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基于SCoT标记的栽培栀子种质资源遗传多样性研究

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中草药 2018年第14期49卷 3376-3381页

作者：潘媛陈大霞宋旭红王钰李隆云重庆市中药研究院重庆400065 中国中医科学院中药资源中心重庆分中心重庆400065 重庆市中药良种选育与评价工程技术研究中心重庆400065

目的利用SCoT标记对47份栀子种质资源的亲缘关系及遗传多样性进行了研究。方法采用NTSYS version 2.1软件计算遗传相似性系数,利用upgma法构建聚类树状图。结果从36条引物中筛选出20条多态性丰富的引物对供试材料进行PCR扩增,共获得154... 详细信息

目的利用SCoT标记对47份栀子种质资源的亲缘关系及遗传多样性进行了研究。方法采用NTSYS version 2.1软件计算遗传相似性系数,利用upgma法构建聚类树状图。结果从36条引物中筛选出20条多态性丰富的引物对供试材料进行PCR扩增,共获得154条谱带,其中多态性条带120条,多态性条带所占的比率(PPL)达78.14%,Nei-Li相似系数(GS)在0.655 8~0.980 5,平均值为0.784 1;聚类结果显示栀子遗传多样性丰富且亲缘关系复杂。结论研究表明SCoT标记技术可以很好地应用于栀子种质资源的遗传多样性分析,研究结果可为栀子育种、分类、保存和利用提供可靠的理论依据。

关键词： SCoT 栀子遗传多样性 PCR扩增 upgma法

福建七叶一枝花种质资源遗传多样性的ISSR分析

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亚热带农业研究 2023年第4期19卷 268-272页

作者：罗晓锋周先治周建金三明市农业科学研究院福建三明365051 福建省农业科学院农业生物资源研究所福建福州350003

[目的]分析了福建七叶一枝花种质资源的遗传多样性和亲缘关系,以期快速鉴别福建省内和省外的种质资源。[方法]利用ISSR分子标记技术扩增,使用POPGENE 32软件计算平均Shannon多样性指数,并采用NTSYS计算遗传相似系数和upgma聚类构建亲缘... 详细信息

[目的]分析了福建七叶一枝花种质资源的遗传多样性和亲缘关系,以期快速鉴别福建省内和省外的种质资源。[方法]利用ISSR分子标记技术扩增,使用POPGENE 32软件计算平均Shannon多样性指数,并采用NTSYS计算遗传相似系数和upgma聚类构建亲缘关系图。[结果]从100条引物中筛选出8条扩增条带稳定且清晰、多态性高的引物进行ISSR-PCR扩增,共获得DNA条带66条,其中多态性条带62条,多态性条带比率为93.94%;27个种源平均Shannon多样性指数为0.3779,平均检测等位基因数为1.9394,平均有效等位基因数为1.3720,平均Nei′s基因多样性指数为0.2377。27个种源遗传相似系数的变异范围为0.63~0.88。upgma聚类表明,在相似系数为0.63时,可将福建省内与省外的七叶一枝花种源分开;在遗传相似系数为0.69时,27个种源可分为4大类群,来自南平的4份种源和来自三明的12份种源聚为一支,来自龙岩的7份种源聚为一支,来自江西、湖南、湖北的3份种源聚为一支,来自四川的1份种源单独聚为一支。[结论]福建七叶一枝花具有较高的遗传多样性,种质亲缘关系与地理环境相关,可为后续品种选育、资源鉴别和药材道地产区选择提供参考。

关键词：七叶一枝花 ISSR分析遗传多样性 upgma法福建

贵州不同产地粗毛淫羊藿药用植物遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

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中草药 2018年第13期49卷 3122-3126页

作者：关萍彭昌琴李牡丹杨鹏陈兴银刘鑫石建明贵州大学生命科学学院贵州贵阳550025 广东省国基教育发展研究院广东广州511400

目的对贵州不同产地粗毛淫羊藿样品的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法利用Pop Gene 32软件及NTsys2.10e软件分析贵州5个不同产地粗毛淫羊藿的遗传多样性及亲缘关系,并根据upgma法,构建亲缘关系树状图。结果从100个随机引物中筛选出1... 详细信息

目的对贵州不同产地粗毛淫羊藿样品的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法利用Pop Gene 32软件及NTsys2.10e软件分析贵州5个不同产地粗毛淫羊藿的遗传多样性及亲缘关系,并根据upgma法,构建亲缘关系树状图。结果从100个随机引物中筛选出13条多态性稳定、条带清晰的引物,结果表明,共扩增出211个位点,从物种水平上看,共有205个多态性位点,多态性百分率(PPB)为97.16%,Shannon’s信息指数(I)为0.455 7,Nei’s基因多样性指数(H_e)为0.297 3,有效等位基因数(N_e)为1.490 2,5个居群间总的遗传多样性(H_t)为0.297 3,而居群内的遗传多样性(H_s)为0.207 5,表明粗毛淫羊藿的遗传变异主要存在于群体内,种群内的遗传分化大于种群间。利用upgma法构建的居群遗传距离聚类树,表明,5个居群被分为2支,其中来自安顺、花溪、高坡的3个居群聚在一支,来自龙里和雷山的2个居群共同聚为一支。结论 ISSR分子标记技术可以用于贵州不同产地的粗毛淫羊藿植物的遗传多样性和亲缘关系分析。

关键词：粗毛淫羊藿 ISSR 遗传多样性亲缘关系 upgma法

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金线莲遗传多样性的ISSR分析

中草药 2014年第15期45卷 2230-2234页

作者：黄颖桢陈菁瑛赵云青刘保财苏海兰福建省农业科学院农业生物资源研究所福建省农业科学院药用植物研究中心

目的研究金线莲Anoectochilus roxburghii种质资源及其伪品的遗传多样性。方法采用ISSR方法,对24份试验材料进行PCR扩增,对扩增结果进行电泳检测。对条带进行"0"、"1"矩阵标记后,应用NTSYSpc软件,计算材料间的遗传距离,按照upgma法进行... 详细信息

目的研究金线莲Anoectochilus roxburghii种质资源及其伪品的遗传多样性。方法采用ISSR方法,对24份试验材料进行PCR扩增,对扩增结果进行电泳检测。对条带进行"0"、"1"矩阵标记后,应用NTSYSpc软件,计算材料间的遗传距离,按照upgma法进行聚类分析,构建聚类图。结果采用ISSR技术可以鉴别出台湾金线莲、福建金线莲和公石松。地理分布和形态差异较大的福建金线莲具有相近的遗传关系。结论金线莲野生种质资源间存在较丰富的遗传多样性,为金线莲的品种选育带来巨大空间。

关键词：金线莲 ISSR 聚类分析遗传多样性 upgma法 PCR

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粗山羊草醇溶蛋白的遗传多样性研究

西北农林科技大学学报（自然科学版） 2010年第7期38卷 59-67页

作者：王亚娟王长有刘新伦陈晓杰吉万全西北农林科技大学农学院陕西杨凌712100

【目的】研究79份不同产地粗山羊草(Aegilops tauschii)醇溶蛋白的遗传多样性,为粗山羊草在小麦育种中的进一步开发和利用提供理论基础。【方法】利用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(Acid polyacrylamide gelelectro-phoresis,A-PAGE)技术,分析... 详细信息

【目的】研究79份不同产地粗山羊草(Aegilops tauschii)醇溶蛋白的遗传多样性,为粗山羊草在小麦育种中的进一步开发和利用提供理论基础。【方法】利用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(Acid polyacrylamide gelelectro-phoresis,A-PAGE)技术,分析了79份不同产地粗山羊草醇溶蛋白的谱带类型,并进行聚类分析。【结果】从79份粗山羊草中共检测出70条相对迁移率不同的醇溶蛋白谱带,各谱带出现的频率为1.27%～77.22%,每份材料谱带数为7～19条,平均为12.58条,遗传多样性指数为0.0553～0.3676。根据迁移率大小,在ω、γ、β和α4个区分别存在20,13,21和16种谱带类型。upgma聚类分析表明,79份粗山羊草在遗传相似系数(GS)为0.78时,聚为7个主要类群,大部分相同产地的粗山羊草聚为一类,但也有少部分产地相同的材料不全聚为一类。部分来源地不同的材料醇溶谱带完全相同。【结论】79份粗山羊草醇溶蛋白遗传多样性丰富,其醇溶蛋白的谱带类型与材料产地具有一定的相关性,也有少部分表现出一定的差异性,其中醇溶谱带完全相同的材料可能含有相同醇溶蛋白编码基因,其亲缘关系可能较近。

关键词：粗山羊草醇溶蛋白 A-PAGE upgma法遗传多样性

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盾叶薯蓣叶片形态多样性研究

云南植物研究 2004年第4期26卷 398-404页

作者：杭悦宇黄春洪穆森徐珞珊中国药科大学江苏省中科院植物研究所(南京中山植物园) 江苏南京210014 江苏省中科院植物研究所(南京中山植物园)

盾叶薯蓣不同单株、同株不同部位叶片形态变异较大。利用数量分类和统计的方法 ,以 11个居群的 82个盾叶薯蓣单株为材料 ,对各居群叶片的 7个形态特征值进行了测量 ,并以此计算出 5个导出值。统计表明 ,各个特征值变异很大 ,相对标准误... 详细信息

盾叶薯蓣不同单株、同株不同部位叶片形态变异较大。利用数量分类和统计的方法 ,以 11个居群的 82个盾叶薯蓣单株为材料 ,对各居群叶片的 7个形态特征值进行了测量 ,并以此计算出 5个导出值。统计表明 ,各个特征值变异很大 ,相对标准误差均超过了 0 2 ;UP GMA法将 82份单株聚为 3个大类群 ,第一组为长叶型 ,第二组为宽叶型 ,第三组为普通型 ,大部分叶片属于第三组。同株不同部位叶片形态差异比较结果表明 ,基部和中部叶片差异较大 ,而中部和上部叶片形状接近。同一单株不同部位叶斑纹和叶尖类型相同。

关键词：盾叶薯蓣叶片形态 upgma法薯蓣皂苷元含量

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17种木犀科植物的AFLP指纹分析

河北农业大学学报 2010年第6期33卷 31-35页

作者：王洋赵书岗赵锦刘孟军河北农业大学生命科学学院河北保定071001 河北农业大学中国枣研究中心河北保定071001

应用AFLP技术对木犀科17种植物的亲缘关系进行了分析,利用从16对引物中筛选出的多态性好的5对引物,共扩增出条带553条,其中多态性条带451条,多态性比率81.6%;不同属之间,白蜡属的多态性比率最低;采用upgma法进行了聚类分析,初步证明丁... 详细信息

应用AFLP技术对木犀科17种植物的亲缘关系进行了分析,利用从16对引物中筛选出的多态性好的5对引物,共扩增出条带553条,其中多态性条带451条,多态性比率81.6%;不同属之间,白蜡属的多态性比率最低;采用upgma法进行了聚类分析,初步证明丁香属和女贞属之间亲缘关系最近,连翘属和素馨属亲缘关系较近;筛选出了15种木犀科植物的特征性AFLP标记,为分子水平开展木犀科植物的分类研究提供了有益参考。

关键词：木犀科 AFLP 亲缘关系 upgma法聚类分析

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基于函数调用图的恶意代码同源分析

基于函数调用图的恶意代码同源分析

作者：刘星国防科学技术大学

学位级别：硕士

恶意代码分析是检测和防范恶意代码的重要基础。在实际中,除了分析恶意代码的各种外部表现,人们还关心恶意代码在同源和演化方面的内在特性,包括恶意代码从何而来、如何发展变化以及相互之间的关系等。目前仅有少量专门针对恶意代码同... 详细信息

恶意代码分析是检测和防范恶意代码的重要基础。在实际中,除了分析恶意代码的各种外部表现,人们还关心恶意代码在同源和演化方面的内在特性,包括恶意代码从何而来、如何发展变化以及相互之间的关系等。目前仅有少量专门针对恶意代码同源与演化分析技术的研究,且存在一些不足。本文围绕这些问题展开深入研究,提出基于函数调用图的恶意代码同源分析方法。主要的工作包括： 1)提出了一种恶意代码函数调用图相似性度量方法——恶意代码函数调用图的相似性距离(SDMFG),并证明了SDMFG从数学意义上讲是图空间上的一个度量。这种度量方法的特点在于应用了恶意代码样本函数调用图中两个方面的信息：函数之间指令序列的相似性以及函数之间调用关系的相似性。 2)基于SDMFG度量方法设计了一种恶意代码函数调用图相似性比对算法。该算法首先基于两个恶意代码函数调用图构造一个完全二分图,然后利用函数之间的指令序列的相似性以及函数之间调用关系的相似性计算该二分图各条边的权值并得到一个边权方阵,接着根据边权方阵利用Kuhn-Munkres算法求得该二分图的最大权匹配,最后根据最大权匹配计算两个恶意代码函数调用图的相似性距离。该算法降低了图比对的时间代价,提高了比对算法的适用范围,并在一定程度上保证了比对结果的精确性。 3)借鉴生物信息学中的物种系统发生树构建方法,提出了基于恶意代码函数调用图的恶意代码系统发生树构建方法,并利用恶意代码函数调用图的相似性距禺(SDMFG)数据对本方法进行了实验。实验结果验证了算法的有效性和正确性。基于函数调用图的恶意代码同源分析方法在恶意代码防范和计算机犯罪取证等方面具有重要的理论和应用价值。

关键词：恶意代码函数调用图 SDMFG Kuhn-Munkres算法最大权匹配系统发生树 upgma法

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基于ISSR标记的合江方竹遗传多样性分析

基于ISSR标记的合江方竹遗传多样性分析

作者：何选泽贵州大学

学位级别：硕士

合江方竹(Chimonobambusa hejiangensis)是禾本科竹亚科倭竹族寒竹属具有良好的食用价值的竹种,被视为良好的秋季笋用竹;特产于川黔之交的合江、赤水、古蔺、叙永等县(市)。目前,尚未有针对原产区合江方竹群体的遗传多样性研究,为了给... 详细信息

合江方竹(Chimonobambusa hejiangensis)是禾本科竹亚科倭竹族寒竹属具有良好的食用价值的竹种,被视为良好的秋季笋用竹;特产于川黔之交的合江、赤水、古蔺、叙永等县(市)。目前,尚未有针对原产区合江方竹群体的遗传多样性研究,为了给产区合江方竹的栽培利用、育种以及保护提供一定的理论参考依据,本研究利用ISSR引物对合江方竹的遗传多样性进行了分析,并在此基础上提出了合江方竹的保护和利用建议。其主要结果如下:本实验选用了11条ISSR引物用于扩增合江方竹DNA,共扩增出151条带,其中具有多态性的条带130条,多态性比率86.1%。平均每条引物扩增出13.7条带,平均每条引物扩增出的多态性条带数11.8条。观测等位基因数Na在1.35-1.90之间,平均为1.71。有效等位基因数Ne在1.0751-1.3618之间,平均为1.2645。平均杂合度(H)在0.0578-0.2405之间,平均为0.1729。Shannon’s多样性指数(I)在0.1030-0.3857之间,平均为0.2782。合江方竹物种水平平均杂合度H为0.1729、Shannon’s多样性指数I平均值为0.2782,表明物种水平遗传多样性较低。在同一地域,由于海拔差异以及人为活动的强弱均导致了居群遗传多样性的不同,总体而言,合江方竹的遗传多样性随着海拔的变化而变化,呈现出正相关关系。在所选十个居群当中,以宝源1(BY 1)居群的平均杂合度H、Shannon’s多样性指数I最高,二郎坝(ELB)居群次之。尽管合江方竹遗传分化程度较大,然而主要的遗传分化仍在居群内部,占61.67%;而其基因流较低,表明不同合江方竹居群之间的基因交流少,种群之间的基因分化水平低。利用NTSYS 2.1软件,以upgma法构建合江方竹居群群体遗传关系聚类图。10个居群的聚类图可在遗传相似系数为0.88时分为三个大支。福宝(FB)居群单独为一支;大石(DS)居群、两河口(LHK)居群和宝源3(BY 3)居群聚为一支;宝源1(BY1)居群、黄荆(HJ)居群、水尾(SW)居群聚为一小支后再与长期(CQ)居群、二郎坝(ELB)居群、宝源2(BY 2)居群所形成的小支聚为一个包含六个居群的大支。

关键词：合江方竹简单重复序列区间遗传多样性 upgma法基因流