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陕西省2015—2022年炭疽流行病学特征及全基因组溯源分析

现代预防医学 2023年第23期50卷 4380-4385+4411页

作者：刘东立石一张铮马琳梁爽陈雅丽栾阳沈托陕西省疾病预防控制中心汉中市疾病预防控制中心西安市疾病预防控制中心渭南市疾病预防控制中心

目的了解陕西省2015—2022年炭疽流行病学特征，炭疽芽胞杆菌的病原学特征及全基因组溯源情况。方法分析描述2015—2022年陕西省炭疽报告病例流行病学特征；对炭疽暴发疫情开展个案调查及现场卫生学调查，采集炭疽病例、病畜及污染环境... 详细信息

目的了解陕西省2015—2022年炭疽流行病学特征，炭疽芽胞杆菌的病原学特征及全基因组溯源情况。方法分析描述2015—2022年陕西省炭疽报告病例流行病学特征；对炭疽暴发疫情开展个案调查及现场卫生学调查，采集炭疽病例、病畜及污染环境的样本，进行炭疽杆菌荧光定量PCR实验、抗体检测、炭疽杆菌分离鉴定；对分离的菌株进行二代测序，对全基因组数据进行耐药基因、毒力基因鉴定分析，核心基因组多位点序列分析（cgMLST）、核心基因组单核苷酸变异分析（cgsnp）。结果陕西省2015—2022年共报告皮肤炭疽病例55例，分布在7个市25个县（区），以延安、渭南市为主，有明显的季节分布特征，以8月份为主，占52.7%(28/55)，职业分布以农民为主，占67.3%(37/55)，贩运养殖屠宰人员占18.2%(10/55)。共分离到11株炭疽杆菌，测序基因组大小在5.4～5.5MB,GC含量为35.10%-35.20%，均携带capA、capB、capC、capE、cya、dep/capD、inhA、lef和pagA毒力基因与β-内酰胺、碳青霉烯、磷霉素、链霉菌耐药基因。cgMLS及SNP分析均显示陕北、关中、陕南分离菌株有较大差异，陕北地区延安市甘泉县分离株与关中地区变异位点相差30个，陕南地区汉中市南郑区分离株与关中地区变异位点相差26个，在渭南市炭疽杆菌呈现明显的聚集簇，同一簇内有不同地区和年代分离的菌株。结论陕西省2015—2022年炭疽疫情多点发生，呈现先降后升的趋势。基因组溯源表明陕北、关中及陕南地区菌株无明显关联，但在渭南市不同年代与地区之间存在关联。

关键词：炭疽芽胞杆菌全基因组测序 cgMLST cgsnp

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