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梨果实愈伤组织褐腐病菌侵染过程cdna-srap差异分析

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植物生理学报 2012年第2期48卷 166-172页

作者：孙朝霞侯思宇赵娟杨凤龙王玉国山西农业大学农学院生物技术系山西太谷030801

梨果实褐腐病危害果实,可造成果实运输和储藏过程中严重的经济损失。本研究构建了褐腐病菌侵染梨果实愈伤组织离体系统,对梨褐腐病菌侵染其果实愈伤组织不同时期进行细胞学观察分析,基于cdna-srap技术,分析该过程中差异基因表达,以期分... 详细信息

梨果实褐腐病危害果实,可造成果实运输和储藏过程中严重的经济损失。本研究构建了褐腐病菌侵染梨果实愈伤组织离体系统,对梨褐腐病菌侵染其果实愈伤组织不同时期进行细胞学观察分析,基于cdna-srap技术,分析该过程中差异基因表达,以期分离克隆与梨果实抗病反应过程相关的防卫基因。结果表明:与未侵染的梨果实愈伤组织相比,侵染12～60h过程中梨果实褐腐病菌从表面逐渐深入到内部细胞;30个srap引物组合共扩增出457条带,其中差异回收条带数为16条,差异比率为3.5%。最终获得5条差异基因表达条带。核酸序列同源性分析表明,其中1条差异基因片段未搜索到任何同源蛋白,2条差异基因片段经序列比对,序列相似度一致,与苹果属的肉桂醇乙酰脱氢酶(CAD)同源性为96%;其他2条差异基因片段分别与DNA结合蛋白(DBP)和寡肽转运蛋白(OPT)基因序列同源,其同源性为85%和78%,因此暂将这3个基因命名为PbCAD、PbDBP和PbOPT。荧光定量PCR结果表明,PbCAD基因在褐腐病菌侵染梨果实愈伤组织12和24h时相对表达量最高,为对照的2.94和2.66倍;PbOPT基因在褐腐病菌侵染梨果实愈伤组织12～36h时相对表达量明显升高,为对照的2.17～2.46倍,而其他时期表达量均与对照接近;PbDBP基因表达量在整个侵染时期均与对照接近。因此我们推测PbCAD和PbOPT基因可能为梨褐腐病菌侵染梨果实愈伤组织响应的相关防卫基因。

关键词：梨愈伤组织褐腐病菌 cdna-srap

烟草杂交组合Florda301×GDH94的杂种优势表现和cdna-srap分析

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分子植物育种 2018年第12期16卷 3989-3995页

作者：邹序生张启发谢瑞卢光明聂琼贵州大学农学院贵州大学贵州省烟草品质研究重点实验室贵阳550025

为了解烟草杂交组合Florda301×GDH94的杂种优势表现及其形成原因,我们分析了该组合的6个农艺性状的杂种优势表现,并利用主成分分析法对各农艺性状的贡献进行了分析;利用6对srap引物,对Florda301×GDH94及其亲本进行c DNA-srap差异表达... 详细信息

为了解烟草杂交组合Florda301×GDH94的杂种优势表现及其形成原因,我们分析了该组合的6个农艺性状的杂种优势表现,并利用主成分分析法对各农艺性状的贡献进行了分析;利用6对srap引物,对Florda301×GDH94及其亲本进行c DNA-srap差异表达分析,并对差异表达片段进行克隆测序分析。结果表明:超高亲优势表现为株高>叶数>叶厚>叶长>叶宽>叶面积;中亲优势表现为株高>叶数>叶面积>叶长>叶宽>叶厚。叶面积和叶长、叶宽,叶长与叶宽呈极显著相关。主成分分析将6个农艺性状简化为3个主成分,即叶产量因子、长势因子、叶数因子,提供的信息占全部信息量的95.99%。6对srap引物在Florda301×GDH94及其亲本中共扩增出66条带,其中差异条带32条,占48.48%;差异表达类型分为UNF1、ABF1、UNP1、UNP2、DMP、DMP2六种,分别占:19.20%、8.04%、4.60%、5.75%、2.30%、6.90%。从杂种特异表达片段中分离的两条片段分别与GDP-甘露糖4,6-脱水酶和蔗糖6-果糖基转移酶同源。本研究结果为烟草农艺性状杂种优势研究提供基础理论参考。

关键词： cdna-srap 农艺性状杂种优势

用cdna-srap技术分离蜡梅花发育不同时期差异表达基因片段

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华中农业大学学报 2012年第6期31卷 693-698页

作者：赵凯歌王文颖陈龙清华中农业大学园艺林学学院/园艺植物生物学教育部重点实验室武汉430070

应用cdna-srap标记方法,筛选出19对引物,对8-12月所采集的24个蜡梅花芽(花朵)样品所制备的cdna模板进行扩增,研究蜡梅花发育各时期的基因表达情况,并对部分差异片段进行了表达分析和功能预测。结果表明,cdna-srap分子标记技术操作简便,... 详细信息

应用cdna-srap标记方法,筛选出19对引物,对8-12月所采集的24个蜡梅花芽(花朵)样品所制备的cdna模板进行扩增,研究蜡梅花发育各时期的基因表达情况,并对部分差异片段进行了表达分析和功能预测。结果表明,cdna-srap分子标记技术操作简便,能产生较丰富的条带,是进行差异显示分析研究的有效途径;与玉米淀粉去分支酶基因、欧洲山杨纤维素合成酶基因、玉米抗锈病基因和小麦多酚氧化酶基因相似性高的差异表达片段,可能对蜡梅花发育和抗性表现起着重要的作用。

关键词：蜡梅 cdna-srap 差异显示基因表达发育阶段

油松cdna srap-PCR反应体系的建立与优化

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分子植物育种 2016年第7期14卷 1737-1743页

作者：刘洋高宝嘉张斌陈明叶河北农业大学林学院保定071000

为了建立油松cdna srap-PCR反应体系,利用正交设计L16(45)对PCR反应体系的Taq酶、模板cdna、引物、Mg^(2+)、d NTP这五个因素在四个水平上进行优化。使用SPSS软件对PCR结果结合方差分析和直观分析。结果表明:不同因素水平的变化对srap-... 详细信息

为了建立油松cdna srap-PCR反应体系,利用正交设计L16(45)对PCR反应体系的Taq酶、模板cdna、引物、Mg^(2+)、d NTP这五个因素在四个水平上进行优化。使用SPSS软件对PCR结果结合方差分析和直观分析。结果表明:不同因素水平的变化对srap-PCR反应的影响大小依次为d NTP>模板c DNA>Taq酶>引物>Mg^(2+)。筛选各因素最佳水平,油松c DNA srap-PCR最佳反应体系(20μL):Taq酶2 U,c DNA模板用量80~120 ng,引物浓度0.4μmol/L,Mg2+浓度1.5 mmol/L,d NTP浓度0.2 mmol/L。这一优化体系的建立有助于今后利用cdna-srap技术对油松进行基因表达差异的分析。

关键词：油松正交设计 cdna-srap 体系优化

利用cdna-srap分析赤霉素诱导甘蔗节间伸长的差异表达

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中国农业科学 2010年第19期43卷 3937-3944页

作者：吴建明李杨瑞王爱勤杨柳杨丽涛广西甘蔗研究所广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室广西大学广西亚热带生物资源保护利用重点实验室中国农业科学院甘蔗研究中心

【目的】探寻赤霉素诱导甘蔗节间伸长基因表达差异的分子基础,为分离节间伸长相关基因奠定基础。【方法】以新台糖22号为材料,在伸长初期以浓度为200mg·L-1的赤霉素进行叶面喷施,以喷施清水为对照,分别提取总RNA进行等量混合,获得2种... 详细信息

【目的】探寻赤霉素诱导甘蔗节间伸长基因表达差异的分子基础,为分离节间伸长相关基因奠定基础。【方法】以新台糖22号为材料,在伸长初期以浓度为200mg·L-1的赤霉素进行叶面喷施,以喷施清水为对照,分别提取总RNA进行等量混合,获得2种不同处理的样品池,采用cdna-srap技术进行基因差异表达分析。【结果】700对引物组合共扩增到约15000条、大小在50—750bp的cdna片段。在GA3处理组和对照组中,甘蔗幼茎中的转录水平具有很大的差异,获得134条差异条带。从反向Northern杂交结果阳性的S-TDFs中选取24个片段进行克隆和序列分析,按照功能可以将24个差异表达基因片段S-TDFs(cdna-srap transcriptderive dfragments)分为6类,分别为能量与代谢相关基因(4条,占总数的16.67%)、未知功能蛋白基因(6条,占总数的25%)、未知基因(10条,占总数的41.66%)、细胞壁生物合成与修饰相关基因(1条,占总数的4.17%)、信号传导相关基因(2条,占总数的8.33%)和转录因子相关基因(1条,占总数的4.17%)。【结论】cdna-srap完全适用于差异表达分析,从中获得一些与甘蔗节间伸长相关的差异基因片段,这些基因可用于甘蔗节间伸长的分子机理研究。

关键词：赤霉素甘蔗 cdna-srap 差异表达

甘蓝型油菜种皮色泽相关基因的cdna-srap差异显示

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作物学报 2008年第3期34卷 526-529页

作者：马爱芬李加纳谌利钱伟付福友刘列钊西南大学农学与生物科技学院重庆400716

为探寻甘蓝型油菜黄黑籽之间的种皮色泽表达差异的分子基础,探索cdna-srap差异显示的可行性,选用培育7年的重组自交系群体(RILs),根据群体分离分析法(bulkedsegregantanalysis,BSA)构建了种子的RNA混合池,利用cdna-srap法进行了差异显... 详细信息

为探寻甘蓝型油菜黄黑籽之间的种皮色泽表达差异的分子基础,探索cdna-srap差异显示的可行性,选用培育7年的重组自交系群体(RILs),根据群体分离分析法(bulkedsegregantanalysis,BSA)构建了种子的RNA混合池,利用cdna-srap法进行了差异显示研究。996对srap引物组合扩增出2100条带,2次扩增重复率为65.2%,其中在黄黑籽材料之间重复稳定出现的差异片段有12条,长度在100～300bp之间。选择其中7条差异片段,进行回收、克隆和测序,发现2个片段分别与拟南芥的NAD+ADP核糖转移酶及小肽转移蛋白3具有很高的同源性。结果表明,利用srap方法可以对甘蓝型油菜cdna混合池进行差异显示研究,2条差异片段可能与甘蓝型油菜的种皮色泽基因表达相关。

关键词：甘蓝型油菜 cdna-srap 群体分离分析法差异显示

利用cdna-srap分离结球甘蓝抗黑腐病相关基因的研究

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华北农学报 2014年第5期29卷 29-32页

作者：张云霞宋立晓曾爱松高兵严继勇南京农业大学园艺学院江苏南京210095 江苏省农业科学院蔬菜研究所江苏南京210014

为了挖掘抗病基因,探寻甘蓝抗黑腐病机制,选取抗性材料C7,在幼苗4-5片真叶期,喷施菌液浓度为1.0×108cfu/mL的细菌悬浮液,喷施蒸馏水作对照,提取接种后1,3,5 d的总RNA进行等量混合,获得2种不同处理的样品池。采用srap分子标记技术进行... 详细信息

为了挖掘抗病基因,探寻甘蓝抗黑腐病机制,选取抗性材料C7,在幼苗4-5片真叶期,喷施菌液浓度为1.0×108cfu/mL的细菌悬浮液,喷施蒸馏水作对照,提取接种后1,3,5 d的总RNA进行等量混合,获得2种不同处理的样品池。采用srap分子标记技术进行基因差异表达分析,结果显示：60对srap引物组合共扩增出大小在100-750 bp的685条带,平均每对引物扩增11条带,共检测到24个多克隆位点。回收测序后,将得到的9条差异表达片段TDFs（Transcript derived fragments）进行克隆和序列分析,其中3条差异基因片段未搜索到任何同源蛋白,其余6个基因均按功能分类,可分为涉及能量代谢、植物细胞壁蛋白相关基因、液泡加工酶基因和未知功能基因。表明cdnasrap方法简单、重复性好、试验成本低,完全适用于差异表达分析,从中获得一些与甘蓝抗黑腐病相关的差异基因片段,可用于甘蓝抗黑腐病的分子机理研究。

关键词：甘蓝黑腐病 cdna-srap

利用cdna-srap技术分析天麻与蜜环菌共生时差异表达基因片段

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中药材 2019年第6期42卷 1267-1272页

作者：黄万兵桂阳卢颖颖杨通静朱国胜侯颖辉莫远琪贵州省农业科学院贵州省现代中药材研究所贵州贵阳550006 贵州省农业生物技术重点实验室贵州贵阳550006 贵州省油料研究所贵州贵阳550006

目的:探索天麻与蜜环菌共生时的分子调控机制。方法:以红天麻与蜜环菌共培养时不同形态的白麻作为研究材料,利用cdna-srap技术分析红天麻在与蜜环菌共生前后的差异表达基因。结果:被侵染的白麻在转录水平获得53条特异的差异条带,未被侵... 详细信息

目的:探索天麻与蜜环菌共生时的分子调控机制。方法:以红天麻与蜜环菌共培养时不同形态的白麻作为研究材料,利用cdna-srap技术分析红天麻在与蜜环菌共生前后的差异表达基因。结果:被侵染的白麻在转录水平获得53条特异的差异条带,未被侵染白麻为64条。从被侵染白麻的差异表达基因片段S-TDFs中选取稳定的31个片段进行TA克隆和序列比对分析,按照功能预测可分为7类,即能量与代谢、转录调控、细胞膜通透性、自交不亲和性、染色质重塑、抗性相关及未知功能基因。部分S-TDFs荧光定量(qPCR)结果也与cdna-srap表达谱结果一致。结论:cdna-srap技术适宜分析天麻与蜜环菌共培养时差异表达基因,可作为研究二者共生分子调控机制的前期有效手段;能量和代谢方面的S-TDFs在分子水平上验证了天麻的生活史离不开蜜环菌。

关键词：天麻 cdna-srap 差异表达共生

白花泡桐茎和叶差异表达的cdna-srap分析

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河南农业大学学报 2017年第4期51卷 481-486页

作者：茹广欣周霜晴朱秀红刘小囡王鋆瑞河南农业大学林学院河南郑州450002

以白花泡桐茎和叶为材料,利用cdna-srap分子标记技术,对其进行基因表达的差异分析。从64对引物中筛选出25对扩增效果较好的引物对进行扩增,检测得到36个差异片段,2次PCR扩增重复率为66.8%。经挑选回收、克隆和测序,最终测得23条差异片... 详细信息

以白花泡桐茎和叶为材料,利用cdna-srap分子标记技术,对其进行基因表达的差异分析。从64对引物中筛选出25对扩增效果较好的引物对进行扩增,检测得到36个差异片段,2次PCR扩增重复率为66.8%。经挑选回收、克隆和测序,最终测得23条差异片段序列,长度主要在400~1 700bp之间。经BLASTX进行比对和功能分析,16条与已知功能基因有较高同源性,包含能量与代谢(34.78%)、蛋白质合成(8.70%)、细胞壁相关(4.35%)、信号传导与胁迫响应(8.70%)及复合影响(13.04%)等多个方面;7条与未知功能基因序列有较高同源性。

关键词： cdna-srap 白花泡桐差异片段功能分析