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automatic verification of Biochemical Network Using Model Checking Method

Chinese Journal of Chemical Engineering 2008年第1期16卷 90-94页

作者： Jinkyung Kim Younghee Lee Il Moon Department of Chemical Engineering Yonsei University 134 Shinchon-dong Seodaemun-gu Seoul 120-749 Korea

This study focuses on automatic searching and verifying methods for the teachability, transition logics and hierarchical structure in all possible paths of biological processes using model checking. The automatic search and verification for alternative paths within complex and large networks in biological process can provide a considerable amount of solutions, which is difficult to handle manually. Model checking is an automatic method for verifying if a circuit or a condition, expressed as a concurrent transition system, satisfies a set of properties expressed in a temporal logic, such as computational tree logic （CTL）. This article represents that model checking is feasible in biochemical network verification and it shows certain advantages over simulation for querying and searching of special behavioral properties in biochemical processes.

关键词： automatic verification path networks biological process model checking computational tree logic

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Verifying Automata Specification ofDistributed Probabilistic Real-Time Systems

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Journal of Computer Science & Technology 1998年第6期13卷 588-596页

作者：罗铁庚陈火旺王兵山王戟龚正虎齐治昌 Department of Computer Science National University of Defense Technology Changsha P.R. China

In this paper, a qualitative model checking algorithm for verification of distributed probabilistic real-time systems (DPRS) is presented. The model of DPRS, called real-time probabilistic process model (RPPM), is over continuous time domain. The properties of DPRS aredescribed by using deterministic timed automata (DTA). The key part in the algorithm is tomap continuous time to finite time intervals with flag variables. Compared with the existingalgorithms, this algorithm uses more general delay time equivalence classes instead of the unitdelay time equivalence classes restricted by event sequence, and avoids generating the equivalence classes of states only due to the passage of time. The result shows that this algorithm ischeaper.

关键词： DPRS GSMP automatic verification model checking timed automata.

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