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Landscape of transcript isoforms in single t cells infiltrating in non-small-cell lung cancer

Journal of Genetics and Genomics 2020年第7期47卷 373-388页

作者： Jiesheng Li Hannah YComeau Zemin Zhang Xianwen Ren Peking-tsinghua Center for Life Sciences Academny for Advanced lnterdisciplinary StudiesPeking UniversityBeijing100871China BNOPtC Bejung Adtvanced Ilnnovation Center for CenornicsSchoof of Life SrciencesPeking UniversityBeijing100871China

Single-cell RNA sequencing(scRNA-seq)has enabled high-resolution characterization of molecular signatures of tumor-infiltrating ***,analyses at the transcript isoform level are rarely *** alternative splicing is critical to t-cell differentiation and activation,here,we proposed a computational method named IDEA(Issoform ***,and functional Annotation)to comprehensively detect and annotate differentially used isoforms across cell *** applied IDEA on a scRNA-seq data set of 12,346 t cells from non-small-cell lung cancer(NSCLC).we found that most genes tend to dominantly express one isoform in single t cells,enabling typing t cells based on the *** a *** analysis suggested that tumor-infiltrating tcells significantly preferred specific isotypes for 245 genes in CD8t tcells and 456 genes in CD4^+t *** annotation suggests that the preferred isoforms involved in coding/noncoding switches,transcription start site changes,gains/losses of domains,and subcellular *** analysis revealed that isoform switching occurred during t-cell activation/*** analysis provides precise characterization of the molecular events in tumor-infiltrating t cells and sheds new light on the regulatory mechanisms oftumor-infiltrating t cells.

关键词： Alternative splicing t-cell subtypes Single-cell RNA-seq

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