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Validation of PCR for the detection of Pseudomonas aeruginosa from corneal samples

International Journal of Ophthalmology(English edition) 2011年第3期4卷 262-268页

作者： Maria E.Hillenbrand Paul P.Thompson Robert M.Q.Shanks Regis P.Kowalski The Charles T.Campbell Ophthalmic Microbiology Laboratory UPMC Eye CenterOphthalmology and Visual Sciences Research CenterUniversity of Pittsburgh School of Medicine

AIM: To determine a species-specific real-time polymerase chain reaction (PCR) assay to detect Pseudomonas aeruginosa (PA),a secondary DNA target for PA that may provide a universal target for other bacterial pathogens,and validate both assays for diagnostic ***: PCR detection was established against the ecfx PA gene and the 16S rRNA gene using known PA keratitis *** outcome parameters for both assays were 'limit of detection' (LOD),amplification efficiency (AE),and PAGE amplified product *** assays were validated against 20 true-positive clinical samples positive for PA DNA and 20 true-negative samples containing no PA *** statistics and PAGE analysis were used as outcome ***: AE of the ecfx assay was 96.6%,and LOD was 33.6 copies of target DNA per *** of the 16S rRNA assay was 103.4%,and LOD was 8.12 copies per *** sensitivity,specificity,positive predictive value,negative predictive value,and efficiency for the ecfx and 16S rRNA assays were [75%,95%,94%,79%,and 85%],and [70%,100%,100%,77%,and 85%],*** PCR assays were validated,followed by confirmation of DNA patterns from PAGE ***: The PCR methodology described here may be a useful adjunct to standard methods in the diagnosis of PA keratitis.

关键词： Pseudomonas aeruginosa cornea real-time PCR ecfx 16S rRNA

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使用PCR检测角膜绿脓杆菌(英文)

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国际眼科杂志 2011年第7期11卷 1125-1131页

作者： Maria E.Hillenbrand Paul P.Thompson Robert M.Q.Shanks Regis P.Kowalski 美国宾夕法尼亚州匹兹堡大学医学院眼科及视觉科学研究中心UPMC眼科中心The Charles T.Campbell.眼科微生物学实验室

目的:确定一个种特异性的实时聚合酶链反应(PCR)法检测绿脓杆菌(PA),一个可能提供给其他细菌病原体通用目标的用于PA的次一级目标DNA,并验证这种用于诊断测试的检测方法。方法:利用已知PA的角膜炎株建立对ecfxPA基因和16SrRNA基因的PCR... 详细信息

目的:确定一个种特异性的实时聚合酶链反应(PCR)法检测绿脓杆菌(PA),一个可能提供给其他细菌病原体通用目标的用于PA的次一级目标DNA,并验证这种用于诊断测试的检测方法。方法:利用已知PA的角膜炎株建立对ecfxPA基因和16SrRNA基因的PCR检测。两个实验的结果参数是"检测限"(LOD),扩增效率(AE)和聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)扩增产物分析。两种检测方法通过对20例PADNA阳性的真阳性临床标本和20例不含有PADNA的真阴性样品的检测进行了验证。描述性统计和PAGE分析用作为结果参数。结果:通过ecfx检测的AE为96.6%,而LOD为每微升33.6目标DNA拷贝。16SrRNA检测的AE为103.4%,而LOD为每微升8.12拷贝。ecfx和16SrRNA检测的敏感性,特异性,阳性预测值,阴性预测值,效率分别为(75%,95%,94%,79%和85%),及(70%,100%,100%,77%和85%)。这两种PCR方法经过了验证,通过了PAGE分析的DNA图谱确认。结论:这里描述的PCR方法可能是对PA角膜炎标准诊断方法的一种有用的辅助检测。

关键词：绿脓杆菌角膜实时聚合酶链反应 ecfx 16S rRNA

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