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“磨玻璃影”特征的早期肺腺癌中MPP成分的突变特征分析及znf469基因的探索

中国肺癌杂志 2023年第12期26卷 889-900页

作者：许有涛孙钦泓王思炜朱鸿宇董国璋孟凡尘夏志军游静孔祥茹吴金涛陈鹏袁方慰余新宇季金芾李知桐朱鹏程孙宇翔刘桐言尹荣许林南京医科大学附属肿瘤医院江苏省肿瘤医院胸外科江苏省肿瘤防治研究所江苏省恶性肿瘤分子生物学及转化医学重点实验室南京210009

背景与目的目前,肺癌依然是我国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤。而在早期肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)中,微乳头(micropapillary,MPP)成分尤其常见,且通常表现出高侵袭性,其与早期转移、淋巴浸润的风险以及患者的5年生存率显著相... 详细信息

背景与目的目前,肺癌依然是我国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤。而在早期肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)中,微乳头(micropapillary,MPP)成分尤其常见,且通常表现出高侵袭性,其与早期转移、淋巴浸润的风险以及患者的5年生存率显著相关。本研究旨在探究以磨玻璃影(ground-glass opacities,GGOs)为特征的早期LUAD中MPP成分和非MPP成分的异同,寻找MPP成分所特有的突变特征,并分析锌指蛋白家族的znf469基因与早期LUAD预后以及免疫浸润的关系。方法收集31例LUAD恶性肺结节,采用显微解剖法将其分为成对的MPP和非MPP成分。对早期恶性肺结节组分进行全外显子组测序(whole-exome sequencing,WES),利用maftools、非负矩阵分解(Nonnegative Matrix Factorization,NMF)法、Sigminer等方法进行突变特征分析,以揭示侵袭性LUAD中MPP组分相比于其他肿瘤组织所特有的基因组突变特征。利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的LUAD数据库中znf469的表达情况,探讨其与肺癌预后的关系;利用GeneMANIA数据库以及基因本体(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析探索LUAD中与znf469相关基因的互作网络及信号通路;利用TIMER和TISIDB数据库分析znf469表达与LUAD中免疫细胞浸润水平的相关性。结果MPP成分具有较多的基因组变异,相比于非MPP成分的肿瘤组织,癌症体细胞突变目录(Catalogue of Somatic Mutations in Cancer,COSMIC)的13号突变特征(胞苷脱氨酶家族,APOBEC)是MPP成分所特有的,这提示其参与了MPP成分对LUAD早期侵袭过程的促进作用;并且APOBEC特征高的MPP样本具有更高的肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB),提示这些患者更能从免疫治疗中获益。LUAD中突变znf469的表达高于正常组织,与LUAD患者的不良预后有关。基因互作网络分析以及GO和KEGG富集分析发现,COL6A1、COL1A1、COL1A2、TGFB2、MMP2、COL8A2、C2CD4C等与znf469具有相互作用,且主要与编码胶原蛋白、参与细胞外基质构成有关。znf469表达与肿瘤的免疫浸润呈正相关。结论本研究揭示了中国人群侵袭性LUAD中MPP成分的特有突变特征,并发现突变znf469的高表达影响LUAD预后与免疫浸润,推测znf469可作为LUAD潜在的诊断及预后生物标志物。

关键词：肺肿瘤磨玻璃影微乳头成分突变特征分析 znf469基因

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大菱鲆高温胁迫应答主效QTL候选基因的表达特性分析

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水产学报 2019年第6期43卷 1407-1415页

作者：刘晓菲马爱军黄智慧刘志峰杨双双杨凯大连海洋大学水产与生命学院中国水产科学研究院黄海水产研究所山东省海洋渔业生物技术与遗传育种重点实验室青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室

为研究大菱鲆高温胁迫下相关应激基因的表达影响,采用Real-time PCR对本课题组已定位到的大菱鲆高温胁迫应答主效QTL中的4个候选基因(p53、UBE2H、znf469和MAGI2基因)在不同温度胁迫下的肝脏、鳃、脾脏、皮肤4个组织中的表达量进行检测... 详细信息

为研究大菱鲆高温胁迫下相关应激基因的表达影响,采用Real-time PCR对本课题组已定位到的大菱鲆高温胁迫应答主效QTL中的4个候选基因(p53、UBE2H、znf469和MAGI2基因)在不同温度胁迫下的肝脏、鳃、脾脏、皮肤4个组织中的表达量进行检测。以大菱鲆正常生活水温14°C为对照组,20°C、23°C、25°C和28°C为实验组,进行数据分析。结果显示,4个基因在各个组织中均有表达,且表达量具有组织和温度特异性。其中UBE2H的表达量在4个组织中均呈现出先上升后下降的趋势,在肝脏、脾脏、皮肤组织中20°C时急剧上升并达到峰值且差异显著;在鳃组织中23°C时达峰值,差异显著。p53在4个组织中的表达量均有先上升后下降的趋势,但在鳃和皮肤组织中28°C时表达量急剧升高达到峰值且差异显著。znf469和MAGI2在4个组织中均在20°C时大量表达,并远高于其他温度。研究表明,在大菱鲆高温胁迫应答过程中p53基因与DNA修复和细胞凋亡密切相关,而UBE2H基因参与的泛素-蛋白酶体途径对p53基因具有反馈调节作用,是维持细胞稳态的关键基因;znf469和MAGI2在作为鱼类应答高温胁迫的生物标志物方面具有重要研究价值。

关键词：大菱鲆 p53基因 UBE2H基因 znf469基因 MAGI2基因高温胁迫

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