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梨属叶绿体非编码区trnL-trnF和accd-psai特征及其在系统发育研究中的应用价值

园艺学报 2011年第12期38卷 2261-2272页

作者：胡春云郑小艳滕元文浙江大学园艺系农业部园艺植物生长发育与品质调控重点开放实验室杭州310058

对梨属19个种共26个供试样本及两个苹果属外类群样本的叶绿体非编码区trnL-trnF和accd-psai进行了序列分析。排列后的序列长度分别为927 bp和944 bp。两个区域组合后共有36个核苷酸替换(substitution)和11个插入/缺失(indel)。将所有in... 详细信息

对梨属19个种共26个供试样本及两个苹果属外类群样本的叶绿体非编码区trnL-trnF和accd-psai进行了序列分析。排列后的序列长度分别为927 bp和944 bp。两个区域组合后共有36个核苷酸替换(substitution)和11个插入/缺失(indel)。将所有indel处理为一次变异事件并编码为替换,用于简约法系统树和NeighborNet系统发育网络(phylogenetic networks)的构建。研究结果表明:indel为系统发育分析提供了可靠的信息;相比trnL-trnF,accd-psai因进化速率较快,更适合应用于种及种以下分类水平的梨属植物系统关系研究;NeighborNet系统发育网络表明系统树上部分较低的分支支持率由冲突的信息引起,其余则由信息位点不足引起。此外结果还揭示了可疑种间杂交种的母系祖先。

关键词：梨属 trnL-trnF accd-psai 长度突变系统关系

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梨主栽品种叶绿体高变区accd-psai的遗传多样性研究

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中国南方果树 2016年第5期45卷 23-28页

作者：齐丹曹玉芬田路明董星光张莹霍宏亮常耀军张小双中国农业科学院果树研究所/农业部园艺作物种质资源利用重点实验室辽宁兴城125100 南京农业大学梨工程技术研究中心南京210095

梨叶绿体DNA结构高度保守,利用其非编码区的高变区域accd-psai,从母系遗传的角度评价梨主要栽培品种的遗传多样性和亲缘关系,为梨育种计划亲本的选择提供参考。结果显示,42个梨品种的叶绿体高变区域accd-psai的扩增片段长度为653~932bp... 详细信息

梨叶绿体DNA结构高度保守,利用其非编码区的高变区域accd-psai,从母系遗传的角度评价梨主要栽培品种的遗传多样性和亲缘关系,为梨育种计划亲本的选择提供参考。结果显示,42个梨品种的叶绿体高变区域accd-psai的扩增片段长度为653~932bp,其中简约信息性突变位点3个,占片段总长的0.32%,插入/缺失片段（INDEL）为6个,总长280bp,占片段总长的30.04%。42份材料共检测到6个单倍型,单倍型多样性Hd为0.78,不同梨系统Hd的变化范围在0.29~0.80之间,秋子梨和西洋梨栽培品种的Hd最低,为0.29,种间杂交新品种的的Hd最高,为0.80。白梨、秋子梨、沙梨、新疆梨、西洋梨和种间杂交品种的单倍型个数分别为3、2、2、3、2和3。中介网络图显示,单倍型H1和H3,H5和H6的亲缘关系近。研究结果为育种计划亲本的选配提供参考依据。

关键词：梨品种叶绿体DNA accd-psai 遗传多样性亲缘关系

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利用Indel标记鉴定太白贝母及其近缘种

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中国药学杂志 2024年第15期59卷 1393-1399页

作者：廖海喻心怡黄雪张田全慧鸽李宇辰周嘉裕西南交通大学生命科学与工程学院成都610031

目的建立基于插入缺失(Indel)标记的常规聚合酶链反应(PCR)方法对太白贝母及其近缘种开展分子鉴定研究。方法从GenBank下载103条来自不同贝母来源植物的叶绿体基因组序列,序列比对筛选太白贝母的特异性Indel标记。在该Indel标记的上... 详细信息

目的建立基于插入缺失(Indel)标记的常规聚合酶链反应(PCR)方法对太白贝母及其近缘种开展分子鉴定研究。方法从GenBank下载103条来自不同贝母来源植物的叶绿体基因组序列,序列比对筛选太白贝母的特异性Indel标记。在该Indel标记的上下游保守区中设计引物,通过常规PCR与凝胶电泳方法对不同贝母来源植物开展鉴定,并考察方法的特异性、灵敏性与最适反应温度。结果太白贝母在accd-psai基因间隔区具有一段长度为137 bp的缺失,可以作为太白贝母的特异性Indel标记。建立的常规PCR与凝胶电泳方法对太白贝母有良好的特异性,仅有太白贝母产生302 bp的条带,从而与暗紫贝母等其余12种不同贝母来源植物明显区分。该方法对贝母DNA模板的检测下限为0.239 ng·μL^(-1),最适熔解温度(T_(m))值为58℃。结论该检测方法具有特异性高、快捷与成本低等特点,不仅能够实现对太白贝母及其近缘种的准确鉴定,还能够为其他重要来源植物的分子鉴定提供开发思路。

关键词：叶绿体基因组太白贝母 accd-psai 插入缺失标记分子鉴定

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东亚特有珍稀兰科植物扇脉杓兰的遗传多样性与谱系地理学研究

东亚特有珍稀兰科植物扇脉杓兰的遗传多样性与谱系地理学研究

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作者：李星霖华东师范大学

学位级别：硕士

扇脉杓兰(Cypripedium japonicum Thunb.)隶属于兰科(Orchidaceae)杓兰亚科(Subfam. Cypripedium LindL)杓兰属(Cypripedium L.)扇脉组(Sect. Flabellinervia (Pfitz) Hennessyex Cribb),是东亚地区特有的珍稀兰科植物,间断分布于中国,韩国与日本列岛,具有极高的观赏价值和药用价值。野外调查发现,扇脉杓兰野生居群数目和居群内个体数量都很少,加上人为对兰花资源与环境的破坏,导致本种面临濒危,急需保护。为了提出科学的保护措施,本研究通过ISSR分子标记法,筛选出10条引物,对东亚地区17个扇脉杓兰野生居群共285个样本进行了遗传多样性研究;同时,为了解其地理历史、起源、冰期避难所、以及迁移路线,本研究利用cpDNA分子标记法,筛选出accd-psai、trnQ-rps16、 trnK-rps16叶绿体非编码区片段,对东亚地区17个扇脉杓兰野生居群共147个样本进行了谱系地理学研究。(1) ISSR标记法研究遗传多样性结果显示：扇脉杓兰在物种水平上PPB=57.6%,H.=0.1039,SI=0.1687;在居群水平上PPB=9.8%,H=0.0266,SI=0.0420,与其它东亚濒危植物黄山梅Kirengeshoma palmate、黄精叶钩吻Croomia japonica和C. heterosepala相比,遗传多样性较低;中国陕西佛坪居群FP(PPB=24.36%, H=0.0616, SI=0.0982),湖南桑植居群SZ(PPB=20.51%, H=0.0585, SI=0.0923)和重庆金佛山居群JF(PPB=15.38%, H=0.0497, SI=0.0765)都表现出了相对较高的遗传多样性。同时,检测出扇脉杓兰居群间基因流较小,并出现了相当程度的遗传分化。对ISSR标记获得的遗传距离进行UPGMA聚类,结果显示东亚地区扇脉杓兰野生居群分为两个大组,中国与韩国居群聚为一组,日本居群单独为一组,表现出一定的遗传差异。ISSR分子标记检测到扇脉杓兰遗传多样性较低,需要进行就地保护,优先保护FP、SZ和JF居群。虽然日本居群表现出遗传分化,但是考虑到扇脉杓兰相对较低的遗传多样性,目前就地保护优于迁地保护。(2) cpDNA标记法研究谱系地理结果显示：扇脉杓兰在物种水平上单倍型多态性hr为0.861,核苷酸多态性为πT为0.0023,居群水平上单倍型多态性hs为0-0.733,平均值为0.334,核苷酸多态性πS为0-0.00058,平均值为0.00022。该结果与用相同检测法检测出的东亚濒危植物蛛网萼Platycrater arguta、舟山新木姜子Neolitsea sericea、黄山梅Kirengeshoma palmate相比,遗传多样性处于中等偏低水平。同时,也检测出扇脉杓兰居群间具较小的基因流,以及居群间相当程度的遗传分化。利用cpDNA分子标记获得的叶绿体单倍型所构建的TCS网络图和Beast分化时间树,均支持遗传上将扇脉杓兰分为日本,中-韩两个大组。计算出日本和中-韩居群单倍型的分化时间约为1.26Mya,此时中国东部正处于大姑-鄱阳间冰期,推测此时日本居群与中国居群因海峡分离,而居群间明显分化,表现出遗传上的差异。结合前人关于杓兰亚科生物地理学的研究结果,推测杓兰亚科的祖先曾广泛分布于北半球高纬度地区,第三纪渐新世时由于气候变冷向南迁移,扇脉杓兰在迁移过程中成种(30-20Mya)。由于气温继续下降,扇脉杓兰南迁,先到达日本北部(0.4248Mya),此时日本已与中国大陆分开;然后到达韩国与中国内陆适宜的地方进行繁衍(0.3249Mya)。伴随第三纪末和第四纪初一系列的地质运动以及气候变化,扇脉杓兰在东亚形成一定的分布格局。冰期时,扇脉杓兰躲避于北半球高纬度地区和日本的避难所得以保留,中国内地部分省区虽与日本、韩国同纬度,但这些区域可能由于气候较干燥,缺少高山,不适应其生存,而韩国与日本列岛特殊的岛屿环境使得扇脉杓兰能够繁衍。冰期后,扇脉杓兰群体未经历明显的群体扩张,从而形成了该种目前的分布状况：从中国长江流域省份分布至韩国和日本列岛。

关键词：扇脉杓兰遗传多样性谱系地理保护 ISSR accd-psai trnQ-rps16 trnK-rps16

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基于cpDNA基因间隔区序列的银叶树谱系地理学研究

基于cpDNA基因间隔区序列的银叶树谱系地理学研究

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中国第五届红树林学术会议

作者：简曙光张伟伟中国科学院华南植物园

银叶树（Heritiera littoralis Dryand）是一种既能生长在潮间带,也能在陆地上生长的半红树植物,其种内系统地理分布的形成机制、系统进化关系及适应异质性生境的种群分化机制对探讨红树植物及半红树植物的起源与进化有重要意义。本研... 详细信息

银叶树（Heritiera littoralis Dryand）是一种既能生长在潮间带,也能在陆地上生长的半红树植物,其种内系统地理分布的形成机制、系统进化关系及适应异质性生境的种群分化机制对探讨红树植物及半红树植物的起源与进化有重要意义。本研究采用cpDNA基因间隔区序列分析的方法对分布于中国、日本、越南、泰国、印度尼西亚和澳大利亚的12个地点,共17个种群进行谱系地理学研究。主要研究结果如下:

关键词：银叶树谱系地理学 cpDNA accd-psai 保护策略

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