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Bacteriophages Isolated in China for the Control of Pectobacterium carotovorum Causing Potato Soft Rot in Kenya

Virologica Sinica 2019年第3期34卷 287-294页

作者： Peter Muturi Junping Yu Alice Nyambura Maina Samuel Kariuki Frantis B.Mwaura Hongping Wei Key Laboratory of Emerging Pathogens and Biosafety Wuhan Institute of VirologyChinese Academy of SciencesWuhan 430071China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China Centre for Microbiology Research Kenya Medical Research InstituteNairobi 00202Kenya School of Biological and Life Sciences Technical University of KenyaNairobi 00200Kenya School of Biological Sciences University of NairobiNairobi 00100Kenya Sino-Africa Joint Research Centre Nairobi 00200Kenya

Soft rot is an economically significant disease in potato and one of the major threats to sustainable potato *** study aimed at isolating lytic bacteriophages and evaluating methods for and the efficacy of applying phages to control potato soft rot caused by Pectobacterium *** bacteriophages isolated from soil and water samples collected in Wuhan,China,were used to infect *** host strains isolated from potato tubers showing soft rot symptoms in Nakuru county,*** efficacy of the phages in controlling soft rot disease was evaluated by applying individual phage strains or a phage cocktail on potato slices and tubers at different time points before or after inoculation with a *** *** phages could lyse 20 strains of ***,but not Pseudomonas fluorescens control *** the 11 phages,Pectobacterium phage Wc5r,interestingly showed cross-activity against Pectobacterium atrosepticum and two phage-resistant *** *** slice assays showed that the phage concentration and timing of application are crucial factors for effective soft rot *** cocktail applied at a concentration of 1×10^9 plaque-forming units per milliliter before or within an hour after bacterial inoculation on potato slices,resulted in>90%reduction of soft rot *** study provides a basis for the development and application of phages to reduce the impact of potato soft rot disease.

关键词： Pectobacterium carotovorum Potato soft rot Bacteriophages Phage resistance

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Detection and Identification of Potato Soft Rot <i>Pectobacterium carotovorum</i>Subspecies <i>carotovorum</i>by PCR Analysis of 16S rDNA in Jordan

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Agricultural Sciences 2018年第5期9卷 546-556页

作者： Ibtihal Abu-Obeid Hamed Khlaif Nida Salem Plant Protection Directorate National Agricultural Research Center (NARC) Amman Jordan Plant Protection Department Faculty of Agriculture Jordan University Amman Jordan

Various bacterial species are known to be agents causing soft rot of potatoes. The results of this study showed that potato soft rot is widely spread in different potato planting areas in Jordan. A survey was conducted through the years 2013-2015 to detect potato soft rot disease in Jordan, two hundred and four rotted potato samples were collected from different potato growing areas through different potato growing seasons. One hundred and thirty one bacterial isolates were isolated, purified on selective media and identified as Pectobacterium carotovorum subspecies carotovorum (Pcc) by different biochemical and physiological tests. Furthermore, 131 Pcc Jordanian (Jo) isolates were identified by PCR analysis of total DNA extracted from isolates that were biochemically identified as Pcc using universal primer Fd1/Rd1. Cloning and sequencing of representative PCR products, amplifying the 16S rDNA region were done. Phylogenetic analysis of the Pcc Jo-isolates revealed other than 90% similarity with different reference Pcc strains available at the GenBank. Different rot causal agents also were detected by PCR amplification and further sequences. The sequencing data revealed similarities to Pseudomonas fluorescence, Enterobacteriaceae genera such as Enterobacter spp., Serratia spp. and Klebsiella spp., in addition to Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum. This study indicated that using molecular techniques such as amplification of 16S rDNA region is a sensitive and specific method for detecting Pcc as potato soft rot causal agent. So far this is the first study where Pcc has been identified by using PCR and sequencing approaches in Jordan.

关键词： Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (Pcc) Soft Rot of Potato PCR Sequencing Detection

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广东冬种马铃薯软腐病发生与病原菌鉴定

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广东农业科学 2012年第20期39卷 58-59,F0002页

作者：黄宁沈会芳张景欣蒲小明林壁润王忠文曾东强广西大学农学院广西南宁530005 广东省农科院植物保护研究所广东广州510640

马铃薯软腐病是影响马铃薯生产安全的重要病害之一,分析广东省马铃薯细菌性软腐病的发生及其症状,通过分离病原菌,采用生物化学和分子生物学的方法对该致病菌进行鉴定,确定该致病菌为肠杆菌科的Pectobacterium carotovorum ***。

关键词：马铃薯软腐病 Pectobacterium carotovorum subsp carotovorum

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北京地区芹菜细菌性软腐病菌鉴定及其致病力分析

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植物病理学报 2016年第4期46卷 433-442页

作者：田宇马亚丽何付新马荣才谢华北京市农林科学院北京农业生物技术研究中心农业基因资源与生物技术北京市重点实验室北京100097

对从北京地区芹菜软腐组织中分离到的37株细菌性软腐病菌株,进行了微生物碳源利用(BiologTM)、生化特性、特异性PCR、ITS-RFLP带型以及基于16S rDNA完整序列遗传关系分析。结果如下:菌株革兰氏染色阴性、具周生鞭毛;可在5%和7%NaCl及28... 详细信息

对从北京地区芹菜软腐组织中分离到的37株细菌性软腐病菌株,进行了微生物碳源利用(BiologTM)、生化特性、特异性PCR、ITS-RFLP带型以及基于16S rDNA完整序列遗传关系分析。结果如下:菌株革兰氏染色阴性、具周生鞭毛;可在5%和7%NaCl及28℃和37℃条件下生长;可分解柠檬酸盐及液化明胶;Biolog分析将这些菌株均鉴定为Pectobacterium carotovorum ***(Pcc)。生化特性分析发现,其中36株菌株能利用D-山梨醇、D-阿拉伯糖醇、异麦芽酮糖和α-甲基葡萄糖苷,与对照菌株*** ***(Pco)S7一致;另外1株菌株Q34不能利用上述糖醇,与对照菌株*** ***(Pcb)BC1和*** ***(Pcc)ECC71表现一致。利用pel(pectate lyase)基因特异性引物Y1/Y2在所有的37株菌株中均扩增出预期片段(434 bp),表明其基因组中均含有果胶酶基因。Pcb特异性PCR引物BR1f/L1r仅在Q34菌株与Pcb BC1中扩增出预期片段(322 bp),而Pcc特异性PCR引物EXPCCF/EXPCCR则在除Pcb BC1外所有菌株中均扩增出预期片段(550 bp)。Rsa I酶切16S-23S rDNA ITS片段结果显示,Q34酶切带型与Pcb BC1相同,其余36株带型与Pcc ECC71和Pco S7相同。基于16S rDNA基因完整序列,以Dickeya dadantii菌株582为外群,该37株菌株与已发表的Pectobacterium菌株系统发育树聚类分析结果表明,Q34与已发表的其他Pcb菌株形成了明显的Pcb类群,其余36株菌株则与已发表的其他Pco菌株形成了明显的Pco类群。综合多种鉴定结果,36株被鉴定为Pco,Q34被鉴定为Pcb。菌株致病力测试结果显示,36株Pco菌株中仅Q47表现为低等的致病力,其余24株和11株分别表现为中等和高等致病力;Pcb菌株Q34则表现出中等致病力。

关键词：芹菜(Apium graveolens L.) 细菌性软腐病 Pectobacterium carotovorum subsp.oaor/ferum Pectobacterium carotovorum subsp.brasilience 鉴定致病力

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北京地区油菜软腐病病原菌的鉴定

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微生物学报 2015年第10期55卷 1253-1263页

作者：胡娜娜李超王茜邵菁芃刘彦泉赵亮马荣才谢华北京农业生物技术研究中心北京市农林科学院北京100097 北京市大兴区农业技术示范站北京102615 北京市大兴区种植业服务中心北京102600

【目的】确定引发北京地区油菜[Brassica campestris ***(L.)Makino *** Tsen et Lee]软腐病的病原。【方法】结合病原菌形态、BIOLOG及生理生化、16S rRNA基因序列及亚种IGS区特征分析,对从北京大兴和通州区油菜软腐病样中病原菌进行... 详细信息

【目的】确定引发北京地区油菜[Brassica campestris ***(L.)Makino *** Tsen et Lee]软腐病的病原。【方法】结合病原菌形态、BIOLOG及生理生化、16S rRNA基因序列及亚种IGS区特征分析,对从北京大兴和通州区油菜软腐病样中病原菌进行生物学鉴定。【结果】分离的40个菌株均能引发油菜软腐病,但分别为胡萝卜果胶杆菌(Pectobacterium carotovorum)的2个不同亚种,其中13株为*** ***(Pcc),另27株为*** ***(Pcb)。接种白菜(Brassica campestris ***)致病力测定分析表明,亚种内、来源相同与16S rRNA基因序列相同的菌株间均存在明显的致病力分化。【结论】Pectobacterium carotovorum ***和Pectobacterium carotovorum ***是引发北京地区油菜软腐病的致病菌,后者为首次报道能引起白菜类蔬菜软腐病的常见致病菌。

关键词：油菜[Brassica campestris L.ssp.chinensis(L.)Makino var.communis Tsen et Lee] 软腐病 Pectobacterium carotovorum subsp.carotovorum(Pcc) Pectobacterium carotovorum subsp.brasiliensis(Pcb) 致病性

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