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基于EST-SSR和种子特征的苇状羊茅遗传分析

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草业科学 2022年第1期39卷 66-74页

作者：王子玥刘凌云刘曼常智慧北京林业大学草业与草原学院北京100083

苇状羊茅(Festuca arundinacea)是重要的冷季型草坪草和牧草,被广泛用于牧草生产、草坪绿化、生态修复等方面。本研究收集了36份不同来源苇状羊茅种质材料,利用表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)引物对材料进行遗传多样性分析,并结合... 详细信息

苇状羊茅(Festuca arundinacea)是重要的冷季型草坪草和牧草,被广泛用于牧草生产、草坪绿化、生态修复等方面。本研究收集了36份不同来源苇状羊茅种质材料,利用表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)引物对材料进行遗传多样性分析,并结合种子表型特征,对它们的种质资源遗传多样性进行了综合评价与分析。结果表明:14对EST-SSR引物共扩增出140条带,多态条带总数为133条,多态带百分率95%;聚类结果具有一定的地域性趋势,但是不明显。当遗传距离在0.54时其聚类结果与种子特征的K均值聚类结果相似;欧洲群体的种子厚度和千粒重的变异系数最大,分别为25.02%和23.35%,其千粒重显著低于亚洲、北美洲群体(P<0.05)。多角度遗传分析表明36份材料具有高度异质性。本研究对苇状羊茅遗传资源的科学评价、核心种质创新和新品种选育具有重要意义。

关键词：苇状羊茅种质资源 EST-SSR 种子表型千粒重 upgma聚类 K均值聚类

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云杉天然群体表型多样性研究

林业科学 2005年第2期41卷 66-73页

作者：罗建勋顾万春中国林业科学研究院林业研究所

以系统揭示云杉全分布区天然群体表型变异程度和变异规律为目的 ,以其全分布区 10个有代表性天然群体 ,每个群体 30个个体为试材 ,对针叶、球果、种鳞、种翅和种子等 17个表型性状进行系统比较分析 ,采用方差分析、多重比较、相关分析... 详细信息

以系统揭示云杉全分布区天然群体表型变异程度和变异规律为目的 ,以其全分布区 10个有代表性天然群体 ,每个群体 30个个体为试材 ,对针叶、球果、种鳞、种翅和种子等 17个表型性状进行系统比较分析 ,采用方差分析、多重比较、相关分析和聚类分析等统计分析方法 ,讨论了群体间和群体内的表型多样性。结果表明 :云杉种内表型性状在群体间和群体内存在极其丰富的遗传差异。云杉球果、针叶、种鳞、种翅和种子 5个表型性状的变异系数分别为 19 14 %、2 6 4 6 %、13 5 8%、19 78%和 174 0 % ,种鳞性状稳定性较其他性状高。表型分化系数 (VST)的变幅为 2 0 9%～ 4 0 6 2 % ,群体间表型分化系数均值为 30 99%。群体间变异 (30 99% )小于群体内变异 (6 9 0 1% )。 17个表型性状间多数呈极显著或显著的正相关 ,球果长度、球果径、种鳞长度、种鳞宽度和种子千粒重为云杉易测定和重要的表型性状。云杉种内群体表型变异在空间分布上呈现以纬度为主的单向变异模式 ,利用群体间欧氏距离进行upgma聚类分析表明 ,云杉群体可以划分为

关键词：天然群体多样性研究云杉 upgma聚类表型性状统计分析方法表型变异表型分化表型多样性种子千粒重变异规律比较分析方差分析多重比较聚类分析相关分析遗传差异变异系数变异模式空间分布欧氏距离分布区

西藏披碱草属野生牧草种质资源的遗传多样性分析与分子聚类研究

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2008年第6期36卷 39-44页

作者：张文妤曹社会曹仲华魏军周梦华西北农林科技大学动物科技学院陕西省农业分子生物学重点实验室陕西杨凌712100 西藏大学理学院西藏拉萨850000

【目的】了解西藏披碱草属野生牧草的遗传多样性及其数量、分布规律。【方法】以披碱草基因组DNA为模板，利用微卫星（Microsatellite）分子标记对搜集到的9份西藏披碱草属野生牧草及8份对照材料进行遗传多样性研究，统计了不同引物对... 详细信息

【目的】了解西藏披碱草属野生牧草的遗传多样性及其数量、分布规律。【方法】以披碱草基因组DNA为模板，利用微卫星（Microsatellite）分子标记对搜集到的9份西藏披碱草属野生牧草及8份对照材料进行遗传多样性研究，统计了不同引物对供试材料的扩增结果，分析了西藏的9个披碱草居群间的遗传距离、遗传相似系数，并对所有17个居群进行了upgma聚类。【结果】试验共筛选32对引物，其中14对引物有扩增条带，具有多态性且扩增效果较好的引物有8对。用筛选出的8对引物对供试的17份材料进行微卫星分析，共检测出69个等位基因，平均每对引物所产生的等位基因数为8．6个；西藏9个居群间的遗传相似系数为0．273～0．900。upgma聚类分析表明，在相似系数阈值为0．58时，9份材料可大致分为3类。【结论】西藏披碱草属野生牧草种质资源具有较高的遗传多样性。

关键词：西藏披碱草属牧草遗传多样性 SSR分子标记 upgma聚类

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五种水螅基因组DNA的RAPD多态性研究

动物分类学报 2005年第1期30卷 205-208页

作者：范学铭肖玮张彦帅哈尔滨师范大学生命与环境科学学院生物学系哈尔滨150080

利用RAPD技术对水螅科 2属 5种水螅进行了基因组DNA多态性研究。 80个随机引物筛选出 1 8个引物 ,共扩增出 30 3个清晰稳定的DNA片段 ,分子量在 0 3～ 3 0kb之间。以upgma聚类法构建树状图 ,阐明水螅属种的分类关系 :大庆水螅Hydradaqi... 详细信息

利用RAPD技术对水螅科 2属 5种水螅进行了基因组DNA多态性研究。 80个随机引物筛选出 1 8个引物 ,共扩增出 30 3个清晰稳定的DNA片段 ,分子量在 0 3～ 3 0kb之间。以upgma聚类法构建树状图 ,阐明水螅属种的分类关系 :大庆水螅Hydradaqingensis、北京水螅H beijingensis和强壮水螅H robusta 3种分成两组并聚在一起 ;不同属的漠河水螅H mohensis和绿水螅Chlorohydrasp 聚为一支 ;由此 2属 5种水螅分为两个支系。

关键词：水螅科水螅属属种基因组DNA多态性 DNA片段随机引物 RAPD技术 RAPD多态性 upgma聚类树状图

应用RAPD技术对44份木薯材料遗传背景的研究

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热带作物学报 2003年第2期24卷 59-64页

作者：曾霞庄南生李开绵华南热带农业大学农学院南儋州571737 中国热带农业科学院农牧所海南儋州571737

应用RAPD技术对44份木薯材料的遗传背景进行研究。结果表明,采用筛选出的19条随机引物(10bp)PCR扩增共获得279条带,其中234条出现多态性。引物S32和S76可将供试44份材料全部区分开。计算出44份木薯材料的成对相似系数,绝大多数栽培材料... 详细信息

应用RAPD技术对44份木薯材料的遗传背景进行研究。结果表明,采用筛选出的19条随机引物(10bp)PCR扩增共获得279条带,其中234条出现多态性。引物S32和S76可将供试44份材料全部区分开。计算出44份木薯材料的成对相似系数,绝大多数栽培材料间的相似系数大于0.75。通过upgma聚类分析,将44份木薯材料划分为野生种和栽培种2大类,依结合线不同,栽培材料又可细分为若干个类群。不同国家和地区来源的材料不能明显聚类。对中国热带农业科学院自身育成的材料单独进行upgma聚类,结果与系谱相吻合。利用RAPD研究结果对部分木薯材料的亲缘关系进行了鉴定,并探讨了RAPD技术运用于木薯育种中亲本选配的可能性。

关键词：木薯遗传背景 RAPD技术 upgma聚类亲缘关系亲本选配

三峡库区稀有植物裸芸香的遗传多样性和保育策略

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生物多样性 2004年第2期12卷 227-236页

作者：宋卫华李晓东李新伟黄宏文李建强中国科学院武汉植物园武汉430074

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)对采自长江三峡库区丰都(FD)、巫溪(WX)、巫山(WS)、巴东(BD)、兴山(XS)、秭归(zG)6个自然居群的128份裸芸香(Psilopeganum sinense)样品进行了基因组DNA多态性分析。用13条引物,共扩增出85条谱带,其中57条... 详细信息

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)对采自长江三峡库区丰都(FD)、巫溪(WX)、巫山(WS)、巴东(BD)、兴山(XS)、秭归(zG)6个自然居群的128份裸芸香(Psilopeganum sinense)样品进行了基因组DNA多态性分析。用13条引物,共扩增出85条谱带,其中57条多态带,多态位点占67.06％。6个居群的多态位点比率分别为25.97％(FD)、29.73％(WX)、24.32％(WS)、43.21％(BD)、30.26％(XS)、39.19％(ZG)。用POPGENE 1.31版和NTSYS 2.10版软件对数据进行分析,结果显示:裸芸香具有较高的遗传多样性,居群总的Nei's基因多样性为0.2082,总Shannon信息多样性指数为0.3196;但各个居群内部遗传多样性较低,居群内平均Nei's基因多样性为0.1094,平均Shannon信息多样性指数为0.1641;居群间的基因分化系数Gst=0.5391,基因流Nm=0.4275,居群间基因分化大于居群内基因分化,居群间的基因交流相当少。upgma聚类可将6个居群分为两大类:丰都居群和以巴东居群为地理中心呈星散状分布的其他5个居群。居群间的遗传距离与地理距离呈显著正相关(r=0.93094,P=0.9861)。最后我们初步探讨了裸芸香的濒危原因,并提出了有效保护该物种的措施。

关键词：三峡库区稀有植物裸芸香遗传多样性遗传距离地理距离 upgma聚类遗传变异 RAPD

中国荻属植物种质资源遗传多样性的SSR分析

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中国荻属植物种质资源遗传多样性的SSR分析

作者：刘晶湖南农业大学

学位级别：硕士

荻属植物,禾本科多年生的C4类高大草本,是一种非常有前途的“能源植物”,近年来在欧美国家受到广泛的关注,正在大力进行开发与利用研究。我国是世界芒荻类植物的分布中心,有着丰富的种质资源,但我国对荻属植物的研究很少,许多品种资源... 详细信息

荻属植物,禾本科多年生的C4类高大草本,是一种非常有前途的“能源植物”,近年来在欧美国家受到广泛的关注,正在大力进行开发与利用研究。我国是世界芒荻类植物的分布中心,有着丰富的种质资源,但我国对荻属植物的研究很少,许多品种资源的分类地位及亲缘关系尚不清楚。。本研究应用SSR分子标记技术,探讨荻属植物品种间的遗传多样性。从382对玉米SSR引物和100对甘蔗SSR引物中选出45对条带清晰、并具有多态性的引物,对来自中国黑龙江、吉林、辽宁、山东、江苏、湖南、湖北、宁夏、四川、山西、陕西等11个省的84份荻属及其近缘属植物材料进行SSR扩增。结果表明,45对引物共扩增出248条带,其中多态性条带200个,占80.65%。upgma聚类分析结果,84份材料在遗传相似系数GS值0.72水平上,供试验用的84份材料聚成了2个大类,第一大类荻属植物分为4组：第1组,在GS值0.787水平分出，由12份陕西的荻与2份山西的荻组成;第2组在GS0.819水平上分出,7份山西和3份陕西的荻组成;第3、4组在GS0.828水平分开,第3组是由江苏、宁夏、湖南、湖北的荻与南荻组成;第4组是黑龙江、吉林、辽宁、山东的荻和1份江苏的南荻聚在一起。第二大类是5份蔗茅。聚类分析表明荻与南荻遗传相似性很高,聚类呈现较好的地域性分布,且不同来源的荻或南荻没有分别聚为一支,因此认为将南荻作为荻的一个变种处理更为合理。

关键词：荻属 SSR标记遗传多样性 upgma聚类

西藏野生披碱草遗传多样性的SSR与AFLP标记比较研究

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西藏野生披碱草遗传多样性的SSR与AFLP标记比较研究

作者：张文妤西北农林科技大学

学位级别：硕士

本研究利用SSR和AFLP两种分子标记对搜集的9份西藏披碱草属野生牧草及8份对照材料进行遗传多样性研究。旨在从分子水平上评价西藏地区野生披碱草属种质资源的遗传多样性,以期为西藏地区披碱草属植物种质资源的保护和利用提供科学依据。... 详细信息

本研究利用SSR和AFLP两种分子标记对搜集的9份西藏披碱草属野生牧草及8份对照材料进行遗传多样性研究。旨在从分子水平上评价西藏地区野生披碱草属种质资源的遗传多样性,以期为西藏地区披碱草属植物种质资源的保护和利用提供科学依据。同时比较两种分子标记技术在评价披碱草属牧草种质资源遗传多样性中的有效性。主要结果如下: 1.在前人研究的基础上,通过对披碱草属的SSR反应体系和反应程序进行优化,成功建立了适于披碱草属SSR分析的最佳反应体系和反应程序,也证明了近缘属微卫星引物的通用性。 2.通过参考前人在研究其他植物上的AFLP反应体系和反应程序,首次建立了披碱草属植物的AFLP银染体系。 ***标记:筛选32对引物,其中14对引物有扩增条带,具有多态性且扩增效果较好的引物有8对。用筛选出的8对引物对供试的17份材料进行微卫星分析,共检测出69个位点,其中59个位点有多态性,平均每对引物所产生的多态性位点数为7.4个位点;西藏9个居群间遗传相似系数为0.273～0.900,变异幅度较大,说明西藏地区野生披碱草属植物具有较丰富的遗传多样性。upgma聚类分析表明,在相似系数阈值为0.59时,17份材料可大致分为5类,基本上反映了材料间的亲缘关系,表明SSR标记能够用于披碱草属植物的遗传多样性研究。 ***标记:筛选16对引物组合,其中扩增效果较好的引物组合有3对,共扩增出232个位点,每对引物组合可扩增出70～83个位点。其中206个位点有多态性,平均每个引物产生68.67个多态性位点。17个居群的遗传相似性指数在0.284～0.955之间,upgma聚类分析表明,当相似系数为0.59时,17个居群可以明显地划分为4类。 ***标记和AFLP标记比较:SSR标记产生的位点多态性百分率为85.5%,AFLP标记产生的位点多态性百分率为88.79%。SSR标记平均每对引物产生8.6个等位位点,而AFLP标记平均每对引物组合产生68.67个等位位点。与SSR标记相比较,AFLP标记能更有效地评价群体的遗传多样性。根据这两种分子标记实验结果所得到的聚类图,AFLP标记聚类图更加真实反映了17份供试材料的亲缘关系。

关键词：西藏野生披碱草属牧草遗传多样性 SSR AFLP upgma聚类

芒和荻叶绿体DNA全基因组测序分析及InDel标记的开发

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芒和荻叶绿体DNA全基因组测序分析及InDel标记的开发

作者：薛宏湖南农业大学

学位级别：硕士

芒属植物是高大直立的多年生禾本科C4类植物,因其生物质产量高、适应性广和抗逆性强等特点而被视为是一种最具开发利用潜力的能源植物之一。芒属植物叶绿体DNA全基因组相对于核基因组具有高度的保守性,基因的编码区和非编码区进化速率不... 详细信息

芒属植物是高大直立的多年生禾本科C4类植物,因其生物质产量高、适应性广和抗逆性强等特点而被视为是一种最具开发利用潜力的能源植物之一。芒属植物叶绿体DNA全基因组相对于核基因组具有高度的保守性,基因的编码区和非编码区进化速率不同,是各层次系统学研究的理想分子标记。研究芒属植物叶绿体DNA全基因组序列,并开发有效的叶绿体DNA分子标记,对已有的芒属材料资源正确分类和杂交育种工作具有重要的指导作用,也可以为开展芒属的叶绿体基因工程奠定基础。1、本研究中,采用全基因组鸟枪法测序策略及使用Illumina Hiseq2000测序系统对芒(C0430)和荻(A0117)的叶绿体DNA全基因组进行测序,得到初步序列后,采用PCR测序的方法对2个种的叶绿体全基因组补洞和校正。试验得到141369 bp、 141133 bp的芒和荻的叶绿体体DNA全基因组序列。进行了序列基本特征的分析,搜索到可能的SSR标记位点337个和InDel标记位点50个。2、利用其中12个InDel标记位点两侧的序列设计12对引物。这些芒属叶绿体InDel标记在43个芒属材料和2个甘蔗材料中能够有效扩增,其中5对引物具有种的特征。进一步upgma聚类的结果显示,荻和南荻遗传距离近,而芒和五节芒亲缘关系较近,在芒属植物的分类研究中有实用价值。

关键词：芒属植物叶绿体DNA全基因组序列叶绿体InDel标记 upgma聚类