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New avenues for systematically inferring cellcell communication:through single-cell transcriptomics data

Protein & Cell 2020年第12期11卷 866-880页

作者： Xin Shao Xiaoyan Lu Jie Liao Huajun Chen Xiaohui Fan College of Pharmaceutical Sciences Zhejiang UniversityHangzhou 310058China College of Computer Science and Technology Zhejiang UniversityHangzhou 310027China The First Affiliated Hospital School of MedicineZhejiang UniversityHangzhou 310003China The Save Sight Institute Faculty of Medicine and HealthThe University of SydneySydneyNSW 2000Australia

For multicellular organisms,cell-cell communication is essential to numerous biological processes.Drawing upon the latest development of single-cell RNA-sequencing(scRNA-seq),high-resolution transcriptomic data have deepened our understanding of cellular phenotype heterogeneity and composition of complex tissues,which enables systematic cell-cell communication studies at a single-cell level.We first summarize a common workflow of cell-cell communication study using scRNA-seq data,which often includes data preparation,construction of communication networks,and result validation.Two common strategies taken to uncover cell-cell communications are reviewed,e.g.,physically vicinal structure-based and ligand-receptor interaction-based one.To conclude,challenges and current applications of cell-cell communication studies at a single-cell resolution are discussed in details and future perspectives are proposed.

关键词： cell-cell communication single-cell RNA sequencing physical contact-dependent communication chemical signal-dependent communication ligand-receptor interaction network biology

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