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A Method for Bio-Sequence Analysis Algorithm Development Based on the PAR Platform

Big Data Mining and Analytics 2023年第1期6卷 11-20页

作者： Haipeng Shi Huan Chen Qinghong Yang Jun Wang Haihe Shi School of Software Jiangxi Normal UniversityNanchang 330022China School of Computer and Information Engineering Jiangxi Normal UniversityNanchang 330022China

The problems of biological sequence analysis have great theoretical and practical value in modern bioinformatics.Numerous solving algorithms are used for these problems,and complex similarities and differences exist among these algorithms for the same problem,causing difficulty for researchers to select the appropriate one.To address this situation,combined with the formal partition-and-recur method,component technology,domain engineering,and generic programming,the paper presents a method for the development of a family of biological sequence analysis algorithms.It designs highly trustworthy reusable domain algorithm components and further assembles them to generate specifific biological sequence analysis algorithms.The experiment of the development of a dynamic programming based LCS algorithm family shows the proposed method enables the improvement of the reliability,understandability,and development efficiency of particular algorithms.

关键词： partition-and-recur(PAR) domain engineering biological sequences feature model component assembly

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