important in syste.s biology and me.abolomics studie.. Many tools focus on two-dime.sional space.to display pathways in me.abolic ne.work. Howe.e., the.usage.of thre.-dime.sional visualization may he.p to unde.stand be.te. the.intricate.topology of me.abolic and re.ulatory ne.works. Me.hods： We.manually curate. large.amount of e.pe.ime.tal data （including pathways, re.ctions and me.abolite.） from lite.ature.re.ate. with diffe.e.t type. of engineered e. coli and the. utilize. a nove. te.hnology of thre. dime.sional visualization to de.e.op a compre.e.sive.me.abolic ne.work name. SynBioe.oll. Re.ults： SynBioe.li contains 740 biosynthe.ic pathways, 3,889 me.abolic re.ctions, 2,255 che.ical compounds manually curate. from about 11,000 me.abolism publications re.ate. with diffe.e.t type. of engineered e. coil Furthe.more. SynBioe.3} inte.rate. with various informatics te.hnique.. Conclusions： SynBioe.3} could be.re.arde. as a compre.e.sive.knowle.ge.ase.of engineered e. coli and re.re.e.ts the.ne.t ge.e.ation ce.lular me.abolism ne.work visualization te.hnology. It could be.acce.se. via we. browse.s （such as Google.Chrome. supporting We.GL, at http：//***/synbioe.3}/.

关键词： engineered e. coli thre. dime.sional me.abolic ne.work biosynthe.ic ability

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