检索结果-南通市图书馆

冬虫夏草指标蛋白IP4的cdna全长克隆及抗原决定簇预测研究

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中草药 2018年第20期49卷 4864-4869页

作者：张涵童芯锌王芳王艺璇彭成国锦琳成都中医药大学中药材标准化教育部重点实验室中药资源系统研究与开发利用国家重点实验室培育基地四川成都611137

目的克隆获取冬虫夏草指标蛋白氰酸酶(IP4)的c DNA全长及对其抗原表位预测。方法结合课题组前期采用蛋白组学法筛选得到的冬虫夏草指标性蛋白IP4和冬虫夏草转录组数据,挖掘IP4 m RNA序列,并克隆IP4 c DNA全长,通过NCBI结构分析服务系统... 详细信息

目的克隆获取冬虫夏草指标蛋白氰酸酶(IP4)的c DNA全长及对其抗原表位预测。方法结合课题组前期采用蛋白组学法筛选得到的冬虫夏草指标性蛋白IP4和冬虫夏草转录组数据,挖掘IP4 m RNA序列,并克隆IP4 c DNA全长,通过NCBI结构分析服务系统对IP4进行保守区和功能区分析,利用DNAMAN 6.0和DNAStar软件分别进行序列比对和抗原表位分析。结果从转录组数据中挖掘到IP4的2个可变剪接体,属于内含子保留的可变剪接。RT-PCR结果显示,IP4 c DNA全长465 bp,编码154 aa(氨基酸)。IP4蛋白的保守区和主要催化活性位点位于87～154 aa,该区域为氰酸酶家族保守核心区域和二聚体结合区域,DNAMAN 6.0分析结果表明1～39 aa和55～81 aa区具有较高种属特异性,DNAStar预测IP4蛋白的抗原表位区主要分布于25～90 aa。结论最终确定IP4的25～39 aa和55～81 aa为最佳抗原特异区,为后续规模化制备IP4蛋白特异抗原区及免疫法鉴定冬虫夏草奠定基础。

关键词：冬虫夏草指标蛋白 cDNA克隆 DNAStar 抗原区分析

枸杞Lb14-3-3基因家族cDNA克隆及生物信息学分析

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分子植物育种 2020年第5期18卷 1455-1461页

作者：周丽冯嘉馨李瑞国岳思君石晶王丽娟姚新灵郑蕊宁夏大学生命科学学院银川750021 宁夏大学西部特色生物资源保护与利用教育部重点实验室宁夏优势特色作物现代分子育种重点实验室银川750021

在开花植物中,14-3-3蛋白对植物生长发育具有重要的调控作用。本研究在前期枸杞花药发育差异蛋白质组研究基础上,利用RT-PCR技术,从宁夏枸杞‘宁杞1号’花药中克隆了5条长度分别为768 bp、747 bp、777 bp、753 bp和777 bp的cdna序列,分... 详细信息

在开花植物中,14-3-3蛋白对植物生长发育具有重要的调控作用。本研究在前期枸杞花药发育差异蛋白质组研究基础上,利用RT-PCR技术,从宁夏枸杞‘宁杞1号’花药中克隆了5条长度分别为768 bp、747 bp、777 bp、753 bp和777 bp的cdna序列,分别命名为Lb14-3-3a、Lb14-3-3b、Lb14-3-3c、Lb14-3-3d和Lb14-3-3e,对Lb14-3-3a、Lb14-3-3b、Lb14-3-3c、Lb14-3-3d和Lb14-3-3e,5个基因编码蛋白质的结构预测发现,其蛋白质的分子量大小在60.91~64.14 kD之间,编码蛋白质的长度在248~259个aa之间,理论等电点在4.95~4.99之间,均为酸性氨基酸,且都为不稳定的亲水性蛋白。α-螺旋(Alpha helix)是这5个蛋白质二级结构的主要成分,三级结构主要是由α-螺旋构成的对称结构,具有高度的相似性。该家族蛋白既没有信号肽也无明显的跨膜区,亚细胞定位显示Lb14-3-3a定位在线粒体上,Lb14-3-3b和Lb14-3-3e定位在叶绿体上,Lb14-3-3c和Lb14-3-3d定位在细胞质中,Lb14-3-3a蛋白发生磷酸化修饰的可能性最高,Lb14-3-3b磷酸化的可能性最低。多序列比对分析显示,该家族蛋白之间的相似性为77.51%,具有高度的保守性。进化分析显示Lb14-3-3a与其它Lb14-3-3蛋白家族的亲缘关系较远,Lb14-3-3c和Lb14-3-3e,Lb14-3-3d和Lb14-3-3b处于同一分支,亲缘关系较近,Lb14-3-3家族蛋白与马铃薯、番茄、烟草等亲缘关系较近。研究结果为阐明该蛋白家族基因在枸杞花药发育过程中潜在的调控机理提供科学依据。

关键词：枸杞(Lycium barbarum L.) Lb14-3-3基因家族 cDNA克隆生物信息学分析

雌、雄驯鹿鹿茸顶端表皮组织Morf4l1基因cDNA克隆与表达分析

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中国农业大学学报 2018年第6期23卷 77-84页

作者：王强辉翟健程夏彦玲李和平东北林业大学野生动物资源学院哈尔滨150040

为探索驯鹿(Rangifer tarandus)Morf4l1基因的生物学特性以及雌、雄驯鹿茸顶端表皮组织表达差异,揭示Morf4l1对鹿茸生长的重要生物学意义,采用RT-PCR技术和分子克隆技术成功获得驯鹿Morf4l1基因cdna,以驯鹿Morf4l1基因cdna为依据,展开... 详细信息

为探索驯鹿(Rangifer tarandus)Morf4l1基因的生物学特性以及雌、雄驯鹿茸顶端表皮组织表达差异,揭示Morf4l1对鹿茸生长的重要生物学意义,采用RT-PCR技术和分子克隆技术成功获得驯鹿Morf4l1基因cdna,以驯鹿Morf4l1基因cdna为依据,展开生物信息分析和雌、雄驯鹿鹿茸表皮组织中表达差异的研究。结果表明:1)驯鹿Morf4l1基因CDS区全长为972bp,共编码323个氨基酸。2)驯鹿Morf4l1蛋白是一种相对分子量为37.20ku的不具跨膜结构的亲水性蛋白质,其二级结构主要以β转角为主。3)驯鹿Morf4l1编码蛋白氨基酸序列与其他18个物种该蛋白氨基酸序列发现相似度介于85%~100%,其中与白尾鹿相似度最高为100%,与原鸡相似度最低为85%,与其他亲缘关系较近物种(如牛、羊)的相似度能达到99%;结合系统进化树发现驯鹿Morf4l1基因在进化中高度保守,各物种之间的遗传距离不超过0.035。4)荧光定量结果显示雌性驯鹿茸顶端表皮组织Morf4l1基因相对表达量是雄性的2.127±0.032倍。本研究发现驯鹿Morf4l1基因在进化中高度保守,是鹿茸生长发育的关键基因,其在驯鹿鹿茸表皮组织中相对表达量受性别影响较为明显。

关键词：驯鹿 Morf4l1基因 cDNA克隆生物信息分析基因表达

克氏原螯虾多巴脱羧酶的cDNA克隆、序列分析及表达分布

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云南农业大学学报（自然科学版） 2020年第2期35卷 243-250页

作者：王凯沈秀丽蔺思函杜杰于晓东郭艳波李博杜志强内蒙古科技大学生命科学与技术学院内蒙古包头014010 内蒙古科技大学图书馆内蒙古包头014010

【目的】克氏原螯虾(Procambarus clarkii)属于节肢动物门甲壳纲十足目,也称淡水小龙虾。多巴脱羧酶(dopa decarboxylase)作为小龙虾先天免疫应答中的一种关键酶,在抵御外来病原体的侵害上起到了重要作用。本研究以克氏原螯虾为材料,克... 详细信息

【目的】克氏原螯虾(Procambarus clarkii)属于节肢动物门甲壳纲十足目,也称淡水小龙虾。多巴脱羧酶(dopa decarboxylase)作为小龙虾先天免疫应答中的一种关键酶,在抵御外来病原体的侵害上起到了重要作用。本研究以克氏原螯虾为材料,克隆了Pc-ddc cdna序列并对其进行生物信息学及组织mRNA表达分析。【方法】通过分子生物学技术构建大肠杆菌表达载体,并进行生物信息学分析,同时应用qRT-PCR技术分析其mRNA组织表达分布。【结果】生物信息学分析表明:获得了开放阅读框全长为1425 bp的Pc-ddc基因的cdna序列,编码474个氨基酸残基,多肽的理论分子量为52.99 ku,蛋白分子式为C2384H3689N647O674S25,等电点为5.98,为弱酸性蛋白且N-末端无信号肽。亚细胞定位表明:Pc-DDC蛋白在线粒体中最多;组织表达分析表明:Pc-ddc mRNA在检测的6个组织中差异表达,其中,淋巴组织表达量最高。【结论】本研究为克氏原螯虾等无脊椎动物先天免疫系统的深入探索提供了理论支撑。

关键词：克氏原螯虾多巴脱羧酶 cDNA克隆性质分析组织表达

猪德尔塔冠状病毒S基因序列分析与全长cDNA克隆的构建

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猪德尔塔冠状病毒S基因序列分析与全长cDNA克隆的构建

作者：王连顺中国农业科学院

学位级别：硕士

猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)是近年来出现的一种猪的新型肠道冠状病毒。2012年首次于中国香港被报道,2014年美国俄亥俄州暴发了PDCoV疫情,随后该病在中国、加拿大、日本、韩国、泰国、墨西哥等多个国家和地区相... 详细信息

猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)是近年来出现的一种猪的新型肠道冠状病毒。2012年首次于中国香港被报道,2014年美国俄亥俄州暴发了PDCoV疫情,随后该病在中国、加拿大、日本、韩国、泰国、墨西哥等多个国家和地区相继被报道。PDCoV可感染不同日龄的猪,新生仔猪更为易感,其临床症状主要表现为腹泻、呕吐和脱水,严重时出现死亡,对于新生仔猪可造成30%-40%的致死率。但目前对于PDCoV的致病机制尚不十分清楚,并且缺乏有效的疫苗进行防控,给养猪业带来了巨大的经济损失。因此,尽快建立PDCoV反向遗传操作平台,对于后续深入研究病毒基因组的结构与功能、致病机制以及新型疫苗的研发等都十分必要。本研究中以实验室前期分离、保存的PDCoV流行毒株CH/XJYN/2016为亲本毒株,对不同代次的细胞毒S基因序列进行了测序及分析,明确了不同代次细胞毒S基因突变位点,为后续利用反向遗传技术研究PDCoV胰酶依赖性以及致病性减弱的分子机制提供了具体操作位点。进一步地,通过体外连接的构建策略,将全长基因组划分为5个片段,并将得到的5个目的片段通过T4连接酶进行体外连接,成功得到基因组全长cDNA克隆以及全长体外转录本。综上所述,本研究中成功获得了PDCoV CH/XJYN/2016毒株P10代细胞毒全长基因组序列以及不同代次细胞毒S基因序列信息,且进一步通过体外连接技术获得了PDCoV基因组全长cDNA克隆及体外转录本,为后续反向遗传学操作平台的建立及PDCoV致病机制的研究奠定了重要基础。

关键词：猪德尔塔冠状病毒 S基因分析 cDNA克隆

小麦返白系HSP70基因cDNA克隆及序列分析

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基因组学与应用生物学 2018年第9期37卷 3874-3880页

作者：侯典云杨萌萌李炯赵杏利胥华伟张红晓河南科技大学农学院洛阳471023 洛阳市道地药材繁育与创新利用工程技术研究中心洛阳471023 河南省农业厅中药材生产技术服务中心郑州450000

小麦返白系是从小麦矮变1号中发现的天然突变体,为了研究其＂白化-复绿＂的分子机制,本研究以返白系FA85为材料,在前期蛋白质组学研究的基础上,采用RT-PCR技术,扩增小麦返白系HSP70基因,命名为TafHSP70（GenBank,登录号为FJ830847）,并... 详细信息

小麦返白系是从小麦矮变1号中发现的天然突变体,为了研究其＂白化-复绿＂的分子机制,本研究以返白系FA85为材料,在前期蛋白质组学研究的基础上,采用RT-PCR技术,扩增小麦返白系HSP70基因,命名为TafHSP70（GenBank,登录号为FJ830847）,并对其蛋白质结构、序列相似性、系统进化等进行了分析研究。结果表明：小麦返白系TafHSP70的cdna序列长度为1 272 bp,编码423个氨基酸,TafHSP70蛋白的分子质量为45 137.91 k D,理论等电点为4.94,α-螺旋和无规则卷曲是TafHSP70蛋白的主要组成部分,为弱酸性蛋白。Blastn比对和MEGA5.0软件分析表明,小麦返白系TafHSP70与节节麦的序列相似性最高,达到98%。系统进化树结果也显示,返白系不但与节节麦、二穗短柄草、大麦等禾本科植物聚为一支,而且与非禾本科的油棕、海枣、莲等也具有较高的同源性,说明HSP70具有较高的保守性。本研究有助于深入探讨HSP70的功能以及最终解析返白系的分子机制。

关键词：小麦返白系 HSP70基因 cDNA克隆序列分析

梅花鹿Ghrelin全长cDNA克隆及其序列分析

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中国农业大学学报 2017年第12期22卷 95-100页

作者：张曼金鑫田巧珍刘骄王云鹤杨银凤内蒙古农业大学兽医学院呼和浩特市010018

为获得梅花鹿Ghrelin cdna全序列,以梅花鹿皱胃黏膜上皮组织提取的总RNA为模板,通过RT-PCR和RACE法克隆了梅花鹿皱胃中Ghrelin基因cdna的全序列。结果表明梅花鹿Ghrelin cdna序列全长为539bp,其中5’非翻译区(5’UTR)为46bp,3’UTR为128... 详细信息

为获得梅花鹿Ghrelin cdna全序列,以梅花鹿皱胃黏膜上皮组织提取的总RNA为模板,通过RT-PCR和RACE法克隆了梅花鹿皱胃中Ghrelin基因cdna的全序列。结果表明梅花鹿Ghrelin cdna序列全长为539bp,其中5’非翻译区(5’UTR)为46bp,3’UTR为128bp,开放阅读框(ORF)为351bp,该ORF编码116个氨基酸残基。将梅花鹿Ghrelin基因的cdna与人和其他动物的Ghrelin相比,发现:梅花鹿Ghrelin与驯鹿、山羊、绵羊和牛的同源性达90.4%~99.1%;与恒河猴、人、猪、犬的同源性达76.6%~66.9%;与鸡和野鸽的同源性分别为36.4%和35.4%。研究表明Ghrelin的结构具有明显的种属特异性,因此Ghrelin在反刍动物体内可能有着重要的生理功能。

关键词：梅花鹿 Ghrelin cDNA克隆同源性分析

两种苎麻纤维素合酶基因cdna序列的克隆及表达

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作物学报 2014年第11期40卷 1925-1935页

作者：刘昱翔陈建荣彭彦黄妤赵燕黄丽华郭清泉张学文湖南农业大学生物科学技术学院湖南长沙410128 长沙学院生物工程与环境科学系湖南长沙410003

从苎麻转录组数据出发,利用 Blast 工具从中分析出与多种植物纤维素合酶高度相似的片段 CL789和Unigene 20360。根据片段信息设计特异性引物,从苎麻[Boehmeria nivea （Linn.） Gaud.]栽培种湘苎3号中克隆纤维素合酶核心片段,并利用5′... 详细信息

从苎麻转录组数据出发,利用 Blast 工具从中分析出与多种植物纤维素合酶高度相似的片段 CL789和Unigene 20360。根据片段信息设计特异性引物,从苎麻[Boehmeria nivea （Linn.） Gaud.]栽培种湘苎3号中克隆纤维素合酶核心片段,并利用5′及3′RACE技术获得2个片段的全长cdna。两者都具有典型的纤维素合酶特征结构域,表明为2个苎麻纤维素合酶基因 CesA的 cdna序列,分别命名为 BnCesA2和 BnCesA3。BnCesA2基因编码区全长度3240 bp,编码1079氨基酸多肽；BnCesA3基因编码区全长3120 bp,编码1039氨基酸多肽。对BnCesA2和BnCesA3基因在湘苎1号、湘苎3号、湘潭大叶白和城步青麻苎麻品种木质部和韧皮部荧光定量PCR分析显示,2个基因在不同品种苎麻的木质部及韧皮部都有表达,但表达量存在着一定差异,整体而言 BnCesA2具有更高的表达水平,其木质部和韧皮部的表达都为BnCesA3的2-5倍。推测BnCesA2和BnCesA3均参与了苎麻细胞壁的次生合成。

关键词：苎麻纤维素合酶基因 cDNA克隆表达分析

人MTERF4基因cdna的克隆及编码蛋白质的生物信息学分析

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生物技术 2015年第1期25卷 28-35页

作者：熊伟杨勇琴张海洋徐彤张晓娟余敏大理学院基础医学院云南大理671000 云南省昆虫生物医药研发重点实验室云南大理671000 大理市第一人民医院云南大理671000 云南大学生命科学学院云南昆明650091

[目的]克隆人线粒体转录终止因子4（mitochondrial transcription termination factor 4,MTERF4）基因cdna编码区,预测和分析其编码蛋白质的结构与功能。[方法]采用RT-PCR技术扩增人MTERF4基因cdna的编码序列,采用生物信息学方法对人MTE... 详细信息

[目的]克隆人线粒体转录终止因子4（mitochondrial transcription termination factor 4,MTERF4）基因cdna编码区,预测和分析其编码蛋白质的结构与功能。[方法]采用RT-PCR技术扩增人MTERF4基因cdna的编码序列,采用生物信息学方法对人MTERF4蛋白进行分析。[结果]人MTERF4基因cdna编码序列为1 146bp,编码一个由381氨基酸组成的亲水性蛋白质,分子量为45.78 k D,理论等电点为9.49。该蛋白N端1-42个氨基酸为前导肽序列,定位于细胞线粒体。其二级结构主要为α螺旋和无规则卷曲,包含4个MTERF基序。三级结构预测结果与二级结构相符。蛋白质多重序列比对和聚类分析显示,人MTERF4蛋白与大鼠、小鼠的MTERF4蛋白具有高度同源性,在系统发育树上聚为一类。[结论]人MTERF4基因cdna的克隆及编码蛋白质的生物信息学分析为进一步研究其生物学功能奠定了理论依据。

关键词：人线粒体转录终止因子4 cDNA克隆结构功能生物信息学