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哈尔滨市肠道病毒71型vp1区基因序列分析

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中国公共卫生 2012年第8期28卷 1108-1111页

作者：梁英范荣军怀清杰张炳丽梁爽任莉娜李晓鹏王建哈尔滨市疾病预防控制中心黑龙江150056

手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）是由多种肠道病毒引起的常见传染病,多发于5岁以下婴幼儿,可引起发热和手、足、口腔等部位的皮疹、溃疡,个别患者可引起心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜脑炎等并发症],个别重症患儿病情进展快... 详细信息

手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）是由多种肠道病毒引起的常见传染病,多发于5岁以下婴幼儿,可引起发热和手、足、口腔等部位的皮疹、溃疡,个别患者可引起心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜脑炎等并发症],个别重症患儿病情进展快,可导致死亡。

关键词：手足口病(HFMD) 肠道病毒71型 vp1区基因序列分析

2021年云南省红河州手足口病病例标本中分离的2株新型肠道病毒EV-C96 vp1区基因特征分析

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中国病毒病杂志 2024年第2期14卷 124-129页

作者：普伟赵福琴柏桦姜黎黎田炳均伏晓庆罗春蕊蒙自市疾病预防控制中心云南蒙自661199 昆明医科大学公共卫生学院云南昆明650000 云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所云南昆明650022

目的对2021年云南省红河州手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例标本中分离的2株新型肠道病毒EV-C96的基因特征进行分析,为今后对该病毒的防控提供分子流行病学数据。方法收集2021年1—12月红河州手足口病病例的粪便和咽拭... 详细信息

目的对2021年云南省红河州手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例标本中分离的2株新型肠道病毒EV-C96的基因特征进行分析,为今后对该病毒的防控提供分子流行病学数据。方法收集2021年1—12月红河州手足口病病例的粪便和咽拭子标本,从处理后的标本中提取病毒RNA,采用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(real-time quantitative reverse transcription PCR,real-time qRT-PCR)法进行病毒鉴定。对鉴定出的其他肠道病毒进行基因测序定型。用肠道病毒特异性引物扩增vp1区基因,用DNAStar软件中的Seqman程序对病毒基因进行编辑、整理,得到其vp1区序列。按文献下载EV-C96病毒vp1基因代表株参考序列,用Mega 5.2软件进行基因特征分析。结果2021年红河州共报告手足口病病例6017例,发病率为171.73/10万,其中,经real-time qRT-PCR法确诊的429例手足口病病例中,EV-A71感染57例,占13.29%(57/429),CVA16感染137例,占31.93%(137/429),其他肠道病毒感染235例,占54.78%(235/429),用基因测序法从235例其他肠道病毒感染病例样本中检测到2株EV-C96,占0.85%(2/235)。基因特征分析表明这2株EV-C96病毒属C基因型。结论2021年云南省红河州手足口病病原体以其他肠道病毒为主,其中2株为EV-C96,属C基因型。这是云南省首次从手足口病病例中检测到新型肠道病毒EV-C96。

关键词：手足口病肠道病毒C组96型 vp1区基因基因特征分析

2021年南京市手足口病流行特征及柯萨奇A组4型vp1区基因特征分析

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热带医学杂志 2023年第11期23卷 1635-1640页

作者：董晓庆王雅倩石利民董潇潇乔梦凯南京市疾病预防控制中心微生物检验科江苏南京210003

目的了解南京市手足口病(HFMD)流行特征,分析柯萨奇病毒A组(CVA)4型基因特征。方法收集2021年来自南京市12个区的监测样本,使用实时荧光定量PCR方法检测肠道病毒并分型,对排除CVA6、16、10型和肠道病毒(EV)71型阳性的其他未分型肠道病毒... 详细信息

目的了解南京市手足口病(HFMD)流行特征,分析柯萨奇病毒A组(CVA)4型基因特征。方法收集2021年来自南京市12个区的监测样本,使用实时荧光定量PCR方法检测肠道病毒并分型,对排除CVA6、16、10型和肠道病毒(EV)71型阳性的其他未分型肠道病毒,用反转录·聚合酶链反应(RT-PCR)的方法扩增vp4-vp2区,双向测序确定基因型,最后巢式扩增CVA4型的vp1区,确定其基因亚型。结果2021年南京市手足口病呈季节性流行,不同月份之间的肠道病毒阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=80.06,P区分布中,肠道病毒阳性率占前三位的依次是玄武区94.74%(18/19)、浦口区94.00%(47/50)和江北新区83.33%(65/78),不同地区肠道病毒阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=177.42,Pvp4-vp2区测序得到CVA4型6份,对其vp1区扩增测序后获得目的片段。结论南京市2021年手足口病主要型别以CVA6型为主,与其他毒株(CVA16型、CVA4型、CVA10型等)共同循环流行;其中CVA4型毒株均属于C2亚型,未发现新的亚型,需持续监测。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A组4型 vp4-vp2区基因 vp1区基因

2016—2021年云南省手足口病CVA9型肠道病毒vp1区基因分子进化特征分析

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中国病毒病杂志 2024年第1期14卷 48-53页

作者：姜黎黎乔恩发杨溪寸建萍周晓芳曹亿会云南省疾病预防控制中心云南昆明650022

目的探讨2016—2021年云南省手足口病CVA9型肠道病毒vp1区基因分子进化特征,为手足口病的预防和控制提供科学依据。方法对云南省2016—2021年各州市采集的手足口病核酸检测阳性的病例标本进行病原分型分析,通过细胞培养,富集病毒后进行... 详细信息

目的探讨2016—2021年云南省手足口病CVA9型肠道病毒vp1区基因分子进化特征,为手足口病的预防和控制提供科学依据。方法对云南省2016—2021年各州市采集的手足口病核酸检测阳性的病例标本进行病原分型分析,通过细胞培养,富集病毒后进行vp1区基因测序,采用DNA/Star软件进行核苷酸及氨基酸序列比对和基因进化特征分析。用Mega 5.2软件邻位相接法和Kimura 2参数法构建CVA9的基因进化树。结果云南省共分离到6株CVA9病毒株;CVA9毒株分布在4个州市,阳性病例均表现为轻症,年龄分布在7岁及以下年龄段,发病时间段主要集中在1—2月份。其中vp1区基因在11、12、18、84、132等位点氨基酸变化活跃。CVA9的10个基因组(A~J)之间的核苷酸差异率均大于15%,云南省分离的6株CVA9毒株分布在B基因组的G亚型。各CVA9株之间核苷酸、氨基酸差异率分别为15.75%~24.72%、1.39%~2.16%。云南省分离的6株CVA9毒株和国内云南、山东、浙江参考株遗传距离较近。结论2016—2021年引起手足口病的CVA9病毒散在流行,与国内部分省市引起手足口病的毒株共进化、共循环。

关键词：手足口病人类肠道病毒 CVA9 vp1区基因序列分析

山东省潍坊市柯萨奇病毒A6型vp1区基因进化特征分析

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预防医学论坛 2023年第6期29卷 411-414页

作者：刘德辉马淑青聂清张凤娟胡林刘淑慧刘艳菊潍坊市疾病预防控制中心微生物检验科山东261061 潍坊市人民医院感染科

目的探讨2015-2020年山东省潍坊市柯萨奇病毒A6(CV-A6)vp1区核苷酸进化特征,明确潍坊市CV-A6的基本流行状况及vp1区毒力相关的氨基酸位点。方法收集2015-2020年山东省潍坊市手足口病患者CV-A6核酸阳性标本,进行vp1区全长序列扩增及核... 详细信息

目的探讨2015-2020年山东省潍坊市柯萨奇病毒A6(CV-A6)vp1区核苷酸进化特征,明确潍坊市CV-A6的基本流行状况及vp1区毒力相关的氨基酸位点。方法收集2015-2020年山东省潍坊市手足口病患者CV-A6核酸阳性标本,进行vp1区全长序列扩增及核苷酸序列测定,根据GenBank中CV-A6原型株及参考序列(含重症、轻症)进行基因分型、选择性压力分析、重症及轻症间氨基酸位点差异对比分析。结果共获得15条915 bp vp1轻症全长序列,15条序列均位于D3a分支中,且分别与不同地域序列处于不同分支中。与轻症序列相比,重症序列vp1区的5个氨基酸替代位点S5A(χ^(2)=13.37,P=0.001)、A30V(χ^(2)=6.79,P=0.009)、N137S(χ^(2)=5.40,P=0.02)、V242I(χ^(2)=14.41,P=0.000)、A283T(χ^(2)=14.26,P=0.000)差异均有统计学意义(Pvp1区序列中,有4条序列在两个位点与重症序列突变一致(I174V、A283T)。所有vp1序列只存在负选择压力,Ka/Ks>1,3个碱基A410G、A520G、G724A发生非同义突变,分别位于三个氨基酸替代位点N137S、I174V、V242I的密码子中,突变率与氨基酸替代率一致。结论 2015-2020年山东省潍坊市手足口病CV-A6 vp1区为轻症序列,均位于D3a分支中D3a基因亚型。重症序列中的N137S、I174V、V242I三个氨基酸位点可能与CV-A6致病性相关。

关键词：手足口病柯萨奇病毒A6型 vp1区基因氨基酸替代选择性压力

2021年云南省两地区手足口病病原构成及柯萨奇病毒B2型vp1区基因特征分析

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中国病毒病杂志 2024年第2期14卷 119-123页

作者：寸建萍李楠皮自林周雪花曹亿会姜黎黎周晓芳杨溪伏晓庆田炳均云南省疾病预防控制中心急性传染病防制所云南昆明650022 云南省曲靖市疾病预防控制中心检验科云南曲靖655000 云南省文山州疾病预防控制中心检验科云南文山663099

目的对2021年云南省曲靖市和文山州两地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原构成及检测到的6株柯萨奇病毒B组2型(coxsackievirus B2,CVB2)vp1区基因特征进行分析,为今后手足口病及CVB2感染的防控提供科学依据。方法对2021... 详细信息

目的对2021年云南省曲靖市和文山州两地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原构成及检测到的6株柯萨奇病毒B组2型(coxsackievirus B2,CVB2)vp1区基因特征进行分析,为今后手足口病及CVB2感染的防控提供科学依据。方法对2021年1—12月云南省曲靖市和文山州收集到的手足口病病例粪便标本开展肠道病毒实时荧光定量反转录聚合酶链反应(real-time quantitative reverse transcription PCR,real-time qRT-PCR)检测,并对结果为其他肠道病毒(非EV-A71及非CVA16)的标本进行vp1区核酸序列测定。按文献下载CVB2病毒vp1基因代表株参考序列,用Mega 5.2软件进行基因特征分析,用邻位相接法构建系统进化树,所用模式为Kimura二参数置换法(Kimura 2-parameter substitution model)。结果2021年云南省曲靖市和文山州共收集手足口病病例粪便标本1164份,经real-time qRT-PCR检测,检出肠道病毒阳性标本927份,阳性率为79.64%(927/1164),其中EV-A71型109份,占9.36%(109/1164);CV A16型343份,占29.47%(343/1164);其他肠道病毒475份,占51.24%(475/927)。对其他肠道病毒进行基因测序,鉴定出6株CVB2(曲靖市2株、文山州4株),占比为1.26%(6/475),基因特征分析结果表明6株CVB2病毒属于基因型D中的分支2。结论2021年云南省曲靖市和文山州的手足口病病例标本中其他肠道病毒阳性检出率最高,两地区均检出CVB2病毒,且同为D基因型中的分支2,提示在今后手足口病病原监测中应加强对其他肠道病毒的分型分析,以便全面了解手足口病的病原构成,为科学防控提供依据。

关键词：手足口病病原柯萨奇病毒B2型 vp1区基因基因特征分析

云南省急性弛缓性麻痹病例中柯萨奇病毒B5vp1区基因特征分析

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中国公共卫生 2017年第12期33卷 1745-1748页

作者：陈苏张杰田炳均汤晶晶李凯李琼芬丁峥嵘陆林昆明医科大学公共卫生学院云南昆明650000 云南省疾病预防控制中心

目的分析云南省2015年从急性弛缓性麻痹(AFP)病例中分离到的3株柯萨奇病毒B5(CVB5)vp1区核苷酸基因特征。方法采集RD细胞和L20B细胞对AFP标本进行病毒分离,应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒vp1基因,目的基因送至基因公司进行序... 详细信息

目的分析云南省2015年从急性弛缓性麻痹(AFP)病例中分离到的3株柯萨奇病毒B5(CVB5)vp1区核苷酸基因特征。方法采集RD细胞和L20B细胞对AFP标本进行病毒分离,应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒vp1基因,目的基因送至基因公司进行序列测定;应用MEGA 6软件对分离到的病毒与基因库代表株进行进化树分析。结果 213例AFP标本中分离到23株非脊髓灰质炎肠道病毒(NPEV),包括3株CVB5;3株CVB5与原型株vp1区之间核苷酸(nt)相似性为80.7%~81.9%,氨基酸(aa)相似性为95.1%~96.5%;系统进化树结果显示,本研究分离的CVB5与山东分离株(JN712675)的nt相似性为91.7%~92%,与安徽分离株(KF751191)的nt相似性为92%~93%。结论云南省2015年从AFP病例中分离到的3株CVB5与山东代表株(JN712675)和安徽代表株(KF751191)相似性较高。

关键词：柯萨奇病毒B5(CVB5) vp1区基因特征急性弛缓性麻痹(AFP)

中国脊髓灰质炎疫苗株病毒vp_1区基因突变热点分析

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中国计划免疫 2006年第6期12卷 440-444页

作者：张勇祝双利赵蓉严冬梅朱晖王东艳李杰安洪秋侯小辉陈立许文波中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京100050

目的研究中国（未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区）急性弛缓性麻痹（AFP）病例监测系统中分离到的脊髓灰质炎（脊灰）疫苗株病毒vp1区基因核苷酸突变热点及其分子生物学特征。方法对从中国1996～2002年AFP病例中分离的693株单血清... 详细信息

目的研究中国（未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区）急性弛缓性麻痹（AFP）病例监测系统中分离到的脊髓灰质炎（脊灰）疫苗株病毒vp1区基因核苷酸突变热点及其分子生物学特征。方法对从中国1996～2002年AFP病例中分离的693株单血清型脊灰病毒进行vp1区核苷酸序列测定和分析，并对序列结果进行比对分析和统计学分析。结果vp1区核苷酸序列测定和分析结果，未检出脊灰野病毒，全部为脊灰疫苗株病毒。在所有疫苗株病毒中，发现了一些vp1区基因核苷酸突变热点，例如Ⅰ型病毒的nt2747位点和nt2795位点、Ⅱ型病毒的nt2909位点、Ⅲ型病毒的nt2636位点，突变发生率分别为34．8％、47．3％、84．8％、53．3％。4个突变热点共有8种核苷酸变异形式，其中3种核苷酸变异形式为转换（Ⅰ型A2795G、Ⅱ型U2909C、Ⅲ型G2636A），另外5种为颠换（Ⅰ型A2747U、A2747C、A2795U和Ⅱ型U2909A、U2909G）。4个突变热点全部导致了编码氨基酸的突变。在编码氨基酸的突变中，除Ⅰ型A2747U、A2 747C、A2 795U导致相似性质的氨基酸之间发生替代外，其余都发生了极性氨基酸和疏水性氨基酸的替换。某些导致不同性质编码氮基酸替换的突变热点同时也是已知的神经毒力决定位点。结论因为有突变热点的存在，说明在vp1区基因中突变的核苷酸并不是完全随机分布的；由于脊灰病毒的vp1区基因突变热点可能与它的生物学特性（如神经毒力）有一定的关联性，因此对vp1区基因突变热点的检测，可作为中国脊灰病毒学监测中的一个重要方法。

关键词：脊髓灰质炎疫苗株病毒 vp1区基因突变热点

西藏自治区埃柯病毒7型和11型基因特征分析

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西藏自治区埃柯病毒7型和11型基因特征分析

作者：陈立中国协和医科大学

学位级别：硕士

人类肠道病毒(human enteroviruses,HEV)属于小RNA病毒科(Picornaviridae),目前已经报道的有101个型,被分为A、B、C、D 4类(species)及脊灰病毒,其中64个血清型被早期的中和试验所定型。肠道病毒基因组全长大约7500nt,vp1区是其重要的... 详细信息

人类肠道病毒(human enteroviruses,HEV)属于小RNA病毒科(Picornaviridae),目前已经报道的有101个型,被分为A、B、C、D 4类(species)及脊灰病毒,其中64个血清型被早期的中和试验所定型。肠道病毒基因组全长大约7500nt,vp1区是其重要的蛋白编码区,也是抗原决定区,是其分型的决定区域,近年来新发现的肠道病毒型别均是以vp1区的序列为依据。vp1区核苷酸序列的对比分析也是肠道病毒分子流行病学研究的重要数据资料。大多数肠道病毒的感染是无症状的或只引起轻微症状,如非特异性发热或轻微上呼吸道症状(普通感冒);也可以引起广泛多样的临床疾病,包括急性出血性结膜炎、无菌性脑膜炎、皮疹、急性弛缓性麻痹、手足口病、心肌炎和新生儿败血症。由于肠道病毒的型别多样,可引起多种轻重疾病,或者形成无症状感染者,近年来越来越受到各国疾病控制部门的重视。我国地域辽阔,肠道病毒种类多,常年都有疫情发生。西藏自治区地理位置特殊,其肠道病毒的流行特点和型别特征未见相关研究报道。从我们这项研究的结果看,西藏地区1999—2002年人群中分离到polio,ECHO,Cox等多型别肠道病毒,以ECHO7和ECHO11最多,所以我们选取ECHO7和ECHO11病毒做进一步的分子流行病学研究。目的研究西藏自治区肠道病毒ECHO7和ECHO11 vp1区编码基因特征及其分子流行病学特点。方法选取从1999年—2002年西藏自治区AFP病例和0—5岁到儿童医院就诊儿童及部分健康儿童的659份粪便标本中分离的16株ECHO7病毒和15株ECHO11病毒,进行RNA提取,vp1编码区RT-PCR,PCR产物的核苷酸序列测定和分析。结果1999年标本分离到9株ECHO7病毒,2000年分离到7株ECHO7病毒,其它年份未分离到ECHO7病毒。1999年标本分离到15株ECHO11病毒,其它年份未分离到ECHO11病毒。vp1区核苷酸序列测定结果证实这些经血清中和试验定型的病毒确实为ECHO7和ECHO11病毒;16株ECHO7病毒vp1区基因全长都是876bp,翻译的氨基酸全长292aa。所测16株ECHO7病毒核苷酸序列之间同源性在86.73-100.0%之间,所测序列和ECHO7原型株——Wallace株相比,同源性在77.85-78.99%之间;和引起致死性脑脊髓炎的ECHO7变异株——UMMC株相比,同源性在81.67-83.79%之间。本研究构建的ECHO7病毒遗传进化树将已知的ECHO7病毒划分为4个基因型(genotype),西藏分离的ECHO7病毒独自形成1个新基因型(D基因型)。所测15株ECHO11病毒vp1区基因全长都是876bp,翻译的氨基酸全长292aa。序列对比分析和基于vp1全基因序列构建的遗传进化树看,在目前已知的ECHO11病毒形成A、B、C、D 4个基因组(genogroup),A组包括中国山东省大部分分离株,以及中国西藏自治区的4株;B组仅有ECHO11的原型株USA/CA53-Gregory;C组包括中国山东省较特殊的1株,以及中国西藏自治区的11株:15株西藏自治区ECHO11分离株vp1区氨基酸序列对比明显显示出,分入A组和C组西藏毒株在292aa中有19aa的差异。这2组的西藏毒株同源性组间差异显著大于组内差异。结论首次划分了ECHO7病毒的基因型,首次报告了我国西藏地区1999年和2000年人群中流行的ECHO7病毒为一个新的基因型,D基因型;16株D基因型病毒划分为2个基因亚型,D1和D2。1999年流行的为D1;2000年流行的为D2。西藏地区1999年和2000年ECHO7流行为不同的病毒亚型引起。2001年—2002年未发现ECHO7的持续流行。目前我国分离的ECHO11病毒存在2个基因型,A和C;西藏自治区1999年存在A和C 2个亚型ECHO11病毒的共循环。

关键词：肠道病毒埃柯病毒7型埃柯病毒11型 vp1区基因基因型