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中国医科大学学报 2024年第10期 923-928+938页

作者：陈勇何冬雷周江浩梁月祥杨丞海南医科大学第一附属医院胃肠肿瘤外科海南医科大学第一附属医院病理科

目的基于circ RNA-mi RNA-ITGB1调控网络探讨ITGB1诱导胃癌耐药的作用机制。方法收集21例胃癌患者的肿瘤组织样本，应用实时荧光定量PCR检测ITGB1基因的表达水平，采用circ RNA测序比较ITGB1高表达和低表达患者间的差异circ RNA。将si... 详细信息

目的基于circ RNA-mi RNA-ITGB1调控网络探讨ITGB1诱导胃癌耐药的作用机制。方法收集21例胃癌患者的肿瘤组织样本，应用实时荧光定量PCR检测ITGB1基因的表达水平，采用circ RNA测序比较ITGB1高表达和低表达患者间的差异circ RNA。将si-circ＿0027189、si-miR-455和si-NC分别转染至BGC-823细胞，分为si-circ＿0027189组、si-miR-455组和si-NC组。检测各组细胞circ＿0027189、miR-455和ITGB1表达水平以及对奥沙利铂的敏感性。结果 circrna调控网络显示，circ＿0027189通过miR-455调控ITGB1表达。与si-NC组比较，si-circ＿0027189组细胞circ＿0027189和ITGB1表达水平降低，miR-455表达水平升高，对奥沙利铂的敏感性降低。与si-NC组比较，si-miR-455组细胞miR-455表达水平降低，ITGB1表达水平升高，对奥沙利铂的敏感性增加。结论circ＿0027189通过靶向抑制miR-455表达，提高ITGB1表达水平，最终增加胃癌细胞的耐药性。

关键词： circrna调控网络胃癌奥沙利铂耐药性

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基于RNA高通量测序的烟雾病mRNA-miRNA-circrna差异表达及关联分析

基于RNA高通量测序的烟雾病mRNA-miRNA-circRNA差异表达及关联分析

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作者：杨鲁平中国医科大学

学位级别：硕士

目的:烟雾病（moyamoya disease,MMD）,又称脑基底异常网状血管病,是一种病因不明的慢性脑血管闭塞性疾病。为了解烟雾病环状RNA（circular RNA,circrna）表达谱特征,我们应用lllumina-Seq技术对烟雾病患者的全血进行转录组深度测序。... 详细信息

目的:烟雾病（moyamoya disease,MMD）,又称脑基底异常网状血管病,是一种病因不明的慢性脑血管闭塞性疾病。为了解烟雾病环状RNA（circular RNA,circrna）表达谱特征,我们应用lllumina-Seq技术对烟雾病患者的全血进行转录组深度测序。通过对烟雾病患者及健康对照之间差异表达的circrna筛选、验证及对高通量结果生物信息学分析,并进一步对联合转录组测序数据结果进行关联分析,构建差异表达circrna可能的ceRNA调控网络。为深入认识circrna在烟雾病中的分子生物学机制奠定基础。方法:1、对5例烟雾病患者及5例健康对照者的全血样本应用lllumina-Seq技术进行sRNA及转录组深度测序,分析并筛选circrna差异表达谱;2、选择circrna进行进一步扩大样本量的验证。在8例烟雾病患者及7例正常对照中,应用实时荧光定量PCR的方法检测筛选出的六条circrna在扩大样本中的表达水平;3、使用软件对高通量的结果进行生物信息学分析,对差异表达的circrna来源基因进行GO富集和KEGG功能富集分析;4、联合转录组测序数据,对差异表达的circrna与miRNA、mRNA的进行关联分析,绘制circrna在转录组中核心的ceRNA调控网络。结果:1、本研究利用lllumina-Seq技术获得了烟雾病相关的circrna差异表达谱,共发现51个基因呈现差异性表达,其中23个circrna表达上调,28个circrna表达下调。2、通过对全转录组测序样本及独立的扩大样本的RT-qPCR验证,结果显示hsa＿circ＿0005946,hsa＿circ＿0007079,hsa＿circ＿0001360,hsa＿circ＿0002490,hsa＿circ＿0014606呈现明显的上调趋势;circrna-HIPK3呈现下调趋势。3、对差异表达circrnas的来源基因进行了KO富集及KEGG富集。GO富集分析结果显示大多数差异性表达的circrna富集到细胞代谢调控的相关的生物过程中。KEGG富集程度最高的通路为PI3K-Akt信号通路,提示其可能在烟雾病发病机制中的核心作用。4、基于ceRNA理论,根据差异表达的circrna,miRNA以及差异表达的mRNA绘制circrna-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络,通过对三种RNA之间关系的可视化,缩小研究范围,为circrna在烟雾病中发挥的具体作用机制的继续探索提供了理论基础。结论:本研究通过lllumina-Seq技术获得烟雾病相关的circrna差异性表达谱,并通过RT-qPCR以及生物学分析,证明circrna-HIPK3可能通过调节血管生成参与烟雾病的发生发展。PI3K-AKT信号通路是本次发现的与烟雾病最相关的研究通路,可能为疾病的核心通路。同时我们通过联合转录组数据对circrna-miRNA-mRNA进行了ceRNA的调控网络图的绘制。ceRNA的调控网络图对于我们在发现和筛选处于网络调控核心位置的circrna及ceRNA网络的研究有指导和帮助作用,可进一步缩小研究范围,为下一步研究烟雾病相关的circrna的功能和转录组学研究提供理论依据。

关键词：烟雾病转录组高通量测序 circrna调控网络生物信息学分析

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