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肝片吸虫组织蛋白酶L1基因cdna序列的克隆与分析

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2003年第5期21卷 282-285页

作者：张韧李海云华南农业大学动物科学学院广州510642

目的　研制肝片吸虫的候选DNA疫苗。　方法　根据国际发表的相关序列设计引物 ,在引物端加酶切位点 ,应用RT PCR方法。　结果　成功地将肝片吸虫组织蛋白酶L1(FheCL1)基因cdna序列克隆进真核表达载体 pcD NA3 .1中。对所克隆的FheCL1基... 详细信息

目的　研制肝片吸虫的候选DNA疫苗。　方法　根据国际发表的相关序列设计引物 ,在引物端加酶切位点 ,应用RT PCR方法。　结果　成功地将肝片吸虫组织蛋白酶L1(FheCL1)基因cdna序列克隆进真核表达载体 pcD NA3 .1中。对所克隆的FheCL1基因序列及其推导的氨基酸序列进行分析 ,发现其与已发表序列相比 ,核苷酸序列有4.3 %的差异 ;推导的氨基酸序列有 6.9%的差异。两者蛋白质二级结构主要有 3个区域的区别 ,磷酸化位点有 10个不同 ,但共有一由 2 0个疏水氨基酸残基组成的保守区域。　结论　实验构建的 pcdna3 .1 FheCL1重组质粒是一种新型的抗肝片吸虫DNA疫苗候选重组质粒 ;肝片吸虫可能存在不同的亚种 ,两者的FheCL1基因编码的第 1～ 2 0个氨基酸残基可能组成膜螺旋。

关键词：肝片吸虫组织蛋白酶 L1基因 cdna序列克隆

cdna微矩阵分离胃癌组织差异表达cdna序列研究

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癌症 2004年第10期23卷 1122-1126页

作者：谢海龙周晓军陈洁宇黄文斌张丽华李芳秋南京军区南京总医院病理科江苏南京210002 全军临床医学检验中心分子生物学实验室江苏南京210002

背景与目的:许多研究表明,一些与胃癌相关的基因未被识别。本研究拟分离和鉴定胃癌差异表达cdna序列,进一步克隆胃癌相关基因。方法:采用包含4892条cdna序列的微阵列分析癌旁正常胃粘膜和胃癌组织表达谱的差异,利用生物信息学分析差异表... 详细信息

背景与目的:许多研究表明,一些与胃癌相关的基因未被识别。本研究拟分离和鉴定胃癌差异表达cdna序列,进一步克隆胃癌相关基因。方法:采用包含4892条cdna序列的微阵列分析癌旁正常胃粘膜和胃癌组织表达谱的差异,利用生物信息学分析差异表达cdna序列,RT-PCR(reversetranscriptionpolymerasechainreaction)验证cdna微阵列结果。结果:癌旁正常胃粘膜和胃癌组织相比,二倍以上的差异表达cdna序列33个,其中在胃癌中表达上调18个,表达下调15个。生物信息学分析表明,MDSCBC11克隆为代表新基因的cdna序列且位于1p35-36,RT-PCR证实其在43%(13/30)胃癌中存在表达下调。结论:通过分析癌旁正常胃粘膜和胃癌组织表达谱的变化,发现一些与胃癌相关的新的cdna序列,为进一步寻找和克隆胃癌新的相关基因提供重要研究线索。

关键词：胃癌组织差异表达正常胃粘膜 cdna序列 cdna微矩阵相关基因克隆表达谱新基因

二羟环氧苯并芘诱导致癌相关差异表达cdna序列的克隆

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中华肿瘤杂志 2002年第3期24卷 239-242页

作者：蒋义国陈家堃陈学敏冯苏妹易菲广州医学院化学致癌研究所 510182 华中科技大学同济医学院环境卫生学教研室

目的　克隆苯并 (a)芘代谢物二羟环氧苯并芘 (dihydroxyepoxybenzopyrene ,BPDE)诱导的人上皮细胞致癌相关差异表达cdna序列。方法　以BPDE诱导恶性转化的人支气管上皮细胞株16HBE为模型 ,采用cdna代表性差异分析方法 ,比较转化细胞及... 详细信息

目的　克隆苯并 (a)芘代谢物二羟环氧苯并芘 (dihydroxyepoxybenzopyrene ,BPDE)诱导的人上皮细胞致癌相关差异表达cdna序列。方法　以BPDE诱导恶性转化的人支气管上皮细胞株16HBE为模型 ,采用cdna代表性差异分析方法 ,比较转化细胞及正常对照细胞间基因表达的差异 ,分离恶变细胞中差异表达的cdna片段。分离的片断分别与pGEM T载体连接并转化入JM10 9细菌中 ,对质粒DNA进行测序。以BLASTN程序进行GenBank的同源性检索。结果　克隆的 13条cdna序列中 ,有 5条为新基因序列 ,已在dbest数据库中注册 ,其登录号分别为BG35 46 91、BG35 46 92、BG35 46 93、BG35 46 94和BG35 46 95 ;8条cdna有同源序列 ,分别与核糖体蛋白S2 3、MLN137、ACTN4、转移生长因子及G蛋白基因等有同源性。结论　克隆的 13条cdna序列可能与BPDE诱发细胞恶性转化密切相关。

关键词：致癌相关差异 cdna序列二羟环氧苯并芘差异表达序列基因克隆

海水鱼真鲷脂蛋白脂肪酶基因cdna序列与组织表达

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中国生物化学与分子生物学报 2002年第6期18卷 712-719页

作者：梁旭方 Hiromi OKU Hiroshi Y.OGATA 李月琴白俊杰罗建仁暨南大学生物工程学系广州510632 National Research Institute of Aquaculture 中国水产科学研究院珠江水产研究所农业部热带亚热带鱼类选育与养殖重点开放实验室广州510380

为研究脊椎动物真鲷脂蛋白脂肪酶 (LPL)结构与功能关系以及探讨动脉粥样硬化形成机理 ,通过构建cdna文库 ,克隆对动脉粥样硬化表现抗性的海水鱼真鲷LPL基因cdna全序列 .再通过PCR方法扩增基因组DNA ,获取内含子 9及其两侧序列以确定外显... 详细信息

为研究脊椎动物真鲷脂蛋白脂肪酶 (LPL)结构与功能关系以及探讨动脉粥样硬化形成机理 ,通过构建cdna文库 ,克隆对动脉粥样硬化表现抗性的海水鱼真鲷LPL基因cdna全序列 .再通过PCR方法扩增基因组DNA ,获取内含子 9及其两侧序列以确定外显子 10的大小 ,最后通过RT PCR ,以 β肌动蛋白为外参照 ,比较真鲷在食用两种脂肪含量不同饲料和摄食状态不同的处理条件下 ,肝脏和腹腔肠系膜脂肪组织LPLmRNA的相对水平 .从腹腔肠系膜脂肪组织cdna文库中克隆出LPLcdna序列 ,其完整的开放阅读框架由 15 36bp组成 ,编码 5 11个氨基酸残基 .与哺乳类不同 ,真鲷LPL基因外显子 10的开始部分是翻译的 .LPL的催化位点、二硫键位点、N 糖基化位点、肝素结合区、脂质结合位点、介导脂蛋白与低密度脂蛋白受体结合位点、二聚体形成位点等主要功能域在真骨鱼类真鲷与其它脊椎动物间基本保守 ,但肝素结合区的碱性氨基酸残基含量较人类减少 ,并在结合脂质底物的疏水环套中出现插入片段 .与哺乳类不同 ,真鲷LPL基因在成体肝脏存在诱导性表达 ,而在其腹腔肠系膜脂肪组织则存在与哺乳类相似的组成性表达 .当真鲷喂食高脂饲料时 ,其饱食状态下肝脏LPLmRNA水平升高 ,但对其腹腔肠系膜脂肪组织LPL表达没有影响 .当真鲷喂食标准商业饲料时 ,?

关键词：海水鱼真鲷脂蛋白脂肪酶基因 cdna序列组织表达

人同源框基因Lhx4 cdna序列的获得,染色体定位和基因组分析

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中国生物化学与分子生物学报 2001年第5期17卷 552-556页

作者：刘耀波于顺周严汪家政刘淑红袁建刚强伯勤范明军事医学科学院基础医学研究所北京100850 中国协和医科大学基础医学研究所北京100005

Lhx4基因是LIM同源框基因家族的一员 ,它在运动神经元的发育过程中发挥着重要的作用 .从人脊髓cdna文库中筛选到了 1个人源性Lhx4基因的cdna全长序列 ,它与鼠源性的Lhx4基因的cdna序列有 92 %同源性 .它的基因被定位在 1号染色体 1q 2 4... 详细信息

Lhx4基因是LIM同源框基因家族的一员 ,它在运动神经元的发育过程中发挥着重要的作用 .从人脊髓cdna文库中筛选到了 1个人源性Lhx4基因的cdna全长序列 ,它与鼠源性的Lhx4基因的cdna序列有 92 %同源性 .它的基因被定位在 1号染色体 1q 2 4 .1- 1q 2 4 .3的位置 ,并包含有 6个外显子 .其中同源框结构域由外显子 4和 5表达 ,LIM结构域 1由外显子 2表达 ,LIM结构域2由外显子 3表达 .

关键词： Lhx4基因染色体定位运动神经元 cdna序列

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野桑蚕卵黄原蛋白的鉴定及cdna序列分析

昆虫学报 2004年第4期47卷 439-443页

作者：董胜张刘朝良汪泰初朱保建安徽农业大学蚕业丝绸系合肥230036

利用SDS_PAGE和Westernblot方法分析鉴定了野桑蚕BombyxmandarinaMoore卵黄原蛋白 ,发现该蛋白由大小两个亚基组成 ,分子量分别为 175kD和 4 2kD。利用昆虫卵黄原蛋白进化上的保守性 ,根据家蚕的卵黄原蛋白cdna序列设计特异性引物在野... 详细信息

利用SDS_PAGE和Westernblot方法分析鉴定了野桑蚕BombyxmandarinaMoore卵黄原蛋白 ,发现该蛋白由大小两个亚基组成 ,分子量分别为 175kD和 4 2kD。利用昆虫卵黄原蛋白进化上的保守性 ,根据家蚕的卵黄原蛋白cdna序列设计特异性引物在野桑蚕的总RNA进行RT_PCR扩增 ,对于 3′和 5′端进行RACE扩增 ,解析获得了野桑蚕卵黄原蛋白cdna全序列 (GenBank登录号AY30 996 7)。该序列含有 5 75 4个碱基 ,由一个开放阅读框组成 ,编码 1780个氨基酸 ,卵黄原蛋白的氨基酸序列与家蚕的同源性达到 97 6 %。在特定的酶切位点 (RSRR)处 ,即第 36 4～ 36 7个氨基酸位置 ,卵黄原蛋白前体被酶切为大小两个亚基 ,根据氨基酸推算的相对分子质量分别为 16 1 5 71kD和 4 0 794kD ,如果考虑到翻译后的修饰 ,这与SDS_PAGE的结果是吻合的。同源性分析表明 ,昆虫卵黄原蛋白一级结构分化基本上局限在同一目内。

关键词：野桑蚕卵黄原蛋白 cdna序列聚类分析同源性比较

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日本血吸虫精氨酸酶的cdna序列分析

中国人兽共患病杂志 2001年第3期17卷 22-24页

作者：吴忠道李焱徐劲余新炳中山医科大学寄生虫学教研室

目的　对获得的日本血吸虫 (Schistosomajaponicum ,Sj)精氨酸酶基因cdna序列进行二级结构预测。方法　采用生物信息学等技术对获得的Sj精氨酸酶编码基因序列进行开放读框 (ORF)的寻找 ,编码氨基酸的推导 ,蛋白质同源性比较以及二级结... 详细信息

目的　对获得的日本血吸虫 (Schistosomajaponicum ,Sj)精氨酸酶基因cdna序列进行二级结构预测。方法　采用生物信息学等技术对获得的Sj精氨酸酶编码基因序列进行开放读框 (ORF)的寻找 ,编码氨基酸的推导 ,蛋白质同源性比较以及二级结构的预测。结果　获得的cdna序列为 10 6 1bp ,含有一个 840bp的阅读框 ,编码 2 79个氨基酸 ,属精氨酸酶家族 ,与国际蛋白质库中的酵母、蛙、人和大鼠精氨酸酶序列的同源性分别为 44 % ,5 0 % ,5 1% ,5 3%和 5 4%。Sj精氨酸酶氨基酸序列的 β转角、亲水性、平均可塑性和无规则卷曲的分布主要出现在N -末端AA残基 30～ 5 0 ,70～ 90和 180～ 2 0 0等 3个区域 ,是潜在的抗原表位。结论　推测Sj精氨酸氨基酸酶具有较好的抗原性。

关键词：日本血吸虫精氨酸酶 cdna序列抗原表位生物信息学

受光抑制的大麦叶片特导Thionin的cdna序列

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科学通报 1994年第17期39卷 1610-1613页

作者：杨红华贾士荣方荣祥中国农业科学院生物技术研究中心北京100081 中国科学院微生物研究所北京100080

Thionin(硫堇)是一类小分子量多肽.这种蛋白最早在小麦面粉中发现,随后在其它禾谷类作物和一些双子叶植物如十字花科的Crambe abyssinica的种子中也发现了类似的蛋白.1987年在大麦叶片、1993年在烟草花器中又发现了叶片和花特异的***有... 详细信息

Thionin(硫堇)是一类小分子量多肽.这种蛋白最早在小麦面粉中发现,随后在其它禾谷类作物和一些双子叶植物如十字花科的Crambe abyssinica的种子中也发现了类似的蛋白.1987年在大麦叶片、1993年在烟草花器中又发现了叶片和花特异的***有以下几个特点:分子量小约500D,热稳定性高,带正电荷,巯基含量高.

关键词：大麦 Thionin cdna序列光调控

皖西白鹅BMP4基因部分cdna序列的克隆及序列分析

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畜牧兽医学报 2008年第7期39卷 873-878页

作者：郭炫吴伟高光孙永峰隋玉健吉林农业大学动物科技学院长春130118

根据GenBank中鸡BMP4基因序列设计1对特异性引物,从12胚龄皖西白鹅背部皮肤中提取总RNA作为模板,采用RT-PCR技术首次扩增出鹅BMP4基因的部分cdna序列。将其克隆进pGEM-T easy vector中,经限制酶酶切鉴定后进行测序。将测序结果与鸡、大... 详细信息

根据GenBank中鸡BMP4基因序列设计1对特异性引物,从12胚龄皖西白鹅背部皮肤中提取总RNA作为模板,采用RT-PCR技术首次扩增出鹅BMP4基因的部分cdna序列。将其克隆进pGEM-T easy vector中,经限制酶酶切鉴定后进行测序。将测序结果与鸡、大鼠、小鼠、人和黑猩猩的BMP4核苷酸序列进行比对,发现多处突变。转换成氨基酸序列后发现鹅BMP4的氨基酸序列与其他物种也有多处不同。分析这些突变可能是导致禽类羽毛和哺乳动物毛发之间形态学差异的原因之一。

关键词：皖西白鹅 BMP4 cdna序列