检索结果-南通市图书馆

小球藻南极株和温带株基因组cosmid文库的构建

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水生生物学报 2011年第6期35卷 1063-1066页

作者：王雅丽徐旭东中国科学院水生生物研究所武汉430072 中国科学院研究生院北京100049

小球藻属（Chlorella）是一类单细胞绿藻，广泛分布于各种水体和土壤表面。Huss，eta1．根据分子系统关系分析将其分为四个种，分别为Chlorellavulgaris（小球藻）、C．10bophora、***和***‘”。其中一些种类被研究人员作为模式生物来... 详细信息

小球藻属（Chlorella）是一类单细胞绿藻，广泛分布于各种水体和土壤表面。Huss，eta1．根据分子系统关系分析将其分为四个种，分别为Chlorellavulgaris（小球藻）、C．10bophora、***和***‘”。其中一些种类被研究人员作为模式生物来进行植物生理、生化。

关键词：小球藻南极株温带株 cosmid文库

水稻广亲和品种核DNA cosm id文库的构建和鉴定

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热带亚热带植物学报 2001年第3期9卷 185-189页

作者：易厚富刘兵范云王宏斌刘良式王金发中山大学基因工程教育部重点实验室生命科学学院广东广州510275

用改进的方法成功构建了一个高质量的水稻广亲和品种(Cpslo17)的核基因组cosmid文库。文库以SuperCos1为载体,克隆总数约为12万以上,克隆平均插入片段约40kb,空载率约为5%,文库容量覆盖水稻单倍基因组约9倍以上。用RFLP标记23D12R作为探... 详细信息

用改进的方法成功构建了一个高质量的水稻广亲和品种(Cpslo17)的核基因组cosmid文库。文库以SuperCos1为载体,克隆总数约为12万以上,克隆平均插入片段约40kb,空载率约为5%,文库容量覆盖水稻单倍基因组约9倍以上。用RFLP标记23D12R作为探针,从文库中分离到一个位于水稻广亲和基因座S5附近的克隆R2I19。

关键词：水稻广亲和品种 cosmid文库构建鉴定核基因组

刺糖多孢菌鼠李糖和福乐糖胺合成基因的克隆和组装

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华中农业大学学报 2012年第3期31卷 298-302页

作者：郭航白亭丽陶美凤华中农业大学农业微生物学国家重点实验室武汉430070 上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室上海200030

鼠李糖和福乐糖胺是多杀菌素生物合成必需的2个脱氧糖结构单元,负责其合成的4种酶的基因(gtt、epi、gdh、kre)与多杀菌素生物合成基因簇并不在一起,而是分散分布在染色体的3个位点上。为克隆到完整的多杀菌素生物合成基因簇,采用构建基... 详细信息

鼠李糖和福乐糖胺是多杀菌素生物合成必需的2个脱氧糖结构单元,负责其合成的4种酶的基因(gtt、epi、gdh、kre)与多杀菌素生物合成基因簇并不在一起,而是分散分布在染色体的3个位点上。为克隆到完整的多杀菌素生物合成基因簇,采用构建基因组文库、PCR扩增等手段从刺糖多孢菌NRRL18395染色体分别克隆gtt、epi、gdh和kre基因,并将其克隆组装在同一整合型载体上,以便于构建用于表达多杀菌素糖单元合成基因的表达载体。

关键词：刺糖多孢菌多杀菌素鼠李糖福乐糖胺 cosmid文库原位杂交

水稻S_5区候选克隆R2I19的筛选及序列信息学分析

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中山大学学报（自然科学版） 2002年第6期41卷 78-82页

作者：王宏斌刘兵易厚富范云刘良式王金发基因工程教育部重点实验室∥中山大学生命科学学院广东广州510275

以水稻广亲和品种Cpslo17为材料 ,构建了一个覆盖 9倍核基因组的cosmid文库 ,其平均插入片段约4 0kb。以与广亲和位点紧密联锁的单拷贝分子标记BAC2 3D12的R末端为探针 ,从cosmid文库中筛选得到一个阳性克隆R2I19(～ 32kb)。结合S5位点... 详细信息

以水稻广亲和品种Cpslo17为材料 ,构建了一个覆盖 9倍核基因组的cosmid文库 ,其平均插入片段约4 0kb。以与广亲和位点紧密联锁的单拷贝分子标记BAC2 3D12的R末端为探针 ,从cosmid文库中筛选得到一个阳性克隆R2I19(～ 32kb)。结合S5位点的高密度连锁图和物理图谱 ,初步确定为S5区候选克隆。对该克隆的 2个TAC亚克隆TRW15 10 (～ 15kb)及TRW15 17(～ 15kb)进行了初步的生物信息学分析 ,证实与已知的水稻基因组序列有很高的同源性 ,并显示其中可能含有与水稻育性相关的基因。

关键词： S5区侯选克隆 R2I19 水稻 cosmid文库广亲和基因生物信息学基因克隆 S5位点

红树林生境土壤DMS产生细菌的分离和多样性分析

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红树林生境土壤DMS产生细菌的分离和多样性分析

作者：李立华中农业大学

学位级别：硕士

二甲基硫(DMS)是海洋排放的占优势地位的生源硫气体,其在大气中的氧化产物能够引起环境酸化和气候变化,因而DMS已成为全球气候变化研究的热点之一。红树林(Mangrove)是热带海岸特有的潮间带湿地生态系统,对于维护和改善海湾、河口地区... 详细信息

二甲基硫(DMS)是海洋排放的占优势地位的生源硫气体,其在大气中的氧化产物能够引起环境酸化和气候变化,因而DMS已成为全球气候变化研究的热点之一。红树林(Mangrove)是热带海岸特有的潮间带湿地生态系统,对于维护和改善海湾、河口地区生态环境,调节气候及保护沿海湿地生物多样性等方面具有不可替代的作用。红树林生境具有强还原性、强酸性、高含盐量和营养丰富等特征,其微生物资源既丰富又不失特色。由于红树林土壤存在高硫含量和大量硫还原相关细菌,具备DMS产生的良好条件,但目前对于红树林生境土壤中DMS产生细菌的类群和多样性还知之甚少。本文以海南文昌红树林土壤剖面(陆地—高潮带—潮间带—低潮带)采集的29个土壤样品为研究材料。首先以丙烯酸和甜菜碱为唯一碳源进行初筛,然后在DMSP为唯一碳源的选择性平板上验证,分离纯化后获得51株DMSP分解细菌。通过配备FPD检测器的气相色谱仪复筛,鉴定获得9株DMS产生细菌,并且定量分析了它们产生DMS的能力。该9株细菌的16S rRNA基因序列表明A26-1、A29-1、A18-3、B30-1和B30-2属于芽胞杆菌属,B05-1、B05-2、B22-1和B29-1属于假单胞菌属。根据目前报道的有关功能基因设计引物,以上述9株细菌的基因组DNA为模板进行PCR扩增,但没有获得预期产物。16S rRNA基因的系统进化树表明A26-1、A29-1、A18-3、B30-1和B30-2与其它DMS产生菌亲缘关系相隔较远。由于目前报道的DMS产生菌均属于变形菌门,也没有文献报道具有Ddd+表型的革兰氏阳性细菌,因此本研究认为,上述5株芽胞杆菌是DMS产生细菌类群中的新成员。最后选取5株芽胞杆菌中DMS产量最高的菌株A29-1,以pLAFR3为载体,构建了其基因组cosmid文库,获得2100个克隆。本文的实验结果为进一步克隆和鉴定细菌DMS产生的相关功能新基因打下了良好的工作基础。

关键词：红树林土壤二甲基硫产生细菌分离鉴定芽胞杆菌 cosmid文库

海洋样品中放线菌菌株的分离及其抗生素生物合成基因簇的挖掘

同方学位论文库评论

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海洋样品中放线菌菌株的分离及其抗生素生物合成基因簇的挖掘

作者：刘小妹山东大学

学位级别：硕士

近些年来,由于抗生素的滥用,导致病原微生物对药物产生耐药性的速度要远远快于新型药物发现的速度。这就要求我们必须采用其他有效的方法来获得新型抗生素。随着陆生放线菌研究的日益完善,现在从陆生放线菌中发现新型次级代谢产物应用... 详细信息

近些年来,由于抗生素的滥用,导致病原微生物对药物产生耐药性的速度要远远快于新型药物发现的速度。这就要求我们必须采用其他有效的方法来获得新型抗生素。随着陆生放线菌研究的日益完善,现在从陆生放线菌中发现新型次级代谢产物应用于新药开发的几率越来越小,而海洋中的微生物由于不同于陆生的环境,会产生一些不同的次级代谢产物。因此,自上世纪八十年代,人们开始重视海洋放线菌资源的开发。随着测序技术的迅猛发展,自2002年天蓝色链霉菌的基因组序列被测定之后,越来越多的链霉菌基因组测序完成。分析这些基因组信息,我们发现大多数链霉菌都含有几十个与代谢产物有关的基因簇。但是目前却只找到了很少量的基因簇相对应的化合物,如果能够使这些沉默的基因簇得到表达,那么将能够产生大量有活性的化合物。基于上述几点,我们将研究的重点放在了海洋放线菌上,将从海洋泥样中获得的链霉菌在异源表达宿主天蓝色链霉菌M1 152中进行异源表达,期望能够筛选到有活性的化合物。本实验针对从北极、南极、南海获得的50份泥样进行了放线菌的分离,共获得了七株放线菌。对已分离获得的放线菌,进行了 16SrDNA测序确定了它们的分类地位,其中三株分离菌为诺卡氏菌,四株为链霉菌。选取了实验室常用的培养基用来对各菌株进行培养,检测其最适的产孢培养基。另选用了实验室常见的生测指示菌检测了这几株海洋放线菌的生物活性,从其中挑选出抗菌谱广且抗菌活性高的42#菌株作为研究对象,构建其cosmid文库,得到了插入片段约42kb的文库。将构建好的cosmid文库通过接合转移的方式转至天蓝色链霉菌M1 152中,对获得的接合转移子进行生物活性的分析,得到了三个阳性接合转移子,经分析发现这三个cosmid为不同的粘粒。选取其中活性较好的42#-17B4 cosmid进行测序,利用软件Frameplot4.0对42#-17B4cosmid的序列进行ORF的预测分析,发现它大约包含有18个ORF,分析这些ORF的信息,认为这一基因簇所产的化合物应该是一类具有很强极性的NRPS类代谢产物,且通过对M1 152/42#-17B4的活性物质发酵并粗提后利用HPLC及LC-MS对其进行分析,在R3培养基的发酵平板上发现了一个极性较大,分子量—为380.4的化合物,在GYM发酵培养基上发现了一个分子量为549.4的化合物。尽管还未获得纯的化合物及其结构,但是这一结果证实了高通量异源表达筛选方法的有效性,并且验证了海洋放线菌作为抗生素来源菌株的巨大潜力。

关键词：海洋放线菌 cosmid文库异源表达抗生素基因簇