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Application of droplet digital PCR in detection of seed-transmitted pathogen Acidovorax citrulli

Journal of Integrative Agriculture 2020年第2期19卷 561-569页

作者： LU Yu ZHANG Hai-jun ZHAO Zi-jing WEN Chang-long WU Ping SONG Shun-hua YU Shuan-cang Luo Lai-xin XU Xiu-lan Beijing Key Laboratory of Vegetable Germplasms Improvement Beijing Vegetable Research CenterBeijing Academy of Agriculture and Forestry SciencesBeijing 100097P.R.China Supervision Inspection and Test Center of Vegetable Seed Quality of Ministry of Agriculture and Rural AffairsBeijing 100097P.R.China Beijing Key Laboratory of Seed Disease Testing and Control College of Plant PathologyChina Agricultural UniversityBeijing 100093P.R.China

bacterial fruit blotch caused by Acidovorax citrulli is a serious threat to cucurbit industry *** pathogen is seedtransmitted,so seed detection to prevent distribution of contaminated seed is crucial in disease *** this study,we adapted a quantitative real-time PCR(qPCR)assay to droplet digital PCR(ddPCR)format for *** detection by optimizing reaction *** performance of ddPCR in detecting *** pure culture,DNA,infested watermelon/melon seed and commercial seed samples were compared with multiplex PCR,qPCR,and dilution plating *** lowest concentrations detected(LCD)by ddPCR reached up to 2 fg DNA,and 102 CFU mL–1 bacterial cells,which were ten times more sensitive than those of the *** testing artificially infested watermelon and melon seed,0.1%infestation level was detectable using ddPCR and dilution plating *** 26 positive samples were identified in 201 commercial seed samples through ddPCR,which was the highest positive number among all the *** detection sensitivity achieved by ddPCR demonstrated a promising technique for improving seed-transmitted pathogen detection threshold in the future.

关键词： bacterial fruit blotch Acidovorax citrulli droplet digital PCR seed detection quantitative real-time PCR

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