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erna通过不同类型的增强子功能性地决定重新编程的转录过程

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中国病理生理杂志 2012年第5期28卷 801-801页

作者：唐清亮

哺乳类基因组中含有数千个转录增强子，发挥着调节细胞特异性的基因表达功能。尚不清楚这些增强子如何作用于可选择的结合位点，又如何与信号依赖的转录因子发生反应。

关键词： erna 类型增强子功能性编程转录过程哺乳类基因组

The untold story between enhancers and skeletal muscle development

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Journal of Integrative Agriculture 2020年第9期19卷 2137-2149页

作者： ZHANG Yong-sheng LU Dan LIU Yu-wen YI Guo-qiang TANG Zhong-lin Shenzhen Branch Guangdong Laboratory for Lingnan Modern Agriculture Agricultural Genomics Institute at ShenzhenChinese Academy of Agricultural SciencesShenzhen 518124P.R.China Genome Analysis Laboratory of the Ministry of Agriculture Agricultural Genomics Institute at ShenzhenChinese Academy of Agricultural SciencesShenzhen 518124P.R.China College of Animal Science and Technology Yunnan Agricultural UniversityKunming 650201P.R.China State Key Laboratory of Animal Nutrition Institute of Animal ScienceChinese Academy of Agricultural SciencesBeijing 100193P.R.China

Currently,enhancers have key transcriptional regulatory roles in muscle *** muscle formation involves various molecules,and in animals,enhancers are one of the main types of transcriptional regulatory regions that are of great importance to regulate myogenic gene *** muscle development,enhancers can generate enhancer RNAs(ernas)that are involved in the regulation of gene *** regulation of gene expression by ernas offers great potential in improving animal production *** we comprehensively review the roles of enhancers in muscle formation and its potential function in skeletal muscle *** review will describe the future application of enhancers in skeletal muscle development and discuss the prospects that enhancer studies offer for agriculture,biotechnology,and animal breeding.

关键词： animal enhancer erna skeletal muscle growth and development

A hypothetical model of trans-acting R-loops-mediated promoter-enhancer interactions by Alu elements

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Journal of Genetics and Genomics 2021年第11期48卷 1007-1019页

作者： Xue Bai Feifei Li Zhihua Zhang CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information Beijing Institute of GenomicsChinese Academy of SciencesChina National Center for BioinformationBeijing 100101China School of Life Science University of Chinese Academy of SciencesBeijing 100101China School of Artificial Intelligence University of Chinese Academy of SciencesBeijing 100101China

Enhancers modulate gene expression by interacting with *** of enhancer-promoter interactions(EPIs)in the literature involve the activity of many components,including transcription factors and nucleic ***,the role that sequence similarity plays in EPIs remains largely ***,we report that Alu-derived sequences dominate sequence similarity between enhancers and *** rejecting alternative DNA:DNA and DNA:RNA triplex models,we propose that enhancer-associated RNAs(ernas)may directly contact their targeted promoters by forming trans-acting R-loops at those Alu *** show how the characteristic distribution of functional genomic data,such as RNA-DNA proximate ligation reads,binding of transcription factors,and RNA-binding proteins,all align with the Alu sequences of *** also show that these aligned Alu sequences may be subject to the constraint of coevolution,further implying the functional significance of these R-loop ***,our results imply that erna and Alu elements associate in a manner previously unrecognized in EPIs and the evolution of gene regulation networks in mammals.

关键词： Alu Enhancer-promoter interaction erna R-loop

Enhancer-derived RNA:A Primer

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Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2017年第3期15卷 196-200页

作者： Feng Liu National Research Center for Translational Medicine Ruijin HospitalShanghai Jiao Tong University School of MedicineShanghai 200025China

Enhancer-derived RNAs （ernas） are a group of RNAs transcribed by RNA polymerase II from the domain of transcription enhancers, a major type of cis-regulatory elements in the genome. The correlation between erna production and enhancer activity has stimulated studies on the potential role of ernas in transcriptional regulation. Additionally, erna has also served as a marker for global identification of enhancers. Here I review the brief history and fascinating properties of ernas.

关键词： erna Enhancer Next-generation sequencing Non-coding RNA Gene regulation

核素心室造影评价系统性红斑狼疮病人的心室功能

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临床心血管病杂志 1998年第2期14卷 111-113页

作者：刘亚光尹培达饶国辉何文石成钢中山医科大学附属第一医院风湿科广州510080 中山医科大学附属第一医院核医学科中山医科大学附属第一医院心内科

应用核素心室造影评价35例系统性红斑狼疮（SLE）病人亚临床心脏受累期心功能的变化。结果显示，SLE病人左室收缩功能参数如左室射血分数、峰射血率、前1／3射血分数及峰射血时间均无显著性改变；活动期和非活动期病人左室舒张功能参数... 详细信息

应用核素心室造影评价35例系统性红斑狼疮（SLE）病人亚临床心脏受累期心功能的变化。结果显示，SLE病人左室收缩功能参数如左室射血分数、峰射血率、前1／3射血分数及峰射血时间均无显著性改变；活动期和非活动期病人左室舒张功能参数如峰充盈率、前1／3充盈分数明显降低，活动期更明显；62．5％的活动期和36．4％的非活动期病人前1／3充盈分数降低（＜20％）；活动期病人左室相角程标准差增大，收缩同步性减低；活动期和非活动期病人右室功能均降低。提示SLE病人即使左室收缩功能正常也存在左室舒张功能和右室功能障碍。

关键词： SLE 系统性红斑狼疮心室功能显像术 erna

DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响

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海洋科学 2022年第7期46卷 52-60页

作者：李龙召黄平平徐奎栋赵峰中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室山东青岛266071 中国科学院大学北京100049 山东省生物物理重点实验室德州学院生物物理研究院山东德州253023 中国科学院海洋大科学研究中心山东青岛266071

环境DNA(eDNA)技术结合高通量测序已广泛应用于评价微型生物多样性与群落构成。相较于eDNA,RNA在环境中易降解,环境RNA(erna)可更准确地反映群落近期生命活性状态。理论上,基于erna检获的生物多样性要低于eDNA检获的总体多样性。但前期... 详细信息

环境DNA(eDNA)技术结合高通量测序已广泛应用于评价微型生物多样性与群落构成。相较于eDNA,RNA在环境中易降解,环境RNA(erna)可更准确地反映群落近期生命活性状态。理论上,基于erna检获的生物多样性要低于eDNA检获的总体多样性。但前期已发表研究显示同一站点eDNA获得的多样性低于erna检获量,推测可能原因包括:1)样本量不同;2)RNA中存在DNA污染。为验证假设,本研究以陆架区2个站位沉积物中的纤毛虫为实验对象,系统性比较4种DNA/RNA提取方法:DNA直接提取(0.9 g沉积物),大样本量DNA直接提取(2 g),DNA洗脱法(2 g),RNA直接提取法(2 g);以及3种RNA提取后的处理方法:无DNA酶反转录,含DNA酶反转录,先纯化RNA再反转录。研究结果表明,大样本量(2 g)DNA直接提取法所检获的可操作分类单元(OTUs)约为小样本量(0.9 g)的2倍。相同样本量下,DNA洗脱法检获的OTUs最多,而DNA直接提取检获的OTUs低于有/无DNA酶反转检获的数量,先纯化再反转录所获得OTUs最少。就群落构成而言,DNA洗脱法和RNA纯化可有效降低浮游类群比例,可更真实展现底栖群落的构成。综上,建议使用DNA洗脱法评价沉积物中微型生物的总体多样性;采用erna研究具有生命活性的生物群落时,反转录之前可纯化RNA,以获得更加准确的具有生命活性的群落信息。

关键词： eDNA erna DNA/RNA提取纤毛虫分子多样性

神经生长因子高亲和力受体互补核糖核酸探针的研究

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卫生毒理学杂志 2003年第4期17卷 220-222页

作者：姜声扬丁斐沈爱国严美娟沈宓南通医学院卫生毒理学教研室江苏南通226001 南通医学院神经科学研究所

目的　制备用地高辛标记的神经生长因子高亲和力受体 (TrkA)正、反义互补核糖核酸 (cRNA)探针的研究。方法　设计TrkA引物 ,构建pGEM TEasy TrkA重组质粒 ,分别用ApaⅠ和SacⅠ进行酶切得到线性DNA片段 ,以SP6和T7RNA聚合酶转录合成带有... 详细信息

目的　制备用地高辛标记的神经生长因子高亲和力受体 (TrkA)正、反义互补核糖核酸 (cRNA)探针的研究。方法　设计TrkA引物 ,构建pGEM TEasy TrkA重组质粒 ,分别用ApaⅠ和SacⅠ进行酶切得到线性DNA片段 ,以SP6和T7RNA聚合酶转录合成带有地高辛标记的高比活度的正、反义单链cRNA探针。结果　经斑点杂交证实 ,该探针敏感性高、特异性强。TrkA ApaⅠ探针稀释 12 5 0 0倍后的浓度为 40ng μl;TrkA SacⅠ稀释 1∶2 5 0 0倍后的浓度为 8ng μl;。结论　成功制备了地高辛标记的TrkAcRNA探针 ,为毒理学中有关TrkAmRNA在组织。

关键词：神经生长因子受体 NGF 互补核糖核酸 erna 地高辛

基于环境DNA和环境RNA的稀有鮈鲫产卵活动监测研究

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基于环境DNA和环境RNA的稀有鮈鲫产卵活动监测研究

作者：潘红梅西南大学

学位级别：硕士

鱼类产卵活动发生的时间和地点是渔业资源监测的重要数据。传统的监测方法虽能探测产卵事件,但其会对鱼类生境造成破坏,且耗时耗力。新兴的环境核酸(e NA:environmental Nucleic Acid)技术作为传统生物多样性调查方法的替代或补充,在过... 详细信息

鱼类产卵活动发生的时间和地点是渔业资源监测的重要数据。传统的监测方法虽能探测产卵事件,但其会对鱼类生境造成破坏,且耗时耗力。新兴的环境核酸(e NA:environmental Nucleic Acid)技术作为传统生物多样性调查方法的替代或补充,在过去十年中发展迅速,并被广泛应用于鱼类多样性监测中。e NA技术包括e DNA(environmental DNA)和e RNA(environmental RNA)技术,e DNA技术在鱼类的产卵活动监测中已有应用,但e RNA技术作为产卵活动监测工具的潜力有待开发。目前,基于e NA技术监测鱼类产卵活动仍然存在一些值得探讨的问题。例如,在鱼类产卵活动期间,e DNA的主要来源是什么?就e DNA与e RNA技术而言,在鱼类产卵活动监测中两者哪个表现更优?为探究上述问题,本研究利用e DNA和e RNA技术结合q PCR定量分析,以稀有鮈鲫(Gobiocypris rarus)为研究对象,研究其在产卵活动期间e DNA和e RNA浓度的变化规律,推测其产卵活动期间e NA的来源;评估e DNA和e RNA技术在鱼类产卵活动监测应用中的可行性,为后续实际的应用研究提供理论依据。主要研究内容和结果如下:1、稀有鮈鲫产卵期间e NA的来源采集处于繁殖期的稀有鮈鲫雌鱼和雄鱼的生殖物质(主要是精液或卵巢液),经过q PCR扩增,测定基于线粒体Cytb(cytochrome b)基因片段的e DNA浓度,以及基于雌性偏好表达基因Cyp19a和雄性偏好表达基因Dmrt1的e RNA浓度,以探究稀有鮈鲫产卵期间e NA的来源。试验结果表明,精液和卵巢液都可能是鱼类产卵活动期间e NA的主要来源物质。2、稀有鮈鲫产卵周期监测以线粒体Cytb基因和性别偏好表达基因(Cyp19a和Dmrt1)为遗传标记,连续7天监测稀有鮈鲫的产卵活动,试验结果表明e RNA技术与e DNA技术都具有监测稀有鮈鲫产卵活动的能力。同时通过比较产卵活动中Cyp19a基因与Dmrt1基因的e RNA浓度,发现Dmrt1基因标记在监测稀有鮈鲫繁殖活动中表现更优。此外,e DNA和e RNA浓度均从第1天至第5天持续上升,到第5天达到峰值,其结果与稀有鮈鲫的产卵周期一致。3、稀有鮈鲫产卵前后e NA浓度变化规律通过对稀有鮈鲫产卵前后规律性的水样采集,以线粒体Cytb基因与Dmrt1基因为标记监测稀有鮈鲫在产卵前后的e NA浓度变化情况,推测稀有鮈鲫发生产卵活动的时间点。试验结果表明,产卵后的e DNA和e RNA浓度均高于产卵前的浓度,通过比较产卵后各时间点的e DNA和e RNA浓度发现,e RNA浓度在发生追尾现象4h后就已出现峰值,而e DNA浓度在发生追尾现象20h后才出现峰值,由于e RNA在水环境中的高周转率(turnover rate),我们推测在发生追尾现象4h后,稀有鮈鲫就已经发生产卵活动,这说明e RNA技术在时间尺度上能更准确地监测鱼类产卵活动的发生。综上所述,本研究通过使用线粒体Cytb基因和性别偏好性Cyp19a、Dmrt1基因为遗传标记监测稀有鮈鲫的产卵活动,揭示了e DNA和e RNA技术在鱼类产卵活动监测中的可行性,为e NA技术在鱼类繁殖生态学和渔业资源管理方面的应用提供了坚实的理论基础和良好范例。

关键词：环境核酸 eDNA erna 稀有鮈鲫产卵活动

多种癌症的可变转录起始位点系统分析及数据库构建

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多种癌症的可变转录起始位点系统分析及数据库构建

作者：朱昊天华中农业大学

学位级别：硕士

可变转录起始位点(Alternative Transcription Start Site,ATSS)是一种重要的转录调控机制,可以产生具有不同5’非翻译区(5’UTR,5’Untranslated Region),或者不同第一外显子的mRNA亚型,从而影响重要生物过程并与许多疾病相关。目前已... 详细信息

可变转录起始位点(Alternative Transcription Start Site,ATSS)是一种重要的转录调控机制,可以产生具有不同5’非翻译区(5’UTR,5’Untranslated Region),或者不同第一外显子的mRNA亚型,从而影响重要生物过程并与许多疾病相关。目前已有研究表明ATSS在人类癌症中具有重要作用。然而,不同癌症的癌区和癌旁组织之间显著差异的ATSS以及潜在影响因素尚未得到充分的研究。本研究首先基于TCGA(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的泛癌数据,系统鉴定了癌区和癌旁使用率具有显著差异的ATSS,简称差异ATSS。其次整合eRic、JASPAR等相关数据库,分析差异ATSS的相关因素。最后构建数据库,并对差异ATSS进行深入分析。本研究首先从TCGA数据库筛选具有癌区和癌旁配对样本的RNA-seq数据,共获取了18种不同癌症的配对数据;然后构建生物信息分析流程,从18种癌症中鉴定到了14,076个差异ATSS;进一步,通过关联分析确定了与差异ATSS显著相关的因素,包括增强子(Enhancer)、DNA甲基化(DNA Methylation)和转录因子(Transcription F actor,TF),鉴定到了3,119个ATSS-erna(本研究使用erna来表征增强子活性)、960个ATSS-DNA甲基化和62,373个ATSS-TF显著关联的数据对;最后,整合上述数据,构建了泛癌的差异可变转录起始位点数据库:Pancan-ATSS(http://gong＿*** ***/Pancan-ATSS#!/)用于数据的搜索、浏览和下载。本数据库的构建为解析ATSS在癌症中的作用和潜在机制提供了重要的数据资源。针对鉴定的差异ATSS,以在10种及以上癌症中出现,并与病人预后显著相关为标准筛选出潜在的重要差异ATSS,得到21个重要ATSS。根据相关文献数量和KaplanMeier曲线的筛选,得到了分别在肺腺癌和膀胱尿路上皮癌中与预后显著相关的差异ATSS chr5:138337956-138338355和chr10:62049211-62049483并进行深入分析,它们分别对应基因CDC25C(Cell Division Cycle 25C)和ARID5B(AT-Rich Interaction Domain5B),这两个基因已被证实在多种癌症中发挥作用。其中,ARID5B高表达与肝细胞癌预后不佳相关。CDC25C高表达与肺腺癌预后不佳相关。CDC25C在肺腺癌中仅有一个差异ATSS,此候选ATSS的使用率升高与预后良好显著相关,因此推测该基因其他ATSS起到了更重要的作用。ARID5B在膀胱尿路上皮癌存在两个差异ATSS,此候选ATSS的使用率升高与预后变差显著相关,因此推测该ATSS对应转录本有可能在癌症中发挥重要作用。本研究还分析了ATSS相关影响因素。差异ATSS chr5:138337956-138338355与一个erna 5:138939407-138945407和多个转录因子显著相关。通过查找hTFtarget数据库可证实造血和泌尿生殖发育的重要调节因子GATA2和免疫系统信号通信的关键调节因子SPI1等转录因子在基因CDC25C启动子区域可能存在结合位点。差异ATSS chr10:62049211-62049483与一个erna ENSR00000012237和多个转录因子显著相关。有文献证实该erna可能调控基因ARID5B,通过查找h TFtarget数据库也证实调节细胞增殖、迁移、周期和分化的转录因子YY1以及在干细胞的维持和造血发育中起到关键作用的转录因子TCF3在基因ARID5B启动子区域可能存在结合位点。上述结果表明Pancan-ATSS数据库确实能够为筛选癌症中重要的ATSS及其相关因素,提供一定的线索和理论支持。综上所述,本研究对泛癌的ATSS进行了一系列分析,包括鉴定癌区癌旁具有差异的ATSS及其相关因素、构建差异ATSS数据库、以及潜在重要的差异ATSS挖掘,以期望对癌症的治疗和预防提供新思路。

关键词：癌症可变转录起始位点 erna DNA甲基化转录因子