检索结果-南通市图书馆

taxonkit:A practical and efficient NCBI taxonomy toolkit

Journal of Genetics and Genomics 2021年第9期48卷 844-850页

作者： Wei Shen Hong Ren Institute for Viral Hepatitis Department of Infectious DiseasesKey Laboratory of Molecular Biology for Infectious DiseasesMinistry of EducationThe Second Affiliated Hospital of Chongqing Medical UniversityChongqing 400010China

The National Center for Biotechnology Information(NCBI)Taxonomy is widely applied in biomedical and ecological studies.Typical demands include querying taxonomy identifier(TaxIds)by taxonomy names,querying complete taxonomic lineages by TaxIds,listing descendants of given TaxIds,and others.However,existed tools are either limited in functionalities or inefficient in terms of runtime.In this work,we present taxonkit,a command-line toolkit for comprehensive and efficient manipulation of NCBI Taxonomy data.taxonkit comprises seven core subcommands providing functions,including TaxIds querying,listing,filtering,lineage retrieving and reformatting,lowest common ancestor computation,and TaxIds change tracking.The practical functions,competitive processing performance,scalability with different scales of datasets and good accessibility can facilitate taxonomy data manipulations.taxonkit provides free access under the permissive MIT license on GitHub,Brewsci,and Bioconda.The documents are also available at https://bioinf.***.me/taxonkit/.

关键词： NCBI Taxonomy taxonkit TaxId Lineage TaxId changelog

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

欢迎您,

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

欢迎您,

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：