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南药植物高良姜内生细菌多样性及其促生潜力

生态学报 2015年第10期35卷 3204-3213页

作者：李淑彬黄娟周仁超李泽恩徐诗如阮婷庞启华华南师范大学生命科学学院广州510631

以道地产地高良姜为材料,对该药用植物内生细菌种群组成、组织分布及其促生潜力进行了研究。采用组织块分离法,从高良姜根、根茎、茎和叶4个组织共计分离得到细菌136株,分属于16个16S r DNA基因型、12个细菌属、15个细菌种,其中,芽孢杆... 详细信息

以道地产地高良姜为材料,对该药用植物内生细菌种群组成、组织分布及其促生潜力进行了研究。采用组织块分离法,从高良姜根、根茎、茎和叶4个组织共计分离得到细菌136株,分属于16个16S r DNA基因型、12个细菌属、15个细菌种,其中,芽孢杆菌、甲基杆菌分别为其最、次优势种群。各种群分离比随组织不同而异;采用Hha I消化的末端限制性片段多态性(trflp)免培养方法,从高良姜4个组织共计检测到36个不同的末端限制性酶切片段(t-RFs)。种群对应分析表明其免培养内生细菌群体主要包括芽孢杆菌、甲基杆菌等高抗性细菌,海洋螺菌、红杆菌、交替假单胞菌等海洋细菌及热带根瘤菌、沼泽考克氏菌等热带相关细菌,说明高良姜内生细菌群体与其宿主植物生长环境密切相关。不同组织其总t-RFs数目、优势t-RFs及其对应细菌种群明显不同;在所分离的细菌菌株中,36.36%、51.52%、54.55%和27.27%的菌株分别显示了胞外几丁质酶、β-葡聚糖酶,生长素及其1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)脱氨酶产生能力。其中,泛菌L-2、芽孢杆菌S-16所测4个指标均为阳性,热带根瘤菌菌株R-1和R-3显示了较高的ACC脱氨酶及生长素产生能力,这些菌株是促生菌剂的良好候选。

关键词：道地高良姜内生细菌分离培养 t-rflp 植物促生作用

不同干扰方式下松江湿地沉积物细菌群落结构特征

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应用与环境生物学报 2017年第6期23卷 1074-1080页

作者：李森森马大龙王璐璐李莹苑亚茹哈尔滨师范大学地理科学学院哈尔滨150025

松江湿地是我国面积最大的天然城市湿地,沉积物微生物对湿地环境变化响应敏感.为了解不同干扰方式下松江湿地细菌群落多样性变化特征,运用末端限制性片段长度多态性(t-rflp)技术,对比分析4种干扰方式(农业、工业、旅游和保护)对沉积物... 详细信息

松江湿地是我国面积最大的天然城市湿地,沉积物微生物对湿地环境变化响应敏感.为了解不同干扰方式下松江湿地细菌群落多样性变化特征,运用末端限制性片段长度多态性(t-rflp)技术,对比分析4种干扰方式(农业、工业、旅游和保护)对沉积物细菌群落结构的影响.结果发现:片段长度为91.5 bp的t-RF普遍存在于6个湿地中,除呼兰河口(农业)湿地外,均为最优势菌;87.5 bp t-RF只存在于呼兰河口(农业)和阿什河(工业)湿地,且为呼兰河口(农业)湿地最优势菌(41.15%);93.5 bp t-RF出现在金河湾(旅游)、白鱼泡(旅游)、太阳岛(旅游)和滨江(保护)湿地.细菌多样性指数滨江(保护)湿地最高,呼兰河口(农业)湿地最低.序列比对表明这些优势菌群分别属于变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes).冗余分析(RDA)结果表明,呼兰河口湿地(农业)细菌群落受总氮(tN)影响较大;阿什河湿地(工业)细菌群落与总碳(tC)、总磷(tP)、tC/tN和p H具有较高的相关性;太阳岛湿地(旅游)受p H和tC/tN影响较大;而金河湾(旅游)、白鱼泡(旅游)和滨江(保护)湿地细菌群落与环境因子相关性较小.本研究表明不同干扰方式下松江湿地沉积物细菌群落特征及其影响因子存在显著差异,结果可为松江湿地生态系统的保护与恢复提供科学依据.

关键词：松江湿地 t-rflp 细菌群落环境因子

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象山港网箱养殖对近海沉积物细菌群落的影响

生态学报 2013年第2期33卷 483-491页

作者：裘琼芬张德民叶仙森郑珍珍宁波大学海洋学院宁波315211 国家海洋局宁波海洋环境监测中心站宁波315012

微生物在有机物质分解、能量转移等生物地化循环中起着重要作用,研究养殖活动对沉积物中微生物多样性的影响对正确评价近海生态系统结构和功能具有重要意义。结合沉积物的理化分析(t、pH、Eh和SO24-),通过t-rflp(末端限制性片段长度多态... 详细信息

微生物在有机物质分解、能量转移等生物地化循环中起着重要作用,研究养殖活动对沉积物中微生物多样性的影响对正确评价近海生态系统结构和功能具有重要意义。结合沉积物的理化分析(t、pH、Eh和SO24-),通过t-rflp(末端限制性片段长度多态性)分析了象山港网箱养殖对近海不同深度沉积物中细菌群落结构和多样性的影响,构建了对照区0—5 cm沉积物样品的细菌16S rRNA基因克隆文库,并进行了系统发育分析。结果表明,近海网箱养殖活动不但使象山港沉积物Eh、pH值等理化性质有所改变,而且使细菌的群落结构也发生了变化,变形细菌纲细菌的相对丰度降低,细菌群落的多样性和均匀度也显著降低,致使近海沉积物细菌群落由多样性高的稳定结构向多样性降低的不稳定结构转变。

关键词：细菌网箱养殖沉积物 t-rflp

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不同香蕉枯萎病区土壤细菌群落多样性

应用生态学报 2013年第8期24卷 2281-2286页

作者：陈波黄霄刘小玉周登博谭昕高祝芬张锡炎戚春林海南大学环境与植物保护学院海口570028 中国热带农业科学院热带生物技术研究所海口571101

分别采集海南省临高县3个地区的香蕉枯萎病发病土壤与健康土壤样品共6份,采用常规方法测定土壤理化性质,以末端限制性片段多态性分析(t-rflp)技术研究不同地区发病与健康土壤微生物的多样性,并分析土壤微生物群落结构与土壤因子的关系.... 详细信息

分别采集海南省临高县3个地区的香蕉枯萎病发病土壤与健康土壤样品共6份,采用常规方法测定土壤理化性质,以末端限制性片段多态性分析(t-rflp)技术研究不同地区发病与健康土壤微生物的多样性,并分析土壤微生物群落结构与土壤因子的关系.结果表明:同一地区发病蕉园土壤的大部分理化性质指标低于健康蕉园,以pH、有效P含量的差异最显著;t-rflp结果表明供试蕉园发病土壤的细菌多样性比健康土壤丰富;3个地区的优势种分别为片段长度为144、147与233bp的t-RFs,通过系统发育分配工具比对,推断这3个地区的优势菌群可能属于枯草芽孢杆菌、葡萄球菌、反刍真杆菌;大部分t-RFs的分布与土壤碱解N、pH、速效K、有效P及含水量有关,且在发病土壤中的相对丰度大于健康土壤.

关键词：香蕉枯萎病土壤因子细菌群落多样性 t-rflp

石灰性紫色水稻土不同土壤深度中厌氧氨氧化细菌对施肥的响应

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中国农业科学 2017年第16期50卷 3155-3163页

作者：王蓥燕卢圣鄂李跃飞涂仕华张小平辜运富四川农业大学资源学院微生物系四川省农业科学院土壤肥料研究所

【目的】研究长期不同施肥处理对水稻土厌氧氨氧化细菌(anaerobic ammonium oxidation bacteria,AAOB)群落结构和垂直分布特征的影响,深入认识不同施肥处理下石灰性紫色水稻土厌氧氨氧化作用的微生物调控机制,为该地区科学施肥、培肥地... 详细信息

【目的】研究长期不同施肥处理对水稻土厌氧氨氧化细菌(anaerobic ammonium oxidation bacteria,AAOB)群落结构和垂直分布特征的影响,深入认识不同施肥处理下石灰性紫色水稻土厌氧氨氧化作用的微生物调控机制,为该地区科学施肥、培肥地力提供理论依据。【方法】利用化学分析、末端限制性片段长度多态性分析(t-rflp)和荧光定量PCR技术分别对不同施肥处理下石灰性紫色水稻土理化性质、厌氧氨氧化细菌丰度及群落结构进行分析。【结果】理化性质结果显示,相对于无肥处理(CK),氮(N)、氮磷钾肥(NPK)及氮磷钾配施农家肥(NPKM)均会降低土壤p H和硝态氮含量,而增加土壤有机质、全氮和铵态氮含量。随土壤深度增加,土壤p H增加,全氮和硝态氮含量降低,铵态氮含量变化趋势不明显。q PCR结果显示,就土壤层次而言,厌氧氨氧化细菌在0—20 cm层的丰度最高,20—40 cm层最低;就施肥处理而言,氮肥(N)对厌氧氨氧化细菌的丰度促进最为明显。t-rflp结果表明,厌氧氨氧化细菌在0—20 cm土层群落组成最为丰富,Shannon-wiener多样性指数最高;寡氮肥下其群落组成最为简单,无肥处理下群落结构最为复杂。厌氧氨氧化细菌优势种群属于Candidatus Brocadia。冗余梯度分析(RDA)显示,p H影响是石灰性紫色水稻土厌氧氨氧化细菌群落结构差异的主要环境因子。【结论】本研究显示寡氮处理会降低石灰性紫色水稻土中厌氧氨氧化细菌的多样性但促进其丰度。表层土(0—20 cm)是厌氧氨氧化细菌分布的主要层次。

关键词：长期定位施肥石灰性紫色水稻土 t-rflp 厌氧氨氧化细菌

西北黄土高原地区苹果连作障碍与土壤真菌群落结构的相关性分析

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园艺学报 2018年第5期45卷 855-864页

作者：王晓宝王功帅刘宇松陈学森沈向尹承苗毛志泉山东农业大学园艺科学与工程学院作物生物学国家重点实验室山东泰安271018

采用构建真菌克隆文库和t-rflp相结合的方法,研究了甘肃、陕西和山西省20个地区再植苹果园土壤中的真菌群落结构特征,同时还研究了平邑甜茶幼苗的生长与再植苹果园土壤中优势真菌属的相关性。结果表明,在真菌分类门的水平上,子囊菌门真... 详细信息

采用构建真菌克隆文库和t-rflp相结合的方法,研究了甘肃、陕西和山西省20个地区再植苹果园土壤中的真菌群落结构特征,同时还研究了平邑甜茶幼苗的生长与再植苹果园土壤中优势真菌属的相关性。结果表明,在真菌分类门的水平上,子囊菌门真菌是西北黄土高原地区苹果连作土壤中主要的真菌类型;在属的水平上,镰孢菌属、被孢霉属、毛壳菌属、隐球酵母菌属等是主要优势菌群。从果园地区分布来看,甘肃省的5个地区土壤真菌具有相对较高的多样性指数、均匀度指数、丰富度指数和相对较低的优势度指数。陕西富平,山西平陆,山西盐湖区的苹果连作障碍较严重,镰孢菌的丰度较高。从平邑甜茶幼苗生长受抑制量与土壤中优势真菌属的相关性来看,镰孢菌的丰度与苹果连作障碍的严重程度呈极显著性正相关(r=0.585,P<0.01),而被孢霉属的丰度与其呈显著性负相关(r=–0.473,P<0.05)。引起西北黄土高原地区苹果连作障碍的主要有害真菌类型是镰孢菌属。

关键词：苹果连作障碍真菌克隆文库 t-rflp 镰孢菌真菌群落结构

三峡库区消落带两种草本植被土壤细菌群落多样性

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生态学报 2016年第11期36卷 3261-3272页

作者：任庆水马朋李昌晓秦红杨予静西南大学生命科学学院三峡库区生态环境教育部重点实验室重庆400715

在三峡库区消落带植被重建区域,选取两种人工草本植被—牛鞭草与狗牙根(处理组),并以裸地土壤为对照,研究植被修复与重建对土壤细菌群落多样性的影响。采用分子生物学t-rflp技术,分别于2012年7月(t1)、2013年7月(t2)及2014年7月(t3)进... 详细信息

在三峡库区消落带植被重建区域,选取两种人工草本植被—牛鞭草与狗牙根(处理组),并以裸地土壤为对照,研究植被修复与重建对土壤细菌群落多样性的影响。采用分子生物学t-rflp技术,分别于2012年7月(t1)、2013年7月(t2)及2014年7月(t3)进行原位取样,对消落带人工植被牛鞭草、狗牙根及裸地土壤细菌群落多样性进行了研究。结果表明:(1)除HhaⅠ酶切结果中,物种因素对消落带土壤细菌Shannon-Wiener指数(H)、时间因素对土壤细菌Simpson指数(D)无显著影响外,采用两种酶切之后(HhaⅠ酶、MspⅠ),物种、时间、以及两者的交互作用均对三峡库区消落带土壤细菌群落多样性指数产生显著影响;(2)HhaⅠ酶切后人工植被土壤丰度与裸地相比显著升高,此外,两种酶切结果均表明,人工植被土壤细菌群落多样性指数与裸地相比更加稳定。(3)植被类型、取样时间不同,土壤中的优势片段种类与丰度均不相同;(4)CCA分析结果表明三峡库区消落带土壤细菌群落多样性与化学性质关系密切。研究表明牛鞭草与狗牙根栽植后土壤细菌群落多样性指数的更加稳定,三峡库区进行植被恢复与重建值得肯定。

关键词： t-rflp 三峡库区消落带植被修复细菌群落多样性

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武进港浮游微生物群落研究

北京大学学报（自然科学版） 2011年第3期47卷 513-518页

作者：邹莉黄艺谢曙光北京大学环境科学与工程学院北京100871

通过t-rflp分析和构建16S rRNA小型基因文库相结合的方法,研究了江苏省常州市武进港塘桥段微生物群落结构特点。t-rflp分析结果表明,该群落的多样性较高,但均匀度较低。基于Ribosomal Database ProjectⅡ的分析结果表明,该处水样的浮游... 详细信息

通过t-rflp分析和构建16S rRNA小型基因文库相结合的方法,研究了江苏省常州市武进港塘桥段微生物群落结构特点。t-rflp分析结果表明,该群落的多样性较高,但均匀度较低。基于Ribosomal Database ProjectⅡ的分析结果表明,该处水样的浮游微生物群落种类较多,还含有尚未分出门的微生物种群,而变形菌门为最优势的类群。通过与GenBank中已知序列对比(BLASt)发现,具有较高相似性的克隆数较多,但也存在很多未知种类的新细菌。此外,还探讨了一些已知属的微生物的环境意义。

关键词：武进港浮游微生物群落 t-rflp 克隆文库

珠江浮游真核微型生物分子多样性及其与水环境的关系

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水生生物学报 2020年第1期44卷 187-196页

作者：朱昶宇陆凯晖伊珍珍华南师范大学生命科学学院广州市亚热带生物多样性与环境生物监测重点实验室

文章分别在丰水期和枯水期于珠江广州段和西江广东段43个样点采集水样,基于末端限制性长度多态性分析,研究了珠三角地区珠江水体的浮游真核微型生物的分子多样性及其群落结构和水体理化因子的关系。结果表明,西江广东段及珠江广州段水... 详细信息

文章分别在丰水期和枯水期于珠江广州段和西江广东段43个样点采集水样,基于末端限制性长度多态性分析,研究了珠三角地区珠江水体的浮游真核微型生物的分子多样性及其群落结构和水体理化因子的关系。结果表明,西江广东段及珠江广州段水体氮和磷严重超标,水质状况堪忧。枯水期样本浮游真核微型生物香农威尔多样性指数普遍高于丰水期样本,西江广东段样本浮游真核微型生物多样性指数普遍高于珠江广州段样本。不同水期,不同区域的浮游真核微型生物群落结构均存在显著差异。珠江样点的浮游真核微型生物群落结构均与化学需氧量、高锰酸盐指数、氨氮、总氮、总磷高度相关;但不同水期、不同区域的浮游真核微型生物群落结构与理化因子相关系数有所差异。此外,分别筛选出了1个、8个末端限制性片段代表了潜在的敏感(Cystobasidium sp.或Protostelium nocturnum)、耐污(Acanthamoeba hatchetti、Babesia bicornis、Blastocystis sp.、Botryosphaerella sudetica、Candida caryicola、Coccomyxa simplex、Cryptomonas ovata、Filos agilis、Stenophora robusta、Sulfonecta uniserialis、theileria sp.等)物种/类群。

关键词：珠江真核微型生物 18S rDNA t-rflp 分子多样性