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云南省细粒棘球蚴线粒体co1和ND1基因序列分析

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2023年

作者：李奔福王正青徐倩字金荣严信留彭佳李建雄蔡璇吴方伟杨亚明云南省寄生虫病防治所云南公共卫生与疾病防控协同创新中心云南省虫媒传染病防控研究重点实验室

目的分析云南省细粒棘球蚴线粒体细胞色素氧化酶1 (co1)和NADPH脱氢酶第1亚基（ND1）的基因型和序列多态性。方法从云南省香格里拉市、大关县、洱源县、泸水市、维西县屠宰场采集牛、羊和放养猪的肝脏或肺，人源棘球蚴来自从剑川县、云... 详细信息

目的分析云南省细粒棘球蚴线粒体细胞色素氧化酶1 (co1)和NADPH脱氢酶第1亚基（ND1）的基因型和序列多态性。方法从云南省香格里拉市、大关县、洱源县、泸水市、维西县屠宰场采集牛、羊和放养猪的肝脏或肺，人源棘球蚴来自从剑川县、云龙县、隆阳区和玉龙县医院手术摘除的病灶组织，病原学鉴定后选取细粒棘球蚴，用DNA提取试剂盒提取基因组DNA, PCR扩增co1和ND1基因并测序，通过BLAST比对分析序列一致性和单核苷酸多态性，用MEGA-X软件采用邻接法构建基于co1和ND1的系统进化树系统进化树。结果共采集62份棘球蚴样品，其中36份病原学检测确定为细粒棘球蚴。co1基因测序成功32条，其中15条为G1型，17条为G5型，长度分别为824和807 bp，提交至GenBank数据库获得的登录号为OP413393～OP413402、OP413498～OP413506和OP420520;ND1基因测序成功34条，其中11条为G1型，23条为G5型，长度分别为882和888 bp，提交GenBank数据库获得的登录号为OP471626～OP471638。序列多态性分析结果显示，co1的G1、 G5型序列的变异位点分别占1.94%(16/824)、 3.10%(25/807); ND1的G1、 G5型序列的变异位点分别占0.45%(4/882)、 2.93%(26/888)。基因型多序列比对结果显示，co1基因共有6条同源序列，其中G1型4条，同源序列的遗传距离分别为0.000 0～0.001 1、 0.000 0、 0.000 0～0.000 6和0.000 0～0.001 7; G5型2条，同源序列遗传距离分别为0.000 0～0.002 5和0.000 0～0.001 2。ND1基因共有3条同源序列，其中G1型1条，遗传距离为0.000 0～0.001 1; G5型2条，遗传距离为0.000 0和0.000 0～0.001 1。系统进化树分析结果显示，基于co1和ND1基因的系统进化树均形成G1和G5型2个分支，G1型与中国中西部（青海、宁夏、甘肃）、四川，不丹、中东地区伊朗和约旦（GenBank登录号AF297617.1、 KJ628328.1、 EU072106.1、 MW138946.1、 AB688602.1）等的基因序列的亲缘关系较近；G5型与越南、中国广西、英国、波兰、赞比亚、法国、巴基斯坦、巴西、肯尼亚和纳米比亚（GenBank登录号MW558412.1、MN058591.1、KU378107.1、MZ322608.1、KU743915.1、KU743919.1、MN886291.1、KX010903.1、KU743918.1和KX138068.1）的亲缘关系较近。结论云南省细粒棘球蚴流行株的基因型为G1和G5型，co1和ND1基因均存在单核苷酸多态性。

关键词：细粒棘球蚴 co1基因 ND1基因序列分析云南省

基于co1基因的渔山列岛厚壳贻贝遗传资源评估

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海洋科学 2017年第11期41卷 107-112页

作者：袁文斌李长保焦海峰林志华包永波浙江万里学院浙江宁波315100 宁波市海洋与渔业研究院浙江宁波315012

基于线粒体co1基因的序列,对渔山列岛,大连獐子岛,南麂列岛,山东南隍城乡,舟山嵊泗5个野生群体的厚壳贻贝进行遗传多样性和遗传结构的分析。结果表明:在mt DNAco1基因同源片段上共检测到了39个多态位点,其中39个简约信息位点,无单突变位... 详细信息

基于线粒体co1基因的序列,对渔山列岛,大连獐子岛,南麂列岛,山东南隍城乡,舟山嵊泗5个野生群体的厚壳贻贝进行遗传多样性和遗传结构的分析。结果表明:在mt DNAco1基因同源片段上共检测到了39个多态位点,其中39个简约信息位点,无单突变位点,构成40个单倍型,群体遗传多样性水平为:渔山>山东>大连>舟山>南麂;然而单倍型多样性却是山东>渔山>南麂>大连>舟山。分子进化树和单倍型网络关系图构建结果显示:5个群体之间分为3个单倍型类群(A、B、C),其中A类群含15个单倍型,B类群含23个单倍型,C类群含2个单倍型(均为渔山列岛的单倍型),其中渔山列岛的单倍型在上述三个类群中都有分布。3个单倍型类群间的遗传距离为0.0099~0.0268。渔山列岛群体内遗传分化较为显著,其他4个群体间未检测到显著的遗传分化。

关键词： co1基因遗传资源渔山列岛厚壳贻贝(Mytiluscoruscus) 单倍型

基于线粒体co1基因的DNA条形码在石首鱼科(Sciaenidae)鱼类系统分类中的应用

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海洋与湖沼 2010年第2期41卷 223-232页

作者：柳淑芳陈亮亮戴芳群庄志猛中国水产科学研究院黄海水产研究所山东省渔业资源与生态环境重点实验室青岛266071 中国科学院遗传与发育生物学研究所北京100101

采用co1基因特异扩增测序及与GenBank已有序列联配分析的方法,进行了石首鱼科19属30种鱼类75个co1基因片段的序列比较和系统进化研究,结果表明,石首鱼科鱼类该片段的平均GC含量为48.3%,其中第2密码子位点含量最高(51%-58.4%,平均56.6%),... 详细信息

采用co1基因特异扩增测序及与GenBank已有序列联配分析的方法,进行了石首鱼科19属30种鱼类75个co1基因片段的序列比较和系统进化研究,结果表明,石首鱼科鱼类该片段的平均GC含量为48.3%,其中第2密码子位点含量最高(51%-58.4%,平均56.6%),第1密码子变化范围最大(27.6%-54.1%,平均44.9%),第3密码子差别较小(41.6%-43.6%,平均42.7%)。依据Kimura-2-parameter模型,30种石首鱼科鱼类种内遗传距离平均值为0.006,种间为0.210,种间遗传距离是种内的35倍;在分子系统树上,28个种(93.3%)可形成单系,18个属(94.7%)可聚为独立的分支;与形态学分类不同的是,由黑鳃梅童鱼(collichthys lucidus)与棘头梅童鱼(C.niveatus)的遗传距离(0.004)推断二者遗传变异尚未达到种的分化水平,灰鳍彭纳石首鱼(Pennahia anea)与白姑鱼(Argyrosomus argentatus)的形态学特征相似性和条形码序列同源性都提示二者可能为同种异名,而红牙(Otolithes ruber)印度洋和南海两个地理群体间的遗传分化已经达到种的水平。本研究证明线粒体co1基因可作为DNA条形码对石首鱼科鱼类进行有效的物种鉴定,亦可用于探讨石首鱼科的属、种分类单元系统发育问题。

关键词：石首鱼科 co1基因 DNA条形码分子系统分类

基于线粒体co1基因序列的DNA条形码在鲤科鲌属鱼类物种鉴定中的应用

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水生生物学报 2009年第2期33卷 271-276页

作者：彭居俐王绪祯王丁何舜平中国科学院水生生物研究所武汉430072 中国科学院研究生院北京100039

本研究探讨了线粒体co1基因作为DNA条形码对鲌属鱼类进行物种鉴定的可行性。研究中获得了鲌属4种鱼类共32个个体长度为816bp的co1基因序列。利用MEGA软件计算鲌属鱼类种间及种内遗传距离,利用邻接法、最大简约法、最大似然法和Bayesian... 详细信息

本研究探讨了线粒体co1基因作为DNA条形码对鲌属鱼类进行物种鉴定的可行性。研究中获得了鲌属4种鱼类共32个个体长度为816bp的co1基因序列。利用MEGA软件计算鲌属鱼类种间及种内遗传距离,利用邻接法、最大简约法、最大似然法和Bayesian方法分别构建分子系统树。结果显示,鲌属鱼类的种间遗传距离显著大于种内遗传距离。在系统树中,鲌属鱼类每一物种的个体分别形成各自独立的分支。基于co1基因的DNA条形码在识别鲌属鱼类物种方面和传统形态学基本一致,而且该基因可以探讨鲌属鱼类种间的系统发育关系。本研究表明以co1基因作为鲌属鱼类DNA条形码进行物种鉴定具有一定的可行性。

关键词： DNA条形码 co1基因鲌属物种鉴定

基于co1、CytB及28S基因的西藏圆柏大痣小蜂分子系统发育研究

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林业世界 2023年第1期12卷 13-20页

作者：徐磊赵建燕赵塘颉熊忠平潘涌智吴培福西藏自治区林业调查规划研究院西藏拉萨昆明市东川区林业局云南昆明文山州林业科学研究所云南文山西南林业大学云南省森林灾害预警与控制重点实验室云南昆明

圆柏大痣小蜂Megastigmus sabinae是西藏自治区昌都市大果圆柏的主要种实害虫,对该树种的自然更新和育种等工作造成了严重的危害,为此本研究对圆柏大痣小蜂co1、CytB及28S基因的部分序列进行了测序分析,以期为该害虫的防治和鉴定提供理... 详细信息

圆柏大痣小蜂Megastigmus sabinae是西藏自治区昌都市大果圆柏的主要种实害虫,对该树种的自然更新和育种等工作造成了严重的危害,为此本研究对圆柏大痣小蜂co1、CytB及28S基因的部分序列进行了测序分析,以期为该害虫的防治和鉴定提供理论基础。结果表明:圆柏大痣小蜂co1和CytB基因具有昆虫线粒体基因的核苷酸组成特征,而28S基因偏向使用碱基G和C,与线粒体基因形成了对比。co1、CytB和28S基因碱基的使用频率存在偏向性。圆柏大痣小蜂与M. bipunctatus、M. amicorum等有较近的遗传进化距离。三种基因的转换率明显大于颠换率,而不同基因间,其转换和颠换的具体模式存在差异性。大痣小蜂线粒体co1和CytB基因密码子使用具有节肢动物样的偏向性。进化分析表明,圆柏大痣小蜂与M. bipunctatus有很近的进化关系。该研究结果为大痣小蜂的综合防治提供了理论依据。

关键词：圆柏大痣小蜂 co1基因 CytB基因 28S基因测序分析

细粒棘球蚴线粒体co1基因的克隆与序列分析

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中国人兽共患病学报 2015年第6期31卷 532-536页

作者：于晶峰李滨刘晓松常建华杨晓野王瑞杨莲茹李秀霞木兰农业部动物疾病临床诊疗技术重点实验室/内蒙古农业大学兽医学院内蒙古呼和浩特010018 内蒙古医科大学基础医学院呼和浩特010110 内蒙古农牧业科学院兽医研究所呼和浩特010031

目的研究细粒棘球蚴(Echinococcus granulasus)种间遗传标记特点,为该虫种的分子分类学研究提供基础。方法在内蒙古地区从羊肝脏采集细粒棘球蚴,肝包虫病患者手术剥离囊包后,签署知情同意书,采集细粒棘球蚴。提取虫体DNA,扩增线粒体细... 详细信息

目的研究细粒棘球蚴(Echinococcus granulasus)种间遗传标记特点,为该虫种的分子分类学研究提供基础。方法在内蒙古地区从羊肝脏采集细粒棘球蚴,肝包虫病患者手术剥离囊包后,签署知情同意书,采集细粒棘球蚴。提取虫体DNA,扩增线粒体细胞色素氧化酶1(co1)基因,将其克隆到PGM-T载体后,用PCR技术鉴定阳性菌落,并进行测序,运用DNAstar5.0软件计算序列间的相似性,计算遗传距离,同时,应用MEGA4.0软件的最大似然法(ML-Maximum Likelihood)和邻接法(NJ-Neighbor Joining)构建系统发育树,进行聚类分析。结果细粒棘球蚴DNA扩增出的羊株、人株co1基因序列片段长度为936bp。同其他亲缘关系较近的属co1基因序列比对:羊株、人株细粒棘球蚴co1序列与黄花棘球绦虫的同源性最高,分别为91.9%、91.2%;羊株、人株细粒棘球蚴co1序列与黄花棘球绦虫位于同一分支,自展值(Boostrap)最高,均为100%。羊株、人株细粒棘球蚴co1序列所属分支与原头目的 Proteocephalus macrocephalus所属分支相隔较远。结论co1基因序列稳定保守,无宿主特异性,可作为细粒棘球蚴理想的种间遗传标记。

关键词：细粒棘球蚴 co1基因克隆序列分析

斯氏副柔线虫线粒体co1基因的克隆与序列分析

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畜牧与兽医 2011年第5期43卷 25-30页

作者：李文生杨莲茹杨晓野赵治国赵晓慧李鑫王瑞内蒙古农业大学兽医学院内蒙古呼和浩特010018 内蒙古出入境检验检疫局内蒙古呼和浩特010020 内蒙古巴彦淖尔市乌拉特后旗潮格尔镇兽医工作站内蒙古巴彦淖尔015500

为研究斯氏副柔线虫(Parabronema skrjabini)种间遗传标记特点,从内蒙古地区骆驼皱胃中采集斯氏副柔线虫成虫,提取虫体DNA,利用线虫通用引物扩增细胞色素氧化酶1(co1)基因,将其克隆到pMD19-T载体后,用PCR技术鉴定阳性菌落并进行测序,运... 详细信息

为研究斯氏副柔线虫(Parabronema skrjabini)种间遗传标记特点,从内蒙古地区骆驼皱胃中采集斯氏副柔线虫成虫,提取虫体DNA,利用线虫通用引物扩增细胞色素氧化酶1(co1)基因,将其克隆到pMD19-T载体后,用PCR技术鉴定阳性菌落并进行测序,运用DNAStar 5.0和MEGA 4.0软件将测序结果与GenBank公布的相关线虫co1序列进行比对分析。结果显示:斯氏副柔线虫DNA扩增出的co1基因序列片段长度为689 bp。同其他相关属线虫co1基因序列比对,斯氏副柔线虫与小口柔线虫(Habronema microstoma)、蝇柔线虫(Habronema muscae)的同源性最高,为86.7%,遗传距离为0.143;与加利西亚光丝虫(Litomosoides galizai)的同源性最低,为80.1%,遗传距离为0.229。通过两种不同方法建立的系统发育树比较,证实斯氏副柔线虫与柔线属线虫均位于同一分支,自展值都在47%以上。表明co1基因不仅可以作为斯氏副柔线虫理想的种间遗传标记,也可为该线虫进一步的分子分类学研究提供重要基础。

关键词：斯氏副柔线虫 co1基因克隆序列分析

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湖北钉螺co1基因差异及系统进化

湖北农业科学 2009年第9期48卷 2069-2070,2073页

作者：倪凤娥杨鹏华黄敏长江大学生命科学学院湖北荆州434025

采集9个地域株的湖北钉螺,用CTAB法抽提DNA,PCR法扩增线粒体co1基因,纯化并测序。PCR扩增获得co1基因大小约700 bp。将测序结果进行生物信息学分析,并构建系统发生树。结果显示,9个自然隔离株湖北钉螺co1基因总体差异不大,显示为1个种,... 详细信息

采集9个地域株的湖北钉螺,用CTAB法抽提DNA,PCR法扩增线粒体co1基因,纯化并测序。PCR扩增获得co1基因大小约700 bp。将测序结果进行生物信息学分析,并构建系统发生树。结果显示,9个自然隔离株湖北钉螺co1基因总体差异不大,显示为1个种,支持以往滇川亚种、指名亚种和福建亚种的分类方法。

关键词：湖北钉螺 co1基因系统进化

新疆细粒棘球绦虫人体分离株线粒体DNA co1与ND1基因多态性分析

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新疆细粒棘球绦虫人体分离株线粒体DNA CO1与ND1基因多态性分析

作者：克里比努尔·阿布都热依木新疆医科大学

学位级别：硕士

目的：运用棘球绦虫线粒体细胞色素C氧化酶亚单位1(co1)基因及线粒体脱氢酶亚单位1(ND1)基因对新疆细粒棘球绦虫人体分离株进行基因多态性分析,结合患者临床资料,探讨新疆地区细粒棘球绦虫株系间基因序列差异,种内变异,为新疆包虫病的... 详细信息

目的：运用棘球绦虫线粒体细胞色素C氧化酶亚单位1(co1)基因及线粒体脱氢酶亚单位1(ND1)基因对新疆细粒棘球绦虫人体分离株进行基因多态性分析,结合患者临床资料,探讨新疆地区细粒棘球绦虫株系间基因序列差异,种内变异,为新疆包虫病的预防和控制提供理论依据。方法：收集新疆不同地区囊型包虫病患者手术切除病灶标本,对棘球绦虫分离株选择线粒体DNA的co1基因和ND1基因,设计特异性引物,PCR扩增,测序,通过分子生物学软件,分析基因序列的差异,并构建了系统发育树。回顾性分析患者临床资料,对其流行病史、临床表现,包虫囊肿类型、影像学检查、血清学检测及治疗方法进行总结分析。结果： 52例CE患者人体分离株中仅有一例为G6,其余均为G1型,co1基因存在10个不同的基因单倍体,30个突变位点,其中,2个新疆细粒棘球绦虫GJ型基因单倍体序列变异在Genbank中有100%同源序列;同时检测的ND1基因存在11条不同的基因单倍体,15个突变位点。其中,4个新疆细粒棘球绦虫G1型基因单倍体序列变异在Genbank中有100%同源序列,7个G1型基因单倍体未找到相同变异序列,是新发现的细粒棘球绦虫ND1基因序列。G6型与完整的线粒体基因组G6参考序列同源性为100%。G1型感染患者临床表现与包虫分型不同,G6感染者临床症状、包虫分型与G1感染者相似。结论：1.新疆细粒棘球绦虫人体分离株种间遗传多样性较低,本研究中仅发现G1、G6两种基因型。2新疆细粒棘球绦虫人体分离株基因序列与细粒棘球绦虫株(G1)聚为一类,但单倍体在NJ树上呈现梳齿结构,G1型种内变异具有较高遗传多态性。3.细粒棘球绦虫G1基因型感染患者临床表现与包虫病分型不同,种内差异对人群的传播动力学、致病性、抗原抗体反应、化疗反应等有待进一步研究。

关键词：细粒棘球绦虫系统发育树 co1基因 ND1基因